Bipartyjny system GAL4-UAS jest podstawowym narzędziem funkcjonalnej charakterystyki genów w organizmie modelowym owadów Drosophila melanogaster1,2,3. Aby wykorzystać system GAL4-UAS, transgeniczne linie sterujące (driver lines), wykazujące ekspresję drożdżowego czynnika transkrypcyjnego GAL4 pod kontrolą sekwencji regulacyjnej, krzyżuje się z liniami odpowiadającymi (responder lines) niosącymi interesujący gen lub konstrukt interferencji RNA (RNAi) kontrolowany przez sekwencję aktywacyjną Upstream Activation Sequence (UAS) rozpoznawaną przez GAL4. Potomstwo tego krzyżowania wykazuje ekspresję interesującego transgenu w wzorcu czasoprzestrzennym dyktowanym przez promotor kontrolujący ekspresję GAL4 (Rycina 1). Fenotypy wykazane przez potomstwo krzyżówek linii sterujących i odpowiadających mogą być oceniane w celu wyjaśnienia funkcji genów kandydackich. Chociaż D. melanogaster była wykorzystywana do badania genów z innych organizmów4,5,6,7, system GAL4-UAS został obecnie dostosowany do zastosowania u owadów o znaczeniu medycznym i rolniczym, aby umożliwić bezpośrednią analizę w gatunkach będących przedmiotem zainteresowania 8,9,10,11,12,13,14.
W przypadku afrykańskiego komara przenoszącego malarię, Anopheles gambiae, system GAL4-UAS został po raz pierwszy przetestowany poprzez kotransfekcję linii komórkowych9. Przebadano wydajność wielu konstruktów w różnych kombinacjach parzystych, ustalając, że 14 tandemowo powtórzonych sekwencji UAS uzupełnionych o mały sztuczny intron (UAS-14i) wykazywało najszerszy zakres potencjału aktywacji przy zastosowaniu panelu driverów GAL4. Aby wykazać funkcjonalność in vivo, konstrukty te wykorzystano następnie do stworzenia dwóch osobnych transgenicznych linii An. gambiae za pomocą transformacji PiggyBac8: linii drivera niosącej GAL4 sterowany przez promotor specyficzny dla jelita środkowego oraz linii respondera zawierającej geny lucyferazy i wzmocnionego żółtego białka fluorescencyjnego (eYFP) pod regulacją sekwencji UAS. Aktywność lucyferazy specyficzna dla jelita oraz fluorescencja w potomstwie wykazały, że system ten jest wydajny u Anopheles. Od tego czasu stworzono linie drivera wykazujące ekspresję transgenów w innych tkankach istotnych dla potencjału wektorowego i oporności na insektycydy, w tym w oenocytach15 i hemocytach16, a także w wzorcu bliskim powszechnemu10. Wygenerowano również liczne linie UAS w celu zbadania genów uważanych za zaangażowane w metabolizm i oporność na insektycydy zapośredniczoną przez sekwestrację, syntezę węglowodorów kutykularnych oraz w celu fluorescencyjnego znakowania różnych typów komórek i tkanek (Tabela 1). W przypadku linii respondera celowana integracja transgenu jest obecnie przeprowadzana za pomocą wymiany kasety rekombinacyjnej katalizowanej przez ΦC3117,18, aby ustalić kontekst genomowy genów regulowanych przez UAS. W ten sposób ekspresja transgenu jest normalizowana pod kątem miejsca insercji w genomie, co pozwala na dokładniejsze porównanie efektów fenotypowych różnych genów kandydackich.
Linie responderów stworzone do tej pory zostały zaprojektowane w celu ekspresji transgenu na podwyższonym poziomie lub w celu redukcji ekspresji genu poprzez interferencję RNA (RNAi). Zazwyczaj klony cDNA są łączone z sekwencją UAS w celu wytworzenia odpowiednich plazmidów ekspresyjnych, jednak możliwe jest również wykorzystanie pełnych sekwencji genomicznych, pod warunkiem, że nie są one zbyt duże do klonowania. W celu wytworzenia konstruktów wyciszających zastosowaliśmy trzy różne metody uzyskania odpowiednich tandemowych sekwencji odwróconych, które tworzą dwuniciowe RNA (dsRNA) w formie spinki stymulujące RNAi. Metody te obejmowały PCR fuzyjny, asymetryczny PCR oraz komercyjną syntezę konstruktów typu spinka. Wspólną cechą każdej z tych metod jest wprowadzenie sekwencji intronu pomiędzy sekwencje odwrócone w celu zapewnienia stabilności klonowania. Opracowano plazmidy responderów, do których można wstawić gen zainteresowania lub konstrukt RNAi15. Plazmidy te zawierają również wymagane miejsca ΦC31 attB dla RMCE (opisane w towarzyszącym artykule JoVE autorstwa Adolfiego, który szczegółowo opisuje technikę RCME). W niniejszym manuskrypcie zawarto protokoły obejmujące kluczowe kroki niezbędne przy wyborze sekwencji do wstawienia do jednego z tych plazmidów w celu nadekspresji. Dodatkowo opisano i zilustrowano dwa protokoły tworzenia konstruktów RNAi w formie spinki.
Podczas tworzenia nowych linii kluczowa jest identyfikacja rzadkich osobników transgenicznych, które posłużą do rozrodu w celu ustanowienia i utrzymania kolonii transgenicznych. Co najważniejsze dla systemu GAL4-UAS, konieczne jest rozróżnienie linii responderów i driverów, aby móc przeprowadzać krzyżówki i identyfikować poszczególne potomstwo niosące oba transgeny. Osiąga się to poprzez zastosowanie różnych dominujących genów markerów selekcyjnych powiązanych z kasetami drivera i respondera. Najczęściej są to fluorescencyjne geny markerowe, które można wyraźnie odróżnić za pomocą filtrów optycznych (np. eYFP, eCFP, dsRed). Ważne jest, aby markery były ekspresjonowane w znanym i wiarygodnym wzorcu czasowo-przestrzennym, co ułatwia identyfikację anomalii oraz kontaminacji. Ekspresja fluorescencyjnych genów markerowych jest rutynowo regulowana przez syntetyczny promotor 3xP3, który powoduje specyficzną ekspresję w oczach i zwojach brzusznych na wszystkich etapach rozwoju An. gambiae19. Markery fluorescencyjne kontrolowane przez 3xP3 są zawarte we wszystkich plazmidach transformacyjnych opisanych w niniejszym artykule. Poniżej zamieszczono protokół szczegółowo opisujący powszechne metody stosowane do przesiewania fluorescencyjnych linii GAL4-UAS u poczwarek An. gambiae.
Jednym z kluczowych elementów systemu GAL4-UAS jest konieczność krzyżowania różnie oznakowanych linii sterujących (driver) i odpowiadających (responder). Aby to osiągnąć, samce i samice z każdej linii muszą zostać rozdzielone przed kopulacją. Osobniki dorosłe są łatwo rozróżnialne wizualnie, jednak w celu ustanowienia krzyżówek genetycznych zasadne jest rozdzielenie płci przed wyjściem imago, aby mieć pewność, że kopulacja nie miała miejsca. Ogólna różnica w wielkości między poczwarkami samców i samic An. gambiae jest zbyt zmienna, aby stanowiła wydajną i niezawodną metodę określania płci20. Zamiast tego, wyraźne różnice morfologiczne w budowie zewnętrznych narządów płciowych stanowią wiarygodną podstawę do określania płci u An. gambiae. W niniejszym artykule opisujemy niezawodną metodę określania płci poczwarek An. gambiae w celu przygotowania odpowiednich krzyżówek.

Rycina 1 - Schematyczny przedstawienie procesu wykorzystania dwuczęściowego systemu GAL4-UAS u Anopheles gambiae. (A) Przedstawiono główne komponenty przykładowego wektora (pSL-attB-UAS14-gyp[3xp3-eYFP]), szczegółowo opisując dostępne miejsca restrykcyjne (EcoRI, NheI, XhoI oraz NcoI) w obrębie wielomiejscowych stron klonowania, które nadają się do wstawienia konstruktu spinki lub sekwencji kodującej interesujący gen. Przedstawiono również strukturę linii dokującej. (B) Zilustrowano etap krzyżowania, wskazując na użycie samców z linii sterującej (niosących sterownik GAL4 pod kontrolą promotora interesującego genu oraz eCFP sterowanego przez promotor 3xP3) i samic z linii odpowiadającej (niosących interesujący gen lub konstrukt spinki pod kontrolą promotora UAS oraz marker eYFP sterowany przez promotor 3xP3). (C) Schematyczne przedstawienie sterowania ekspresją interesującego genu przez GAL4 w potomstwie z krzyżowania opisanego w punkcie B oraz lista niektórych typowych fenotypów poddawanych ocenie. Skróty: Multiple Cloning Site (MCS) – wielomiejscowa strona klonowania, Recombinase mediated cassette exchange (RMCE) – wymiana kasety oparta na rekombinazie, Upstream Activator Sequence (UAS) – sekwencja aktywatora upstream, enhanced yellow fluorescent protein (eYFP) – ulepszone żółte białko fluorescencyjne, enhanced cyan fluorescent protein (eCFP) – ulepszone cyjanowe białko fluorescencyjne. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.
To właśnie wykorzystanie krzyżówek nadaje systemowi GAL4-UAS jego dwuczęściowy charakter, co zapewnia wyraźne zalety w porównaniu do podejść bardziej liniowych. Przykładowo, można ocenić znacznie więcej kombinacji linii driver i responder, niż byłoby to możliwe, gdyby dla każdej kombinacji promotora i genu należało wygenerować i utrzymywać nową linię transgeniczną. Co ważniejsze, pozwala to na analizę genów, których zaburzona ekspresja prowadzi do fenotypów letalnych lub sterylnych, co jest trudne do osiągnięcia i utrzymania w systemie liniowym. Takie fenotypy letalne mogą objawiać się na wszystkich etapach rozwoju, w zależności od funkcji genu i ekspresji spatiotemporalnej, lecz najczęściej obserwuje się je podczas rozwoju embrionalnego. Wizualizacja rozwoju embrionów komara wymaga usunięcia nieprzezroczystego chorionu pokrywającego jaja. Opierając się na metodach opisanych przez Trpiša (1970)21 oraz Kaisera i wsp. (2014)22, opisujemy stosowane przez nas protokoły utrwalania embrionów z zachowaniem ich integralności strukturalnej oraz wybielania w celu usunięcia endochorionu, co umożliwia wizualizację mikroskopową i obrazowanie.