Procedura
Powlekanie szkiełek fibronektyną
Przed montażem urządzenia mikroprzepływowego należy zsterylizować i pokryć szkiełka przedmiotowe fibronektyną. Powlekanie szkiełek powinno odbywać się w komorze z laminarnym przepływem powietrza w celu zachowania sterylności. Wzdłuż krawędzi szkiełka należy ułożyć sterylny dystans z PDMS i zaznaczyć markerem permanentnym stronę skierowaną ku górze. Do wnętrza dystansu z PDMS, na całą powierzchnię szkiełka przedmiotowego, należy nanieść pipetą 1 ml roztworu fibronektyny (Sigma) o stężeniu 5 μg/ml. Pozostawić szkiełka w spokoju na godzinę, a następnie całkowicie osuszyć za pomocą pistoletu z N2. Szkiełka można przechowywać w temperaturze 4oC do późniejszych eksperymentów.
Montaż urządzenia
Cały protokół montażu urządzenia jest przeprowadzany w komorze z laminarnym przepływem powietrza w warunkach sterylnych, zgodnie z poniższymi procedurami:
- Oczyścić matrycę krzemową z wytłoczonymi mikrokanałami, przecierając ją 70% etanolem i susząc pistoletem z N2. Za pomocą pęsety umieścić sterylny ogranicznik z PDMS o wysokości 1 mm wokół elementów wypukłych matrycy.
- Przygotować żel agarozowy stosowany w urządzeniu, odważając 0,3 g proszku agarozy (Fisher Scientific) i 10 ml pożywki niezależnej od CO2 (Invitrogen) w zlewce o pojemności 50 ml. Wymieszać zawiesinę szpatułką i podgrzać w kuchence mikrofalowej przez 20 sekund na ustawieniu HIGH. Jeśli obecne są nierozpuszczone granulki, podgrzewać mieszaninę przez kolejne 10 sekund i zamieszać gorącą ciecz, aby pozbyć się ostatnich pozostałości granulek. Powtórzyć ten proces z czasem grzania 8 sekund, a następnie 5 sekund.
- Szybko wlać roztwór agarozy na matrycę krzemową otoczoną ogranicznikiem z PDMS i natychmiast przykryć mieszaninę agarozy sterylnym szkiełkiem podstawowym. Wywierać stały, delikatny nacisk na szkiełko przez około 2 minuty, aby zapewnić żelowanie agarozy do tej samej stałej wysokości 1 mm, co wysokość ogranicznika z PDMS.
- Po zgęlowaniu agarozy oddzielić uformowany żel agarozowy wraz z ogranicznikiem z PDMS od matrycy krzemowej i przenieść go na szkiełko podstawowe pokryte fibronektyną, tak aby mikrokanały w żelu agarozowym były skierowane w stronę szkiełka. Użyć końcówki strzykawki o rozmiarze 16 G do wykonania otworów w obszarach zbiorników mikrokanałów w celu uzyskania dostępu do wlotów i wylotów. Dodać 500 μl pożywki niezależnej od CO2 do uformowanego żelu agarozowego na szkiełku, aby zapobiec wysychaniu mikrokanałów.
- Umyć akrylowy kolektor stosowany w urządzeniu 70% etanolem i wypłukać wodą DI. Dopasować otwory w kolektorze do otworów wykonanych w żelu agarozowym z mikrokanałami. Następnie dopasować kolektor, ogranicznik z PDMS i szkiełko z fibronektyną do metalowej ramy urządzenia. Włożyć śruby do urządzenia i dokręcić śrubokrętem do momentu wystąpienia oporu. Przeciwdziała to zbyt mocnemu dokręceniu urządzenia, co mogłoby doprowadzić do odkształcenia mikrokanałów w agarozie. Śruby dokręcać zgodnie z ruchem wskazówek zegara, aby żel wewnątrz urządzenia nie przesunął się. Przetestować urządzenie pod kątem nieszczelności i zatorów w mikrokanałach za pomocą strzykawki 1 ml. Strzykawka jest wyposażona w dren Tygon z końcówką pipety do ładowania żelu na końcu drenu, aby wstrzyknąć pożywkę niezależną od CO2 do mikrokanałów. Mikrokanał uznaje się za prawidłowo uformowany, gdy po wstrzyknięciu pożywki do odpowiedniego wlotu pożywka wypływa wyłącznie z wylotu mikrokanału. Urządzenie jest teraz gotowe do użycia.
Przygotowanie i wysiewanie komórek do urządzenia
Gdy komórki osiągną 70% konfluencji (gęstość komórek około 100,000 cells/ml), są gotowe do wysiania do urządzenia.
Komórki przemyć dwukrotnie DPBS (Invitrogen). W celu ododerwania komórek dodać 200 μl trypsyny-EDTA (Invitrogen). Komórki przenieść do probówki wirówkowej o pojemności 15 ml zawierającej 5 ml pożywki M2 z surowicą w celu inaktywacji trypsyny. Pożywkę wzrostową z komórkami wirować z prędkością 1000 RPM przez 5 minut. Odessać nadsącz i resuspender osad komórkowy w 5 ml DPBS. Komórki w DPBS ponownie wirować w tych samych warunkach. Ponownie odessać nadsącz i resuspender osad komórkowy w 500 μl pożywki niezależnej od CO2.
Przenieś otrzymaną zawiesinę komórek do środkowego mikrokanału urządzenia za pomocą przepływu grawitacyjnego. Do wlotu i wylotu środkowego mikrokanału dodaj odpowiednio 60 μl zawiesiny komórkowej oraz 20 μl pożywki niezależnej od CO2. Obserwuj środkowy mikrokanał pod mikroskopem w świetle przechodzącym, aby sprawdzić adhezję komórek. Komórki zazwyczaj przylegają po 10 minutach. Po osiągnięciu przez komórki odpowiedniej gęstości adhezji do dna kanału, odpipetuj pozostałą zawiesinę komórkową z wlotu oraz pożywkę z wylotu. Do wlotu i wylotu kanału środkowego wprowadź po 60 μl pożywki niezależnej od CO2. Na wlocie i wylocie kanału środkowego umieść przykrywki z PDMS, aby zminimalizować parowanie pożywki z kanału środkowego.
Obrazowanie komórek w urządzeniu
Przed montażem urządzenia przeciągnij sterylną dętkę pompy perystaltycznej przez stację pogodową mikroskopu (Olympus X81) i podłącz ją do pompy perystaltycznej (Watson-Marlow 205U/CA). Przepłucz dętkę roztworem PBS z prędkością 4 RPM. Po zmontowaniu urządzenia przygotuj odpowiednie stężenia roztworów epidermal growth factor (EGF) (Sigma) w pożywce niezależnej od CO2 w probówkach wirówkowych o pojemności 15 ml. Rozwiruj roztwory EGF w vorteksie przez 5 sekund i podłącz je do dętek. Podłącz dętki oznaczone odpowiednimi stężeniami EGF do urządzenia. Dyfuzja EGF przez grzbiet kanału i ustanowienie stabilnego gradientu chemicznego zajmuje około godziny.
Oprogramowanie do obrazowania Slidebook jest wykorzystywane do wykonywania serii zdjęć co 10 minut przez około 5 godzin w trakcie jednego przebiegu eksperymentalnego. Zautomatyzowany stolik x-y jest zaprogramowany tak, aby w danym punkcie czasowym obrazować dwa podobszary (każdy o powierzchni 400μm x400μm) tego samego kanału centralnego, przy czym obrazowanych jest łącznie trzy kanały centralne. Komórki w różnych kanałach centralnych (zazwyczaj 3 w jednym przebiegu) są poddawane działaniu różnych stężeń EGF, zgodnie z oznaczeniami na przewodach.
Materiały i sprzęt
Linie komórkowe: Komórki C17.2 to NSC pochodzące z zewnętrznej warstwy ziarnistej pozarodowego móżdżku myszy 6, 7. Wykorzystując tę linię komórkową, opracowaliśmy dwie inne mysie linie komórek macierzystych za pomocą metody transfekcji retrowirusowej. Te dwie stabilnie transfektowane linie komórkowe to (1) wtEGFR – nadwyrażająca ludzki EGFR typu dzikiego oraz (2) ΔEGFR – będąca konstytutywnie aktywnym mutantem EGFR. W celu ułatwienia detekcji retrowirusy przenoszą szkielet z genem zainteresowania, po którym następuje wewnętrzna sekwencja wiązania rybosomów (IRES) oraz zielone białko fluorescencyjne (GFP).
Hodowla komórkowa: Mysie komórki NSCs C17.2 oraz ich warianty hodowano w płytce 6-dołkowej w pożywce M2 (DMEM (Invitrogen) z dodatkiem 10% płodowej surowicy bydlęcej (FBS) (Invitrogen), 5% surowicy końskiej (HS) (Invitrogen) oraz 1% penicyliny/streptomycyny (Invitrogen).) Komórki utrzymywano w temperaturze 37oC w atmosferze 80% powietrza i 5% CO2.
Urządzenie mikrofluidyczne: plastikowy kolektor, przekładka z PDMS oraz stalowa ramka do stabilizacji urządzenia.
Obrazowanie
Stosuje się odwrócony mikroskop fluorescencyjny (Olympus IX-81) wraz z wzmocnioną kamerą CCD (Orca, Hamamatsu). Urządzenie mikroprzepływowe jest zamontowane na zautomatyzowanym stoliku x-y-z, a stolik znajduje się w komorze inkubacyjnej utrzymującej temperaturę 37oC. Zazwyczaj na jednym chipie znajduje się 3-4 urządzenia, które są filmowane w tym samym punkcie czasowym przy użyciu zautomatyzowanego stolika x-y-z.
Utrzymywanie przepływu
Do utrzymania przepływów we wszystkich kanałach odpływowych i dopływowych wykorzystuje się automatyczną pompę perystaltyczną z 8 równoległymi liniami (Watson-Marlow 205U/CA).

Rys. 1 Mobilność trzech szczepów NSC (rodzicielskiego, wtEGFR oraz DEGFR) w różnych stężeniach EGF Wszystkie trajektorie zostały uzyskane poprzez śledzenie filmu z 5 godzin (z wyjątkiem wtEGF 100ng/ml, 4 godziny), a początki wszystkich ścieżek zostały przesunięte do punktu (0,0) w celu porównania.

Rys. 2 Korelacja poziomu ekspresji EGFR i motywności (a) dwa obrazy NSC wtEGF na powierzchni kanału mikrofluidycznego z 100ng/ml EGF. Obraz po lewej to obraz fluorescencyjny, a po prawej obraz w prześwietlonym polu jasnym. Pasek skali wynosi 100µm, a szerokość kanału to 400 µm. Komórki zostały podzielone na dwie populacje na podstawie jasności ekspresji GFP. Komórki w niebieskich okręgach są ciemniejsze, co oznacza niższy poziom ekspresji EGFR; natomiast komórki w czerwonych okręgach są jaśniejsze, co wskazuje na wyższy poziom ekspresji EGFR. (b) Trajektorie komórek o niskim i wysokim poziomie ekspresji EGFR. Trajektorie te zostały pobrane z czterogodzinnego filmu.