Name: Elektroforeza żelowa z denaturacją gradientu (DGGE) (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Poznaj elektroforezę DGGE do profilowania społeczności bakteryjnych w biofilmach mikroorganizmów. Ta metoda pozwala analizować zmiany sekwencji 16S rRNA w czasie i przestrzeni.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

elektroforeza w żelu z gradientem denaturującym (dgge)

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

Elektroforeza w żelu z gradientem denaturującym (DGGE)

Dzień dobry. Nazywam się Celeste Peterson i jestem stypendystką na Uniwersytecie Harvarda, gdzie badam społeczności mikrobiologicznych biofilmów. Analizuję profil społeczności bakteryjnych, badając ich sekwencję 16S rRNA oraz to, jak sekwencja ta zmienia się w czasie i przestrzeni. W tym celu wykorzystuję metodę DGGE.To nie jest zwykła elektroforeza; podczas przebiegu próbka musi być utrzymywana w temperaturze 60°C, a bufor musi być stale pompowany. Dlatego będziemy podgrzewać bufor przez około godzinę, aż osiągnie on 60°C, a następnie będziemy mogli przeprowadzić analizę. Teraz przemyję tę płytkę rozcieńczonym roztworem detergentu, usuwając wszelkie zanieczyszczenia, a następnie ją oświetlę.Wszelkie tego typu zjawiska mogą powodować powstawanie regularności. Ważne jest, aby wytrzeć całą wodę. Dlatego podczas przygotowywania żelu umieszczę ten chip na zewnętrznej stronie żelu.Zatem żel znajdzie się pomiędzy tymi dwiema płytkami szklanymi, a chip zostanie umieszczony na zewnątrz, więc nie wpłynie on na żel znajdujący się w środku. Teraz zamocuję żel w tych zaciskach, a następnie ścisnę je i dokręcę, obracając w prawo. Jak przy każdym żelu, ważne jest, aby upewnić się, że spód przyle

denaturing-gradient-gel-electrophoresis-dgge

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Elektroforeza żelowa z denaturacją gradientu (DGGE)

Denaturująca elektroforeza żelowa w poliakrylamidzie z dodatkiem mocznika jest stosowana do rozdzielania jednoniciowego DNA lub RNA o długości do 500 nukleotydów. Mocznik w połączeniu z ciepłem denaturuje próbki, a nieustrukturyzowane pojedyncze nici migrują wewnątrz matrycy żelowej zgodnie z ich masą cząsteczkową.

Denaturująca elektroforeza żelowa w poliakrylamidzie z dodatkiem mocznika (Urea PAGE)

Opisano podstawowy protokół rozdzielania fragmentów DNA za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym.

Elektroforeza w żelu agarozowym do rozdziału fragmentów DNA

Ten film demonstruje dwuwymiarową, częściowo denaturującą separację włókien amyloidowych za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym detergentu. Technika ta polega na oddzieleniu polimorficznych agregatów amyloidowych na podstawie ich niejednorodnego rozmiaru.

Dwuwymiarowa elektroforeza w żelu agarozowym częściowo denaturującym: technika rozdzielania polimorficznych włókien amyloidowych na podstawie niejednorodności wielkości

W tym filmie demonstrujemy dwuwymiarową metodę elektroforezy żelowej, która oddziela pojedyncze białka od złożonej mieszaniny białek uzyskanej z tkanek nowotworowych ludzkiego niefunkcjonalnego gruczolaka przysadki (NFPA). Białka są rozdzielane na podstawie ich ładunku elektrycznego w pierwszym wymiarze i dalej rozdzielane na podstawie mas cząsteczkowych w drugim wymiarze.

Dwuwymiarowa elektroforeza w żelu poliakrylamidowym: technika rozdzielania do analizy białek w złożonej mieszaninie białek na podstawie ładunku i masy cząsteczkowej

Szybkie wykrywanie i wiarygodna ilościowa identyfikacja zdarzeń edycjonujących RNA na skalę genomową pozostają wyzwaniem i obecnie opierają się na bezpośrednich metodach sekwencjonowania RNA. Opisany tutaj protokół wykorzystuje elektroforezę żelową z gradientem mikrotemperatury (μTGGE) jako prostą, szybką i przenośną metodę wykrywania edycji RNA.

Podejście niesekwencjonujące do szybkiego wykrywania edycji RNA

Niniejszy film prezentuje protokół testu angiogenezy in vitro, który odtwarza kilka etapów angiogenezy. Przedstawiono obrazy time-lapse ukazujące kiełkowanie, formowanie światła naczyń, rozgałęzianie oraz anastomozę – kluczowe cechy angiogenezy.

Zoptymalizowany test kulek z żelu fibrynowego do badania angiogenezy

Opisujemy protokół mikrofabrykacji mikroprzepływowego urządzenia do generowania gradientów, które umożliwia tworzenie przestrzennych i czasowych gradientów w ściśle określonym mikrośrodowisku. W tym podejściu mikroprzepływowe urządzenie do generowania gradientów może być wykorzystane do badania kierunkowej migracji komórek, embriogenezy, gojenia ran oraz przerzutów nowotworowych.

Mikroprzepływowe urządzenie do generowania gradientów w biologii komórki

SDD-AGE jest użyteczną techniką wykrywania i charakteryzacji polimerów amyloidopodobnych w komórkach. Przedstawiamy tutaj adaptację, która sprawia, że technika ta nadaje się do zastosowań na szeroką skalę.

Przesiewowe badanie agregacji amyloidu metodą półdenaturującej elektroforezy w żelu agarozowym z detergentem

Opisujemy metodę ekstrakcji genomowego DNA o wysokiej masie cząsteczkowej z biomasy planktonicznej skoncentrowanej na filtrach Sterivex 0.22 μm, a następnie oczyszczania go za pomocą wirowania w gradiencie gęstości chlorku cezu.

Ekstrakcja DNA z filtrów Sterivex 0,22 $\mu$M oraz wirowanie w gradiencie gęstości chlorku cezu

W niniejszym filmie opisujemy charakterystykę kompleksów wielobiałkowych (MPCs) za pomocą nieodbarwiającej elektroforezy w żelu poliakrylamidowym (BN-PAGE). W pierwszym wymiarze dializowane lizaty komórkowe są rozdzielane metodą BN-PAGE w celu identyfikacji poszczególnych MPCs. W drugim wymiarze, SDS-PAGE, wybrane MPCs są dalej rozdzielane w celu analizy ich składników za pomocą immunoblottingu.

Błękitna natywna elektroforeza w żelach poliakrylamidowych (BN-PAGE) do analizy kompleksów wielobiałkowych z lizatów komórkowych

Poznaj elektroforezę DGGE do profilowania społeczności bakteryjnych w biofilmach mikroorganizmów. Ta metoda pozwala analizować zmiany sekwencji 16S rRNA w czasie i przestrzeni.

Elektroforeza w żelu z gradientem denaturującym (DGGE)

Przeglądaj więcej filmów