Izolacja DNA drobnoustrojów kału: badanie wpływu wzbogacenia środowiska na różnorodność mikrobiomu w mysim modelu guza

- Wzbogacanie środowiska lub EE odnosi się do modyfikacji parametrów pomieszczeń w celu uzyskania korzystnego wpływu na różne choroby, takie jak rak. U myszy z nowotworem EE aktywuje układ odpornościowy i zmniejsza stan zapalny, co ostatecznie poprawia mikrobiotę jelitową i poprawia przeżywalność. Aby zbadać zmiany w mikrobiocie jelitowej, dodaj żądaną ilość buforu do lizy stolca do probówki zawierającej stolec myszy.

Odwirować próbkę i przenieść supernatant do świeżej probówki do mikrowirówki. Dodaj bufor do lizy chlorku guanidyny, który denaturuje DNazę i RNazę. Następnie dodaj etanol i przenieś próbkę do kolumny wirowej z krzemionką.

Etanol pomaga DNA wiązać się z krzemionką. Odwirować próbkę. Teraz przenieś kolumnę do świeżej probówki mikrowirówkowej i dodaj bufor elucyjny do kolumny, aby wymyć DNA.

Odwirować próbkę i wyrzucić kolumnę. Przenieś próbkę do probówki PCR i uruchom PCR w celu amplifikacji DNA. Załaduj DNA na żel agarozowy i wykonaj elektroforezę, aby określić ilościowo rozmiar DNA drobnoustrojów. W poniższym protokole wyizolujemy DNA z kału, aby przeanalizować wpływ EE na mikrobiotę okrężnicy u myszy rakotwórczej.

- Wykorzystaj komercyjny zestaw do wyizolowania drob