Studying RNA Interactors of Protein Kinase RNA-Activated during the Mammalian Cell Cycle

Sujin Kim; Minjeong Kang; Yoosik Kim

doi:10.3791/59215

Badanie interakcji RNA kinazy białkowej aktywowanej RNA podczas cyklu komórkowego ssaków

JoVE Journal
Biochemistry

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biochemistry

Studying RNA Interactors of Protein Kinase RNA-Activated during the Mammalian Cell Cycle

Badanie interakcji RNA kinazy białkowej aktywowanej RNA podczas cyklu komórkowego ssaków

Full Text

6,909 Views

10:05 min

March 5, 2019

DOI: 10.3791/59215-v

Sujin Kim¹, Minjeong Kang¹, Yoosik Kim¹

¹Department of Chemical and Biomolecular Engineering and KI for Health Science and Technology (KIHST),Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Prezentujemy eksperymentalne podejścia do badania interakcji RNA dwuniciowych białek wiążących RNA, aktywowanych przez RNA (PKR) podczas cyklu komórkowego ssaków przy użyciu komórek HeLa. Metoda ta wykorzystuje formaldehyd do sieciowania kompleksów RNA-PKR i immunoprecypitacji w celu wzbogacenia RNA związanych z PKR. Te RNA mogą być dalej analizowane za pomocą sekwencjonowania o wysokiej przepustowości lub qRT-PCR.

Protokół ten zapewnia metodę identyfikacji interaktorów RNA białka wiążącego RNA PKR w sposób obejmujący cały genom. Pomaga nam to lepiej zrozumieć potranskrypcyjną regulację ekspresji genów przez białko wiążące RNA. Główną zaletą tej techniki jest to, że wykorzystuje ona skuteczne sieciowanie formaldehydu w celu utrwalenia RNazy związanej z białkami wiążącymi RNA i wzbogacenia ich poprzez immunoprecypitację.

Aktywowany PKR obserwuje się u pacjentów z chorobami neurodegeneracyjnymi, takimi jak choroba Parkinsona i Alzheimera. Identyfikacja dwuniciowej RNazy oddziałującej z PKR pomoże nam lepiej zrozumieć patogenezę tych chorób zwyrodnieniowych. Metoda ta może być stosowana do badania interakcji RNA z dowolnymi białkami wiążącymi RNA.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos