$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Urządzenia, które mogą przekształcać i wzmacniać aktywność biologiczną i chemiczną w sygnały elektryczne, są kluczowe w różnych dziedzinach, takich jak sensoring1,2, obliczenia neuromorficzne3,4, oraz elektronika do noszenia5. Wśród nich organiczne tranzystory elektrochemiczne (OECT) okazały się wyjątkowymi interfejsami między systemami biologicznymi a odczytami elektronicznymi ze względu na ich kompatybilność ze środowiskiem wodnym i niskimi napięciami roboczymi6,7. OECT różnią się od konwencjonalnej elektroniki tym, że wykorzystują jony w elektrolicie do modulowania przewodnictwa kanału organicznego, który łączy transport jonowy i elektronowy w celu uzyskania wyjątkowej transkonduktancji8. Te cechy sprawiają, że OECT idealnie nadają się do łączenia systemów biologicznych z elektroniką, ponieważ mogą wzmacniać słabe sygnały biologiczne i przekształcać je w odczyty elektryczne.
OECT działają poprzez zmianę stanu domieszkowania mieszanego kanału przewodzącego jonowo-elektronowego poprzez dyfuzję jonową, zazwyczaj kontrolowaną przez przyłożenie napięcia do elektrody bramkowej. Jednak reakcje biologiczne lub redoks mogą również zmieniać przewodność kanału, umożliwiając OECT reagowanie na różne bodźce chemiczne i biologiczne. Funkcjonalizacja OECT za pomocą dwuwarstw lipidowych, kanałów jonowych lub biomolekuł pozwala im wykrywać określone anality, co czyni je przydatnymi w zastosowaniach czujnikowych9,10. Na przykład OECT zostały zintegrowane z enzymami aktywnymi redoks, takimi jak oksydaza glukozowa, aby bezpośrednio przenosić elektrony do kanału, dostrajając jego przewodność w odpowiedzi na stężenie glukozy11. Chociaż takie konfiguracje są skuteczne w biodetekcji, ich zdolność obliczeniowa jest ograniczona ze względu na stosunkowo proste zachowanie poszczególnych enzymów lub białek.
Natomiast żywe komórki, szczególnie bakterie, oferują wszechstronną platformę zdolną do wykonywania złożonych i solidnych obliczeń4,12,13,14,15. Bakterie elektroaktywne, takie jak Shewanella oneidensis i Geobacter sulfurreducens, mają unikalną zdolność przenoszenia elektronów przez błony komórkowe w procesie znanym jako zewnątrzkomórkowy transfer elektronów (EET). W warunkach beztlenowych bakterie te sprzężają swoje procesy metaboliczne z redukcją lub utlenianiem zewnętrznych akceptorów elektronów, w tym metali, tlenków metali i materiałów syntetycznych, takich jak polimery przewodzące16 i nanocząstki17 (Rysunek 1A). Zdolność ta została wykorzystana w mikrobiologicznych ogniwach paliwowych do wytwarzania energii i oferuje potencjał dla bardziej zaawansowanych zastosowań bioelektronicznych18,19. Ponadto postępy w biologii syntetycznej umożliwiły precyzyjną manipulację genetyczną bakteriami elektroaktywnymi w celu kontrolowania szlaków EET. Poprzez inżynierię obwodów genetycznych, które regulują ekspresję genów związanych z EET, naukowcy mogą modulować strumień elektronów w odpowiedzi na określone sygnały środowiskowe lub operacje logiki obliczeniowej20,21. Ta genetyczna kontrola nad EET otwiera drogę do tworzenia systemów biohybrydowych, w których obliczenia bakteryjne są bezpośrednio połączone z urządzeniami elektronicznymi, takimi jak OECT. Na przykład bakteryjne obwody genetyczne można zaprojektować tak, aby reagowały na kombinacje czynników chemicznych, włączając lub wyłączając szlaki EET, a tym samym modulując przewodnictwo kanału OECT. Pozwoliłoby to na bezpośrednie odczyty elektryczne obliczeń bakteryjnych, omijając potrzebę stosowania fluorescencyjnych lub innych tradycyjnych reporterów biologicznych.
Ostatnie osiągnięcia wykazały potencjał sprzężenia OECT z bakteriami elektroaktywnymi. Na przykład Méhes i in. wykorzystali S. oneidensis do monitorowania aktywności EET w czasie rzeczywistym za pomocą OECT typu p, ilustrując, w jaki sposób metabolizm bakterii może być śledzony elektrycznie22. Chociaż prace te podkreślają możliwość wykorzystania OECT do wykrywania aktywności bakterii, potencjał hybrydowego systemu do biodetekcji i biokomputerów pozostaje niedostatecznie zbadany. Aby rozwiązać ten problem, niedawno opracowaliśmy tranzystory hybrydowe zawierające genetycznie zmodyfikowany S. oneidensis do OECTs23. Wyniki wykazały, że kanał OECT może być dedominowany poprzez bakteryjne działania EET (Figura 1B). Aby jeszcze bardziej zwiększyć możliwości biodetekcji i uzyskać mechanistyczny wgląd w proces dedopingu, zaprojektowaliśmy szczepy S. oneidensis z obwodami genetycznymi, które regulują przepływ EET. Powoduje to przewidywalne zmiany wyjściowe OECT w odpowiedzi na sygnały środowiskowe, takie jak cząsteczki induktora. Co więcej, integrując logikę Boole'a z tymi obwodami genetycznymi, umożliwiliśmy bezpośrednie odczyty elektryczne złożonych obliczeń bakteryjnych.
Tutaj prezentujemy kompleksowy protokół działania tranzystora hybrydowego, obejmujący produkcję urządzenia, przygotowanie hodowli komórkowej, procedury pomiarowe i analizę danych. Ponadto zajmujemy się kluczowymi kwestiami, takimi jak czyszczenie urządzeń, możliwość ponownego użycia i potencjał automatyzacji w testach o wysokiej przepustowości.