To, w jaki sposób stożki wzrostu wyczuwają i reagują na otaczające je środowisko, aby koordynować jednoczesne rozszerzanie aksonów i prowadzenie, jest nadal przedmiotem dyskusji 3,18. Pionierskie badania nad substratami 2D dały wgląd w podstawowe mechanizmy molekularne generujące siły, które napędzają dynamikę stożka wzrostu podczas formowania aksonów, wzrostu i nawigacji 2,10,11,12,19. Niedawne badania nad matrycami 3D ujawniły, jak duży wpływ ma trzeci wymiar na zachowanie stożka wzrostu, a w konsekwencji na wzrost aksonów 8,9. Niemniej jednak skomplikowane mechanizmy instruujące dynamikę stożków wzrostu in vivo wymagają jeszcze dokładnego zbadania.
Przygotowanie organotypowych kultur warstwowych z mózgów IUE lub EUE jest szeroko stosowane i dobrze udokumentowane. Stała się złotym standardem, pozwalającym naukowcom uzyskać wgląd w rozwój i zachowanie neuronów w żywej tkance mózgowej20,21. Rzeczywiście, technika ta została z powodzeniem wykorzystana w połączeniu z różnymi technikami obrazowania o wysokiej rozdzielczości w celu wizualizacji określonych procesów molekularnych i zdarzeń morfologicznych in situ. Badania takie obejmują między innymi tworzenie i wydłużanie aksonów19,22, migrację neuronów korowych 19,22,23,24, dynamikę centrosomów 25,26, dynamikę mikrotubul27, a także dynamikę funkcjonalną przedziałów pre- i postsynaptycznych 28,29.
Protokół ten wypełnia lukę w neurobiologii eksperymentalnej, wizualizując dynamikę stożka wzrostu rozwijających się neuronów korowych in situ, w ostrych kulturach wycinków mózgu ex vivo oraz narzędzia do analizy uzyskanych danych.
Do ustalenia tego protokołu wykorzystano ostre kultury wycinków mózgu, ponieważ (1) przy odrobinie praktyki są one łatwe do wygenerowania; (2) przedstawić dostępny system do badania stożków wzrostu osadzonych w quasi-całkowicie fizjologicznym środowisku, a jednocześnie wystarczająco przezroczysty, aby umożliwić obrazowanie żywych komórek w wysokiej rozdzielczości; (3) może być rozszerzony do użytku o niezliczoną ilość transgenicznych linii myszy; (4) w połączeniu z IUE lub EUE, zapewniają praktycznie nieograniczony potencjał dostarczania narzędzi molekularnych do oceny wydajności stożków wzrostu i aksonów in vivo w reżimach utraty/wzmocnienia funkcji, wraz z fluorescencyjnymi reporterami i sondami cytoszkieletowymi.
Metodologia ta została opisana zarówno w kontekście EUE, jak i IUE. Chociaż nadal jest to wysoce wiarygodna metoda, EUE spowodowała zwiększoną częstość występowania wycinków mózgu wykazujących zdezorganizowaną sieć RG w porównaniu z tymi uzyskanymi za pomocą IUE jako metody dostarczania (Figura 4C). Zaburzenia w matrycy RG silnie wpływają na migrację neuronów i wzorzec wydłużania aksonów30,31. Są to kluczowe parametry, które przewidują, gdzie w danym momencie znaleźć aksony do analizy i rodzaj środowiska, w którym się poruszają. Wycinki mózgu ze znacznie zakłóconą siecią RG zazwyczaj mają upośledzoną stratyfikację neuronów korowych. To z kolei wytwarza aksony o chaotycznych trajektoriach. Dlatego zdecydowanie zaleca się kontrolę integralności strukturalnej sieci RG. Co ciekawe, słaba integralność strukturalna koreluje ze zwiększonym wiekiem mózgu embrionalnego. Rzeczywiście, takich efektów u młodszych zarodków E12.5-E13.5 zazwyczaj nieobserwowano19.
Obecny protokół jest dokładny i prosty. Niemniej jednak istnieje kilka krytycznych kroków, w których należy zachować szczególną ostrożność i uwagę, aby uzyskać optymalne wyniki. Zostały one wyraźnie zaznaczone w protokole i obejmują (1) dostrojenie ilości DNA używanego w elektroporacji w celu uzyskania rzadkiego znakowania; (2) unikanie uszkodzeń podczas ekstrakcji mózgu; (3) kontrolowanie temperatury agarozy podczas obudowy mózgu; (4) rozwiązywanie problemów z ustaleniem idealnego procentu agarozy dla mózgu w danym wieku; oraz (5) dobór fluoroforów, których doświadczenie następuje. Podczas optymalizacji protokołu przetestowano działanie kilku fluoroforów w obrazowaniu in situ żywych komórek. Do tego protokołu wybrano monomeryczne warianty GFP EGFP i NeonGreen do przygotowania plazmidów znakowanych LifeAct i Lyn (Figura 5A,B). Dodatkowo przetestowano wariant RFP mScarlet i uznano, że jest bardzo odpowiedni dla tej konfiguracji (dane nie pokazane). Przetestowano również multimeryczny tRFP (dimer) i ZsGreen (tetramer) (Rysunek 5C i Dodatkowe wideo 1, po prawej). Te szybko składające, super jasne fluorofory są zalecane, gdy metoda wymaga szybkiego generowania sygnału fluorescencyjnego po dostarczeniu DNA.
Powszechną praktyką w stosowaniu kultur warstwowych jest wykorzystywanie wycinków z różnych mózgów do testowania warunków kontrolnych i eksperymentalnych. Stanowi to nieodłączne źródło niepożądanej zmienności. W tym przypadku zastosowano system ekspresji, który umożliwia niezależną modyfikację sąsiednich neuronów i ekspresji reporterów w celu identyfikacji. Zauważ, że w tej demonstracji (Figura 5C) nie było różnic między neuronami wyrażającymi którykolwiek z fluoroforów. Jednak, na przykład, taka mieszanka plazmidów w połączeniu z transgeniczną linią myszy zawierającą gen wrażliwy na Cre oznaczy neuronami tRFP (Dre-wrażliwymi), które pozostały jako dzikie typy. W przeciwieństwie do tego, ZsGreen (również wrażliwy na Cre) oznaczy zrekombinowane neurony. W związku z tym stożki wzrostu dwóch różnych genotypów, a prawdopodobnie także fenotypy, mogą być badane obok siebie jednocześnie w tym samym wycinku mózgu.
Lokalizacja aksonów i stożków wzrostu do analizy jest ważną kwestią. Neurony korowe polaryzują się podczas promieniowej migracji ze strefy komorowej (VZ) w kierunku płytki korowej (CP). Podczas tego procesu neurony tworzą proces wiodący (przyszły dendryt) i proces końcowy, który stanie się aksonem, ostatecznie łącząc się z pionierskimi aksonami w strefie pośredniej (IZ), ustanawiając drogi aksonów32. Dlatego, aby uchwycić stożki wzrostu aksonów, przeprowadzono obrazowanie na włóknach aksonalnych w IZ, w tym aksonach wychodzących z CP i wcześnie wygenerowanych aksonach już związanych z wiązkami aksonalnymi; lub ostatecznie we włóknach, które przecinają IZ i rozciągają się poniżej niego (ryc. 7).
Protokół ten umożliwia wykonywanie obrazowania neuronów w superrozdzielczości w wycinkach organotypowych. Historycznie rzecz biorąc, rozpraszanie światła było poważnym problemem, z jakim borykano się podczas obrazowania grubych próbek. W ciągu ostatnich dwóch dekad znaczny postęp w technologiach optycznych umożliwił obrazowanie grubych próbek. W tym przypadku wykorzystano obiektyw o dużej odległości roboczej, aby lepiej uwidocznić mniejsze struktury, takie jak stożki wzrostu. Nieuchronnie protokół ten nie obejmuje bardziej szczegółowych zdarzeń, takich jak wsteczny przepływ aktyny lub dynamika mikrotubul. Obiektyw o dużej odległości roboczej, który wymaga mniejszej apertury numerycznej (NA), zachowuje informacje z grubych warstw. Możliwe było jednak również dostosowanie tego protokołu do użytku z celami o krótszej odległości roboczej. Wymagało to płynnego przeniesienia plastrów do naczynia ze szklanym dnem, aby zachować integralność strukturalną. Jednak zastosowanie tej metody skutkowało krótszym przeżyciem – ~15 h – ze względu na utratę wymiany gazowej (dane nie pokazane). W przeciwieństwie do kultur 2D, stożki wzrostu w 3D zajmują większą objętość i wymagają kompensacji artefaktu ruchu w osi z. Aby zwiększyć zdolność obrazowania szczegółowych zdarzeń, należy zastosować nowoczesną technologię konfokalną. Dlatego zaleca się stosowanie szybko skanującego silnika z-stack, takiego jak z-Galvo dostępny w bardzo czułych mikroskopach konfokalnych33.
Warto zauważyć, że protokół ten ma trzy główne ograniczenia. Po pierwsze, często trudno jest kontrolować poziomy ekspresji/liczbę komórek eksprymujących dowolny plazmid in vivo. Wprowadza to zmienność między wszystkimi warstwami, nawet przy utrzymaniu tego samego stężenia plazmidu. W związku z tym wybór elementów regulacyjnych w stosowanych wektorach ekspresji musi być z góry określony z ostrożnością. Po drugie, obrazowanie szczegółowych zdarzeń za pomocą wkładek membranowych nie jest obecnie możliwe. To drugie ograniczenie może zostać przezwyciężone dzięki aktualizacjom metodologicznym zaproponowanym w poprzednim ustępie. Wreszcie, stożki wzrostu są bardzo wrażliwe na światło i mogą szybko ulec fotowybielaniu. Dlatego częste obrazowanie stożków wzrostu, trwające zaledwie 5 minut przy użyciu laserowych mikroskopów skaningowych, często może spowodować zapadnięcie się stożków wzrostu. W związku z tym nowe osiągnięcia w dziedzinie urządzeń generowanych za pomocą mikroskopii świetlnej mogą być dostosowane do długoterminowego obrazowania wycinków mózgu34.
Tego typu protokoły mają otworzyć nowe ścieżki badawcze, pozwalając lepiej zrozumieć, co jest potrzebne, aby stożek wzrostu odczytywał i reagował na złożone środowisko in vivo , a co ważniejsze, aby rozwikłać mechanikę tej wyrafinowanej interakcji.