Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.

Artykuł metodologiczny

Kolonizacja przez myszą pks+ Escherichia coli w warunkach niezapalnych

352 wyświetleń

⸱

DOI:

10.3791/70204

⸱

10 marca 2026

 , 
1Nutrition and Microbiome Laboratory, Institut du Cancer de Montréal, Centre de recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal (CRCHUM), 2Department of Medicine, Faculty of Medicine, Université de Montréal

W tym artykule

Podsumowanie

Protokół ten opisuje niezbędne kroki kolonizacji myszy z pks+ Escherichia coli w warunkach niezapalnych, a także nieinwazyjne metody walidacji kolonizacji i oceny ekspansji pks+ E. coli w kału.

Streszczenie

pks+ Escherichia coli jest coraz częściej powiązana z rozwojem raka jelita grubego (CRC), szczególnie wśród szybko rosnącej grupy młodszych pacjentów z wczesnym początkiem CRC. Szczepy pks+ E. coli produkują genotoksynę kolibactynę, znaną z powodowania podwójnych pęknięć DNA oraz mutacji w proliferacji i różnicowaniu komórek związanych z CRC. Niniejszy artykuł opisuje metodę kolonizacji pks+ E. coli u myszy w warunkach niezapalnych, od przygotowania szczepionki bakteryjnej aż po walidację kolonizacji. Po inkubacji przez noc szczep pks+ E. coli NC101 jest podawany myszom poddanym antybiotykiem za pomocą gavage doustnego. Kolonizację ocenia się w stolcu poprzez ilościowe określenie liczby jednostek tworzących kolonie gram-ujemne fermentujące laktozę (CFU) oraz poprzez ilościową amplifikację PCR. Stosując ten protokół, wykazano, że po udanej kolonizacji myszy C57BL/6 bakterią E. coli NC101, suplementacja inuliną zawierającą błonnik pokarmowy sprzyjała wzrostowi pks+ E. coli, co odzwierciedla zwiększona regeneracja CFU, większa liczebność rodziny Enterobacteriaceae oraz wzrost poziomu clbP Gene. Podsumowując, model ten umożliwia badanie terapii profilaktycznych i terapeutycznych skierowanych na kluczowy patobiont zaangażowany w rozwój CRC.

Wprowadzenie

Mikrobiota jelitowa odgrywa istotną rolę w zdrowiu i chorobie gospodarza, z dysbiozą mikrobiologiczną jelit, czyli nadmiernym rozrostem niektórych potencjalnie patogennych bakterii (patobiontów), które są charakterystyczne dla kilku stanów chorobowych, w tym chorób sercowo-naczyniowych, zapalnych jelit (IBD) oraz nowotworów1. pks+ Escherichia coli to patobiont wzbogacony w próbki tkanki okrężnicy u pacjentów z IBD2 i rakiem jelita grubego (CRC)3 w porównaniu z osobami zdrowymi. Pronowotworowa aktywność pks+ E. coli jest powiązana z ekspresją klastra genów syntazy polipetydowej (pks) oraz produkcją genotoksyny kolibaktyny4. Kolibaktyna translokuje się do jądra komórek nabłonkowych jelita grubego, prowadząc do powstawania podwójnych pęknięć DNA5 oraz mutacji w kluczowych szlakach związanych z CRC6. Wykazano, że kolonizacja pks+ E. coli przyczynia się do inicjacji guza7 oraz progresji guza3 w przedklinicznych modelach CRC (CAC) związanej z zapaleniem grubo. Ostatnio mutageneza wywołana kolibaktyną została powiązana z wczesnym początkiem CRC 8,9. Częstość występowania wczesnego CRC, występującego u osób poniżej 50. roku życia, wzrasta w ostatnich dekadach i może odwrócić obecny ogólny spadek wskaźników CRC9.

Rola pks+ E. coli w rozwoju CRC, a także w innych aspektach zdrowia gospodarza pośredniczonych przez mikrobiotę, jest nadal wyjaśniana. Ponadto wykazano, że na ekspresję genów pks wpływa kilka czynników, w tym stan zapalny10, stężenia żelaza luminalne11 oraz czynnikidietetyczne 12,13, co otwiera drzwi do interwencji ukierunkowanych na mikrobiotę. Opisano tutaj metodę kolonizacji jelit pks+ E. coli przez doustne gavage u myszy, z użyciem mysiego szczepu szczepu pks+ E. coli NC101 (E. coli NC101). Inne modele oceniły wpływ E. coli NC101 na stan zapalny i karcynogenezę u myszy wolnych od zarazków (GF) monokolonizowanych przez doustny gavage i wymaz z odbytu3, w modelach genetycznie podatnych (IL-10-/-) na zapalenie jelitagrubego 3,14 oraz w modelach chemicznie indukowanych zapalenia jelita grubego i zaburzenia bariery jelitowej15. Jednak opłacalna kolonizacja pks+ E. coli może być również uzyskana w warunkach niezapalnych u myszy wolnych od patogenów specyficznych (SPF) poddanych antybiotykom, aby stworzyć niszę do kolonizacji i ekspansji 14,16,17. Przedstawiono również różne metody wykrywania i ilościowego wykrywania i ilościowego wykrywania pks+ E. coli w odchodach myszy, w tym ilościową amplifikację genu clbP (qPCR), ocenę liczebności rodziny Enterobacteriaceae qPCR oraz odzyskiwanie jednostek tworzących kolonie (CFU) na mediach MacConkey agar specyficznych dla bakterii fermentujących laktozę Gram-ujemną. Metody te mogą być stosowane zamiennie lub w połączeniu z potwierdzeniem obecności pks+ E. coli oraz produkcji kolibaktyny w celach walidacyjnych lub oceny różnic w ekspansji pks+ E. coli w odpowiedzi na interwencje ukierunkowane na mikrobiotę.

Protokół ten służy do oceny wpływu inuliny błonnika pokarmowego na kolonizację i ekspansję pks+ E. coli przez qPCR oraz odzyskiwanie CFU. Inulina to prebiotyk, który wykazano, że sprzyja rozwojowi korzystnych gatunków Bifidobacterium i Lactobacillus w jelitach, a także zwiększa produkcję krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, które odgrywają ważną rolę w homeostazie jelit. Jednak wykazano, że inulina sprzyja również wzrostowi produkcji pks+ E. coli oraz kolibaktyny, co prowadzi do zwiększonej nowotworów w modelu leczonym przez DSS gruczolacznego poliporozy coli (Apc)+ CRC. Eksperyment ten ocenia ekspansję pks+ E. coli w odpowiedzi na dietetyczną inulinę w modelu mysim bez stanu zapalnego lub uszkodzonej bariery jelitowej.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

Wszystkie procedury były wykonywane zgodnie z wytycznymi Kanadyjskiej Rady Opieki nad Zwierzętami po zatwierdzeniu przez Instytucjonalny Komitet Opieki nad Zwierzętami Centrum Badań Szpitalnych Uniwersytetu Montrealskiego (CRCHUM). Siedmiotygodniowe myszy pozyskano z komercyjnego źródła i aklimatyzowano przez tydzień przed rozpoczęciem eksperymentu. Schematyczne przedstawienie tej metody przedstawiono na Rysunku 1. Szczegóły dotyczące zwierząt, odczynników i sprzętu używanego w tym badaniu są wymienione w Tabeli Materiałów.

figure-protocol-1
Rysunek 1: Schemat przygotowania i kolonizacji pks+ E.coli . Dzień (D)-4: Cztery dni przed gavage'em zacznij myszy z antybiotykami. D-1: 24 godziny przed gavage, usunąć antybiotyki. Przygotuj hodowlę pks+ E. coli do inkubacji na noc. D0: Przygotuj szczepionkę bakteryjną pks+ E. coli . Podaj myszom pks+ E. coli lub środek kontrolny (sól fizjologiczna) za pomocą doustnego gavage jak najszybciej po przygotowaniu szczepionki. D7+ Zbieraj kał myszy w celu wykrywania i ilościowego określenia kolonizacji pks+ E. coli . Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć większą wersję tej figurki.

1. Leczenie antybiotykami

  1. Rozcieńcz ampycylinę, kolizinę i streptomycynę w sterylnej wodzie pitnej do końcowego stężenia 1 mg/mL ampicyliny, 1 mg/mL kolistyny oraz 5 mg/mL streptomycyny.
  2. Pozwól na ad libitum dostęp do antybiotyków w wodzie pitnej przez 3 dni.
  3. Usuń antybiotyki i przywróć dostęp do sterylnej wody na 24-godzinny okres płukania przed zaszczepieniem szczepionki E. coli NC101.
    UWAGA: Roztwór antybiotyku powinien być przygotowywany świeżo do każdego eksperymentu. Należy monitorować odpowiednie przyjmowanie roztworu antybiotykowego. W razie potrzeby do wody można dodać słodzik.

2. Przygotowanie inokulum E. coli NC101 (do n = 12 myszy)

UWAGA: Kroki 2.1-2.8 należy wykonać techniką aseptyczną.

  1. Przygotuj i podkłuj bulion lizogenetyczny (LB).
  2. Smuga E. coli NC101 z bulionu glicerolowego na płytkę agarową LB za pomocą sterylnej pętli inokulacyjnej. Inkubuj przez noc w temperaturze 37 °C.
  3. Zaszczep 5 mL jałowego bulionu LB w tubce hodowlowej z pojedynczą kolonią z płytki agarowej LB za pomocą pętli inokulacyjnej. Inkubuj przez noc w temperaturze 37 °C w shakerze inkubacyjnym na ławce stołowej przy 150 obr./min.
  4. Wiruj probówkę hodowlę w temperaturze 1500 x g przez 5 minut w temperaturze pokojowej.
  5. Usuń i wyrzuć supernatant, unikając osadu bakteryjnego, który pojawi się jako kremowy osad u podstawy rurki.
  6. Ponownie zawiesij granulat bakteryjny w 5 mL soli fizjologicznej o stężeniu 0,9% sterylnej.
  7. Myj, powtarzając kroki od 4 do 6.
  8. Zmierz gęstość optyczną przy 600 nm (OD600) za pomocą gęstości komórek i dostosuj OD600 do 0,625 (~1 x 10,8 CFU/mysz) za pomocą sterylnej soli fizjologicznej.
    UWAGA: Aby zapobiec zanieczyszczeniu bulionu bakteryjnym w kroku 3, inkubuj osobną tubkę 2-3 mL sterylnego bulionu LB przez noc. Bulion powinien pozostać przezroczysty po inkubacji przez noc, co wskazuje na brak zakażenia bakteryjnym. Jeśli początkowy przedawk600 jest mniejszy niż 0,625, powtórz kroki 4 do 6, używając mniejszej objętości do ponownego zawieszenia pelletu. Aby zapewnić dokładną dawkę E. coli NC101, seryjne rozcieńczenia płynu gavage należy nakładać i hodować przez noc. Liczba CFU dla każdego rozcieńczenia może posłużyć do oszacowania początkowej ilości CFU w zawiesinie bakteryjnej.

3. Badanie doustne E. coli NC101

  1. Delikatnie poruszaj inokulum bakteryjne, aby zapewnić równomierne rozmieszczenie bakterii.
  2. Włóż igłę do gavage do strzykawki o pojemności 1 mL i napełnij 0,2 mL szczepionki bakteryjnej, usuwając wszelkie pęcherzyki powietrza.
  3. Wyjmij mysz z klatki i delikatnie, ale stanowczo stuknij ją za kark, chwytając skórę od tuż za uszami do łopatek, używając poduszki kciuka i boku palca wskazującego. Zabezpiecz ogon środkowym lub serdecznym palcem tej samej ręki.
  4. Trzymaj mysz w pozycji pionowej i włóż igłę gavage z boku ust. Przesuwaj końcówkę igły gavage wzdłuż podniebienia i do przełyku oraz żołądka, delikatnie odpychając głowę myszy, aby wyprostować szyję. Jeśli poczujesz opór, usuń igłę gavage. Jeśli trzeba, ponownie przełóż mysz na szyję przed kolejną próbą.
  5. Powoli wstrzykuj szczepionkę bakteryjną (0,2 mL) i wyjmij igłę, podążając tym samym kątem co przy włożeniu.
  6. Wróć mysz do klatki i przejdź do pozostałych myszy.
    UWAGA: Szczepienie bakteryjne należy podać jak najszybciej po przygotowaniu. Myszy kontrolne powinny otrzymać 0,2 mL 0,9% bezpłodnej soli fizjologicznej (pojazd). Odpowiednia długość, przełomowy i średnica kulki igły gavage powinny być ustalane na podstawie średniej masy ciała myszy w każdym eksperymencie. Sprawdź wzór oddechu i aktywność myszy po 5 minutach i przed opuszczeniem ośrodka dla zwierząt. Jeśli zaobserwowane są trudne oddechy lub zaburzenia oddechowe, należy uśpić mysz zgodnie z zatwierdzonym protokołem. Gavage doustne powinny być wykonywane wyłącznie przez wykwalifikowany personel badawczy. Nieprawidłowe wykonanie gavage doustnego może prowadzić do poważnych powikłań lub śmierci z powodu perforacji przełyku lub wstrzyknięcia płynu gavage do płuc. W przypadku przeprowadzania przez doświadczonych naukowców nie oczekuje się śmiertelności przy tym zabiegu. Myszy użyte w tym eksperymencie powinny być trzymane w warunkach SPF. Aby zapobiec zanieczyszczeniu między klatkami, należy stosować indywidualnie wentylowane klatki, a myszy manipulować w szafie bezpieczeństwa biologicznego. Przed otwarciem każdej klatki ręce i zewnętrzną część pokrywy należy przetrzeć odpowiednim środkiem dezynfekującym (np. przyspieszonym nadtlenkiem wodoru). Wymagania dotyczące PPE do manipulacji myszami używanymi w tym protokole obejmują fartuch (jednorazowy lub wielokrotnego użytku) oraz rękawiczki. Dodatkowe środki ochrony osobistej mogą być wymagane przez placówkę prowadzącą dla zwierząt. Wszystkie manipulacje z udziałem myszy kontrolnych powinny być wykonywane jako pierwsze.

4. Pobieranie próbek kału

  1. Pobierz granulat kałowy od każdej myszy w rurce mikrowirówki o pojemności 1,5 mL, chwytając mysz za karku, jak opisano w kroku 3.3. Mysz powinna natychmiast się wypróżnić. Alternatywnie, umieść mysz w czystej pustej klatce i poczekaj do 30 minut, aż nastąpi defekcja.
  2. Próbkę zamroz szybko, umieszczając ją w ciekłym azocie. Przechowuj próbkę w temperaturze -80 °C do czasu dalszej analizy.
    UWAGA: Wykrywanie clbA lub ilościowe określenie clbP w stolcu za pomocą PCR w czasie rzeczywistym powinno być przeprowadzone przed rozpoczęciem eksperymentu, aby potwierdzić, że myszy nie są kolonizowane przez pks+ E. coli. Aby utrzymać kolonizację dłużej niż tydzień, może być konieczne powtarzające się gavage bakteryjne bez wcześniejszego podania antybiotyków (kroki 2.1-3.6), w zależności od warunków eksperymentalnych. Ilościowa identyfikacja E. coli NC101 w stolcu za pomocą odzyskiwania CFU lub PCR w czasie rzeczywistym powinna być przeprowadzana co najmniej raz w tygodniu przez cały czas trwania eksperymentu podczas pierwszego wdrażania tego protokołu, aby zoptymalizować częstotliwość podawania.

5. Ekstrakcja DNA bakterii kałowych

  1. Ekstrakt bakteryjnego DNA z pobranych próbek stolca za pomocą zestawu do ekstrakcji DNA zgodnie z instrukcjami producenta.
  2. Zmierz stężenie DNA spektrofotometrem i dostosuj je do 5 ng/μL.

6. Potwierdzenie kolonizacji poprzez wykrycie genów clbA i E. coli 16S

  1. Wykonanie jednoczesnej amplifikacji genów RNA (rRNA) clbA i E. coli 16S (Tabela Uzupełniająca 1) za pomocą PCR, używając odpowiedniego miksu i instrumentu do PCR, zgodnie z instrukcjami producenta.
  2. Wizualizacja genów clbA i E. coli 16S u myszy E. coli NC101 skolonizowanych przez elektroforezę żelu agarozowego, jak opisanowcześniej 19. Myszy niekolonizowane nie powinny mieć pasma clbA .

7. Ilościowa identyfikacja E. coli NC101 przez odzysk CFU

UWAGA: Wykonaj kroki 7.1-7.7 z użyciem techniki aseptycznej.

  1. Zważ pustą rurkę mikrowirówki o pojemności 1,5 mL.
  2. Dodaj około 20 mg stolca do probówki mikrowirówki o pojemności 1,5 mL i zapisz wagę probówki wraz z dodaną próbką.
  3. Dodaj 200 μL soli fizjologicznej 0,9% bezpłodnej do każdej probówki.
  4. Odczekaj 10-15 minut, aż stolce zmiękną w temperaturze pokojowej, a każdą rurkę przez 5 minut z maksymalną prędkością przewijaj, aby uzyskać jednorodną zawiesinę. Widoczne będą drobne cząsteczki niestrawionego materiału pokarmowego.
  5. Przelej 100 μL każdego zawiesienia na płytę agarową MacConkey i równomiernie rozprowadz homogenat za pomocą rozpraszacza w kształcie L.
  6. Inkubuj płytki przez noc w temperaturze 37 °C.
  7. Policz liczbę różowych kolonii i normalizuj według wagi każdego pelletu kałowego oraz objętości pokrytej kału.
    UWAGA: Agar MacConkey wybiera bakterie gram-ujemne. Dodatkowo bakterie potrafiące fermentować laktozę (takie jak E. coli) tworzą różowe kolonie, podczas gdy te, które nie mogą tworzyć bezbarwnych lub żółtych kolonii. Do celów tego protokołu należy liczyć tylko różowe kolonie. Jeśli liczba kolonii jest zbyt podwyższona, można przeprowadzić seryjne rozcieńczenia początkowej homogenity przy użyciu soli fizjologicznej o stężeniu 0,9%. Uwzględnij współczynnik rozcieńczenia przy obliczaniu liczby kolonii na próbkę.
    Waga granulatu = waga rurki mikrowirówki wraz z próbką granulatu – waga pustej rurki mikrowirówki.

8. Ilościowość genu clbP

  1. Wykonaj amplifikację genów clbP i uniwersalnego 16S rRNA (Tabela Uzupełniająca 1) za pomocą ilościowego PCR, używając odpowiedniego mastermixa i instrumentu do PCR w czasie rzeczywistym, zgodnie z instrukcjami producenta.

9. Ilościowa identyfikacja Enterobacteriaceae

  1. Wykonaj amplifikację genów Enterobacteriaceae i uniwersalnego RNA 16S (uzupełniające) za pomocą ilościowego PCR z użyciem odpowiedniego mastermixu i instrumentu do PCR w czasie rzeczywistym.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

Amplifikacja i wizualizacja genów clbA i E. coli 16S w kałach na końcu za pomocą elektroforezy PCR i żelu wykazała, że choć oba geny były widoczne u myszy skolonizowanych przez E. coli NC101, to tylko gen E. coli 16S był widoczny u myszy kontrolnych, co potwierdza, że E. coli NC101 nie występuje (Rysunek 2B).

Jak można się spodziewać,15 myszy skolonizowanych przez E. coli NC101, które ot...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

Pro-rakotwórcze skutki pks+ E. coli produkującego kolibactynę są ostatnio powiązane zarówno ze wzrostem wczesnego zakażenia CRC9, jak i przyjęciem diety "zachodniej"12, czynniki, które będą kształtować trendy CRC w nadchodzących dekadach. Większość modeli kolonizacji pks+ E. coli jest przedstawiona w kontekście nowotworów związanych z zapaleniem jelita grubego, które nie pozwalają na scharakteryzowanie pks+ E. coli w warunkach niezapalnych. Protok...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

Autorzy nie mają żadnych konfliktów interesów do zgłoszenia.

Podziękowania

Prace te zostały sfinansowane z grantu od Canadian Institutes of Health Research [CIHR, grant CSV-198232]. Dziękujemy ośrodku zwierzęckiemu CRCHUM. Figurki tworzono przy użyciu BioRender.com.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
0,9% bezpłodnej soli fizjologicznejBaxterJF7634
10% Inulina na własną dietęTekladTD.240286Wyniki reprezentatywne
Dieta na zamówienie 50 ppm FeS04 (bez błonnika)TekladTD.120515Wyniki reprezentatywne
8-12 tygodniowe samice myszy B6Laboratoria Charles RiverC57BL/6Reprezentatywne wyniki 
Ampicylina sodowa sól i nbsp;Wisent Inc400-110 XG
Wirówka stołowaFisher Scientific75004381
Miernik gęstości komórekBiochrom80-2116-30
Tubka do hodowla, 13 mLSarstedt62.515.006
EcNC101Nie maNie maDar od dr. Christiana Jobina z University of North Carolina at Chapel Hill 
Igła gavage, 38mm x 22 GAparat Harvarda Kanada34-024Niedostępne – Potencjalna alternatywa dostępna jest w Instech Labs (FTP-22-38) 
Inkubujący orbitalny potrząsaczVWR980153
Pętla inokulacyjnaFisher Scientific22-363-595
Rozrzutnik w kształcie litery LFisher Scientific14-665-230
Lizogeniczny bulion & nbsp;Wisent Inc800-060 LGDodaj 35g proszku LB, 1L wody. Autoklaw przed użyciem.
Agar z bulionem lizogenicznym  Wisent Inc800-011 LGDodaj 35g proszku LB, 1L wody. Autoklaw przed użyciem.
Agar MacConkeyBecton Dickinson211387Dodaj 50g proszku MacConkey do 1L wody. Autoklaw przed użyciem.
Zestaw do ekstrakcji DNA mikrobiologicznegoQiagen47016
Inkubator mikrobiologicznyFisher Scientific150152633
Rurka mikrowirówkowa, 1,5 mL UltiDent Scientific73-M150-C
PCR Rotor - rurki z taśmą genową UltiDent Scientific73-V100-RG
Szalka PetriegoSarstedt82.1472.001
Real-time PCR SYBR Green Master MixThermoFisher A25742
Cykler termiczny PCR w czasie rzeczywistymBadania CorbettRG-3000A
Rurka z zakrętką, 15 mLSarstedt62.554.502
Sodium colistimethate Fresenius KabiC309306
Sól siarczanowa streptomycynyMillipore SigmaS9137
Rurka ślizgowa tuberkulina, 1 mLBecton Dickinson309659
WirFisher Scientific12-812

Bibliografia

  1. Hou, K., et al. Microbiota in health and diseases. Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 135(2022).
  2. Martin, H. M., et al. Enhanced Escherichia coli adherence and invasion in Crohn's disease and colon cancer. Gastroenterology. 127 (1), 80-93 (2004).
  3. Arthur, J. C., et al. Intestinal Inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota. Science. 338 (6103), 120-123 (2012).
  4. Nougayrède, J. -P., et al. Escherichia coli Induces DNA double-strand breaks in eukaryotic cells. Science. 313 (5788), 848-851 (2006).
  5. Dziubańska-Kusibab, P. J., et al. Colibactin DNA-damage signature indicates mutational impact in colorectal cancer. Nat Med. 26 (7), 1063-1069 (2020).
  6. Iftekhar, A., et al. Genomic aberrations after short-term exposure to colibactin-producing E. coli transform primary colon epithelial cells. Nature Commun. 12 (1), 1003(2021).
  7. Yang, Y., Gharaibeh, R. Z., Newsome, R. C., Jobin, C. Amending microbiota by targeting intestinal inflammation with TNF blockade attenuates development of colorectal cancer. Nat Cancer. 1 (7), 723-734 (2020).
  8. Rosendahl Huber, A., et al. Improved detection of colibactin-induced mutations by genotoxic E. coli in organoids and colorectal cancer. Cancer Cell. 42 (3), 487-496.e6 (2024).
  9. Díaz-Gay, M., et al. Geographic and age variations in mutational processes in colorectal cancer. Nature. 643 (8070), 230-240 (2025).
  10. Arthur, J. C., et al. Microbial genomic analysis reveals the essential role of inflammation in bacteria-induced colorectal cancer. Nat Commun. 5 (1), 4724(2014).
  11. Tronnet, S., et al. High iron supply inhibits the synthesis of the genotoxin colibactin by pathogenic Escherichia coli through a non-canonical Fur/RyhB-mediated pathway. Pathog Dis. 75 (5), ftx066(2017).
  12. Arima, K., et al. Western-style diet, pks Island-carrying Escherichia coli, and colorectal cancer: Analyses from two large prospective cohort studies. Gastroenterology. 163 (4), 862-874 (2022).
  13. Oliero, M., et al. Oligosaccharides increase the genotoxic effect of colibactin produced by pks+ Escherichia coli strains. BMC Cancer. 21 (1), 172(2021).
  14. Thakur, B. K., et al. Dietary fibre counters the oncogenic potential of colibactin-producing Escherichia coli in colorectal cancer. Nat Microbiol. 10 (4), 855-870 (2025).
  15. Oliero, M., et al. Inulin impacts tumorigenesis promotion by colibactin-producing Escherichia coli in ApcMin/+ mice. Front Microbiol. 14, 067505(2023).
  16. Jans, M., et al. Colibactin-driven colon cancer requires adhesin-mediated epithelial binding. Nature. 635 (8038), 472-480 (2024).
  17. Devaux, A., et al. L-serine promotes pro-carcinogenic effects of colibactin-producing E. coli. Gut Microbes. 17 (1), 2515480(2025).
  18. Li, L. L., et al. Inulin with different degrees of polymerization protects against diet-induced endotoxemia and inflammation in association with gut microbiota regulation in mice. Sci Rep. 10 (1), 978(2020).
  19. Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J Vis Exp. (62), e3923(2012).
  20. Oliero, M., et al. Putrescine supplementation limits the expansion of pks+ Escherichia coli and tumor development in the colon. Cancer Res Commun. 4 (7), 1777-1792 (2024).
  21. Jans, M., Vereecke, L. Physiological drivers of pks+ E. coli in colorectal cancer. Trends Microbiol. , (2025).
  22. Lavelle, A., et al. Baseline microbiota composition modulates antibiotic-mediated effects on the gut microbiota and host. Microbiome. 7 (1), 111(2019).
  23. Russell, A., et al. Reduced housing density improves statistical power of murine gut microbiota studies. Cell Rep. 39 (6), 110783(2022).
  24. Turner, P. V., Brabb, T., Pekow, C., Vasbinder, M. A. Administration of substances to laboratory animals: Routes of administration and factors to consider. J Am Assoc Lab Anim Sci. 50 (5), 600-613 (2011).
  25. Harnack, C., et al. Short-term mucosal disruption enables colibactin-producing E. coli to cause long-term perturbation of colonic homeostasis. Gut Microbes. 15 (1), 2233689(2023).
  26. Gurbatri, C. R., et al. Engineering tumor-colonizing E. coli Nissle 1917 for detection and treatment of colorectal neoplasia. Nat Commun. 15 (1), 646(2024).
  27. Yang, S., et al. Surface expression of antitoxin on engineered bacteria neutralizes genotoxic colibactin in the gut. Nat Microbiol. 11 (1), 53-66 (2026).
  28. Tronnet, S., et al. The Genotoxin colibactin shapes gut microbiota in mice. mSphere. 5 (4), (2020).
  29. Condamine, B., et al. Strain phylogroup and environmental constraints shape Escherichia coli dynamics and diversity over a 20-year human gut time series. ISME J. 19 (1), (2024).
  30. Cougnoux, A., et al. Bacterial genotoxin colibactin promotes colon tumour growth by inducing a senescence-associated secretory phenotype. Gut. 63 (12), 1932(2014).
  31. Oliero, M., et al. Prevalence of pks + bacteria and enterotoxigenic Bacteroides fragilis in patients with colorectal cancer. Gut Pathog. 14 (1), 51(2022).
  32. Chen, J., et al. A commensal-encoded genotoxin drives restriction of Vibrio cholerae colonization and host gut microbiome remodeling. PNAS. 119 (11), e2121180119(2022).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Tagi

Produkcja kolibaktynyrak jelita grubegokolonizacja myszygavage doustnesuplementacja inulinjednostki tworz ce kolonieilo ciowa PCRliczebno Enterobacteriaceaeekstrakcja DNA z ka u
Kolonizacja przez myszą pks+ Escherichia coli w warunkach niezapalnych
Skontaktuj się z nami
Poleć bibliotece

Prywatność

Warunki korzystania z usługi

Zasady

Prawa autorskie © 2026 MyJoVE Corporation. Wszelkie prawa zastrzeżone.