Collection-image

TOPICAL COLLECTIONS

Metody badania struktury chromatyny i jej roli w regulacji genomu
Submit Abstract

Guest Editor

Dongyan Tan

Dongyan Tan

Stony Brook University, Department of Pharmacological Sciences

Dr Dongyan Tan jest adiunktem w Katedrze Nauk Farmakologicznych na Uniwersytecie Stony Brook w Nowym Jorku. Uzyskała stopień licencjata w zakresie nauk o życiu na Uniwersytecie Sun Yat-Sen w Chinach oraz stopień doktora w dziedzinie biofizyki i fizjologii w Albert Einstein School of Medicine w 2009 roku. Następnie udała się na Harvard Medical School, aby odbyć staż podoktorski w zakresie biologii strukturalnej i mikroskopii elektronowej (EM). W 2016 roku dr Tan rozpoczęła samodzielną działalność naukową na Uniwersytecie Stony Brook. Dr Tan posiada szerokie doświadczenie w biochemii, biofizyce i biologii komórki. Wykazała również zdolność do skutecznej współpracy z naukowcami z różnych dyscyplin w celu rozwiązywania złożonych problemów biologicznych. Jej zainteresowanie biologią chromatyny i regulacją genomu rozpoczęło się podczas pracy na Harvard Medical School. W jej laboratorium wykorzystuje się krio-EM oraz różnorodne podejścia biochemiczne i biofizyczne do badania makrocząsteczek o istotnych funkcjach w regulacji genów podczas prawidłowego rozwoju oraz w przebiegu chorób. Obecne projekty w jej laboratorium koncentrują się na zrozumieniu, w jaki sposób warianty histonów i białka związane z chromatyną modulują strukturę i dynamikę chromatyny oraz jak procesy te wpływają na transkrypcję i naprawę uszkodzeń DNA. 

Collection Overview

Prawidłowa ekspresja genów jest kluczowa dla zapewnienia normalnego funkcjonowania komórek i rozwoju organizmu. U eukariontów genom jest zorganizowany w postaci chromatyny – dynamicznego kompleksu białkowo-DNA, który stanowi potężną platformę kształtującą funkcje genomu. Zrozumienie organizacji chromatyny jest niezbędne do poznania regulacji genomu w procesach fizjologicznych oraz tego, w jaki sposób jego rozregulowanie prowadzi do chorób.

Niniejsza kolekcja koncentruje się na istniejących metodach stosowanych do badania struktury i funkcji chromatyny wewnątrz jądra komórkowego, a także w izolacji in vitro. Obejmują one metody ilościowe (metody oparte na 3C) służące do mapowania architektury genomu zarówno na poziomie organizmu, jak i z rozdzielczością pojedynczej komórki – grupę technik dostarczających istotnych informacji o tym, jak struktura chromatyny ściśle przeplata się z funkcją genomu. Kolekcja zawiera również ultrawirowanie analityczne, technikę, która w znacznym stopniu przyczyniła się do zrozumienia dynamiki struktury chromatyny. Na koniec, w zbiorze znajdują się techniki obrazowania, które umożliwiają bezpośrednią wizualizację chromatyny w różnych skalach. W szczególności obrazowanie o superrozdzielczości dostarczyło informacji o strukturze chromatyny w komórkach w skali nanometrycznej in situ. Techniki oparte na kriomikroskopii elektronowej stały się ważnymi narzędziami do badania organizacji chromatyny, generując informacje strukturalne od skali nanometrów aż po rozdzielczość bliską atomowej.

Podsumowując, niniejszy zbiór nie tylko dostarcza szczegółowych protokołów tych metod, ale służy również jako platforma do prezentacji najnowszych postępów metodologicznych w szybko rozwijającej się dziedzinie biologii chromatyny.