Generacja rd29A: wektor wyrażenia DREB1A (rysunek 1)
Pełnowymiarowa otwarta ramka odczytu DREB1A (ORF, 651 pz) amplifikowano z cDNA Arabidopsis thaliana L. przy użyciu starterów specyficznych dla genów zawierających miejsca restrykcyjne BamHI i EcoRI: forward 5/-GGC GGATCCATGAACTCATTTTCTGCT-3/ i reverse 5/-GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3/. Podobnie, promotor rd29A (499 pz) amplifikowano z genomowego DNA Arabidopsis przy użyciu starterów zawierających miejsca KpnI i BamHI: forward 5/-GCGGGTACCCCTATTAGAACGATTAAGGAG-3/ i reverse 5/-GGCGGATCCGGTGGTTCCTCTGTTTGATCC-3/. Reakcje PCR przeprowadzono w objętości 25 μL zawierającej 2,5 μL 10x buforu PCR, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM każdego dNTP, 0,4 μM każdego startera, 1 U polimerazy Taq DNA i 1 μL matrycy DNA (około 100 ng dla genomowego DNA lub 50 ng dla cDNA), z wodą wolną od nukleaz dodaną do końcowej objętości. Warunki amplifikacji zarówno dla fragmentów promotora DREB1A, jak i rd29A były następujące: początkowa denaturacja w temperaturze 95 °C przez 3 minuty; 35 cykli denaturacji w temperaturze 95 °C przez 30 s, wyżarzania w temperaturze 58 °C przez 30 s i przedłużania w temperaturze 72 °C przez 1 minutę; następnie końcowe przedłużenie w temperaturze 72 °C przez 7 min. Wzmocnione produkty zostały rozwiązane na 0,7% żelu agarozowym i oczyszczone żelem za pomocą zestawu do ekstrakcji żelu zgodnie z protokołem producenta.
Amplifikowane produkty PCR promotora DREB1A i rd29A sklonowano do wektora klonującego, pTZ57R/T, przy użyciu klonowania TA, a produkty poddano sekwencjonowaniu Sangera w celu potwierdzenia. Sekwencja DREB1A (nr akcesyjny. AM992886) został przesłany do GenBank (promotor rd29A został wstawiony do miejsc KpnI i BamHI, a sekwencja kodująca DREB1A została wstawiona dalej do lokalizacji BamHI i EcoRI, zastępując w ten sposób oryginalny promotor 2x35S i umieszczając DREB1A pod kontrolą rd29A. Końcowa kaseta (rd29A::DREB1A::CamV) została wycięta przy użyciu KpnIi EcoRV i sklonowana do regionu T-DNA wektora binarnego pGA482 w celu wygenerowania konstruktu używanego do transformacji roślin (Rysunek 1). Po wstępnym sekwencjonowaniu metodą Sangera w celu walidacji sklonowanych produktów nie przeprowadzono dalszej weryfikacji sekwencjonowania.
Analiza sekwencji genów
Korzystając z referencyjnego narzędzia bioinformatycznego, przeprowadzono analizę filogenetyczną sekwencji białek AtDREB1A i DREB1 z 13 różnych gatunków roślin dwuliściennych i jednoliściennych i porównano je metodą łączenia sąsiadów. Sekwencje aminokwasów pobrano z Phytozome (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) i GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Analizę wyrównania wielu sekwencji przeprowadzono za pomocą programu online Clustal Omega. Po uzyskaniu niezbędnych sekwencji z Phytozome i GenBank nie jest już konieczne pobieranie sekwencji.
Przygotowanie eksplantatów i pistoletu do indukcji kalusa20,34
Odmiana trzciny cukrowej została wyhodowana na polu doświadczalnym w NIBGE w Fajsalabadzie. Po 6 miesiącach górna część zdrowej trzciny została wycięta w celu odzyskania obszaru wierzchołkowego, który został przycięty do końcowego pąka. W sterylnych warunkach zwoje liściowe zostały obrane na cylindryczne segmenty o średnicy ~5 mm i wysterylizowane powierzchniowo 70% etanolem. Z obszaru bezpośrednio nad merystemem wierzchołkowym przygotowano około 10-15 dysków wierzchołkowych (o wielkości ~3 mm) na jedną łodygę. Krążki hodowano na pożywce do indukcji kalusa (CIM), jak opisano wcześniej 1,20,34. Po 4-6 tygodniach powstałe w ten sposób embriogenne Calli poddano subhodowli na świeżym CIM w celu dalszej proliferacji. UWAGA: Użycie 70% etanolu do dezynfekcji powierzchni uznano za wystarczające i nie były wymagane żadne dodatkowe etapy sterylizacji.
Transformacja genetyczna rd29A: DREB1A w trzcinie cukrowej za pomocą Gene Gun20,34
Namnażający się kalus embriogenny został umieszczony w środku płytki Petriego zawierającej CIM. Po 3 dniach kali zostały zbombardowane pokrytym złotem, wyrażalnym dla roślin wektorem binarnym, pGA482, zawierającym rd29A: DREB1A, przy użyciu pistoletu PDS-1000/He Biolistic opisanego szczegółowo34. Po bombardowaniu, małe porcje kalii hodowano na CIM przez 3 dni i umieszczano w ciemności w temperaturze 26 ± 2 oC. Następnie kalusy hodowano na pożywce selekcyjnej kalusa (CSM) zawierającej 60 mg/l genetycyny, subkulturowano na CSM co 10 dni i umieszczano w ciemności w temperaturze 26 ± 2 oC.
Po 30 dniach zdrowe kalie hodowano na pożywce selekcyjnej do regeneracji (RSM) zawierającej 60 mg/l antybiotyku, aby uzyskać pędy. Płytki umieszczono w pomieszczeniu do wzrostu na 4 tygodnie w kontrolowanej temperaturze (26 ± 2 °C), 16 godzinach/8 godzinach światła światło/ciemność, natężeniu światła 500 μmol m-2 s-1 i kontrolowanej wilgotności35. Zregenerowane pędy zdrowotne wyhodowano na pożywce selekcyjnej ukorzeniającej (RtSM) zawierającej antybiotyk 60 mg/L w szklanych słoikach i umieszczono w pomieszczeniu do wzrostu w wyżej wymienionych warunkach. Po 4-6 tygodniach przypuszczalne transformanty przeniesiono do małych plastikowych doniczek zawierających wysterylizowaną piaszczystą glebę i umieszczono w pomieszczeniu do wzrostu w wyżej wymienionych warunkach. Nie jest już wymagane podhodowla na pożywce selekcyjnej kalusa (CSM) dłużej niż 10 dni.
Molekularne potwierdzenie transgenicznych roślin trzciny cukrowej
Jak opisano wcześniej, genomowe DNA wyizolowano z młodych liści przypuszczalnych transgenicznych sadzonek trzciny cukrowej przy użyciu metody ekstrakcji CTAB36. Jakość i stężenie DNA oceniano za pomocą spektrofotometru NanoDrop i elektroforezy w żelu agarozowym. Amplifikację PCR selekcyjnego genu markerowego nptII (750 pz) i transgenu DREB1A (651 pz) przeprowadzono przy użyciu starterów specyficznych dla genu wymienionych w tabeli 1. Każda 25 μl reakcji PCR zawierała 1x bufor PCR, 2,5 mM MgCl₂, 0,2 mM dNTP każdy, 0,4 μM każdego startera, 1 U polimerazy Taq DNA, ~100 ng genomowego DNA i wodę dejonizowaną do objętości. Reakcje prowadzono w termocyklerze w następujących warunkach: wstępna denaturacja w temperaturze 95 °C przez 3 minuty; 35 cykli w temperaturze 94 °C przez 30 s, 58 °C przez 30 s, 72 °C przez 45 s; następnie końcowe przedłużenie w temperaturze 72 °C przez 5 minut. Produkty PCR rozpuszczono na 1% żelu agarozowym i zwizualizowano w świetle UV w celu potwierdzenia amplifikacji. Sadzonki transgeniczne z dodatnim wynikiem PCR (T 0) przeniesiono następnie do dużych glinianych doniczek i utwardzono w kontrolowanym środowisku szklarniowym aż do osiągnięcia dojrzałości. Po osiągnięciu dojrzałości segmenty trzciny z pięciu losowo wybranych zdarzeń T₁ potwierdzonych przez PCR posadzono i rozmnażano na mikropoletkach przez 12 miesięcy, aby wygenerować wystarczającą ilość zestawów klonalnych do eksperymentu ze stresem suszy. UWAGA: Po potwierdzeniu genów nptII i DREB1A nie wykonywano dodatkowych amplifikacji PCR.
Badanie ekspresji DREB1A
Względną ekspresję DREB1A w zestresowanych liściach transgenicznych i nietransgenicznych roślin trzciny cukrowej określono ilościowo za pomocą PCR w czasie rzeczywistym (qPCR). Całkowite RNA wyizolowano z ~100 mg tkanki liścia za pomocą odczynnika ekstrakcyjnego zgodnie z protokołem producenta. Jakość RNA zweryfikowano za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym i oznaczono ilościowo za pomocą spektrofotometru. Dla każdej próbki 2 μg RNA poddano odwrotnej transkrypcji przy użyciu zestawu do syntezy cDNA zgodnie z instrukcjami dostawcy, ze starterami oligo(dT).
Otrzymany cDNA wykorzystano jako matrycę do amplifikacji 188 pz DREB1A przy użyciu starterów specyficznych dla genu: forward 5'-ACAGAGTTCGTCGGAGA-3' i reverse 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGGAGTCAG-3'. Każda 25 μL reakcji qPCR zawierała 12,5 μL 2x SYBR Green qPCR Master Mix, 0,4 μM każdego startera, 2 μL rozcieńczonego cDNA (~100 ng matrycy) i wodę wolną od nukleaz, aby doprowadzić objętość do 25 μL. Reakcje przeprowadzono w trzech egzemplarzach na termocyklerze przy użyciu następującego programu: początkowa denaturacja w temperaturze 95 °C przez 5 minut, następnie 40 cykli w temperaturze 95 °C przez 30 s, 56 °C przez 30 s i 72 °C przez 30 s, z końcowym przedłużeniem w temperaturze 72 °C przez 10 minut.
Aby potwierdzić skuteczność i liniowość reakcji qPCR, początkowo wygenerowano krzywą wzorcową przy użyciu 10-krotnych seryjnych rozcieńczeń plazmidowego DNA zawierającego sklonowany fragment DREB1A . Jednak w przypadku analizy ekspresji względną kwantyfikację przeprowadzono przy użyciu metody 2−ΔΔCt 37. Gen aktyny służył jako endogenne odniesienie, a poziom ekspresji DREB1A w każdej linii transgenicznej został znormalizowany do poziomu kontroli typu dzikiego. Wszystkie wartości Ct zostały zebrane przy użyciu automatycznych ustawień linii bazowej i progowej zalecanych przez oprogramowanie urządzenia. Zaakceptowano jedynie krzywe topnienia z pojedynczymi, ostrymi pikami, potwierdzającymi specyficzność. Wysokiej jakości, niezdegradowane RNA było niezbędne do dokładnej kwantyfikacji. Nieczyste lub zdegradowane próbki RNA zostały wykluczone, aby uniknąć pogorszenia wiarygodności syntezy cDNA i dalszej analizy ekspresji genów.
Badanie zmian w trzcinie cukrowej za pośrednictwem DREB1A: eksperyment stresu wodnego20,34
Po 1 roku wysiano trzy powtórzenia pięciu segmentów trzciny (dwa węzły/segment) roślin transgenicznych i nietransgenicznych (typu dzikiego) na głębokości 5 cm w glinianych doniczkach zawierających 18 kg gleby (ECe 1,34; SAR 2.72; pH 7,8). Zastosowano trzy reżimy stresu wodnego: 100, 80 i 60% FC (tabela 2). Aktywność fotosyntetyczną trzciny cukrowej (P, N, E i gs) oraz stosunki wodne roślin (Ψw, Ψs i RWC) badano po 12 miesiącach. Nie zmieniaj ustalonych reżimów wodnych, ponieważ wpłynie to na konsystencję zabiegów.
Oznaczanie aktywności fotosyntetycznej
Po 180 dniach stresu wodnego, parametry wymiany gazowej - szybkość fotosyntezy (PN), szybkość transpiracji (E) i przewodnictwo szparkowe (g s) - zostały zmierzone zarówno w roślinach trzciny cukrowej transgenicznej, jak i dzikich przy użyciu przenośnego ręcznego systemu fotosyntezy. Pomiary wykonano między godziną 09:00 a 11:00 przy użyciu trzeciego, w pełni rozwiniętego liścia z wierzchołka każdej rośliny. Wybrane skrzydło zostało delikatnie włożone do wbudowanej przezroczystej komory skrzydła (obszar zacisku 3cm2), zapewniając pełny kontakt bez zagnieceń i przeszkód. Warunki otoczenia były rejestrowane w czasie rzeczywistym przez system, a natężenie światła było utrzymywane na poziomie około 1000 μmol m-2 s-1 w naturalnym świetle słonecznym. Urządzenie pozostawiono do zrównoważenia przez 30-60 s, aż do uzyskania odczytów w stanie ustalonym dla asymilacji CO2 i wymiany pary wodnej. Wewnętrzne czujniki przyrządu automatycznie rejestrowały temperaturę liści, wilgotność względną i stężenie CO2 w otoczeniu. Dla każdego genotypu i leczenia pomiary powtórzono na co najmniej trzech biologicznie niezależnych roślinach, a dane przechowywano wewnętrznie, a następnie eksportowano do analizy. Dołożono wszelkich starań, aby utrzymać spójne warunki środowiskowe we wszystkich powtórzeniach, aby zapewnić wiarygodność danych.
Oznaczanie potencjału wodnego liści i potencjału osmotycznego
Potencjał wodny (Ψw) trzeciego, w pełni rozwiniętego liścia od wierzchołka roślin określono za pomocą komory ciśnieniowej typu Scholandera. Liście następnie zamrożono w temperaturze -20 oC w probówkach o pojemności 1,5 ml, a sok komórkowy uzyskany z zamrożonych liści wykorzystano do analizy potencjału osmotycznego (Ψs) za pomocą osmometru.
Oznaczanie względnej zawartości wody w liściach
Szczegółowo zbadano zawartość wody w liściach roślin transgenicznych i dziko rosnących. Zmierzono świeżą masę liści, a liście zanurzono na noc w wodzie destylowanej. Następnie rejestrowano masę jędrną liści, natomiast suchą masę określano przez inkubację liści w temperaturze 70 °C przez 72 godziny. Leaf RWC obliczono przy użyciu następującego wzoru:

UWAGA: Aby dokładnie przeanalizować potencjał osmotyczny za pomocą osmometru, liście należy zamrozić w temperaturze -20 °C po określeniu potencjału wodnego.
Atrybuty plonu
Cechy plonu trzciny cukrowej mierzono na etapie zbioru, takie jak wysokość trzciny cukrowej (cm), średnica, liczba pędów nadających się do zmielenia, stopień brixa (%) oraz biomasa pędów i korzeni.
Analizy statystyczne
Eksperymenty terenowe (kontrolowane za pomocą ogrodzenia) przeprowadzono przy użyciu układu Randomized Complete Block Design z trzema powtórzeniami na zabieg (pięć roślin na powtórzenie; n = 15). Przeprowadzono dwukierunkową analizę wariancji w celu przeanalizowania zmian różnych cech agronomicznych i fizjologicznych na poziomie istotności P ≤ 0,05.