Dostarczamy wyczerpujący opis wewnętrznej metody retrospektywnego bramkowania serca CrumpCAT, prototypu tomografu komputerowego (CT) dla małych zwierząt, zaprojektowanego i zbudowanego w naszej instytucji badawczej.
Artykuł metodologiczny
Dostarczamy wyczerpujący opis wewnętrznej metody retrospektywnego bramkowania serca CrumpCAT, prototypu tomografu komputerowego (CT) dla małych zwierząt, zaprojektowanego i zbudowanego w naszej instytucji badawczej.
CrumpCAT to prototyp tomografu komputerowego (CT) dla małych zwierząt, opracowany w naszej instytucji badawczej. Detektor CMOS o maksymalnej częstotliwości odświeżania 29 Hz i podobne wolframowe źródła promieniowania rentgenowskiego o energiach od 50 kVp do 80 kVp są szeroko stosowane w dostępnych na rynku przedklinicznych instrumentach rentgenowskich CT. To sprawia, że opisana praca jest bardzo istotna dla innych instytucji, pomimo ogólnie postrzeganej mądrości, że detektory te nie nadają się do bramkowania wysokiego tętna myszy (~600 uderzeń / min). Skaner umożliwia obrazowanie w średniej (200 μm) i wysokiej rozdzielczości (125 μm), fluoroskopię, retrospektywne bramkowanie oddechowe i retrospektywne bramkowanie serca, z iteraacyjną lub wsteczną rekonstrukcją obrazu z projekcją wsteczną. Wśród tych cech bramkowanie serca jest najbardziej przydatną funkcją do badania funkcji serca in vivo, ponieważ skutecznie eliminuje rozmycie obrazu spowodowane ruchem oddechowym i sercowym.
Tutaj opisujemy naszą metodę przedklinicznego wewnętrznego retrospektywnego obrazowania CT z bramką serca, mającą na celu postęp w badaniach nad funkcją serca in vivo i analizą struktury. Metoda bramkowania serca polega na uzyskaniu dużej liczby projekcji w najkrótszym praktycznym czasie ekspozycji (~20 ms), a następnie retrospektywnie wyodrębnia sygnały oddechowe i sercowe ze zmian czasowych w surowych sekwencjach projekcji. Sygnały te są wykorzystywane do odrzucania projekcji należących do fazy wdechu o dużej szybkości ruchu cyklu oddechowego i do dzielenia pozostałych projekcji na 12 grup, z których każda odpowiada jednej fazie cyklu oddechowego. Każda grupa jest rekonstruowana niezależnie przy użyciu metody iteracyjnej w celu wytworzenia obrazu wolumetrycznego dla każdej fazy serca, w wyniku czego powstaje czterowymiarowy (4D) zestaw danych.
Te obrazy faz mogą być analizowane zarówno zbiorczo, jak i indywidualnie, co pozwala na szczegółową ocenę funkcji serca. Wykazaliśmy skuteczność obu podejść do funkcji bramkowania serca prototypowego skanera poprzez reprezentatywne wyniki obrazowania in vivo.
Badania na małych zwierzętach często wykorzystują kombinację nieinwazyjnych metod obrazowania, z rentgenowską tomografią komputerową (CT), która jest głównym wyborem ze względu na jej dojrzałość, opłacalność, szybkość1,2, oraz zdolność do dostarczania informacji uzupełniających wraz z innymi modalnościami, takimi jak pozytonowa tomografia emisyjna (PET)2,3 oraz tomografia komputerowa emisji pojedynczych fotonów (SPECT)2,4. Jednak, podobnie jak inne techniki obrazowania, tomografia komputerowa jest podatna na fizjologiczne artefakty ruchowe spowodowane biciem serca lub oddychaniem, które wprowadzają rozmycie i ograniczają dokładność badań.
Aby rozwiązać ten problem, rozmycie ruchu oddechowego i sercowego można złagodzić za pomocą techniki znanej jako bramkowanie5,6,7,8, gdzie akwizycja danych jest synchronizowana z określonymi fazami cyklu sercowego lub oddechowego (lub bramkami). Jedno z podejść do osiągnięcia tego celu, znane jako bramkowanie prospektywne3,6, polega na dołączeniu czujników do zwierzęcia, aby dostarczyć sygnały bramkowania w czasie rzeczywistym do kompatybilnego skanera. Chociaż metoda ta jest skuteczna, jest pracochłonna i czasochłonna, szczególnie w przypadku mocowania czujników do klatki piersiowej i łap małych zwierząt, takich jak myszy, co ogranicza skalę badań. Alternatywnie, wewnętrzne bramkowanie retrospektywne 7,9,10,11 polega na pozyskiwaniu danych szeregów czasowych bez użycia czujników, ale poprzez identyfikowanie cech danych, które umożliwiają retrospektywne sortowanie wyników na podstawie ich fazy w cyklu sercowym lub oddechowym. Takie podejście oferuje wyniki porównywalne z bramkowaniem prospektywnym, ale bez konieczności stosowania dodatkowego sprzętu lub wysiłku związanego z mocowaniem czujnika impulsowego, a zatem znacznie upraszcza protokoły eksperymentalne.
W naszej metodzie przedklinicznego obrazowania tomografii komputerowej serca wykorzystujemy wewnętrzne bramkowanie retrospektywne do wyodrębniania cykli oddechowych i sercowych ze zmian amplitudy w obszarach projekcji rentgenowskich, które wykazują najbardziej znaczące zmiany między kolejnymi klatkami. Aby ułatwić ten proces, szablon klatki piersiowej myszy jest rejestrowany w pierwszej projekcji tylnej przedniej za pomocą Mutual Information12. Po umieszczeniu szablonu intensywność pikseli w okienku w pobliżu przepony jest sumowana w celu wygenerowania zastępczego sygnału oddechowego, podczas gdy te w pobliżu mięśnia sercowego są sumowane w celu uzyskania zastępczego sygnału sercowego. Sygnały te są następnie filtrowane pasmowo-przepustowo w dziedzinie czasu, a każdej klatce w zestawie danych przypisywany jest ułamkowy numer fazy (od 0 do 1) w oparciu o fazę oddechową i sercową. Pozwala to na wybór lub odrzucenie projekcji zgodnie z ich wartościami fazowymi. Zazwyczaj klatki odpowiadające fazie końca wydechu cyklu oddechowego (0,15 ≤ faza < 0,85) są zachowywane, podczas gdy te z fazy wdechu, w której ruch jest najbardziej wyraźny, są odrzucane. Pozostałe klatki są pogrupowane w 12 faz serca, z których każda reprezentuje 1/12 (0,083) cyklu pracy serca i są rekonstruowane w obrazy 3D przy użyciu metody iteracyjnej (Ordered Subset Expectation Maximization [OSEM])13,14. Cały proces jest podsumowany w Rysunek 1.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Protokoły doświadczeń na zwierzętach zostały przeanalizowane i zatwierdzone przez Instytucjonalny Komitet ds. Opieki i Wykorzystania Zwierząt (Institutional Animal Care and Use Committee) Uniwersytetu Kalifornijskiego w Los Angeles (UCLA). W niniejszym protokole wykorzystano myszy C57BL/6J (8-tygodniowe, samce, 24-26 g). Skaner CT użyty w tym badaniu to CrumpCAT (Rysunek 2), prototyp opracowany w naszej instytucji badawczej na potrzeby badań przedklinicznych, który zapewnia kontrolę i elastyczność niezbędną do optymalizacji protokołów akwizycji i rekonstrukcji obrazu. Metoda zakłada, że znieczulone myszy będą miały częstotliwość pracy serca nieprzekraczającą 600 beats/min oraz częstotliwość oddychania w przedziale od 20 do 180 breaths/min15.
1. Ustawienia sprzętu
2. Przygotowanie zwierząt
3. Pozyskiwanie danych
4. Przetwarzanie wstępne danych
UWAGA: Kroki przetwarzania wstępnego są wymagane wyłącznie w przypadku akwizycji bramkowanych. Wszystkie te etapy są wykonywane automatycznie przez oprogramowanie do rekonstrukcji i nie wymagają interwencji operatora.
5. Rekonstrukcja obrazu
6. Ocena obrazu i ilościowe określenie objętości lewej komory (LV)
,Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
W pierwszej kolejności porównano obrazy CT z synchronizacją i bez niej w celu wizualizacji zwapnień serca u myszy (samce, 30-32 g). Mysi model zwapnienia serca stworzono poprzez wywołanie uszkodzenia serca za pomocą szybkiego zamrażania i rozmrażania tkanki serca (uraz kriogeniczny), zgodnie z wcześniejszym opisem23. W przypadku protokołów obrazowania CT bez synchronizacji, zwapnienia serca były wyraźniej widoczne na obrazach o wysokiej rozdzielczości (125 µm, binning 1) (Ryci...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Opisana tutaj konkretna implementacja sprzętowa to wykonany na zamówienie system tomografii komputerowej rentgenowskiej, unikalny dla naszego instytutu, ale specyficzny detektor jest szeroko stosowany w dostępnych na rynku przedklinicznych instrumentach tomografii komputerowej rentgenowskiej, co sprawia, że opisana praca jest istotna dla innych instytucji. System ten jest funkcjonalnie prototypem dwóch komercyjnie dostępnych i szeroko stosowanych podsystemów mikrotomografii rentgenowskiej in vivo wbudowanych
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Dr Richard Taschereau jest konsultantem w Sofie Biosciences i Xodus Imaging. Dr Arion F. Chatziioannou jest założycielem Sofie Biosciences.
Dziękujemy wszystkim członkom UCLA Crump Preclinical Imaging Technology Center za pomoc i wsparcie. W szczególności dziękujemy Mikayli Tamboline i Isabel Day za przygotowanie zwierząt do obrazowania TK serca oraz dziękujemy Sophie Shumilov za wygenerowanie niektórych ROI lewej komory podczas badania. Dziękujemy również doktorom Arjunowi Debowi i Yijie Wangowi (UCLA) za dostarczenie mysich modeli ostrego niedokrwiennego uszkodzenia serca do obrazowania mikrotomografii komputerowej zwapnienia serca. Praca ta jest wspierana przez NIH Cancer Center Support Grant (2 P30 CA016042-44).
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Myszy C57BL/6J | Jackson Laboratory | 664 | Mężczyzna, 8 tygodni, 24-26 g |
| Aparat Dexela | Detektor Varex | 1512 | , ekspozycja 20 ms, 74,8/149,6 i mikro; m pixel |
| VivoVist | Nanosondy | 1301-5X0,25ML | CT Środek kontrastowy |
| Źródło promieniowania rentgenowskiego | Moxtek | TUB00082 | szczyt 50 kV, 200 i mikro; A, filtr Al o grubości 1,0 mm |
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE
Poproś o pozwolenie