Method Article

Rozpraszanie neutronów w naukach biologicznych: techniki i zastosowania

DOI:

10.3791/64806

January 20th, 2023

In This Article

Abstract

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

OMÓWIONE ARTYKUŁY:

Vahdatahar, E., Junius, N., Budayova-Spano, M. Optymalizacja wzrostu kryształów dla krystalografii makromolekularnej neutronów. Dziennik Eksperymentów Wizualnych. (169), E61685 (2021).

Schröder, G. C., Meilleur, F. Zbieranie i przetwarzanie danych krystalografii neutronowej do modelowania atomów wodoru w strukturach białkowych. Dziennik Eksperymentów Wizualnych. (166), E61903 (2020).

Kelley, E. G., Nguyen, M. H. L., Marquardt, D., Maranville, B. B., Murphy, R. P. Pomiar ewolucji w czasie materiałów nanoskalowych z zatrzymanym przepływem i rozpraszaniem neutronów pod małym kątem. Dziennik Eksperymentów Wizualnych. (174), E62873 (2021).

Bilheux, H. Z. et al. Radiografia neutronowa i tomografia komputerowa systemów biologicznych w reaktorze wysokostrumieniowym Oak Ridge National Laboratory. Dziennik Eksperymentów Wizualnych. (171), E61688 (2021).

Stingaciu, L.-R. Badanie dynamiki białek za pomocą spektroskopii echa spinowego neutronów. Dziennik Eksperymentów Wizualnych. (182), E61862 (2022).

Kumarage, T., Nguyen, J., Ashkar, R. Spektroskopia echa spinowego neutronów jako unikalna sonda do dynamiki błony lipidowej i interakcji błona-białko. Dziennik Eksperymentów Wizualnych. (171), E62396 (2021).

Discussion

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Techniki rozpraszania i dyfrakcji neutronów są wyjątkowo czułe na położenie i dynamikę atomów wodoru w materiałach i są potężnymi narzędziami do charakteryzowania relacji struktura-dynamika-funkcja w systemach biologicznych. Wrażliwość neutronów na atomy wodoru i na jego izotop deuter wynika z silnego oddziaływania neutronów z jądrami tych atomów. Ta właściwość sprawia, że informacje dostępne z rozpraszania neutronów są unikalne i stanowią cenne uzupełnienie danych uzyskanych za pomocą technik charakterystyki strukturalnej częściej stosowanych w naukach biologicznych. Neutrony mają również tę zaletę, że nie powodują żadnych mierzalnych uszkodzeń próbek biologicznych spowodowanych promieniowaniem.

Zbiór ten łączy w sobie szeroki zakres technik neutronowych, które zostały opracowane w celu badania systemów biologicznych i przykładów ich zastosowań. Ośrodki badawcze neutronów oferują dostęp do zaawansowanych, nieniszczących zestawów instrumentów do charakterystyki biofizycznej, które dostarczają informacji o strukturze i dynamice, odpowiednio od Ångströms do mikronów i dalej, oraz od pikosekund do mikrosekund. Zastosowania neutronów w biologii obejmują zarówno analizę pojedynczych atomów wodoru w enzymach, jak i analizę kompleksów biologicznych, membran i zespołów w skali makro.

W skali długości atomowej krystalografia makromolekularna neutronów jest techniką, która umożliwia naukowcom zrozumienie chemii katalizowanej przez enzymy poprzez eksperymentalną identyfikację atomów wodoru, które są niezbędne do katalizy. Krystalografia makromolekularna neutronów wymaga dużych kryształów, aby skompensować stosunkowo niskie strumienie wiązek neutronów dostępnych do przeprowadzania eksperymentów. Vahdatahar i wsp.1 demonstrują protokół do hodowli dużych, wysokiej jakości kryształów przy użyciu stanowiska krystalizacyjnego OptiCrys. OptiCrys kontroluje i monitoruje temperaturę i stężenie czynnika krystalizacyjnego w eksperymencie mikrodializy, umożliwiając eksperymentatorowi efektywne badanie diagramu faz białka w celu zidentyfikowania i modulowania optymalnych warunków wzrostu kryształów. Schröder i Meilleur2 pokazują, w jaki sposób duże kryształy są przetwarzane w celu zbierania danych krystalograficznych neutronów w temperaturach otoczenia i kriogenicznych. Autorzy ci pokazują również, jak przeprowadzić udoskonalenie krystalograficzne modelu białkowego na podstawie samych danych neutronowych lub wspólne udoskonalenie na podstawie danych neutronowych i rentgenowskich.

Rozpraszanie neutronów pod małym kątem (SANS) to technika o niskiej rozdzielczości stosowana do uzyskiwania informacji strukturalnych z kompleksów biologicznych na poziomie molekularnym. SANS czasowo-rozdzielczy umożliwia śledzenie ewolucji strukturalnej kompleksów w czasie, gdy zmieniają się warunki. Kelley i wsp.3 opisują środowisko próbek SANS o zatrzymanym przepływie, które wspiera szybkie mieszanie próbek cieczy biologicznych, badając ich ewolucję strukturalną w skalach czasowych od sekund do minut.

Radiografia neutronowa i tomografia komputerowa pozwalają na określenie cech strukturalnych próbek biologicznych rzędu kilkudziesięciu mikrometrów. Technika ta nadaje się do strukturalnej charakterystyki materiału biologicznego na poziomie narządów. Bilheux i wsp.4 opisują zastosowanie radiografii neutronowej w fizjologii roślin i zastosowaniach biomedycznych. Autorzy opisują przygotowanie próby, strategię pozyskiwania danych i analizę danych.

Neutrony nie tylko określają, gdzie znajdują się atomy (struktury), ale także jak poruszają się atomy (dynamika). Neutronowe echo spinowe (NSE) to potężna technika badania dynamiki układów biologicznych w skali czasowej kilkudziesięciu nanosekund. Stingaciu5 opisuje zastosowanie NSE do badania dynamiki białka ludzkiego przeciwciała i białka wewnętrznie nieuporządkowanego. Przedstawiono każdy etap, od przygotowania próbki po gromadzenie i analizę danych oraz symulacje dynamiki wspomagane komputerowo. NSE może również badać dynamikę błon biologicznych, ponieważ Kumarage i wsp.6 demonstrują protokół pomiaru dynamiki modelowej błony lipidowej.

Rozpraszanie neutronów jest potężnym narzędziem do badania zależności struktura-dynamika-funkcja w materiale biologicznym. Najnowsze osiągnięcia w zakresie przygotowywania próbek, oprzyrządowania i analizy danych pozwalają na rozwiązywanie bardziej złożonych problemów biologicznych. Zbiory Metod dostarczają naukowcom technik, które dostarczają unikalnego wglądu w zachowanie systemów biologicznych.

Disclosures

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Acknowledgements

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Autorzy nie mają żadnych podziękowań.

References

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Vahdatahar, E., Junius, N., Budayova-Spano, M. Optimization of crystal growth for neutron macromolecular crystallography. Journal of Visualized Experiments. (169), e61685(2021).
  2. Schröder, G. C., Meilleur, F. Neutron crystallography data collection and processing for modelling hydrogen atoms in protein structures. Journal of Visualized Experiments. (166), e61903(2020).
  3. Kelley, E. G., Nguyen, M. H. L., Marquardt, D., Maranville, B. B., Murphy, R. P. Measuring the time-evolution of nanoscale materials with stopped-flow and small-angle neutron scattering. Journal of Visualized Experiments. (174), e62873(2021).
  4. Bilheux, H. Z., et al. Neutron radiography and computed tomography of biological systems at the Oak Ridge National Laboratory's high flux isotope reactor. Journal of Visualized Experiments. (171), e61688(2021).
  5. Stingaciu, L. -R. Study of protein dynamics via neutron spin echo spectroscopy. Journal of Visualized Experiments. (182), e61862(2022).
  6. Kumarage, T., Nguyen, J., Ashkar, R. Neutron spin echo spectroscopy as a unique probe for lipid membrane dynamics and membrane-protein interactions. Journal of Visualized Experiments. (171), e62396(2021).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Neutron ScatteringBiological SciencesCrystal GrowthNeutron Macromolecular CrystallographyNeutron CrystallographyHydrogen AtomsProtein StructuresNanoscale MaterialsStopped flowSmall angle Neutron ScatteringNeutron RadiographyComputed TomographyBiological SystemsProtein DynamicsNeutron Spin Echo SpectroscopyLipid Membrane Dynamics

Related Articles