$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Przeciwciała neutralizujące (NAb) są wydzielane przez komórki w celu ochrony ich przed inwazją wirusów.
Aby zbadać interakcje NAb z wirusami, użyj zmodyfikowanych cząstek wirusopodobnych lub VLP. Te nanostruktury zawierają zestaw białek pochodzących z wirusa bez wirusowego materiału genetycznego, dzięki czemu są niezakaźne. VLP są otoczone dwuwarstwą lipidową osadzoną w antygenowych glikoproteinach otoczkowych, które prezentują neutralizujący epitop, wyspecjalizowany region, z którym wiążą się NAb.
Dodaj VLP do probówki zawierającej przeciwciała neutralizujące związane z kulkami magnetycznymi sprzężonymi z białkiem. Inkubować pod mieszaniem, aby zapobiec osiadaniu koralików. Podczas inkubacji region epitopowy VLP rozpoznaje komplementarny paratop w regionie Fab NAbs, w wyniku czego powstają kompleksy antygen-przeciwciało. To z kolei pomaga kulkom magnetycznym wychwytywać VLP.
Umieść rurkę w stojaku separacyjnym wyposażonym w silny magnes. Pod wpływem pola magnetycznego kulki skompleksowane z VLP przemieszczają się w kierunku magnesu, nie zaburzając interakcji antygen-przeciwciało. Ten krok wychwytuje związane VLP, podczas gdy te, które nie mają specyficznych antygenów, pozostają w supernatancie.
Odrzucić supernatant i przemyć osad buforem płuczącym w celu usunięcia niezwiązanych VLP. Ponownie zawiesić kompleksy kulek VLP w buforze elucyjnym, co powoduje odłączenie się VLP od kulek i pojawienie się w supernatancie.
Odessać wyizolowane VLP wyświetlające antygen do świeżej probówki i przechowywać je w lodówce do dalszej analizy.
Rozpocznij od ponownego zawieszenia kulek magnetycznych poprzez pipetowanie w górę i w dół lub mieszanie na rotatorze z prędkością 50 obr./min przez co najmniej 5 minut.
W międzyczasie należy przygotować roztwór przeciwciał zawierający bNAbs. Użyć 10 mikrogramów każdego bNAb i 200 mikrolitrów buforu wiążącego przeciwciała i przemłudzającego na reakcję. Dla każdej reakcji przenieś 50 mikrolitrów roztworu kulek magnetycznych do 1,5-mililitrowej probówki reakcyjnej, a następnie umieść probówki na stojaku do separacji magnetycznej.
Poczekaj, aż kulki zgromadzą się na ściance rurki, aby upewnić się, że wszystkie kulki zostały zebrane, a następnie usuń supernatant. Wyjmij magnes i zawieś koraliki w 200 mikrolitrach wcześniej przygotowanego roztworu bNAb.
Inkubować przez 30 minut do 3 godzin, mieszając na rotatorze z prędkością 50 obr./min w temperaturze pokojowej. Po inkubacji umieścić probówki reakcyjne w stojaku do separacji magnetycznej, odczekać i usunąć supernatant.
Wyjmij probówki z magnesu i umyj kulki, ponownie zawieszając w 200 mikrolitrach buforu wiążącego przeciwciała i myjącego. Powtórz mycie z buforem wiążącym przeciwciała i przemywającym, usuwając jak najwięcej buforu myjącego po zakończeniu.
Dodaj próbki do bNAbs związanych z koralikami. Jeśli objętość dodanej próbki jest mniejsza niż 1 mililitr, dodaj PBS, aby dostosować objętość próbki do 1 mililitra, a następnie ponownie zawieś kulki, delikatnie pipetując. Inkubować próbki i kulki przez 2,5 godziny na rotatorze w temperaturze pokojowej, upewniając się, że kulki pozostają w zawiesinie, a roztwór jest dokładnie wymieszany podczas inkubacji.
Umieść rurki na magnesie i usuń supernatant. Następnie umyj kulki magnetyczne, zawieszając je w 200 mikrolitrach bufora myjącego. Zawieś kulki w 100 mililitrach bufora płuczącego i przenieś zawiesinę do czystej, żaroodpornej rurki reakcyjnej. Umieść probówkę na stojaku do separacji magnetycznej i całkowicie usuń supernatant.
Aby przygotować denaturowane próbki SDS-PAGE, zawiesić kulki w 20 do 80 mikrolitrach buforu Laemmli i inkubować w temperaturze 95 stopni Celsjusza przez 5 minut. Postępuj bezpośrednio z SDS-PAGE, umieszczając probówki na stojaku magnetycznym, aby oddzielić kulki od roztworu. Alternatywnie przechowuj próbki w temperaturze -20 stopni Celsjusza.