Aby lepiej zrozumieć funkcję białek, ważne jest uzyskanie informacji o lokalizacji białek w błonie komórkowej nienaruszonych komórek. Metody uzyskiwania tych informacji obejmują mikroskopię fluorescencyjną o wysokiej rozdzielczości 1,2. Chociaż mikroskopia superrozdzielcza rozwinęła się w ciągu ostatnich lat, jej rozdzielczość jest nadal ograniczona do około 20 nm dla praktycznych warunków eksperymentów komórkowych, podczas gdy typowe białka receptorowe mają rozmiary w zakresie 1-10 nm. Obrazowanie białek na poziomie pojedynczej komórki i pojedynczej cząsteczki z rozdzielczością wystarczającą do wizualizacji białek jest możliwe za pomocą EM. Jednak ze względu na sekcje, konwencjonalne metody EM zazwyczaj nie pozostawiają komórki nienaruszonej26, co prowadzi do utraty ważnych informacji o kontekście i przestrzennym rozmieszczeniu białek w błonie komórkowej. Opracowano metody dla całych komórek za pomocą cryo-TEM6, możliwe jest połączenie znakowania białek z cryo-EM27, wykazano również cryo-STEM28. Jednak przepływy pracy cryo-EM są zoptymalizowane pod kątem badania ultrastruktury komórkowej i struktury białek, a nie pod kątem analizy rozkładów przestrzennych białek błonowych. Suszenie w punkcie krytycznym jest inną metodą przygotowania całych komórek, ale próbki są poddawane kilku etapom suszenia, a technika ta jest bardzo czasochłonna29. Białka błonowe zostały również zbadane za pomocą pęknięcia zamrażalniczego7. W tej metodzie komórki są unieruchalane, zamrażane i pękane. Pęknięte części są replikowane przez warstwy węgla i platyny, a próbka biologiczna jest usuwana. Repliki można następnie analizować za pomocą EM30. Analiza całych komórek jest niemożliwa w przypadku frakcji zamrażającej, ponieważ informacje o rozmieszczeniu białek w błonie w kontekście całej komórki są tracone.
Przedstawiona tutaj metoda pozwala na badanie błony komórkowej bez konieczności cienkiego krojenia próbki 9,31. Komórki są utrzymywane w stanie nienaruszonym, dzięki czemu lokalizacja białek błonowych jest widoczna na obrazach fluorescencyjnych, które są skorelowane z obrazami EM. Badanie białek na poziomie pojedynczej komórki i pojedynczej cząsteczki w nienaruszonych komórkach w stanie uwodnionym okazało się możliwe przy rozdzielczości 2 nm przy użyciu STEM białek znakowanych QD przy użyciu tej metody obudowy grafenu9. Utrzymanie komórek w ich naturalnym stanie ma kluczowe znaczenie, ponieważ pozwala zachować przestrzenne rozmieszczenie białek błonowych, dzięki czemu możliwe są analizy na poziomie pojedynczej komórki i pojedynczej cząsteczki, co jest ważne dla zrozumienia funkcji białek i opracowania nowych leków do metod terapeutycznych.
Innym krytycznym aspektem obrazowania próbek biologicznych za pomocą EM jest uszkodzenie próbek spowodowane promieniowaniem przez wiązkę elektronów. Rozwiązania często obejmują maksymalne zmniejszenie dawki elektronów lub różne metody powlekania, takie jak zamknięcie próbki między cienkimi warstwami węgla32. Nasza metoda pokazuje, że powłoka grafenowa zmniejsza artefakty wywołane wiązką, które pojawiają się na powierzchni komórki w przypadku próbek niepowlekanych. Badanie chemicznie utrwalonych i pokrytych grafenem próbek biologicznych jest możliwe pod napromieniowaniem wiązką elektronów o energii wiązki 200 keV do D = (7,8±0,4) x 103 e-/Å2 bez uszkodzeń radiacyjnych, takich jak jasne punkty, pojawiające się na próbce. W porównaniu z innymi metodami EM, które obejmują skomplikowane przygotowanie próbki, na przykład barwienie, zatapianie, cięcie (krio)cięcie, pękanie itp., opisana tutaj metoda jest mniej czasochłonna. Znakowanie białek odbywa się w ciągu kilku godzin, a powłoka grafenowa wymaga tylko około 15 minut dla przeszkolonych badaczy. Przygotowanie próbki jest porównywalne z procedurami potrzebnymi do mikroskopii fluorescencyjnej.
Protokół można modyfikować w niektórych krokach. Grafen na mikrochipie można również wysuszyć na powietrzu, aby upewnić się, że grafen nie porusza się po osuszeniu bibułą filtracyjną. Jeśli grafen jest zanieczyszczony solą, można pozwolić mu unosić się na powierzchni wody przez około godzinę, aby rozpuścić sól, a tym samym zminimalizować zanieczyszczenie. Występujące na grafenie zanieczyszczenie miedzią lub PMMA można zmniejszyć, rozszerzając odpowiednie etapy trawienia w protokole. Opisano inne metody powlekania grafenem, w których na przykład grafen-PMMA był bezpośrednio osadzany na komórkach, a PMMA był usuwany przez mycie w acetonie, a następnie33. W naszej metodzie PMMA został usunięty przed powlekaniem, aby uniknąć ewentualnych uszkodzeń komórek spowodowanych dodatkowymi etapami płukania acetonem. NaCl został tutaj wybrany jako podłoże, ponieważ jest płaski, więc nie marszczy grafenu i rozpuszcza się w wodzie, uwalniając grafen9. Poza tym można go przyciąć do pożądanego rozmiaru, a na grafenie nie pozostają żadne pozostałości podłoża. Ale biorąc pod uwagę te kryteria, można również zastosować inne substraty, takie jak chlorek potasu.
Aby zmniejszyć ryzyko potencjalnego grupowania indukowanego przez znacznik, etap utrwalania GA można wdrożyć bezpośrednio po utrwaleniu FA, po którym wszystkie białka błonowe są unieruchomione. Pierwszy etap fiksacji FA już naprawia strukturę biologiczną, ale nadal może wystąpić zmniejszony poziom dyfuzji białek błonowych34, co może prowadzić do grupowania indukowanego znacznikiem z powodu obecności wielu streptawidyny na QD. Fiksacja za pomocą GA może prowadzić do sygnału autofluorescencji podczas LM, a zatem jest wykonywana po LM w opisanym protokole, ale może być zredukowana, jak opisano w innym miejscu34. Bufor kakodylanu jest dość toksyczny i można również stosować inne utrwalacze, ale tutaj stosuje się kakodylat, ponieważ jest powszechnie stosowanym buforem dla protokołów EM, unika wytrącania się, zapobiega rozwojowi bakterii i grzybów oraz jest kompatybilny z jonami wapnia, które są potrzebne do zachowania ultrastrukturalnej integralności błon lipidowych35. W razie potrzeby tetratlenek osmu może być użyty jako dodatkowe utrwalenie w celu stabilizacji lipidów. Pomogłoby to zwiększyć kontrast struktury komórki, ale także dodać kolejny metal do systemu i zmniejszyć kontrast uzyskany na QD.
Opisany tutaj protokół zawiera wiele kroków, które wymagają dobrego instruktażu. Przed obchodzeniem się z mikroczipami wymagane jest pewne szkolenie, aby uniknąć zarysowania powierzchni SiN mikroczipów i zapobiec ich pękaniu. Jak wspomniano wcześniej, zaleca się przygotowanie mikroczipów w dwóch egzemplarzach, ponieważ okienko SiN może się od czasu do czasu zepsuć. Uzyskanie wymaganej liczby komórek na mikroczipie również wymaga pewnego doświadczenia. Powlekanie ogniw grafenem wymaga pewnego treningu, ponieważ znalezienie odpowiedniego kąta nachylenia do unoszenia grafenu na wodzie może być trudne. Podczas wyłapywania grafenu z wody może być również trudno dostrzec cienki grafen. Gdy tylko grafen znajdzie się na mikrochipie, nadmiar wody należy zetrzeć bibułą filtracyjną. Należy to robić tylko za pomocą końcówki bibuły filtracyjnej, aby uniknąć usunięcia grafenu z mikroczipa.
Powłoka grafenowa zapobiegała pojawianiu się artefaktów na próbce. Ale dla D < 4 x 102 e-/Å2 również nie pojawiły się żadne artefakty dla próbki niepowlekanej, a artefakty pojawiły się tylko dla 2 próbek niepowlekanych. W związku z tym badania ogniw niepowlekanych również wydają się możliwe, choć lepiej byłoby użyć grafenu i uniknąć ryzyka powstawania artefaktów. Skład tych artefaktów może być analizowany w przyszłości, aby dać wskazówki, jak zapobiec ich powstawaniu. Jeśli chodzi o stabilność strukturalną ogniw, zaobserwowano jedynie niewielką poprawę powłoki grafenowej. Utrwalone komórki były najwyraźniej stabilizowane w badanych cienkich obszarach, gdzie ich struktura znajdowała się w bliskim sąsiedztwie błony SiN. To, czego jednak tutaj nie zbadaliśmy, to artefakty suszenia, o których wiadomo, że występują w próbkach komórkowych po wystawieniu na działanie próżni4. Wysuszenie komórek doprowadziłoby do obkurczenia się komórek, tak że w konsekwencji zmieniłyby się również odległości QD. Dla zastosowanej tu dawki elektronów odległość odstępów czasu dla próbek pokrytych grafenem i niepowlekanych pozostała stabilna. Potrzebne są dalsze badania, aby zbadać wpływ powłoki grafenowej na ogniwa EM.
Jednym z ograniczeń tej metody jest to, że konieczne jest chemiczne utrwalenie komórek; W związku z tym nie można przeprowadzać eksperymentów z żywymi komórkami. Ale w przypadku, gdy etykietowanie nie jest potrzebne i stosowane są komórki o wyższej stabilności strukturalnej, na przykład bakterie, nieutrwalone komórki można zamknąć w grafenie dla EM36 , choć z inną tolerancją dawki elektronów. Ponadto białka nie są bezpośrednio wykrywalne, więc do wizualizacji białek potrzebne są QD. Metoda ta byłaby korzystna w przypadku mniejszych etykiet. Kwestią dyskusyjną jest to, czy to dobrze, czy źle, że ultrastruktura nie jest wyraźnie widoczna. Nasza metoda jest podobna do mikroskopii fluorescencyjnej, w której widoczne są tylko wybrane białka37. Zwiększenie widoczności ultrastruktury dodałoby również znacznie więcej informacji do obrazu, a następnie w pewnym momencie uniemożliwiłoby wykrycie poszczególnych pozycji etykiety. Co więcej, opisana tutaj metoda dotyczy jednego gatunku białka i potrzebne są dodatki do protokołu, aby móc znakować wiele białek. Wreszcie, metoda działa, gdy dostępna jest mała cząsteczka specyficznie wiążąca o wysokim powinowactwie, taka jak przeciwciało mimetic21 lub nanobody38 . Powszechnie stosowane przeciwciała są znacznie większe i uniemożliwiałyby wykrycie stanu funkcjonalnego podjednostek białkowych w oligomery.
Nasza metoda jest przydatna do badania funkcji białek w całych komórkach za pomocą EM przy jednoczesnym utrzymywaniu komórek w stanie uwodnionym. Łatwo można zbadać szereg komórek. Można również badać inne typy komórek i białek. Jeśli znakowanie białek nie jest potrzebne, podzbiór protokołu można wykorzystać do powlekania grafenem szerokiej gamy próbek biologicznych. Zdolność do badania całych komórek jest istotna w badaniach komórkowych dla zrozumienia korelacji funkcji białek błonowych na poziomie molekularnym.