Test przesunięcia ruchliwości elektroforetycznej (EMSA) do badania interakcji RNA-białko: przykład IRE/IRP

Ogólnym celem poniższego eksperymentu jest analiza interakcji białek RNA z ekstraktów komórkowych przy użyciu testu przesunięcia ruchliwości elektroforetycznej. Osiąga się to poprzez przygotowanie najpierw ekstraktu białkowego z komórek lub tkanek w oddzielnym etapie, syntetyzowana i oczyszczana jest specyficzna dla genu sonda RNA znakowana radiowo. Ekstrakt białkowy jest następnie mieszany ze znakowaną sondą RNA, aby umożliwić tworzenie specyficznych kompleksów białkowych RNA.

Na koniec produkt reakcji jest ładowany do niedenaturującego żelu poliakrylamidowego i analizowany za pomocą sondy RNA wolnej od elektroforezy jest oddzielany od kompleksów białkowych RNA ze względu na jego szybszą ruchliwość. Test przesunięcia ruchliwości elektroforetycznej jest szeroko stosowany do analizy interakcji białek RNA. Mogliśmy przeanalizować wiązanie białek regulatorowych żelaza, IRP jeden i IRP 2 z ich docelowym elementem RNA.