Technika spektroskopii dichroizmu kołowego do badania interakcji DNA-białko

Białka przebudowujące chromatynę zależne od ATP regulują ekspresję genów w ciasno upakowanej chromatynie, zmieniając konformację DNA w sposób zależny od ATP.

Aby zbadać interakcje remodelera chromatyny z DNA za pomocą spektroskopii dichroizmu kołowego lub CD, weź roztwór dwuniciowych oligonukleotydów DNA. Podgrzej, aby zdenaturować oligonukleotydy i umieść na lodzie.

Szybkie chłodzenie powoduje renaturę DNA, tworząc struktury drugorzędowe. Dwuniciowy i jednoniciowy region przejściowy zapewnia optymalne miejsce wiązania dla osób przebudowujących chromatynę.

Dodaj schłodzone na gorąco DNA do kuwety. Dodaj bufor zawierający zależny od ATP remodeler chromatyny, ATP i jony magnezu.

Czynnik przebudowujący wiąże się z DNA, a następnie wiąże się ATP skompleksowany z jonami magnezu z białkiem - aktywując je. Aktywowany remodeler hydrolizuje ATP - indukując konformację pętli macierzystej w DNA.

Przepuść przez próbkę światło spolaryzowane kołowo w lewo i w prawo — z różnicą faz 90°. Optycznie chiralne DNA w różnym stopniu absorbuje lewe i prawe światło spolaryzowane kołowo.

Absorpcja różnicowa, zwana dichroizmem kołowym, powoduje, że przepuszczane światło jest spolaryzowane eliptycznie, co je