$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Ogólny przebieg pracy tego badania przedstawiono na Rysunku 1, przedstawiającym kolejne etapy wyszukiwania literatury, analizy bibliometrycznej, identyfikacji współdzielonych genów, budowy sieci interakcji białko-białko oraz analizy wzbogacania szlaków.
Strategia wyszukiwania literatury
Przeszukiwanie literatury przeprowadzono 22 czerwca 2025 roku w bazie danych Web of Science (WOS) Core Collection19. Poszukiwania ograniczały się do Science Citation Index Expanded (SCI-Expanded) oraz Social Sciences Citation Index (SSCI), obejmujących publikacje od 1 stycznia 2015 do 31 grudnia 2024. Konkretne hasła wyszukiwania oraz odpowiadająca im liczba wyników przedstawiono w Tabeli 1. Po wstępnym wyszukiwaniu wykluczono typy dokumentów, takie jak streszczenia spotkań, referaty konferencyjne, materiały redakcyjne, rozdziały książek oraz wycofane publikacje. Następnie zachowano jedynie zapisy w języku angielskim oraz w typach "Article" lub "Review Article" do dalszej analizy.
Analiza bibliometryczna
Analiza bibliometryczna i wizualizacja wymagają wsparcia dla konkretnych narzędzi programowych, których szczegóły są przedstawione w Tabeli Materiałów. Celem niniejszego badania jest stworzenie mapy wiedzy interdyscyplinarnej dziedziny badawczej łączącej zapalenie mięśnia i reumatoidalne zapalenie stawów. Zakres analityczny obejmuje analizę trendów publikacyjnych z ostatniej dekady, wzorce międzynarodowej współpracy i sieci współpracy, wpływ akademicki wśród instytucji/czasopism/autorów, kluczowe słowa kluczowe odzwierciedlające gorące punkty badawcze oraz analizę sieci cytowań.
Dane dotyczące rocznej liczby publikacji zostały po raz pierwszy wyeksportowane z bazy Web of Science i wykorzystane do tworzenia wykresów statystycznych ilustrujących trendy publikacji. Pobrane dane literatury były następnie importowane do oprogramowania VOSviewer do analizy: w module "Współautorstwo" wybierano kolejno opcje "Autorów", "Organizacji" i "Krajów", aby generować sieci współpracy autorów, sieci instytucjonalnej i krajowej odpowiednio; w module "Cytowanie" wybrano opcję "Źródła" do tworzenia sieci współpracy czasopisma; w module "Co-citation" wybrano "Cytowane źródła" i "Cytowani autorzy", aby uzyskać sieci współpracy z cytowanymi czasopismami oraz sieci współpracy z autorami cytowanymi. Aby intuicyjniej zobrazować międzynarodowe relacje współpracy, sieć współpracy krajowej została dodatkowo estetycznie zoptymalizowana za pomocą oprogramowania Scimago Graphica, aby poprawić przejrzystość wizualną i łatwość interpretacji20.
Analiza hotspotów słów kluczowych oraz interdyscyplinarnych terminów tematycznych została przeprowadzona przy użyciu oprogramowania CiteSpace21. Algorytm Pathfinder został wybrany do przycinania sieci, a czas od stycznia 2015 do grudnia 2024 roku podzielono na miesięczne przedziały czasowe. Typ węzła został skonfigurowany jako "Słowo kluczowe", co dało mapę klastrów opartą na słowach kluczowych z hotspotami badawczymi, reprezentatywne terminy tematyczne dla każdego klastra oraz 20 najczęściej występujących słów kluczowych hotspotów. Analiza sieci cytowań przebiegała podobnym procesem proceduralnym, wymagając jedynie zmiany typu węzła na "Cytowane Źródło" w celu przeprowadzenia odpowiedniej analizy.
Identyfikacja wspólnych genów
Na podstawie analizy bibliometrycznej, słowo kluczowe "mioitis" wykazywało znaczącą rolę w interdyscyplinarnym obszarze badań nad patologią mięśni i reumatoidalnym zapaleniem stawów. Dlatego w tym badaniu wybrano zapalenie miozytydu i reumatoidalne zapalenie stawów jako obiekty badań do analizy nakładających się genów. Konkretna procedura wyglądała następująco: Najpierw pobrano geny docelowe związane z zapaleniem mięśnia i reumatoidalnym zapaleniem stawów z bazy danych GeneCards22. Aby zapewnić kompleksowość analizy, badanie to nie ustaliło progu oceny relewancji i uwzględniło wszystkie zgłoszone geny związane z chorobą, tworząc tym samym dwa odpowiadające mu zestawy genów. Porównując te dwa zestawy, zidentyfikowano nakładające się geny. Te nakładające się geny zostały ostatecznie zdefiniowane jako "geny związane z chorobami współistniejącymi RA-Myosititis" i stały się podstawowym zbiorem danych do kolejnych analiz.
Konstrukcja sieci interakcji białko-białko (PPI)
Korzystając z funkcji zapytania "Multiple proteins" w bazie STRING, przesłaliśmy listę "GONY związane z chorobami współistniejącymi RA-myozity" do analizy23. Organizm został ustawiony na "Homo sapiens" z minimalnym wymaganym progiem wyniku interakcji ≥0,700 (średnia pewność). Uzyskane dane z sieci interakcji białko-białko zostały następnie zaimportowane do Cytoscape w celu wizualizacji. Poprzez dostosowanie kształtów i kolorów węzłów za pomocą panelu STYLE wygenerowano wyraźnie zwizualizowany diagram sieci interakcji białko-białko.
Analiza wzbogacania szlaku
Konkretny proces analizy wzbogacania ścieżek przebiegał następująco. Najpierw przeprowadzono analizę wzbogacania szlaków w Encyklopedii Genów i Genomów w Kioto (KEGG) na wspólnym zbiorze genów przy użyciu pakietu clusterProfiler w oprogramowaniu R24. Istotność statystyczna oceniano za pomocą testu hipergeometrycznego, a wartości p korygowano dla wielokrotnych testów metodą Benjamini-Hochberga w celu kontrolowania wskaźnika fałszywych odkryć. Szlaki o skorygowanej wartości p < 0,05 uznano za istotnie wzbogacone i zachowano do dalszej analizy. Szlaki związane z konkretnymi chorobami ludzkimi lub ogólnymi procesami metabolicznymi zostały następnie ręcznie wykluczone, aby skupić się na kluczowych mechanizmach sygnalizacji. Filtrowane szlaki i powiązane z nimi geny zostały następnie zaimportowane do oprogramowania Cytoscape, aby stworzyć sieć interakcji25. Zastosowano algorytm "yFiles Organic Layout" do wygenerowania wyraźnej struktury hierarchicznej. Atrybuty wizualne zostały dodatkowo zoptymalizowane w panelu STYLE: intensywność koloru węzła została przypisana do znaczenia wzbogacenia, wielkość węzła ważono liczbą genów rdzeniowych w każdej ścieżce, a grubość krawędzi ważono przez współczynnik podobieństwa Jaccarda między szlakami, aby odzwierciedlić stopień nakładania się genów. Ostatecznie uzyskano sieć interakcji szlaku KEGG do kompleksowej analizy.