Izolacja krążącego DNA wolnego od komórek (cfDNA): procedura membranowa na bazie krzemionki w celu ekstrakcji cfDNA z osocza krwi pacjentów z rakiem

Krążące bezkomórkowe DNA lub cfDNA to krótkie fragmenty DNA uwalniane głównie przez komórki rakowe ulegające apoptozie. cfDNA są obiecującymi biomarkerami raka i mogą być izolowane z płynów ustrojowych, takich jak osocze.

Aby wyizolować cfDNA, najpierw pobierz próbkę osocza od pacjenta z rakiem. Następnie potraktuj osocze buforem do lizy zawierającym proteinazę K, sole chaotropowe i nośnikowy RNA. Sole chaotropowe denaturują białka, uwalniając związane cfDNA z białek. Proteinaza K inaktywuje nukleazy, minimalizując w ten sposób degradację cfDNA.

Następnie dodaj żądany bufor wiążący do próbki. Zamontuj kolumnę wirową zawierającą matrycę krzemionkową w fazie stałej na aparacie próżniowym. Załaduj próbkę do kolumny. Zastosuj próżnię, aby przepuścić próbkę przez membranę krzemionkową.

Nośnik RNA niespecyficznie wiąże się ze ściankami rurki. To niespecyficzne wiązanie wraz z obecnością soli w buforze ułatwia wiązanie cfDNA z błoną krzemionkową, zwiększając odzysk cfDNA. Białka i inne zanieczyszczenia nie zatrzymują się na błonie.

Teraz umieść kolumnę wirującą na probówce zbiorczej. Odwirować w celu usunięcia pozostałości lizatu. Dodać odpowiedni bufor płuczący i odwirówkę, aby usunąć so