Komora do składania jaj została zaprojektowana specjalnie po to, aby umożliwić samicom P. maidis żerowanie podczas składania jaj w medium ochronnym, z którego jaja można było łatwo odzyskać. Dzięki zastosowaniu tej metody odzyskano wystarczającą ilość embrionów precelularnych do mikroiniekcji DNA, RNA i/lub białek. Dorosłe samice P. maidis zazwyczaj składają jaja wewnątrz tkanki liściowej roślin kukurydzy, co sprawia, że pozyskanie odpowiedniej liczby jaj w krótkim czasie jest trudne, ponieważ wymaga przeprowadzenia licznych sekcji liści. Sztuczne środowisko do składania jaj stanowi rozwiązanie tych problemów. Jak pokazano w Tabeli 1, w ciągu 4 tygodni od łącznie 645 samic zebrano 6 483 jaja. Samice zazwyczaj zaczynają składać jaja po 2. dniu, a najwięcej jaj pozyskuje się od 4. do 6. dnia. Aktywność składania jaj spadła do 9. dnia. Każda komora do składania jaj była przygotowywana w piątek, a obecność jaj sprawdzano od niedzieli do kolejnej niedzieli. Przestrzeganie tego harmonogramu pozwoliło na zebranie większości jaj do mikroiniekcji w dni robocze.
Pierwszym praktycznym zastosowaniem tego systemu składania jaj było przetestowanie skuteczności wywołanego przez Cas9 knockoutu genu, z wykorzystaniem ortologa genu koloru oczu white (Pmw) u P. maidis jako celu. Znane jest, że mutacje w genie white prowadzą do znacznej utraty pigmentacji oczu u innych gatunków owadów, a białko White wykazuje autonomię komórkową, co pozwala na wykrycie mutacji u wstrzykniętych osobników16,17. Aby zwiększyć szansę, że nawet niewielka mutacja spowoduje utratę funkcji, zaprojektowano gRNA tak, aby przecinały region kasety wiążącej ATP, która jest niezbędna dla funkcji White16. Zarodki P. maidis wstrzyknięto albo 20% czerwienią fenolową (bufor do iniekcji), buforem do iniekcji z Cas9 o stężeniu końcowym 800 ng/µL (kontrola Cas9), albo Cas9 w buforze do iniekcji wraz z trzema gRNA dodanymi w stężeniu 400 ng/µL każde. Połączenie trzech przewodników w jednej mieszance iniekcyjnej miało na celu dalszą maksymalizację szans na wygenerowanie mutantów, zarówno poprzez stworzenie dużego delecji, jak i zrekompensowanie możliwości, że którykolwiek z przewodników może być nieskuteczny w przecinaniu. Tempo rozwoju dla każdej grupy traktowanej było porównywalne (Tabela 2), a u 50-60% wstrzykniętych osobników zaobserwowano oznaki rozwoju. Odsetek wylęgłości dla buforu i kontroli Cas9 był również porównywalny; jednak wylęgłość osobników otrzymujących mieszankę trzech przewodników była względnie niższa. Na ten moment nie jest jasne, czy obniżona przeżywalność jest wynikiem utraty funkcji white, czy wynikiem niezamierzonych konsekwencji zastosowania mieszanki trzech przewodników, takich jak efekty off-target (patrz sekcja dyskusji). Jednakże żaden z osobników z całkowitą utratą pigmentacji oczu (t.j. całkowity knockout) nie wykluł się i żadne potomstwo wstrzykniętych osobników nie miało białych oczu. Skuteczność on-target mutagenezy opartej na Cas9 zweryfikowano na dwa sposoby. Po pierwsze, osobników po iniekcji przesiewano pod kątem utraty pigmentacji oczu.
Z 71 osobników z wstrzykniętym przewodnikiem, które się rozwinęły, 23 wykazało pewien stopień utraty pigmentu (Rysunek 10), a 9 z tych osobników się wykluło, co przełożyło się na odsetek knockoutów ≥32%. W żadnej z grup kontrolnych nie zaobserwowano utraty pigmentu oka. Po drugie, mutacje chromosomalne potwierdzono za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR)18 oraz sekwencjonowania19. Ponieważ nie udało się uzyskać linii mutantów, analizowano DNA genomiczne z pul embrionów wstrzykniętych albo mieszanką trzech przewodników, albo buforem. Oczekuje się, że mieszanka trzech przewodników usunie ~180 par zasad z locus white. Można to zaobserwować w produktach PCR amplifikowanych z DNA genomicznego wyizolowanego od wstrzykniętych osobników, a także w powiązanych danych sekwencyjnych uzyskanych z tych produktów (Rysunek 11). Te połączone dowody wskazują, że embriony zostały wstrzyknięte przed wystąpieniem celularyzacji.

Rysunek 1: Aspirator. Skuteczny aspirator można złożyć, łącząc pompę próżniową na wlocie, za pomocą plastikowego wężyka, z plastikową probówką stożkową o pojemności 15 mL. Z dna probówki stożkowej należy ostrożnie usunąć około 0,5 cm. W probówce stożkowej, nad otworem wężyka plastikowego, należy umieścić kuleczkę waty, aby wyłapywać zbierane dorosłe osobniki P. maidis i zapobiec ich przedostaniu się do pompy próżniowej. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 2: Konstrukcja pojemników dla osobników dorosłych. (A) Potrzebne materiały (zaczynając od lewego górnego rogu, zgodnie z ruchem wskazówek zegara): siatka, pistolet do kleju na gorąco, żyletka, pojemnik 1 oz. (B) W dnie pojemnika 1 oz należy wyciąć duży otwór, a następnie wyciąć kwadrat siatki wystarczająco duży, aby go przykryć. (C) Siatkę należy następnie przykleić nad otworem za pomocą kleju na gorąco. (D) Po zastygnięciu kleju należy usunąć nadmiar siatki. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 3: Określanie płci dorosłych osobników P. maidis. Przedstawiono strony brzuszne dorosłych osobników P. maidis płci męskiej (lewo) i żeńskiej (prawo). Wykladacz, widoczny nad odwłokiem samicy, jest najjaśniejszym wskaźnikiem płci osobnika. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 4: Zamykanie osobników dorosłych w pojemnikach. (A) Kwadrat z plastikowej folii parafinowej o wymiarach 5 cm x 5 cm. (B) Folię należy rozciągnąć równomiernie do 3-4 krotności jej pierwotnego rozmiaru. (C) Po umieszczeniu osobników dorosłych w pojemniku, rozciągniętą folię należy położyć na otworem, aby zabezpieczyć owady. Następnie na wierzchu folii należy umieścić kroplę 400 µL 10% w/v roztworu sacharozy. (D) Aby zapewnić odpowiednie ciśnienie karmienia dla osobników dorosłych, drugi kwadrat z plastikowej folii parafinowej o wymiarach 5 cm x 5 cm należy w podobny sposób rozciągnąć i położyć na kropli sacharozy. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 5: Przygotowanie komory do składania jaj. (A) Potrzebne materiały (zaczynając od lewego górnego rogu, zgodnie z ruchem wskazówek zegara): folia spożywcza, gotowy pojemnik z osobnikami dorosłymi oraz szalka Petriego z 1% agarozą (podłoże do składania jaj). (B) Pojemnik z osobnikami dorosłymi należy umieścić na agarozie, tak aby „kanapka” z filmu parafinowego i 10% sacharozy znajdowała się bezpośrednio na podłożu do składania jaj. (C) Folia spożywcza służy do zabezpieczenia pojemnika z osobnikami dorosłymi na podłożu do składania jaj. Zapobiega to zbyt szybkiemu wysychaniu podłoża. (D) Należy uważać, aby nie zakryć siatki w pojemniku z osobnikami dorosłymi, aby umożliwić dalszą wymianę powietrza. (E) Schemat komory do składania jaj. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Rysunek 6: Nawilżany dyfuzor. Wokół mikroskopu do iniekcji zainstalowano dyfuzor wyposażony w nawilżacz, aby zminimalizować przeciągi i utrzymać wilgotność podczas manipulacji embrionami. Po zajęciu pozycji przez operatora klapy można złożyć nad wejściem, co pomaga w utrzymaniu odpowiedniego poziomu wilgotności. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 7: Zbieranie zarodków w celu przygotowania do iniekcji. (A) Zarodki złożone w podłożu do składania jaj. Para cienkich pęset służy do wyjmowania zarodków z podłoża i układania ich na jego powierzchni. (B) Wąski pasek dwustronnej taśmy o wymiarach 1 mm x 15 mm na szkiełku nakrywce o wymiarach 22 mm x 30 mm. (C) Szkiełko nakrywkę można położyć na podłożu do składania jaj, aby ułatwić przenoszenie zarodków z powierzchni podłoża na taśmę na szkiełku. (D) Zarodki P. maidis mają kształt banana, przy czym jeden koniec jest węższy od drugiego (koniec węższy wskazany czerwoną grotą strzałki; koniec szerszy wskazany żółtą grotą strzałki na przykładowym zarodku). Szeroki koniec zarodka należy przyłożyć do taśmy. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 8: Iniekcja. (A) Platforma do iniekcji to szalka Petri wypełniona po brzegi 1% agarem. Szkiełko podstawowe z paskiem taśmy przytrzymującym zarodki należy umieścić bezpośrednio na powierzchni platformy do iniekcji. (B) Ciśnienie iniekcji należy sprawdzić przed wstrzyknięciem substancji do zarodków, „wstrzykując” niewielką ilość roztworu iniekcyjnego do kropli wody. Metodę tę można stosować w dowolnym momencie procesu iniekcji, aby sprawdzić, czy igła nie jest zapchana. (C) Zarodki należy iniekować, wprowadzając igłę w szerszy koniec zarodka. Jeśli iniekcja przebiegła pomyślnie, roztwór iniekcyjny powinien być widoczny. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 9: Pielęgnacja po wstrzykiwaniu. (A) Po wstrzyknięciu wszystkich embrionów na szkiełku nakrywką, należy umieścić szkiełko w nowej szalce Petriego zawierającej 1% agarozę. (B) Szalkę Petriego ze szkiełkiem można następnie przechowywać w komorze wilgotnościowej (takiej jak ta przedstawiona) aż do momentu wyklucia się embrionów. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 10: Fenotyp knockout Pmw . (A) Kontrolne zarodki w tym samym wieku oraz (B) zarodki z nokautem Pmw , gdzie rozwijające się oczy wskazane są czarnymi grotami strzałek. Zarodek w punkcie B jest mozaikowy, co widać po niewielkim pasie pigmentacji. (C) Kontrolne nowo wyklute osobniki w tym samym wieku oraz (D) nowo wyklute osobniki z nokautem Pmw , z wstawkami pokazującymi oczy pod innym kątem. Osobnik w punkcie D również jest mozaikowy. Biała strzałka wskazuje obszar na głównym zdjęciu wykazujący utratę pigmentacji. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 11: Sekwencja nokautu Pmw . (A) Model mRNA Pmw w skali, z oznaczeniami co 500 bp, z zaznaczonymi lokalizacjami miejsc wiązania gRNA: G1, niebieski; G2, żółty; G3, różowy. Wszelkie mutacje przesuwające ramkę odczytu powstałe w tym punkcie zakłócą większość produktu translacji. (B) Kontekst genomiczny miejsc gRNA, wszystkie w jednym eksonie (pogrubiony tekst pisany wielkimi literami). Miejsca wiązania przewodników są wyróżnione tymi samymi kolorami co w punkcie A, a sekwencje PAM są podkreślone. Zakres wynosi ~300 bp. Powyżej przedstawiono translację eksonu w ramce, jako jednoliterowe skróty pisane wielkimi literami. Zaznaczono dwa motywy specyficzne dla transporterów pigmentu oka. Motyw CDEPT funkcjonalnej domeny Walkera B jest obramowany na fioletowo, a motyw IHQP domeny pętli H jest obramowany na zielono. Obie domeny są kluczowe dla funkcji transportera ATP. (C) Region docelowy Pmw został namnożony w dwóch rundach PCR. Produkt z drugiej rundy zbadano na żelu w celu znalezienia dowodów na zmianę wielkości wynikającą z pomyślnego usunięcia regionu pomiędzy przewodnikami. Ścieżki: L = drabinka 100 bp; 1 = kontrola wodna PCR; 2 = jaja wstrzyknięte buforem; 3-4 = dwa oddzielne zestawy jaj wstrzykniętych mieszaniną trzech przewodników. Tylko zarodki, które otrzymały mieszaninę trzech przewodników, wykazały zarówno prążek WT (czerwona strzałka), jak i prążek będący wynikiem całkowitej ekscyzji (biała strzałka). (D) Aby potwierdzić tożsamość dolnego prążka (biała strzałka), DNA to oczyszczono, sklonowano i zsekwencjonowano. Górna linia to sekwencja typu dzikiego. Pozostałe dwie linie to sekwencje z dwóch klonów. Trzy dodatkowe klony były zgodne z dolną sekwencją. Niebieskie wyróżnienie wskazuje miejsce wiązania Przewodnika 1, natomiast różowe wyróżnienie wskazuje miejsce wiązania Przewodnika 3. W obu allelach cały region pomiędzy tymi dwoma miejscami przewodników został usunięty. Skróty: Pmw = gen Peregrinus maidis white; gRNA = przewodnie RNA; PAM = motyw przylegający do protospacera; ATP = trifosforan adenozyny; PCR = reakcja łańcuchowa polimerazy; WT = typ dziki; KO = nokaut. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
| Zestaw | Liczba kubków | Liczba samic w każdym kubku | Liczba jaj | Całkowita liczba jaj |
| Dzień 2 | Dzień 3 | Dzień 4 | Dzień 5 | Dzień 6 | Dzień 7 | Dzień 8 | Dzień 9 |
| 1 | 10 | 15 | 0 | 26 | 166 | 355 | 530 | 193 | 91 | 37 | 1398 |
| 2 | 15 | 15 | 22 | 238 | 489 | 699 | 520 | 379 | 203 | 58 | 2608 |
| 3 | 8 | 15 | 0 | 57 | 230 | 190 | 116 | 80 | 34 | 1 | 708 |
| 4 | 10 | 15 | 0 | 226 | 446 | 519 | 301 | 179 | 24 | 15 | 1710 |
| Suma | 43 | 15 | 23 | 547 | 1331 | 1763 | 1467 | 831 | 352 | 111 | 6483 |
Tabela 1: Reprezentatywne kolekcje jaj z artificialnego środowiska składania jaj. Przedstawiono dane z czterech zestawów kubków do zbierania jaj, z liczbą jaj liczona od drugiego dnia po przygotowaniu do dziewiątego dnia.
| Leczenie za pomocą iniekcji | Łączna ilość wstrzyknięta | Łącznie opracowane | Łączna liczba wyklutych osobników | Szybkość rozwoju (%) | Wskaźnik wykluwalności (%) |
| Bufor | 39 | 20 | 12 | 51 | 31 |
| Cas9 | 39 | 24 | 14 | 61 | 36 |
| Cas9 +Słowo „Pmw” nie jest standardowym terminem naukowym, skrótem technicznym ani jednostką miary w kontekście materiałów JoVE. Proszę o podanie pełnego tekstu źródłowego lub kontekstu, aby możliwe było wykonanie wiernego i dokładnego tłumaczenia naukowego. gRNA | 121 | 71 | 28 | 59 | 28 |
Tabela 2: Wskaźniki przeżywalności i nokautu po iniekcjach trzech różnych mieszanin wstrzykiwalnych.