Name: Oznaczanie partycjonowania tratw lipidowych sond znakowanych fluorescencyjnie w żywych komórkach za pomocą spektroskopii korelacji fluorescencji (FCS) (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-04-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 59 s
Description: Poznaj spektroskopię korelacji fluorescencji do badania partycjonowania tratw lipidowych w żywych komórkach. Ta metoda pozwala mierzyć czasy dyfuzji białek fluorescencyjnych w mikrodomenach błony komórkowej.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Praca ta została sfinansowana z grantu Agence Nationale de la Recherche (ChoAD). Jesteśmy również wdzięczni Fondation ICM (Institut du Cerveau et de la Moelle) za wsparcie finansowe.

1. Kalibracja układu FCS
<ol>
<li>Uruchom mikroskop konfokalny, lasery, komputery oraz inkubator do kontroli temperatury i CO2.</li>
<li>Upewnij się, że detektor SPAD (Single Photon Avalanche Diode) jest włączony, a filtr fluorescencyjny wewnątrz SPAD jest odpowiedni dla badanej próbki. Sprawdź, czy SPAD jest zsynchronizowany czasowo. Pamiętaj, aby uruchomić oprogramowanie do FCS dopiero po skonfigurowaniu ustawień SPAD do akwizycji.</li>
<li>Przygotuj świeży roztwór toksyny cholerycznej z Alexa488 rozcieńczony w PBS do uzyskania stężenia 1 μg/ml (17.5 nM).</li>
<li>Zoptymalizuj obrazowanie konfokalne roztworu, korzystając z wewnętrznej detekcji mikroskopu.</li>
<li>Przełącz urządzenie w tryb skanowania punktowego i wybierz punkt w próbce roztworu. Upewnij się, że czas naświetlania laserem jest wystarczająco długi, aby przeprowadzić akwizycje FCS (&gt; 5 minut).</li>
<li>Przełącz się na detekcję zewnętrzną za pomocą SPAD oraz na oprogramowanie FCS. Monitoruj sygnał fluorescencji i upewnij się, że jest on odpowiedni dla detektora SPAD (sygnał wystarczający, ale bez nasycenia; zakres 10 000 do 50 000 counts/s jest prawidłowy). W razie potrzeby zmień pozycję z, wzmocnienie i/lub moc lasera, aby uzyskać poprawny sygnał fluorescencji.</li>
<li>Wykonaj 10 serii pomiarów trwających 30 sekund każda. Czas akwizycji powinien być zoptymalizowany dla badanej próbki (kompromis między najlepszym próbkowaniem a problemem fotobielenia).</li>
<li>Przeanalizuj dane (patrz krok 4), aby upewnić się, że krzywa autokorelacji odpowiada jednemu gatunkowi fluorescencyjnemu dyfundującemu w roztworze (równanie na Ryc. 2) oraz że czas dyfuzji uzyskany po dopasowaniu modelu jest poprawny (około 0.2 ms) (Ryc. 3).</li>
</ol>
2. Barwienie żywych komórek markerem tratw lipidowych
<ol>
<li>Dzień przed obrazowaniem wysiać komórki HEK293 na płytki 8-dołkowe Labteks pokryte poli-L-lizyną (1mg/ml), aby zapewnić ich prawidłową adhezję. Należy użyć pożywki bez czerwieni fenolowej, aby uniknąć zakłóceń sygnału fluorescencyjnego.</li>
<li>Przemyć komórki dwukrotnie za pomocą HBSS (zbuforowanego roztworu soli Hanksa).</li>
<li>Do komórek dodać toksynę cholery-Alexa488 (1 μg/ml)/BSA (0,1 %) w 500 μl HBSS na 30 minut w temperaturze 37 °C. Toksyna cholery zwiąże się z gangliozydem GM1, który wykazuje preferencyjną lokalizację w tratwach lipidowych.</li>
<li>Przemyć komórki dwukrotnie za pomocą HBSS (zbuforowanego roztworu soli Hanksa).</li>
</ol>
3. Pozyskiwanie danych FCS w żywych komórkach
<ol>
<li>Umieść zabarwione komórki na stoliku mikroskopu. Upewnij się, że temperatura i stężenie CO2 są optymalne, w przeciwnym razie może to prowadzić do powstania artefaktów w czasach dyfuzji.</li>
<li>Zoptymalizuj obrazowanie konfokalne wybranej komórki, korzystając z wewnętrznej detekcji mikroskopu (Rys. 4).</li>
<li>Przełącz urządzenie w tryb skanowania punktowego i wybierz punkt w błonie plazmatycznej badanej komórki. Wykonaj 1-2 obrazy żywej komórki, aby upewnić się, że nie przemieszcza się ona podczas akwizycji.</li>
<li>Przełącz detekcję na zewnętrzną za pomocą SPAD oraz przejdź do oprogramowania FCS. Monitoruj sygnał fluorescencji i upewnij się, że jest on odpowiedni dla SPAD (wystarczający sygnał, ale bez nasycenia; przedział od 10 000 do 50 000 counts/s jest prawidłowy). W razie potrzeby zmień pozycję z, wzmocnienie i/lub moc lasera, aby uzyskać poprawny sygnał fluorescencji. Jeśli to nie wystarczy, można rozważyć zmianę warunków barwienia.</li>
<li>Wykonaj 10 pomiarów trwających 30 sekund każdy. Ponieważ większość komórek wykazuje autofluorescencję, podczas pierwszych pomiarów może nastąpić spadek fluorescencji z powodu wygasania autofluorescencji.</li>
</ol>
4. Analiza danych FCS
<ol>
<li>Ustaw przedział korelacji i wygeneruj krzywe autokorelacji za pomocą oprogramowania FCS.
Przedział korelacji zazwyczaj obejmuje zakres od najkrótszego możliwego do rozdzielenia czasu opóźnienia do najdłuższego możliwego czasu (ponieważ statystyka pomiaru staje się coraz mniej adekwatna, gdy maksymalny czas korelacji zbliża się do całkowitego czasu akwizycji, w oprogramowaniu Picoquant maksymalny czas opóźnienia jest ograniczony do 80% czasu akwizycji).</li>
<li>Dla każdej próbki wyeksportuj pliki odpowiadające fluktuacjom fluorescencji oraz autokorelacji w funkcji czasu.</li>
<li>Użyj oprogramowania do analizy danych i dopasowywania krzywych, takiego jak Origin Pro, aby zaimportować pliki.</li>
<li>W przypadku każdej próbki upewnij się, że podczas akwizycji nie występuje fotoblaknięcie, tzn. że fluorescencja pozostaje stabilna przez 30 sekund. Odrzuć każdy pomiar wykazujący fotoblaknięcie, ponieważ może to prowadzić do sztucznego wydłużenia czasów dyfuzji.</li>
<li>Sprawdź, czy kształt pozostałych krzywych FCS jest prawidłowy (patrz Ryc. 5). Wyznacz średnią krzywą FCS.</li>
<li>Dopasuj krzywą do odpowiedniego modelu matematycznego (Ryc. 2). Dopasowanie to pozwoli wyznaczyć czas(y) dyfuzji oraz proporcję cząsteczek dyfundujących z tymi czasami dyfuzji.</li>
</ol> 
5. Reprezentatywne wyniki
Przykład kalibracji FCS z użyciem roztworu toksyny cholerycznej znakowanej Alexa488 przedstawiono na Rysunku 3. Po sprawdzeniu, że poszczególne pomiary fluorescencji w funkcji czasu nie wykazały fotobleachingu (Rysunek 3A), obliczono indywidualne i średnie krzywe FCS. Średnie krzywe FCS dopasowano do równań odpowiadających różnym modelom dyfuzji (przykłady na Rysunku 2). Parametrem tradycyjnie uznawanym za wyznacznik jakości dopasowania jest współczynnik determinacji R2. Im bliżej 1 znajduje się wartość R2, tym lepsze jest dopasowanie. W tym przypadku modelem najdokładniej dopasowanym do średniej krzywej FCS jest model opisujący populację cząsteczek fluorescencyjnych dyfundujących swobodnie w trzech wymiarach (równanie 1 na Rysunku 2 i Rysunku 3B). Czas dyfuzji wynikający z dopasowania wynosi 0,32 ms. Reszty z dopasowania krzywej (Rysunek 3C) oraz współczynnik R2 (0,99906) pozwalają ocenić jakość dopasowania.
Przykład analizy FCS dla komórek HEK293 barwionych toksyną choleryczną znakowaną Alexa488 przedstawiono na rycinie 5. Wielofazowy kształt średniej krzywej FCS ujawnia istnienie populacji cząsteczek fluorescencyjnych o różnych czasach dyfuzji. Najlepsze dopasowanie dla tej krzywej odpowiada modelowi z trzema populacjami sond fluorescencyjnych: dwiema o utrudnionej dyfuzji (dyfuzja dwuwymiarowa w płaszczyźnie błony) oraz jedną dyfundującą swobodnie w trzech wymiarach (równanie 2 na rycinie 2 i rycinie 5). Ta ostatnia populacja odpowiada cząsteczkom fluorescencyjnym poruszającym się poza płaszczyzną błony, tj. wiążącym się lub odłączającym od celów błonowych, docierającym do błony poprzez szlak sekrecji lub recyklingu lub opuszczającym błonę w wyniku endocytozy. Dwa czasy dyfuzji w błonie, odpowiadające toksynie cholerycznej związanej z GM1, wynosiły 2 ms (25% cząsteczek), co odpowiada dyfuzji poza tratwami lipidowymi, oraz 75 ms (50% cząsteczek), co odpowiada dyfuzji w tratwach lipidowych. Należy pamiętać, że jakiekolwiek fotoblaknięcie podczas akwizycji doprowadzi do sztucznego wydłużenia czasów dyfuzji, co może stworzyć błąd w kierunku lokalizacji GM1 w domenach tratw lipidowych.
<img src="/files/ftp_upload/3513/3513fig1.jpg" alt="Schemat spektroskopii korelacji fluorescencji z układem wzbudzenia optycznego i analizy danych." data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 1"> 
Rycina 1. Schematyczny rysunek układu FCS (rysunek zmodyfikowany z Marquer i wsp..12)
<img src="/files/ftp_upload/3513/3513fig2.jpg" alt="Równania dla analizy dyfuzji 3D i 2D; metoda spektroskopii korelacyjnej fluorescencji." data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rysunek 2"> 
Rysunek 2. Przykład modeli dyfuzji i odpowiadających im równań wykorzystywanych do dopasowania krzywych autokorelacji. Parametr strukturalny S można zapisać jako S = z0/w0, gdzie z0 to efektywny promień ogniskowania wzdłuż osi optycznej przy natężeniu 1/e2, a w0 to efektywny boczny promień ogniskowania przy natężeniu 1/e2. Wartości te można wyznaczyć z pomiaru klasycznej funkcji rozproszenia punktu (PSF).
<img src="/files/ftp_upload/3513/3513fig3.jpg" alt="Wykresy spektroskopii korelacyjnej fluorescencji; analiza danych i krzywa zaniku dla dynamiki molekularnej." data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 3"> 
Rycina 3. Ocena czasu dyfuzji toksyny cholerycznej-Alexa488 w roztworze do kalibracji FCS. A) Fluktuacja fluorescencji jako funkcja czasu dla reprezentatywnego przykładu 30-sekundowej akwizycji. B) Średnia krzywa autokorelacji uzyskana z 10 próbek 30-sekundowej akwizycji, dopasowana do równania 1 (patrz Rycina 2). C) Residua z dopasowania krzywej.
<img src="/files/ftp_upload/3513/3513fig4.jpg" alt="Obraz z mikroskopii fluorescencyjnej struktur komórkowych przedstawiający wewnątrzkomórkowy rozkład białek." data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 4"> 
Rycina 4. Komórka HEK-293 barwiona toksyną choleryczną-Alexa488. Obrazy komórek wykonano przy użyciu mikroskopu konfokalnego SP5 (Leica Microsystems, Wetzlar, Niemcy) z wewnętrzną linią lasera 488nm. Fluorescencję zarejestrowano za pomocą obiektywu plan-apochromatycznego z imersją olejową x60 w zakresie od 500 do 650 nm.
<img src="/files/ftp_upload/3513/3513fig5.jpg" alt="Wykres absorpcji przejściowej; analiza danych G(t) w funkcji czasu w milisekundach; wyniki eksperymentalne." data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 5"> 
Rycina 5. Ocena czasu dyfuzji toksyny cholerycznej-Alexa488 w błonie plazmatycznej komórek HEK293. A) Średnia krzywa autokorelacji dopasowana równaniem 2 (patrz Rycina 2). B) Residua z dopasowania krzywej. (zmodyfikowano na podstawie Marquer et al.12)

<ol><li>Brown, D. A., London, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functions+of+lipid+rafts+in+biological+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Cell+Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Functions of lipid rafts in biological membranes.</a> Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 14, 111-136 (1998).</li>
<li>Simons, K., Gerl, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revitalizing+membrane+rafts%3A+new+tools+and+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Mol.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Revitalizing membrane rafts: new tools and insights.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 11, 688-699 (2010).</li>
<li>Simons, K., Ehehalt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cholesterol%2C+lipid+rafts%2C+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Invest%22%5BJournal%5D)">Cholesterol, lipid rafts, and disease.</a> J. Clin. Invest. 110, 597-603 (2002).</li>
<li>Munro, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lipid+rafts%3A+elusive+or+illusive%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Lipid rafts: elusive or illusive.</a> Cell. , 115-377 (2003).</li>
<li>Shaw, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lipid+rafts%3A+now+you+see+them%2C+now+you+don%27t%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Lipid rafts: now you see them, now you don't.</a> Nat. Immunol. 7, 1139-1142 (2006).</li>
<li>Pralle, A., Keller, P., Florin, E. L., Simons, K., Horber, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sphingolipid-cholesterol+rafts+diffuse+as+small+entities+in+the+plasma+membrane+of+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Sphingolipid-cholesterol rafts diffuse as small entities in the plasma membrane of mammalian cells.</a> J. Cell Biol. 148, 997-1008 (2000).</li>
<li>Brown, D. A., London, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+function+of+sphingolipid-+and+cholesterol-rich+membrane+rafts%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Structure and function of sphingolipid- and cholesterol-rich membrane rafts.</a> J. Biol Chem. 275, 17221-17224 (2000).</li>
<li>Sharma, P., Sabharanjak, S., Mayor, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Endocytosis+of+lipid+rafts%3A+an+identity+crisis%5BTitle%5D)+AND+%22Semin.+Cell+Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Endocytosis of lipid rafts: an identity crisis.</a> Semin. Cell Dev. Biol. 13, 205-214 (2002).</li>
<li>Kahya, N., Scherfeld, D., Bacia, K., Poolman, B., Schwille, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+lipid+mobility+of+raft-exhibiting+model+membranes+by+fluorescence+correlation+spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Probing lipid mobility of raft-exhibiting model membranes by fluorescence correlation spectroscopy.</a> J. Biol. Chem. 278, 28109-28115 (2003).</li>
<li>Bacia, K., Scherfeld, D., Kahya, N., Schwille, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+correlation+spectroscopy+relates+rafts+in+model+and+native+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">Fluorescence correlation spectroscopy relates rafts in model and native membranes.</a> Biophys J. 87, 1034-1043 (2004).</li>
<li>Kim, S. A., Heinze, K. G., Schwille, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+correlation+spectroscopy+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Fluorescence correlation spectroscopy in living cells.</a> Nat. Methods. 4, 963-973 (2007).</li>
<li>Marquer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Local+cholesterol+increase+triggers+amyloid+precursor+protein-Bace1+clustering+in+lipid+rafts+and+rapid+endocytosis%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">Local cholesterol increase triggers amyloid precursor protein-Bace1 clustering in lipid rafts and rapid endocytosis.</a> FASEB J. 25, 1295-1305 (2011).</li>
<li>Tian, Y., Martinez, M. M., Pappas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+correlation+spectroscopy%3A+a+review+of+biochemical+and+microfluidic+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Spectrosc%22%5BJournal%5D)">Fluorescence correlation spectroscopy: a review of biochemical and microfluidic applications.</a> Appl. Spectrosc. 65, 115A-124A (2011).</li>
<li>Haustein, E., Schwille, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+correlation+spectroscopy%3A+novel+variations+of+an+established+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Biophys.+Biomol.+Struct%22%5BJournal%5D)">Fluorescence correlation spectroscopy: novel variations of an established technique.</a> Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 36, 151-169 (2007).</li>
<li>Ilien, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pirenzepine+promotes+the+dimerization+of+muscarinic+M1+receptors+through+a+three-step+binding+process%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Pirenzepine promotes the dimerization of muscarinic M1 receptors through a three-step binding process.</a> J. Biol. Chem. 284, 19533-19543 (2009).</li>
<li>Lieto, A. M., Cush, R. C., Thompson, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ligand-receptor+kinetics+measured+by+total+internal+reflection+with+fluorescence+correlation+spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Ligand-receptor kinetics measured by total internal reflection with fluorescence correlation spectroscopy.</a> Biophys. J. 85, 3294-3302 (2003).</li>
<li>Thompson, N. L., Burghardt, T. P., Axelrod, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+surface+dynamics+of+biomolecules+by+total+internal+reflection+fluorescence+with+photobleaching+recovery+or+correlation+spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Measuring surface dynamics of biomolecules by total internal reflection fluorescence with photobleaching recovery or correlation spectroscopy.</a> Biophys. J. 33, 435-454 (1981).</li>
<li>Thompson, N. L., Steele, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+internal+reflection+with+fluorescence+correlation+spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Total internal reflection with fluorescence correlation spectroscopy.</a> Nat. Protoc. 2, 878-890 (2007).</li>
<li>Eggeling, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+observation+of+the+nanoscale+dynamics+of+membrane+lipids+in+a+living+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Direct observation of the nanoscale dynamics of membrane lipids in a living cell.</a> Nature. 457, 1159-1162 (2009).</li>
<li>Kolin, D. L., Wiseman, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+image+correlation+spectroscopy%3A+measuring+number+densities%2C+aggregation+states%2C+and+dynamics+of+fluorescently+labeled+macromolecules+in+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Biochem.+Biophys%22%5BJournal%5D)">Advances in image correlation spectroscopy: measuring number densities, aggregation states, and dynamics of fluorescently labeled macromolecules in cells.</a> Cell Biochem. Biophys. 49, 141-164 (2007).</li>
<li>Shvartsman, D. E., Kotler, M., Tall, R. D., Roth, M. G., Henis, Y. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differently+anchored+influenza+hemagglutinin+mutants+display+distinct+interaction+dynamics+with+mutual+rafts%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Differently anchored influenza hemagglutinin mutants display distinct interaction dynamics with mutual rafts.</a> J. Cell Biol. 163, 879-888 (2003).</li>
<li>White, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Holin+triggering+in+real+time%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Holin triggering in real time.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 798-803 (2011).</li>
<li>Petersen, N. O., Hoddelius, P. L., Wiseman, P. W., Seger, O., Magnusson, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+membrane+receptor+distributions+by+image+correlation+spectroscopy%3A+concept+and+application%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Quantitation of membrane receptor distributions by image correlation spectroscopy: concept and application.</a> Biophys. J. 65, 1135-1146 (1993).</li>
<li>Hebert, B., Costantino, S., Wiseman, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+image+correlation+spectroscopy+%28STICS%29+theory%2C+verification%2C+and+application+to+protein+velocity+mapping+in+living+CHO+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal image correlation spectroscopy (STICS) theory, verification, and application to protein velocity mapping in living CHO cells.</a> Biophys. J. 88, 3601-3614 (2005).</li>
<li>Digman, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+fast+dynamics+in+solutions+and+cells+with+a+laser+scanning+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Measuring fast dynamics in solutions and cells with a laser scanning microscope.</a> Biophys. J. 89, 1317-1327 (2005).</li>
<li>Digman, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluctuation+correlation+spectroscopy+with+a+laser-scanning+microscope%3A+exploiting+the+hidden+time+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Fluctuation correlation spectroscopy with a laser-scanning microscope: exploiting the hidden time structure.</a> Biophys. J. 88, L33-L36 (2005).</li>
<li>Nohe, A., Keating, E., Fivaz, M., van der Goot, F. G., Petersen, N. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+GPI-anchored+proteins+on+the+surface+of+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nanomedicine%22%5BJournal%5D)">Dynamics of GPI-anchored proteins on the surface of living cells.</a> Nanomedicine. 2, 1-7 (2006).</li>
<li>Semrau, S., Schmidt, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Particle+image+correlation+spectroscopy+%28PICS%29%3A+retrieving+nanometer-scale+correlations+from+high-density+single-molecule+position+data%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Particle image correlation spectroscopy (PICS): retrieving nanometer-scale correlations from high-density single-molecule position data.</a> Biophys. J. 92, 613-621 (2007).</li>
<li>Bates, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Membrane+lateral+diffusion+and+capture+of+CFTR+within+transient+confinement+zones%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Membrane lateral diffusion and capture of CFTR within transient confinement zones.</a> Biophys. J. 91, 1046-1058 (2006).</li>
</ol>

Nie zgłoszono żadnych konfliktów interesów.

Przedstawiona tutaj metoda FCS umożliwia czułą i szybką analizę partycji sond fluorescencyjnych w tratwach lipidowych w żywych komórkach. FCS łączy dokładność lokalizacji charakterystyczną dla mikroskopii konfokalnej z czułością zliczania pojedynczych fotonów. Główną różnicą między FCS a standardowymi technikami biochemicznymi jest to, że FCS pozwala na bezwzględne oznaczenie partycji celu w tratwach lipidowych, a nie partycji względnej, co ma miejsce w przypadku izolacji DRM lub co-patchingu.
<p class="jove_content"...

<table><tbody><tr><td>Podjednostka B toksyny cholerowej-Alexa 488</td><td>Invitrogen</td><td>C-34775</td><td>MW (pentamer) = 57 kg/mol</td></tr><tr><td>Mikroskop konfokalny</td><td>Leica Microsystems</td><td>SP5</td><td></td></tr><tr><td>Inkubator z kontrolą temperatury i CO&lt;sup&gt;2&lt;/sup&gt;</td><td>Life imaging services</td><td>The Cube and the Box</td><td></td></tr><tr><td>SPAD (Single Photon Avalanche Diode)</td><td>MPD (Micro Photon Devices</td><td>seria PDM (100 &amp;#181;m powierzchni czułej)</td><td></td></tr><tr><td>Filtr górnoprzepustowy 488 nm</td><td>Semrock</td><td>Filtr długoprzepustowy BrightLine z krawędzią blokującą 488 nm, nr katalogowy FF01-488/LP-25</td><td></td></tr><tr><td>Jednostka detekcyjna FCS</td><td>Picoquant</td><td>Moduł Picoharp 300</td><td></td></tr><tr><td>Oprogramowanie do akwizycji i autokorelacji</td><td>Picoquant</td><td>SymPhoTime</td><td></td></tr><tr><td>Oprogramowanie do dopasowania danych</td><td>OriginLab</td><td>OriginPro8</td><td></td></tr></tbody></table>

oznaczanie partycji sond znakowanych fluorescencyjnie w tratwach lipidowych w żywych komórkach metodą spektroskopii korelacyjnej fluorescencji (fcs)

Determination of Lipid Raft Partitioning of Fluorescently-tagged Probes in Living Cells by Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS)

W ciągu ostatnich piętnastu lat powszechnie przyjęto pogląd, że błony komórkowe nie są homogeniczne i opierają swoje funkcje na mikrodomenach. Tratwy lipidowe to mikrodomeny błonowe wzbogacone w cholesterol i sfingolipidy. Odgrywają one rolę w fizjologicznych procesach komórkowych, takich jak sygnalizacja i transport1,2, ale uważa się również, że są kluczowymi elementami w przebiegu wielu chorób, w tym infekcji wirusowych lub bakteryjnych oraz chorób neurodegeneracyjnych3.
Jednak ich istnienie wciąż pozostaje kwestią sporną4,5. Rzeczywiście, wielkość tratw lipidowych szacuje się na około 20 nm6, co znajduje się znacznie poniżej granicy rozdzielczości konwencjonalnej mikroskopii (około 200 nm), uniemożliwiając tym samym ich bezpośrednie obrazowanie. Do tej pory głównymi technikami stosowanymi do oceny partycji białek zainteresowania wewnątrz tratw lipidowych były izolacja błon opornych na detergenty (DRMs) oraz współpatchowanie z przeciwciałami. Chociaż metody te są szeroko stosowane ze względu na stosunkowo łatwą implementację, były one podatne na artefakty, przez co spotykały się z krytyką7,8. Konieczne stało się zatem wprowadzenie ulepszeń technicznych, aby wyeliminować te artefakty i umożliwić badanie partycji tratw lipidowych w żywych komórkach.
W niniejszej pracy przedstawiamy metodę czułej analizy partycji białek lub lipidów znakowanych fluorescencyjnie w tratwach lipidowych błony plazmatycznej żywych komórek. Metoda ta, nazywana spektroskopią korelacyjną fluorescencji (FCS), opiera się na różnicy w czasach dyfuzji sond fluorescencyjnych znajdujących się wewnątrz lub na zewnątrz tratw lipidowych. W rzeczywistości, jak wykazano zarówno w błonach sztucznych, jak i w hodowlach komórkowych, sondy dyfundują znacznie szybciej poza gęstymi tratwami lipidowymi niż w ich wnętrzu9,10. Aby wyznaczyć czasy dyfuzji, przy użyciu mikroskopu konfokalnego mierzy się minimalne fluktuacje fluorescencji w funkcji czasu w objętości ogniskowej (około 1 femtolitra), zlokalizowanej w błonie plazmatycznej komórek (Ryc. 1). Na podstawie tych fluktuacji można następnie wykreślić krzywe autokorelacji i dopasować je do odpowiednich matematycznych modeli dyfuzji11.
Metoda FCS może być wykorzystana do określenia rozdziału różnych sond w tratwach lipidowych, pod warunkiem, że są one znakowane fluorescencyjnie. Znakowanie fluorescencyjne można osiągnąć poprzez ekspresję fluorescencyjnych białek fuzyjnych lub poprzez wiązanie ligandów fluorescencyjnych. Co więcej, FCS można stosować nie tylko w membranach sztucznych i liniach komórkowych, ale także w kulturach pierwotnych, jak opisano w niedawnej pracy12. Metoda ta może być również wykorzystana do śledzenia dynamiki rozdziału w tratwach lipidowych po dodaniu leku lub zmianie składu lipidowego błony12.

Opisano technikę badania partycjonowania białek fluorescencyjnych w tratwach lipidowych błony plazmatycznej żywych komórek. Metoda ta wykorzystuje różnice w czasie dyfuzji białek znajdujących się wewnątrz lub na zewnątrz tratw lipidowych. Akwizycja danych może być przeprowadzana dynamicznie w warunkach kontrolnych lub po dodaniu leku.

Oznaczanie partycji sond znakowanych fluorescencyjnie w tratwach lipidowych w żywych komórkach metodą spektroskopii korelacyjnej fluorescencji (FCS)

W ciągu ostatnich piętnastu lat powszechnie zaakceptowano koncepcję, według której błony komórkowe nie są homogeniczne i polegają na mikidomenach w celu pełnienia swoich funkcji. ...

Trześnie lipidowe to mikrodomeny w obrębie błony plazmatycznej, które pełnią funkcję centrów organizacyjnych dla procesów komórkowych, takich jak sygnalizacja i transport. W niniejszym materiale ilościowo określono partycjonowanie tratw lipidowych w błonie plazmatycznej żywych komórek za pomocą spektroskopii korelacyjnej fluorescencji, aby zbadać partycjonowanie tratw lipidowych gangliozydy GM1. Komórki ssaków badano przy użyciu podjednostek B toksyny cholery znakowanych barwnikiem Alexa 488.Białka fluorescencyjne wiążą się z gangliozydem GM1, który jest preferencyjnie wbudowany w tratwy lipidowe, co analizuje się za pomocą mikroskopii konfokalnej. Pomiarowi poddawane są minimalne fluktuacje fluorescencji w błonie plazmatycznej. Następnie generowane są krzywe autokorelacji, które dopasowuje się do odpowiednich matematycznych modeli dyfuzji w celu wyznaczenia czasów dyfuzji Fluor.Ponieważ sondy dyfundują znacznie szybciej poza gęstymi tratwami lipidowymi niż w ich wnętrzu, uzyskane wyniki wskazują na stopień partycjonowania. Główną zaletą tej techniki w porównaniu z naszymi dotychczasowymi metodami, takimi jak izolacja błon odpornych na detergenty czy współpatchowanie z przeciwciałami, jest to, że FCS umożliwia określenie bezwzględnego, a nie względnego wzorca rozmieszczenia celu w tratwach lipidowych. Ponadto metoda ta może być stosowana zarówno do lipidów, jak i białek, pod warunkiem, że są one znakowane fluorescencyjnie.Ta metoda może pomóc w odpowiedzi na kluczowe pytania w dziedzinie choroby Alzheimera, takie jak: jakie jest znaczenie lipidów w produkcji amyloidu beta? Doprowadzi to do istotnych odkryć, np. nowych inhibitorów wiążących się specyficznie z komponentami szczepów lipidowych. Rozpocznij procedurę od skalibrowania systemu spektroskopii korelacyjnej fluorescencji (FCS).Ten układ FCS składa się z mikroskopu konfokalnego połączonego z zewnętrzną jednostką detekcyjną z filtrem detekcyjnym i fotodiodą lawinową oraz z systemem zliczania pojedynczych fotonów skorelowanych w czasie. Uruchom lasery mikroskopu konfokalnego, komputer do obrazowania konfokalnego oraz komputer do akwizycji FCS. Następnie włącz inkubator i ustaw go na 37 °C oraz 5% carbon dioxide.Upewnij się, że lawinowa dioda pojedynczych fotonów (SPAD) jest włączona, a filtr fluorescencyjny wewnątrz detektora SPAD jest odpowiednio dobrany do próbki. Sprawdź, czy detektor SPAD jest zsynchronizowany czasowo. Po skonfigurowaniu ustawień detektora SPAD do akwizycji, uruchom oprogramowanie FCS PICO quant.Przygotuj świeży roztwór toksyny cholery znakowanej Alexa 488 rozcieńczonej w PBS do końcowego stężenia 1 µg/mL. Nanieś roztwór pipetą na szkiełko nakrywkowe. Następnie dostosuj ustawienia osi Z mikroskopu, aby znaleźć płaszczyznę, w której fluorescencja jest najintensywniejsza.Aby przełączyć się w tryb skanowania punktowego, kliknij przycisk bleach point, a następnie kliknij na ekranie obrazu, aby wybrać punktowy obszar zainteresowania w próbce roztworu. Za pomocą oprogramowania ustaw czas ekspozycji na wartość większą niż pięć minut. Zapewni to wystarczająco długie naświetlanie laserem do przeprowadzenia pomiarów FCS.Następnie, korzystając z oprogramowania FCS, przełącz detekcję na zewnętrzną za pomocą spad. Upewnij się, że sygnał fluorescencyjny mieści się w zakresie od 10 000 do 50 000 zliczeń na sekundę. Celem jest uzyskanie dobrego sygnału bez wystąpienia nasycenia.Wykonaj 10 serii pomiarów 32-punktowych w tym samym polu. Czas akwizycji należy zoptymalizować dla danej próbki w taki sposób, aby uzyskać wysoką jakość próbkowania bez efektu fotoblaknięcia. Po pozyskaniu danych z próbki optymalizacyjnej są one wykorzystywane do wygenerowania krzywych autokorelacji, na podstawie których zostaną określone czasy dyfuzji gatunków fluorescencyjnych. Po pierwsze.Używając oprogramowania FCS, ustaw przedział korelacji i wygeneruj krzywą autokorelacji odpowiadającą gatunkom fluorescencyjnym dyfundującym w roztworze. W przypadku każdego 32. pomiaru oprogramowanie przeanalizuje niezależnie każdą 32. próbkę i wygeneruje krzywe autokorelacji z intensywności fluorescencji, wykorzystując klasyczną funkcję matematyczną, która określa podobieństwo między obserwacjami jako funkcję odstępu czasowego między nimi. Przedział korelacji będzie zazwyczaj obejmował zakres od najkrótszego rozdzielczego czasu LAC do najdłuższego możliwego czasu.Jak widać, pomiar staje się mniej dokładny, gdy maksymalny czas korelacji zbliża się do całkowitego czasu akwizycji. W tym przypadku maksymalny czas opóźnienia został ograniczony do 80% czasu akwizycji. Następnie, dla każdej próbki, wyeksportuj pliki odpowiadające fluktuacjom fluorescencji oraz autokorelacji w funkcji czasu. Następnie zaimportuj pliki do oprogramowania do analizy i dopasowania danych, takiego jak Origin Pro, aby sprawdzić, czy podczas akwizycji nie wystąpił fotobleaching.Przeanalizuj plik z fluktuacjami fluorescencji. Fluorescencja powinna być stabilna przez 30 sekund i powinna być reprezentowana jako linia płaska. W przypadku pomiarów fluorescencji może wystąpić fotoblaknięcie.Nie należy wykorzystywać odpowiadających im krzywych FCS do dalszych analiz, ponieważ może to spowodować sztuczne wydłużenie czasów dyfuzji w pozostałych krzywych FCS. Wyznacz średnią krzywą FCS poprzez uśrednienie wartości autokorelacji dla każdego punktu czasowego. Na koniec, w celu dopasowania krzywej do odpowiedniego modelu matematycznego, użyj modułu dopasowywania programu Origin Pro z odpowiednim równaniem.Dopasowanie to pozwoli wyznaczyć czas dyfuzji cząsteczek i roztworu. W tym przypadku w procesie dyfuzji występuje tylko jedna populacja dyfundująca swobodnie. Jeśli uzyskany czas dyfuzji jest prawidłowy, powinien wynosić około 0,2 milisekund.Układ jest odpowiednio skalibrowany i może być wykorzystany w dalszych eksperymentach. Po zweryfikowaniu kalibracji układu system może zostać użyty do pomiaru rozdziału lipidowych RAF w florze. Wyjmij z inkubatora cztery interesujące żywe komórki HEC 2 93.Komórki powinny zostać wysiane dzień wcześniej na szkiełkach pokrywowych Lab Tech z ośmioma okienkami, pokrytych poli-L-lizyną, aby miały czas na adhezję. Należy zastosować pożywkę bez czerwieni fenolowej, aby zapobiec zakłóceniom sygnału fluorescencji. Za pomocą pipety należy delikatnie usunąć większość pożywki z okienka, dbając o to, aby komórki nie wyschły.Następnie delikatnie dodaj HBSS do dołka. Powtórz to płukanie raz dla każdego dołka. Dodaj 500 µL rozcieńczonej toksyny cholery, Alexa 488, do komórek na 30 minut.W temperaturze 37°C toksyna cholery zwiąże się z gangliozydem GM1, który po inkubacji ulega preferencyjnej partycji w raftach lipidowych. Przemyj komórki dwukrotnie roztworem HBSS; teraz komórki są gotowe do pozyskiwania danych FCS. Umieść zabarwione komórki na stoliku mikroskopu i sprawdź ustawienia temperatury oraz stężenia dwutlenku węgla.Zoptymalizuj obrazowanie konfokalne wybranej komórki, korzystając z wewnętrznej detekcji mikroskopu. Znajdź komórkę z dobrze zabarwioną błoną. Przełącz urządzenie w tryb skanowania punktowego, tak jak wcześniej, i wybierz punkt w błonie plazmatycznej badanej komórki.Wykonaj jeden lub dwa zdjęcia komórki, aby upewnić się, że nie przemieszcza się ona podczas akwizycji. Przełącz na detekcję zewnętrzną za pomocą spad oraz do oprogramowania FCS, tak jak wcześniej, aby uzyskać odpowiedni sygnał w zakresie 10 000 do 50 000. Skoryguj wzmocnienie pozycji Z i/lub moc lasera.Należy zebrać 10 próbek 32 pomiarów, ponieważ większość komórek wykazuje autofluorescencję. Podczas pierwszych akwizycji może wystąpić spadek fluorescencji z powodu wygasania autofluorescencji. Następnie należy przeanalizować fluktuacje fluorescencji w ten sam sposób co wcześniej, aby wyznaczyć średnią krzywą FCS.Następnie należy dopasować wielofazową średnią krzywą FCS do odpowiedniego modelu matematycznego. W tym celu należy użyć modułu dopasowania programu Origin Pro z odpowiednim równaniem. Proces ten pozwoli wyznaczyć czasy dyfuzji oraz proporcję cząsteczek dyfundujących z tymi czasami dyfuzji.Rysunek ten przedstawia przykład kalibracji FCS z wykorzystaniem roztworu cholery toksyny znakowanej Alexa 488. Po zweryfikowaniu, że pojedyncze pomiary fluorescencji w funkcji czasu nie wykazały fotoblaknięcia, obliczono indywidualne i średnie krzywe FCS. Średnie krzywe FCS dopasowano do równań odpowiadających różnym modelom dyfuzji.Parametrem klasycznie uznawanym za wyznacznik jakości dopasowania jest współczynnik determinacji R kwadrat. Im bliżej jedności znajduje się R kwadrat, tym lepsze jest dopasowanie, a w tym przypadku najbardziej dokładny jest model dopasowania. Średnia krzywa FCS to taka, która opisuje populację cząsteczek fluorescencyjnych dyfundujących swobodnie w trzech wymiarach.Czas dyfuzji wynikający z dopasowania wynosi 0,32 milliseconds. Reszty z dopasowania krzywej oraz współczynnik R kwadrat pozwalają tutaj oszacować jakość dopasowania. Wartość R kwadrat wynosi 0,99906, co wskazuje na dobre dopasowanie.Poniżej przedstawiono przykład analizy FCS dla komórek HC 2 93 barwionych toksyną choleryczną z użyciem Alexa 4 88. W tym przykładzie toksyna zaczyna być endocytowana, co potwierdza obecność małych wewnątrzkomórkowych punktów fluorescencyjnych służących do oceny dyfuzji. Czas przebywania toksyny cholerycznej Alexa 4 88 w błonie plazmatycznej.Dane zostały zebrane i przeanalizowane zgodnie z opisem przedstawionym w tym filmie. Kształt wielofazowej średniej krzywej FCS ujawnia istnienie populacji cząsteczek fluorescencyjnych o różnych czasach dyfuzji. Najlepsze dopasowanie dla tej krzywej odpowiada modelowi z trzema populacjami sond fluorescencyjnych, z czego dwie charakteryzują się dyfuzją ograniczoną.Dyfuzja w dwóch wymiarach, tak jak w płaszczyźnie błony, oraz jedna populacja dyfundująca swobodnie w trzech wymiarach. Ta ostatnia populacja odpowiada cząsteczkom fluorescencyjnym poruszającym się poza płaszczyzną błony. Innymi słowy, cząsteczki fluorescencyjne albo wiążą się lub odwiązują od celów błonowych, docierając do błony poprzez szlak sekrecji lub recyklingu, albo opuszczają błonę w procesie endocytozy.W błonie zaobserwowano dwa czasy dyfuzji. 25% cząsteczek wykazywało szybkości dyfuzji rzędu dwóch milisekund, co odpowiadało dyfuzji poza tratwami lipidowymi. 50% cząsteczek wykazywało czasy dyfuzji wynoszące 75 milisekund, co odpowiadało dyfuzji w obrębie tratw lipidowych.Postępując zgodnie z tą procedurą, poprzez zastosowanie alternatywnej konfiguracji optycznej, można przeprowadzić detekcję pojedynczych cząsteczek poniżej limitu dyfrakcji, co pozwala na dostęp do szerszego zakresu czasów dyfuzji. Po opracowaniu, technika ta utorowała drogę badaczom zajmującym się domenami lipidowymi (lipid rafts) do analizy dynamiki partycjonowania tych domen w kontekście chorób, po podaniu leku lub zmianie składu lipidowego błony w liniach komórkowych i kulturach pierwotnych.

determination-lipid-raft-partitioning-fluorescently-tagged-probes

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Oznaczanie partycjonowania raftów lipidowych sond znakowanej fluorescencyjnie w żywych komórkach za pomocą fluorescencyjnej spektroskopii korelacyjnej (FCS)

Ten film demonstruje użycie spektroskopii fluktuacji fluorescencji do wykrywania interakcji między białkami na powierzchni komórki na styku komórka-komórka. Poprzez ekspresję transbłonowego receptora adhezyjnego będącego przedmiotem zainteresowania znakowanego białkiem fluorescencyjnym i mieszanie dwóch różnych populacji komórek zawierających dwie spektralnie oddzielone znaczniki fluorescencyjne, trans-interakcja między receptorami dwóch sąsiednich komórek o różnej fluorescencji jest oceniana...

Spektroskopia fluktuacji fluorescencji w celu zbadania interakcji białek w kontaktach komórkowych

Przestrzenny rozkład i czasowa dynamika białek błony komórkowej i lipidów to gorący temat w biologii. W tym przypadku problem ten został rozwiązany za pomocą czasoprzestrzennej analizy fluktuacji obrazu, która zapewnia koncepcyjnie te same fizyczne wielkości śledzenia pojedynczych cząstek, ale wykorzystuje małe znaczniki molekularne i standardowe konfiguracje mikroskopowe.

Od szybkiego obrazowania fluorescencyjnego do prawa dyfuzji molekularnej na żywych błonach komórkowych w komercyjnym mikroskopie

Tutaj prezentujemy protokół do wykrywania pojedynczych, zapośredniczonych przez SNARE zdarzeń fuzji między liposomami a wspieranymi dwuwarstwami w kanałach mikroprzepływowych za pomocą spolaryzowanego TIRFM, z czułością pojedynczej cząsteczki i rozdzielczością czasową ~15 ms. Uwalnianie lipidów i rozpuszczalnego ładunku może być wykrywane jednocześnie. Mierzy się wielkość liposomów, dyfuzyjność lipidów i właściwości porów fuzyjnych.

Fuzja pojedynczych proteoliposomów za pośrednictwem SNARE z dwuwarstwami na uwięzi w mikroprzepływowej komórce przepływowej monitorowanej za pomocą spolaryzowanej mikroskopii TIRF

Opisano metodę pomiaru dyfuzji białek w błonach pierwotnych komórek odpornościowych za pomocą spektroskopii korelacji fluorescencji (FCS). W niniejszej pracy zilustrowano zastosowanie przeciwciał do znakowania fluorescencyjnego.

Dyfuzja molekularna w błonach plazmatycznych limfocytów pierwotnych mierzona za pomocą spektroskopii korelacji fluorescencji

Przeciwciała, które wiążą się z docelowymi receptorami na powierzchni komórki, mogą powodować zmiany konformacji i grupowania. Te dynamiczne zmiany mają implikacje dla charakterystyki rozwoju leków w komórkach docelowych. Protokół ten wykorzystuje mikroskopię konfokalną i spektroskopię korelacji obrazów za pomocą ImageJ/FIJI w celu ilościowego określenia zakresu grupowania receptorów na powierzchni komórki.

Mikroskopia konfokalna ujawnia agregację receptorów na powierzchni komórki za pomocą spektroskopii korelacji obrazu

Tutaj prezentujemy protokół do przeprowadzenia analizy ilościowej poziomu asocjacji plazmato-błonowej dla fluorescencyjnie oznakowanego białka związanego obwodowo. Metoda opiera się na obliczeniowej dekompozycji błonowej i cytoplazmatycznej składowej sygnału obserwowanej w komórkach znakowanych markerem fluorescencyjnym błony plazmatycznej.

Oznaczanie partycjonowania błony plazmatycznej dla białek związanych obwodowo

Ten protokół opisuje podejście oparte na spektroskopii fluktuacji fluorescencji, mające na celu badanie interakcji między białkami pośredniczącymi w interakcjach komórka-komórka, tj. białkami zlokalizowanymi w połączeniach komórkowych, bezpośrednio w żywych komórkach. Zapewniamy szczegółowe wytyczne dotyczące kalibracji, akwizycji i analizy przyrządów, w tym korekty możliwych źródeł artefaktów.

Test spektroskopii fluktuacji fluorescencji interakcji białko-białko na styku komórka-komórka

Ten artykuł ma na celu przedstawienie protokołu, jak zbudować mikroskop spektroskopii korelacji fluorescencji (svFCS) do pomiaru dyfuzji molekularnej na błonie komórkowej żywych komórek.

Spektroskopia korelacji fluorescencji zmienności plamki do analizy dyfuzji molekularnej na błonie plazmatycznej żywych komórek

Wprowadzamy tutaj procedurę pomiaru oligomerów białkowych i agregacji w lizacie komórkowym i żywych komórkach za pomocą spektroskopii korelacji fluorescencji.

Wykrywanie agregacji białek za pomocą spektroskopii korelacji fluorescencji

Prezentujemy eksperymentalny protokół i proces analizy danych do przeprowadzenia dwukolorowej spektroskopii korelacji krzyżowej fluorescencji (FCCS) na żywo w połączeniu z transferem energii rezonansowej Förster (FRET) w celu zbadania dynamiki receptorów błonowych w żywych komórkach przy użyciu nowoczesnych technik znakowania fluorescencji.

Dwukolorowa spektroskopia korelacji krzyżowej fluorescencji w celu zbadania interakcji białko-białko i dynamiki białek w żywych komórkach

Poznaj spektroskopię korelacji fluorescencji do badania partycjonowania tratw lipidowych w żywych komórkach. Ta metoda pozwala mierzyć czasy dyfuzji białek fluorescencyjnych w mikrodomenach błony komórkowej.

Oznaczanie partycjonowania tratw lipidowych sond znakowanych fluorescencyjnie w żywych komórkach za pomocą spektroskopii korelacji fluorescencji (FCS) (Wideo) | JoVE Journal

Oznaczanie partycji sond znakowanych fluorescencyjnie w tratwach lipidowych w żywych komórkach metodą spektroskopii korelacyjnej fluorescencji (FCS)

Przeglądaj więcej filmów