$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Prawidłowe tworzenie wzorów i różnicowanie aparatów szparkowych roślin jest kluczowe dla ich funkcji w dwóch podstawowych procesach biologicznych, fotosyntezie i transpiracji, i jest egzekwowane przez szlaki sygnałowe peptydów EPF. U rzodkiewnika trzy wydzielane peptydy bogate w cysteinę, EPF1, EPF2 i STOMAGEN/EPFL9, kontrolują różne aspekty rozwoju aparatów szparkowych i są odbierane przez składniki receptorów na powierzchni komórki, w tym kinazy receptorowe z rodziny ERECTA (ER, ERL1 i ERL2), SERK i TMM1,2,3,4,5,6,7,8,9,10. To rozpoznanie prowadzi następnie do obniżenia poziomu czynników transkrypcyjnych, które promują różnicowanie aparatów szparkowych przez proces zależny od MAPK11. Odkrycie tych podstawowych genów aparatów szparkowych osiąga się przede wszystkim dzięki fenotypowym badaniom przesiewowym mutantów wykazujących defekty naskórka. W artykule przedstawiono stosunkowo proste i skuteczne metody fenotypowania do wizualizacji aparatów szparkowych i innych komórek naskórka, które są niezbędne do identyfikacji i scharakteryzowania potencjalnych genów kontrolujących wzorzec i różnicowanie aparatów szparkowych.
Obserwacja szczegółów naskórka roślinnego zazwyczaj odbywa się za pomocą peelingów naskórka z lub bez barwienia barwnikiem, takim jak błękit toluidynowy O (TBO) lub safranina12,13,14. Jednak głównym wyzwaniem tych metod jest to, że wymagają specjalistycznego szkolenia, aby obrać naskórek liścia bez rozdzierania tkanek oraz uważnie obserwować i analizować dane dotyczące wzorów, unikając jednocześnie obrazów wykonanych z różnych części liścia. Zabiegi chemiczne mające na celu oczyszczenie próbek tkanek za pomocą odczynników, takich jak roztwory czyszczące na bazie hydratu chloralu, są również szeroko stosowane w przypadku różnych materiałów biologicznych8,15; Zabiegi te generują wiele informacji fenotypowych, dostarczając wysokiej jakości obrazów, ale wymagają również użycia niebezpiecznych chemikaliów (np. formaldehydu, hydratu chloralu). W artykule przedstawiono po raz pierwszy stosunkowo łatwą i wygodną metodę fenotypowania, która daje obrazy wystarczające do analizy ilościowej, ale nie wymaga użycia niebezpiecznych substancji chemicznych i skórek liści naskórka do przygotowania próbki. Naskórek liścienia barwiony TBO jest również idealny do badania rozwoju aparatów szparkowych, ponieważ brak trichomów i mniejszy gradient rozwojowy w liścieniach pozwalają na prostą i łatwą interpretację fenotypów naskórka.
Szparkowe peptydy EPF należą do grupy specyficznych dla roślin, bogatych w cysteinę peptydów, które mają stosunkowo duże dojrzałe rozmiary i wewnątrzcząsteczkowe wiązania dwusiarczkowe między konserwatywnymi resztami cysteiny. Prawidłowe fałdowanie konformacyjne ma kluczowe znaczenie dla ich funkcji biologicznej, ale peptydy bogate w cysteinę, które są wytwarzane w wyniku syntezy chemicznej lub heterologicznego systemu rekombinacji, mogą być nieaktywne i są mieszaniną zarówno prawidłowo złożonych, jak i rozłożonych peptydów3,7,16. W związku z tym badania przesiewowe bioaktywnych peptydów, które odgrywają rolę w kontrolowaniu rozwoju aparatów szparkowych, były bardzo trudnym zadaniem. Manuskrypt ten dodatkowo opisuje test biologiczny w celu lepszej identyfikacji i charakterystyki bioaktywnych peptydów szparkowych. W tej metodzie sadzonki Arabidopsis są hodowane na wielodołkowej płytce zawierającej pożywkę z potencjalnymi peptydami i bez nich przez 6-7 dni. Następnie naskórek liścienia jest obrazowany za pomocą mikroskopu konfokalnego. Ogólnie rzecz biorąc, aby wyraźnie zobrazować aktywność biologiczną potencjalnych peptydów w rozwoju aparatów szparkowych, genotypy, które wytwarzają więcej i/lub mniej komórek linii szparkowej, takie jak mutant epf2, który wytwarza więcej komórek naskórka, oraz linia STOMAGEN-ami, która nadaje zmniejszoną gęstość komórek naskórka2,4,5, są używane jako dodatek do Arabidopsis typu dzikiego kontroli (Col-0) dla testów biologicznych.
Ogólnie rzecz biorąc, dwa przedstawione tutaj protokoły mogą być używane do szybkiej i efektywnej oceny różnych fenotypów naskórka oraz do badania przesiewowego małych peptydów i hormonów, które odgrywają rolę w kontrolowaniu i rozwoju aparatów szparkowych.