Gojenie się ran skórnych to złożony proces biologiczny z kolejno nakładającymi się na siebie fazami. Wymaga koordynacji procesów komórkowych i molekularnych, które są regulowane czasowo i przestrzennie w celu przywrócenia funkcji barierowej uszkodzonego nabłonka. W pierwszej fazie stan zapalny, neutrofile i makrofagi migrują do rany, mobilizując miejscowe i ogólnoustrojowe mechanizmy obronne1. Po fazie zapalnej i nakładającej się na nią następuje faza proliferacji. Fibroblasty zaczynają szybko się namnażać i migrować do tkanki ziarninowej. Keratynocyty z dala od krawędzi natarcia proliferują kierunkowo w kierunku rany, gdy zróżnicowane keratynocyty na krawędzi natarcia migrują, aby ponownie nabłonkować ranę2. Wreszcie rozpoczyna się faza przebudowy i dojrzewania, podczas której fibroblasty w tkance ziarninowej zaczynają syntetyzować i odkładać kolagen. Przebudowa i organizacja nowej matrycy może trwać do 1 roku po urazie3. Ze względu na złożoność nakładających się na siebie zdarzeń obejmujących wzajemne oddziaływanie między wieloma typami komórek oraz pomimo wieloletnich badań, wiele mechanizmów komórkowych i molekularnych leżących u podstaw gojenia się ran pozostaje słabo poznanych.
Model myszy jest dominującym modelem ssaków do badania mechanizmów gojenia się ran ze względu na łatwość użycia, stosunkowo niski koszt i możliwość manipulacji genetycznej1,4,5. Chociaż w modelu mysim opisano różne rodzaje ran, najczęstszą jest rana wycinająca (obustronna biopsja stempla lub bezpośrednia biopsja dziurka), a następnie modele ran ciętych4. Model rany wycinającej ma wyraźną przewagę nad modelem naciętym, ponieważ z natury generuje tkankę kontrolną, która nie została poddana procesowi gojenia. Tkanka z biopsji dziurkowej, która jest wycinana w ramach protokołu chirurgicznego, może być przetwarzana w taki sam sposób, jak zraniona tkanka i wykorzystywana do ustalenia warunków homeostatycznych dla pożądanego kryterium. Wycięta tkanka kontrolna może być również przydatna do oceny efektów wstępnej obróbki skóry lub potwierdzania udanej zmiany genu w momencie urazu4.
Parametry leczenia mogą być oceniane za pomocą wielu różnych technik, w tym planimetrii czy histologii. Jednak planimetria może ocenić tylko widoczne cechy rany, a ze względu na obecność strupa często nie koreluje z pomiarami gojenia, które są wizualizowane przez histologię, co sprawia, że histologia jest "złotym standardem" analizy4. Pomimo tego, że analiza histologiczna jest złotym standardem, najczęściej przeprowadza się ją na dowolnym podzbiorze rany6,7. Na przykład przecięcie rany "na pół" przed osadzeniem i pocięciem rany jest obecnie powszechną praktyką mającą na celu skrócenie czasu i zasobów poświęcanych na cięcie materiałów i analizę danych. Metoda analizy morfometrycznej opisana w tym protokole została opracowana w celu objęcia całej tkanki rany, dokładnego odzwierciedlenia cech morfologicznych rany oraz zwiększenia prawdopodobieństwa wykrycia wad gojenia się rany przy niewielkim rozmiarze efektu. W tym protokole szczegółowo opisujemy chirurgiczną metodę generowania najczęściej badanej rany mysiej, obustronnej rany wycinającej o pełnej grubości, a także szczegółową i rygorystyczną metodę analizy histologicznej, która jest rzadko stosowana w terenie.