Name: Test biologiczny o małej objętości do oceny wspólnej hodowli bakterii i fitoplanktonu przy użyciu fluorometrii z modulacją amplitudy WATER-Pulse-Amplitude (WATER-PAM) (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-03-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 54 s
Description: Poznaj miniaturowy test biologiczny do szybkiego badania wspólnych hodowli mikroalg i bakterii przy użyciu fluorometrii WATER-PAM. Ta metoda pozwala ocenić zdrowie fotosystemu II i identyfikować interakcje symbiotyczne lub patogenne.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Ta praca była wspierana przez Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (grant 402105), Canadian Foundation for Innovation (grant 129087) oraz Alberta Education and Training (grant AAETRCP-12-026-SEG) dla RJC.

<ol><li>Scarratt, M. G., Marchetti, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+microbial+responses+to+iron+enrichment+in+the+Subarctic+Northeast+Pacific%3A+Do+microcosms+reproduce+the+in+situ+condition%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Deep+Sea+Res+Part+II+Top.+Stud.+Oceanogr%22%5BJournal%5D)">Assessing microbial responses to iron enrichment in the Subarctic Northeast Pacific: Do microcosms reproduce the in situ condition?</a> Deep Sea Res Part II Top. Stud. Oceanogr. 53 (20-22), 2182-2200 (2006).</li>
<li>Bidle, K. D., Haramaty, L., Barcelos E Ramos, J., Falkowski, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+activation+and+recruitment+of+metacaspases+in+the+unicellular+coccolithophore%2C+Emiliania+huxleyi%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Viral activation and recruitment of metacaspases in the unicellular coccolithophore, Emiliania huxleyi.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (14), 6049-6054 (2007).</li>
<li>Moore, L. R., Goericke, R., Chisholm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+physiology+of+Synechococcus+and+Prochlorococcus%3A+influence+of+light+and+temperature+on+growth%2C+pigments%2C+fluorescence+and+absorptive%5BTitle%5D)+AND+%22Mar.+Ecol.+Prog.+Ser%22%5BJournal%5D)">Comparative physiology of Synechococcus and Prochlorococcus: influence of light and temperature on growth, pigments, fluorescence and absorptive.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 116, (1995).</li>
<li>Iglesias-Rodriguez, M. D., Halloran, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phytoplankton+calcification+in+a+high-CO2+world%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Phytoplankton calcification in a high-CO2 world.</a> Science. 320 (5874), 336-340 (2008).</li>
<li>Chen, M., Tang, H., Ma, H., Holland, T. C., Ng, K. Y. S., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+nutrients+on+growth+and+lipid+accumulation+in+the+green+algae+Dunaliella+tertiolecta%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresour.+Technol%22%5BJournal%5D)">Effect of nutrients on growth and lipid accumulation in the green algae Dunaliella tertiolecta.</a> Bioresour. Technol. 102 (2), 1649-1655 (2011).</li>
<li>Lv, J. -M., Cheng, L. -H., Xu, X. -H., Zhang, L., Chen, H. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+lipid+production+of+Chlorella+vulgaris+by+adjustment+of+cultivation+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresour.+Technol%22%5BJournal%5D)">Enhanced lipid production of Chlorella vulgaris by adjustment of cultivation conditions.</a> Bioresour. Technol. 101 (17), 6797-6804 (2010).</li>
<li>Geider, R., Graziano, L., McKay, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Responses+of+the+photosynthetic+apparatus+of+Dunaliella+tertiolecta+%28Chlorophyceae%29+to+nitrogen+and+phosphorus+limitation%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Responses of the photosynthetic apparatus of Dunaliella tertiolecta (Chlorophyceae) to nitrogen and phosphorus limitation.</a> Eur. J. Phycol. 33 (4), 315-332 (1998).</li>
<li>MacIntyre, H. L., Cullen, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+Cultures+to+Investigate+the+Physiological+Ecology+of+Microalgae%5BTitle%5D)+AND+%22Algal+Cult.+Tech%22%5BJournal%5D)">Using Cultures to Investigate the Physiological Ecology of Microalgae.</a> Algal Cult. Tech. , 287-326 (2005).</li>
<li>Blaise, C., Vasseur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algal+microplate+toxicity+test%5BTitle%5D)+AND+%22Small-scale+Freshw.+Toxic.+Investig.+Vol.+1+Toxic.+Test+Methods%22%5BJournal%5D)">Algal microplate toxicity test.</a> Small-scale Freshw. Toxic. Investig. Vol. 1 Toxic. Test Methods. , 137-179 (2005).</li>
<li>Skjelbred, B., Edvardsen, B., Andersen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+method+for+measuring+growth+and+loss+rates+in+microalgal+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Phycol%22%5BJournal%5D)">A high-throughput method for measuring growth and loss rates in microalgal cultures.</a> J. Appl. Phycol. 24, 1589-1599 (2012).</li>
<li>Nagai, T., Taya, K., Annoh, H., Ishihara, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+fluorometric+microplate+algal+toxicity+assay+for+riverine+periphytic+algal+species%5BTitle%5D)+AND+%22Ecotoxicol.+Environ.+Saf%22%5BJournal%5D)">Application of a fluorometric microplate algal toxicity assay for riverine periphytic algal species.</a> Ecotoxicol. Environ. Saf. 94, 37-44 (2013).</li>
<li>Seyedsayamdost, M. R., Case, R. J., Kolter, R., Clardy, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Jekyll-and-Hyde+chemistry+of+Phaeobacter+gallaeciensis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Chem%22%5BJournal%5D)">The Jekyll-and-Hyde chemistry of Phaeobacter gallaeciensis.</a> Nat. Chem. 3 (4), 331-335 (2011).</li>
<li>Schreiber, U., Schliwa, U., Bilger, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Continuous+recording+of+photochemical+and+non-photochemical+chlorophyll+fluorescence+quenching+with+a+new+type+of+modulation+fluorometer%5BTitle%5D)+AND+%22Photosynth.+Res%22%5BJournal%5D)">Continuous recording of photochemical and non-photochemical chlorophyll fluorescence quenching with a new type of modulation fluorometer.</a> Photosynth. Res. 10 (1-2), 51-62 (1986).</li>
<li>Jones, R. J., Ward, S., Amri, A. Y., Hoegh-Guldber, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+quantum+efficiency+of+photosystem+II+of+symbiotic+dinoflagellates+of+corals+after+heat+stress%2C+and+of+bleached+corals+sampled+after+the+1998+Great+Barrier+Reef+mass+bleaching+event%5BTitle%5D)+AND+%22Mar.+Freshw.+Res%22%5BJournal%5D)">Changes in quantum efficiency of photosystem II of symbiotic dinoflagellates of corals after heat stress, and of bleached corals sampled after the 1998 Great Barrier Reef mass bleaching event.</a> Mar. Freshw. Res. 51 (345), 659-668 (1998).</li>
<li>Beer, S., Larsson, C., Poryan, O., Axelsson, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Photosynthetic+rates+of+Ulva+%28Chlorophyta%29+measured+by+pulse+amplitude+modulated+fluorometry%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Photosynthetic rates of Ulva (Chlorophyta) measured by pulse amplitude modulated fluorometry.</a> Eur. J. Phycol. 35 (1), 69-74 (2000).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22WATER-PAM+Chlorophyll+Fluorometer.+Instrument+Description+and+Information+for+Users%22">WATER-PAM Chlorophyll Fluorometer. Instrument Description and Information for Users</a>. , Heinz Walz GmbH. Germany. Available at: 
 
 <a target="_blank" href="http://www.walz.com/downloads/manuals/water-pam/waterp3e.pdf">http://www.walz.com/downloads/manuals/water-pam/waterp3e.pdf</a> (2013).</li>
<li>Maxwell, K., Johnson, G. M., Heers, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chlorophyll+fluorescence--a+practical+guide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">Chlorophyll fluorescence--a practical guide.</a> J. Exp. Bot. 51 (345), 659-668 (2000).</li>
<li>Herigstad, B., Hamilton, M., Heersink, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+to+optimize+the+drop+plate+method+for+enumerating+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microbiol.+Methods%22%5BJournal%5D)">How to optimize the drop plate method for enumerating bacteria.</a> J. Microbiol. Methods. 44 (2), Available at:
 
 <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11165341">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11165341</a> 121-129 (2001).</li>
<li>Kooten, O., Snel, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+chlorophyll+fluorescence+nomenclature+in+plant+stress+physiology%5BTitle%5D)+AND+%22Photosynth.+Res%22%5BJournal%5D)">The use of chlorophyll fluorescence nomenclature in plant stress physiology.</a> Photosynth. Res. 25 (3), Available at:
 
 <a target="_blank" href="http://www.springerlink.com/index/r3689k5w72782r50.pdf">http://www.springerlink.com/index/r3689k5w72782r50.pdf</a> 147-150 (1990).</li>
<li>Maxwell, K., Johnson, G. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chlorophyll+fluorescence--a+practical+guide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">Chlorophyll fluorescence--a practical guide.</a> J. Exp. Bot. 51 (345), 659-668 (2000).</li>
<li>Schreiber, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pulse-Amplitude-Modulation+%28PAM%29+Fluorometry+and+Saturation+Pulse+Method%3A+An+Overview%5BTitle%5D)+AND+%22Chlorophyll+a+Fluoresc.+A+Signat.+Photosynth%22%5BJournal%5D)">Pulse-Amplitude-Modulation (PAM) Fluorometry and Saturation Pulse Method: An Overview.</a> Chlorophyll a Fluoresc. A Signat. Photosynth. , 279-319 (2004).</li>
<li>Roháček, K., Barták, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Technique+of+the+modulated+chlorophyll+fluorescence%3A+basic+concepts%2C+useful+parameters%2C+and+some+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Photosynthetica%22%5BJournal%5D)">Technique of the modulated chlorophyll fluorescence: basic concepts, useful parameters, and some applications.</a> Photosynthetica. 37 (3), 339-363 (1999).</li>
<li>Da Silva, J. M., da Silva, A. B., Pádua, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulated+chlorophyll+a+fluorescence%3A+a+tool+for+teaching+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Educ%22%5BJournal%5D)">Modulated chlorophyll a fluorescence: a tool for teaching photosynthesis.</a> J. Biol. Educ. 41 (4), 178-183 (2007).</li>
<li>Vieira, S., Ribeiro, L., Jesus, B., Cartaxana, P., da Silva, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Photosynthesis+assessment+in+microphytobenthos+using+conventional+and+imaging+pulse+amplitude+modulation+fluorometry%5BTitle%5D)+AND+%22Photochem.+Photobiol%22%5BJournal%5D)">Photosynthesis assessment in microphytobenthos using conventional and imaging pulse amplitude modulation fluorometry.</a> Photochem. Photobiol. 89 (1), 97-102 (2013).</li>
</ol>

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Wzrost alg w formacie zminiaturyzowanym.
Miniaturyzacja kultur glonów do objętości 1 ml w płytce mikrotitracyjnej pozwala na zwiększenie liczby powtórzeń w ramach eksperymentu. Ważne jest, aby upewnić się, że glony pozostają zdrowe przez cały czas trwania badania; należy przeprowadzić krzywą wzrostu (Rycina 2), wykorzystując format płytki mikrotitracyjnej do oceny różnych pożywek dla glonów, aby upewnić się, że ich zapotrzebowanie żywieniowe jest zaspokojone. Dodatkowo może być i...

Fizjologia fitoplanktonu była tradycyjnie badana w eksperymentach na skalę mezoskalową od 20 ml w kolbach stożkowych do 5 ml w beczkach1–7. Ta skala eksperymentalna wymaga podpróbkowania do monitorowania eksperymentalnego, ponieważ poświęcanie próbek powtórzonych dla każdego punktu czasowego tworzy niemożliwą do opanowania konfigurację eksperymentalną.
Możliwość zwiększenia liczby niezależnych eksperymentów przy użyciu tej samej przestrzeni inkubatora dobowego poprzez miniaturyzację objętości eksperymentalnej do eksperymentów fizjologii glonów zmniejszy lub wyeliminuje ograniczenia podpróbkowania i pseudo-replikacji z dużych objętości. Opracowano format płytki do mikromiareczkowania do testów biologicznych glonów przy użyciu objętości 1 ml kultury do eksperymentalnego manipulowania glonami w zmiennych warunkach. Ta niewielka objętość doświadczalna pozwala na zwiększenie liczby kontrprób, zwiększa odtwarzalność eksperymentalną ze względu na zmniejszoną zmienność między próbkami powtórzonymi a eksperymentami oraz umożliwia prawdziwą replikację przy zachowaniu kontroli eksperymentalnej (tj. aksenicznych kultur glonów) przez 140 dni (Rysunek 2)12.
Ten format płytki do mikromiareczkowania można łatwo dostosować do różnych pytań eksperymentalnych, takich jak: czy bakteria ma symbiotyczne, neutralne lub chorobotwórcze interakcje ze swoim gospodarzem glonowym? Czy dodatek związku jest stymulujący czy toksyczny dla algi? Na te i inne pytania można odpowiedzieć w szybki i wydajny sposób, korzystając z nowego formatu9–11.
48-dołkowa płytka do hodowli mikromiareczkowej pozwala na to, aby każda 1 ml studzienki była niezależnym układem eksperymentalnym, który jest pobierany w jednym punkcie czasowym. Z tej objętości 1 ml można pobrać próbki różnych parametrów, w tym między innymi: fluorescencji chlorofilu i parametrów fotochemicznych za pomocą fluorometrii WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) (patrz tabela materiałów i sprzętu)13. Fluorometria WATER-PAM jest szybką i nieinwazyjną techniką, która może być stosowana do monitorowania eksperymentów przeprowadzanych na algach13. Umożliwia pomiar wydajności fotosyntezy i zdrowotności PSII od małej objętości kultury (150 - 300 μl kultury rozcieńczonej w pożywce do objętości 2 - 4 ml dla WATER-PAM)14,15. Oprócz fluorometrii WATER-PAM, ta konfiguracja może być używana do pomiaru wielu innych parametrów, w tym między innymi: mikroskopii w celu wizualizacji bakterii przyczepionych do komórek glonów i zmian w morfologii komórek glonów; liczba jednostek tworzących kolonie bakteryjne (CFU); i cytometria przepływowa do zliczania komórek glonów i identyfikacji subpopulacji.

<table><tbody><tr><td>10 stóp sześciennych Inkubator dzienny (6012-1)</td><td>Caron Corporate</td><td>112310-6012-1-11</td><td><a href="http://www.caronproducts.com">www.caronproducts.com</a></td></tr><tr><td>Nunc EasYFlask 25 cm2, Nasadka odpowietrzająca/zamykająca, objętość robocza 7 ml, 200/cs</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>N156340</td><td><a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>Wielodołkowe płytki TC &ndash; 48-dołkowe</td><td>oprogramowanie laboratoryjne BD Biosciences Discovery</td><td>353078</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com/">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>P1000 Gilson Standard pipetowania&mdash; Gilson's Pipetman</td><td>Mandel Scientific Company Inc.</td><td>GF-F123602</td><td><a href="http://www.mandel.ca">www.mandel.ca</a></td></tr><tr><td>P10mL Gilson Standard do pipetowania&mdash; Gilson's Pipetman</td><td>Mandel Scientific Company Inc.</td><td>GF-F161201</td><td><a href="http://www.mandel.ca">www.mandel.ca</a></td></tr><tr><td>Końcówki kryz o szerokim otworze niesterylne [100&ndash; 1,250 &mikro; l]</td><td>VWR International</td><td>89079-468</td><td><a href="http://www.ca.vwr.com">www.ca.vwr.com</a></td></tr><tr><td>Końcówki ultracienkie niesterylne [100&ndash; 1,250 &mikro; l]</td><td>VWR International</td><td>89079-470</td><td><a href="http://www.ca.vwr.com">www.ca.vwr.com</a></td></tr><tr><td>Finntip 10 ml [Vol: 1 - 10 ml]</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td> <td>9402151<a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>WATER-Modulacja amplitudy impulsów (Water-ED)</td><td>Heinz Walz GmbH, Effeltrich, Niemcy</td><td>EDEE0232</td><td><a href="http://www.walz.com">www.walz.com</a></td></tr><tr><td>15 mm kuweta ze szkła kwarcowego (WATER-K)</td><td>Caron Corporate</td><td></td><td><a href="http://www.caronproducts.com">www.caronproducts.com</a></td></tr><tr><td>Chlorek sodu (krystaliczny/certyfikowany ACS), Fisher Chemical</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td><a href="http://www.fishersci.ca"> www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>BD Difco Marine Broth 2216</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>BD Bacto Agar</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>L1 Medium Kit, 50 L</td><td>NCMA [Narodowe Centrum Alg Morskich i Mikrobioty</td><td>NCMA [Krajowe Centrum Glonów Morskich i Mikrobioty</td><td><a href="http://www.ncma.bigelow.org">www.ncma.bigelow.org</a></td></tr></tbody></table>

test biologiczny o małej objętości do oceny wspólnej hodowli bakterii i fitoplanktonu przy użyciu fluorometrii z modulacją amplitudy water-pulse-amplitude (water-pam)

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometry

Konwencjonalne metody eksperymentalnego manipulowania mikroalgami wykorzystywały duże objętości hodowli (od 20 ml do 5 l), dzięki czemu kultura może być podpróbkowana przez cały czas trwania eksperymentu1–7. Podpróbkowanie dużych objętości może być problematyczne z kilku powodów: 1) powoduje różnice w całkowitej objętości i stosunku powierzchni do objętości kultury podczas eksperymentu; 2) często stosuje się pseudoreplikację (tj. powtórzenie próbek z tej samej kolby do leczenia8) zamiast prawdziwych powtórzeń (tj. próbkowania z powtórzonych zabiegów); 3) czas trwania eksperymentu jest ograniczony całkowitą objętością; oraz 4) hodowle akseniczne lub zwykła mikrobiota bakteryjna są trudne do utrzymania podczas długotrwałych eksperymentów, ponieważ zanieczyszczenie często występuje podczas pobierania podpróbek.
Użycie płytek do mikromiareczkowania umożliwia użycie objętości 1 ml hodowli dla każdej kontrpróby, z maksymalnie 48 oddzielnymi zabiegami na płytce o wymiarach 12,65 x 8,5 x 2,2 cm, zmniejszając w ten sposób objętość eksperymentalną i pozwalając na rozległą replikację bez podpróbkowania jakiegokolwiek traktowania. Ponadto technika ta może być modyfikowana w celu dopasowania do różnych formatów eksperymentalnych, w tym: kokultur bakterii i glonów, testów fizjologii glonów i badań przesiewowych toksyn9-11. Próbki z pojedynczych studzienek z glonami, bakteriami i/lub kokulturami można pobierać do wielu procedur laboratoryjnych, w tym między innymi: fluorometrii WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM), mikroskopii, liczby jednostek tworzących kolonie bakteryjne (cfu) i cytometrii przepływowej. Połączenie formatu płytki do mikromiareczkowania i fluorometrii WATER-PAM pozwala na wielokrotne szybkie pomiary wydajności fotochemicznej i innych parametrów fotochemicznych przy niewielkiej zmienności między próbkami, wysokiej odtwarzalności i unikaniu wielu pułapek związanych z podpróbkowaniem balonu lub kolby stożkowej w trakcie eksperymentu.

Odczyty fluorometrii WATER-PAM.
Fluorometria z modulacją amplitudy impulsów (PAM) jest szybką i wydajną metodą określania fluorescencji (wskaźnika zawartości chlorofilu) oraz wydajności fotosyntetycznej (stanu PSII) kultur glonów. Oprogramowanie PAM WinControl generuje arkusz z surowymi wartościami danych dla (poniejsze są podstawowe parametry dla próbek glonów zaadaptowanych do ciemności):
    F0 = fluorescencja komórek zaadaptowanych do ciemności
<p cl...

Celem tej procedury jest wykazanie powtarzalności i zdolności adaptacyjnych stosowania formatu płytki do mikroglonów do badań przesiewowych. Ten szybki ekran łączy fluorometrię WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) w celu pomiaru wydajności fotosyntezy jako wskaźnika zdrowia Photosystem II (PSII) z kokulturami bakterii i glonów o małej objętości.

Test biologiczny o małej objętości do oceny wspólnej hodowli bakterii i fitoplanktonu przy użyciu fluorometrii z modulacją amplitudy WATER-Pulse-Amplitude (WATER-PAM)

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be ...

Ogólnym celem następnego eksperymentu jest wprowadzenie zminiaturyzowanego bioanalizy algowej, mającej na celu szybkie przesiewanie kultur alg w celu zidentyfikowania symbiotycznych drobnoustrojów i lub patogenów, które mogą wpływać na zdrowie lub fizjologię kultury alg. Osiąga się to poprzez przygotowanie mieszanin kontrolnych alg i bakterii z pożywkami oraz przygotowanie eksperymentalnych kokultur algowo-bakteryjnych w różnych stężeniach. Kolejnym krokiem jest przygotowanie płytek 48-dołkowych z alikwotami mieszanin w celu przeprowadzenia wiarygodnego, powtarzalnego i szybkiego badania przesiewowego.Następnie płytki inkubuje się i monitoruje za pomocą fluorometrii z modulacją amplitudy impulsu, która pozwala na wykonanie pomiarów pozwalających ocenić kondycję fotosyntetyczną układu. Wyniki tego eksperymentu w funkcji czasu ujawniają patogenny, symbiotyczny lub neutralny wpływ bakterii na glony. W trakcie eksperymentu w funkcji czasu można również zastosować dodatkowe przesiewy w małych objętościach.Główną zaletą tej techniki w porównaniu z konwencjonalnymi metodami wykorzystującymi duże objętości w bioassayach alg jest to, że zminiaturyzowany bioassay umożliwia pracę z małymi obj

a-small-volume-bioassay-to-assess-bacterialphytoplankton-co-culture

Research

JoVE Journal

Environment

Środowisko

Mały woluminowy biotest do oceny współhodowania bakterii/fitopłankteru za pomocą fluorometrii WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM)

Niniejsza praca opisuje różne metody hodowli biofilmu Pseudomonas aeruginosa na hodowlach ludzkich komórkach nabłonkowych dróg oddechowych. Protokoły te można dostosować do badania różnych aspektów tworzenia biofilmu, w tym wizualizacji biofilmu, barwienia biofilmu, pomiaru jednostek tworzących kolonie (CFU) w biofilmie oraz badania cytotoksyczności biofilmu.

Modele kokultury biofilmów Pseudomonas aeruginosa hodowanych na żywych komórkach dróg oddechowych człowieka

Analiza opisuje szybką metodę pomiaru wczesnego tworzenia się biofilmu przez bakterie i grzyby. Metoda ta wykorzystuje płytkę mikrotitracyjną jako podłoże do tworzenia biofilmu mikrobiologicznego, a sam biofilm jest wizualizowany przy użyciu fioletu krystalicznego. Analiza ta pozwala na jakościowe lub ilościowe oznaczenie wczesnego etapu tworzenia biofilmu.

Analiza tworzenia biofilmu w płytkach mikrotitrowych

Źródło: Weber, N. i wsp., Naturalna transformacja, ekspresja białek i kriokonserwacja nitkowatego Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia skoncentrowany test oparty na diodach LED do badania fototaksji u sinic nitkowatych. Bakterie migrują w kierunku źródła światła, tworząc gęstą akumulację w oświetlonym środku, która jest wizualizowana i określana ilościowo poprzez analizę intensywności pikseli przechwyconego obrazu.

Test fototaksji sinic nitkowatych przy użyciu skupionego oświetlenia świetlnego

Ten film demonstruje test do badania przesiewowego związków przeciwdrobnoustrojowych, które skutecznie eliminują biofilmy za pomocą płytki kołkowej. Metodologia ta monitoruje stan metaboliczny biofilmu po poddaniu działaniu związków przeciwdrobnoustrojowych, ułatwiając określenie minimalnego stężenia eradykacji biofilmu.

Test biofilmu na płytce kołkowej do badań przesiewowych środków przeciwbakteryjnych

Tutaj prezentujemy kompleksowy protokół do oceny dostępności organicznych i nieorganicznych składników odżywczych oraz obfitości i struktury społeczności mikroorganizmów i wirusów w odległych środowiskach morskich.

Odkrywanie niewidzialnych graczy w oceanie - przewodnik terenowy po chemii wody i mikrobiologii morskiej

Test bioreporterowy całej komórki z Burkholderia sartisoli RP037-mChe został opracowany do wykrywania frakcji zanieczyszczenia organicznego (tj. fluoru) dostępnego do degradacji bakteryjnej po aktywnym transporcie przez grzybnię wypełniającą pory wypełnione powietrzem w systemie modelowym nienasyconym wodą.

Podejście bioreporterowe oparte na całej komórce do oceny transportu i biodostępności zanieczyszczeń organicznych w systemach nienasyconych wodą

Ten artykuł opisuje proces montażu i działania laboratoryjnego bioreaktora fotosyntetycznego, który może być użyty, w połączeniu z innymi metodami, do oszacowania odpowiednich parametrów wzrostu kinetycznego. System ten stale monitoruje pH, światło i temperaturę za pomocą czujników, jednostki akwizycji i sterowania danymi oraz oprogramowania do akwizycji danych typu open source.

Budowa i konfiguracja laboratoryjnego bioreaktora fotosyntetycznego glonów z monitorowaniem temperatury, światła i pH do testów wzrostu kinetycznego

Cytometria przepływowa w połączeniu z wizualnym grupowaniem oferuje łatwą w użyciu i szybką metodę badania biofilmów wodnych. Może być stosowany do charakteryzowania biofilmu, wykrywania zmian w strukturze zbiorowiska biofilmu oraz wykrywania cząstek abiotycznych osadzonych w biofilmie.

Charakterystyka biofilmów wodnych za pomocą cytometrii przepływowej

Ta publikacja opisuje projekt laboratoryjnych fotobioreaktorów (PBR) z konfigurowalnymi reżimami oświetlenia. Wzrost sinic lub mikroalg, wykorzystujących wodorowęglan jako źródło węgla, jest stale monitorowany poprzez pomiar objętościowej produkcji tlenu. Te PBR ułatwiają szybkie, powtarzalne porównania wzrostu laboratoryjnego przy niewielkiej interwencji użytkownika podczas eksperymentów.

Obsługa fotobioreaktorów laboratoryjnych z pomiarami wzrostu online i konfigurowalnymi reżimami oświetlenia

Szybki fluorometr powtarzalności (FRRf) jest korzystną metodą pomiaru fotofizjologii II fotosystemu i produktywności pierwotnej. W tym miejscu opisujemy protokół pomiaru fotofizjologii PSII alg epizoicznych, Colacium sp. na zooplanktonie substratowym za pomocą FRRf typu kuwetowego.

Pomiar fotofizjologii dołączonego stadium Colacium sp. za pomocą fluorometru kuwetowego o dużej częstotliwości powtarzania

Protokół wprowadza wysokoprzepustową metodę pomiaru relaksacji niefotochemicznego wygaszania za pomocą modulowanej amplitudą impulsów fluorometrii chlorofilu. Metodę tę stosuje się do Glycine max uprawianej na polu i można ją dostosować do innych gatunków w celu przeprowadzenia badań przesiewowych pod kątem różnorodności genetycznej lub populacji hodowlanych.

Wysokoprzepustowa analiza niefotochemicznego hartowania w uprawach przy użyciu fluorometrii chlorofilu z modulacją amplitudy impulsów

Poznaj miniaturowy test biologiczny do szybkiego badania wspólnych hodowli mikroalg i bakterii przy użyciu fluorometrii WATER-PAM. Ta metoda pozwala ocenić zdrowie fotosystemu II i identyfikować interakcje symbiotyczne lub patogenne.

Test biologiczny o małej objętości do oceny wspólnej hodowli bakterii i fitoplanktonu przy użyciu fluorometrii z modulacją amplitudy WATER-Pulse-Amplitude (WATER-PAM) (Wideo) | JoVE Journal

Test biologiczny o małej objętości do oceny wspólnej hodowli bakterii i fitoplanktonu przy użyciu fluorometrii z modulacją amplitudy WATER-Pulse-Amplitude (WATER-PAM)

Przeglądaj więcej filmów