Najbardziej znaczącym sposobem, w jaki opisany tutaj model różni się od wcześniej opublikowanych modeli inokulacji dopochwowej, jest użycie bakterii hodowanych beztlenowo, które wymagają specjalnych względów w celu przygotowania żywotnego inokulum i odzyskania bakterii od myszy. Konkretne kroki w powyższym protokole mogą się nieznacznie różnić w zależności od gatunku/szczepu użytych bakterii, zgodnie z sugestią w pliku uzupełniającym 1. Ponadto manuskrypt ten opisuje nową metodę proceduralną podawania bakterii i płynów do płukania pochwy, która wymaga mniejszego doświadczenia ze strony badacza i mniejszej powściągliwości dla myszy. Jeśli eksperymentator nie czuje się komfortowo z formą powściągliwości opisaną w kroku 3.2. i kroku 3.3., myszy można zamiast tego oczyścić, jak opisanowcześniej 34 , ze znieczuleniem lub bez, zgodnie z projektem eksperymentalnym i wytycznymi instytucjonalnymi IACUC.
Ważnym zastrzeżeniem dotyczącym stosowania bakterii hodowanych beztlenowo w modelach mysich jest to, że pewne kroki (takie jak te z udziałem żywych zwierząt) muszą być wykonywane poza komorą beztlenową. Dlatego najbardziej krytycznymi krokami w tym protokole są te, w których bakterie będące przedmiotem zainteresowania będą narażone na działanie środowiska tlenowego, na przykład podczas inokulacji myszy. Zastosowanie jakiegokolwiek nowego beztlenowca w tym modelu będzie wymagało wstępnych badań nad jego zdolnością do utrzymania żywotności po wystawieniu na działanie tlenu (takich jak porównanie CFU przed i po inokulacji, jak opisano w kroku 2.5 i kroku 3.4). W zależności od stopnia wrażliwości organizmu na tlen i PBS, należy rozważyć różne metody przygotowania inokulum (Plik Uzupełniający 1, krok 2.4.5). W przypadku inokulacji z użyciem G. vaginalis JCP8151B odkryliśmy, że pojedyncza probówka inokulum może być przygotowana w PBS i użyta do zakażenia wszystkich myszy. Jeśli używana jest inna bakteria beztlenowa, która jest bardziej wrażliwa na tlen, inokulum można zamiast tego przygotować w oddzielnych probówkach dla każdej myszy, tak aby nie było wymagane wielokrotne otwieranie/zamykanie probówki. Podobnie, jeśli interesujący nas gatunek bakterii jest bardziej wybredny/mniej zdolny do przetrwania w PBS niż G. vaginalis, inokulację można zamiast tego przygotować w pożywkach hodowlanych. Jeśli zastosowana pożywka zawiera środki redukujące, takie jak pożywka beztlenowa CDC stosowana do hodowli Prevotella bivia (plik uzupełniający 1, krok 2.1. i krok 2.2.), wówczas bakterie będą miały również zwiększoną ochronę przed narażeniem na tlen.
Można również rozważyć alternatywne metody homogenizacji, takie jak ubijanie kulki 22,35, które odbywa się przy zamkniętej nasadce probówki i dlatego może wprowadzać mniej tlenu niż homogenizator ręczny. Ponadto organizmy bardziej wrażliwe na tlen mogą wymagać dłuższego czasu równowagi dla pożywki. Wskaźnik tlenu, taki jak rezazuryna, może być użyty do sprawdzenia, czy zostały osiągnięte warunki beztlenowe (krok 2.1.). Alternatywne metody, takie jak słoiki beztlenowe, mogą wpływać na wyniki i przed użyciem należy je sprawdzić pod kątem żywotności bakterii.
Wrażliwość na tlen i skrupulatność organizmu doświadczalnego może również odgrywać rolę w pomyślnym odzyskaniu żywych bakterii od myszy podczas płukania/homogenizacji (plik uzupełniający 1, krok 3.2 i krok 5.1.). W przypadku organizmów bardzo wrażliwych czas między pobraniem płukania a posiewem może prowadzić do utraty żywotności i powodować sztucznie zaniżoną ocenę bakteryjnej kolonizacji pochwy. Aby złagodzić ten efekt, zebrane płukanie można natychmiast rozcieńczyć na świeże beztlenowe podłoża hodowlane (ze środkiem redukującym). Podobnie, homogenizację narządów można przeprowadzić w świeżych pożywkach hodowlanych, a nie w PBS, aby zwiększyć żywotność bakterii, a także w samej komorze beztlenowej, aby zminimalizować narażenie na tlen.
W zależności od celu danego eksperymentu, eksperymentator musi zwrócić uwagę na grupy kontrolne. Aby przetestować hipotezy, podstawowe pomiary niezakażonych myszy kontrolnych, które są pozorowane samym nośnikiem, pomogą ustalić, czy występuje indukcja chemokin/cytokin lub inne specyficzne wyniki infekcji. Użyty nośnik kontrolny musi być taki sam, jak nośnik używany do inokulacji, więc jeśli bakterie są inokulowane w pożywkach hodowlanych, wówczas jako kontrola należy użyć niezaszczepionych pożywek hodowlanych (plik uzupełniający 1, krok 2.4.5).
Metody opisane w tym protokole mogą być również stosowane do bakterii fakultatywnych zdolnych do wzrostu beztlenowego, ale tradycyjnie badanych w warunkach hodowli tlenowej (takich jak Escherichia coli lub Streptococcus grupy B). Może to być szczególnie istotne w przypadku zakażeń tymi organizmami w miejscach ciała, które uważa się za zawierające niski poziom tlenu, takich jak szyjka macicy. Może się zdarzyć, że organizm fakultatywny skuteczniej infekuje miejsca mniejszą ilością tlenu, gdy inokulum jest przygotowywane beztlenowo niż tlenowo. W takim eksperymencie odzysk żywych bakterii do oznaczania liczby CFU może nie wymagać warunków beztlenowych.