-1::1
Simple Hit Counter
Skip to content

Products

Solutions

×
×
Sign In

PL

EN - EnglishCN - 简体中文DE - DeutschES - EspañolKR - 한국어IT - ItalianoFR - FrançaisPT - Português do BrasilPL - PolskiHE - עִבְרִיתRU - РусскийJA - 日本語TR - TürkçeAR - العربية
Sign In Start Free Trial

RESEARCH

JoVE Journal

Peer reviewed scientific video journal

Behavior
Biochemistry
Bioengineering
Biology
Cancer Research
Chemistry
Developmental Biology
View All
JoVE Encyclopedia of Experiments

Video encyclopedia of advanced research methods

Biological Techniques
Biology
Cancer Research
Immunology
Neuroscience
Microbiology
JoVE Visualize

Visualizing science through experiment videos

EDUCATION

JoVE Core

Video textbooks for undergraduate courses

Analytical Chemistry
Anatomy and Physiology
Biology
Calculus
Cell Biology
Chemistry
Civil Engineering
Electrical Engineering
View All
JoVE Science Education

Visual demonstrations of key scientific experiments

Advanced Biology
Basic Biology
Chemistry
View All
JoVE Lab Manual

Videos of experiments for undergraduate lab courses

Biology
Chemistry

BUSINESS

JoVE Business

Video textbooks for business education

Accounting
Finance
Macroeconomics
Marketing
Microeconomics

OTHERS

JoVE Quiz

Interactive video based quizzes for formative assessments

Authors

Teaching Faculty

Librarians

K12 Schools

Biopharma

Products

RESEARCH

JoVE Journal

Peer reviewed scientific video journal

JoVE Encyclopedia of Experiments

Video encyclopedia of advanced research methods

JoVE Visualize

Visualizing science through experiment videos

EDUCATION

JoVE Core

Video textbooks for undergraduates

JoVE Science Education

Visual demonstrations of key scientific experiments

JoVE Lab Manual

Videos of experiments for undergraduate lab courses

BUSINESS

JoVE Business

Video textbooks for business education

OTHERS

JoVE Quiz

Interactive video based quizzes for formative assessments

Solutions

Authors
Teaching Faculty
Librarians
K12 Schools
Biopharma

Language

pl_PL

EN

English

CN

简体中文

DE

Deutsch

ES

Español

KR

한국어

IT

Italiano

FR

Français

PT

Português do Brasil

PL

Polski

HE

עִבְרִית

RU

Русский

JA

日本語

TR

Türkçe

AR

العربية

    Menu

    JoVE Journal

    Behavior

    Biochemistry

    Bioengineering

    Biology

    Cancer Research

    Chemistry

    Developmental Biology

    Engineering

    Environment

    Genetics

    Immunology and Infection

    Medicine

    Neuroscience

    Menu

    JoVE Encyclopedia of Experiments

    Biological Techniques

    Biology

    Cancer Research

    Immunology

    Neuroscience

    Microbiology

    Menu

    JoVE Core

    Analytical Chemistry

    Anatomy and Physiology

    Biology

    Calculus

    Cell Biology

    Chemistry

    Civil Engineering

    Electrical Engineering

    Introduction to Psychology

    Mechanical Engineering

    Medical-Surgical Nursing

    View All

    Menu

    JoVE Science Education

    Advanced Biology

    Basic Biology

    Chemistry

    Clinical Skills

    Engineering

    Environmental Sciences

    Physics

    Psychology

    View All

    Menu

    JoVE Lab Manual

    Biology

    Chemistry

    Menu

    JoVE Business

    Accounting

    Finance

    Macroeconomics

    Marketing

    Microeconomics

Start Free Trial
Loading...
Home
JoVE Journal
Biology
Automatyczne wykrywanie i analiza egzocytozy
Automatyczne wykrywanie i analiza egzocytozy
JoVE Journal
Biology
Author Produced
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
Automated Detection and Analysis of Exocytosis

Automatyczne wykrywanie i analiza egzocytozy

Full Text
3,965 Views
13:28 min
September 11, 2021

DOI: 10.3791/62400-v

Fabio Urbina1, Stephanie L. Gupton1

1UNC Neuroscience Center, Department of Cell Biology and Physiology,University of North Carolina at Chapel Hill

AI Banner

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This study presents a novel automated computer vision software designed for the detection and analysis of exocytic events utilizing pH-sensitive fluorescent probes. The software, compatible with RStudio, aids researchers in identifying fusion events and analyzing their spatiotemporal parameters.

Key Study Components

Research Area

  • Cell biology
  • Exocytosis
  • Fluorescent imaging

Background

  • Understanding exocytosis is crucial for elucidating cellular communication.
  • Current methods for analyzing exocytosis are often manual and time-consuming.
  • This research addresses the need for automated solutions in studying exocytic events.

Methods Used

  • Automated detection of exocytosis events using computer vision.
  • Application of RStudio for data analysis.
  • Classification of events into distinct fusion modes based on previously described literature.

Main Results

  • Successful detection of exocytosis events marked by pH-sensitive fluorophores.
  • Output features include spatial distribution, frequency, and individual properties of exocytic events.
  • Classification of events into four distinct modes based on probabilistic thresholds.

Conclusions

  • The automated software significantly enhances the analysis of exocytosis.
  • This tool facilitates high-throughput studies of cellular processes.

Frequently Asked Questions

What are the key features of the automated software?
The software automatically detects exocytic events, analyzes their spatial distribution and frequency, and classifies them into four distinct modes.
How does the software improve upon current methods?
It streamlines the detection and analysis process, reducing manual effort and increasing efficiency.
What types of imaging are compatible with the software?
The software works with Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF) imaging of pH-sensitive fluorophores.
Is user input required for mask files?
Yes, users can create and provide custom mask files or use the included mask maker tool.
What parameters do users need to input for analysis?
Users need to input the frame rate of images, pixel size, and the location of data and mask files.
What type of output does the software generate?
It generates analysis files containing statistics and detailed information on exocytic events.
Can the software handle large datasets?
Yes, it is designed to handle multiple data files efficiently.

Opracowaliśmy zautomatyzowane oprogramowanie do rozpoznawania zdarzeń egzocytarnych oznaczonych przez sondy fluorescencyjne o pH czułym na pH. W tym miejscu zademonstrujemy użycie graficznego interfejsu użytkownika i programu RStudio do wykrywania zdarzeń fuzji, analizowania i wyświetlania parametrów czasoprzestrzennych fuzji oraz klasyfikowania zdarzeń w odrębnych trybach fuzji.

Oprogramowanie do automatycznego wykrywania i analizy egzocytozy pozwoli użytkownikowi na automatyczne wykrywanie zdarzeń egzocytarnych i sekwencji obrazów TIRF fluoroforów wrażliwych na pH. Automatycznie wypisze również cechy egzocytozy, takie jak rozkład przestrzenny lub częstotliwość, a także indywidualne właściwości zdarzeń egzocytarnych, takie jak okres półtrwania lub zmiana fluorescencji w tle. Ponadto zawarto opcję klasyfikacji zdarzeń egzocytarnych do czterech trybów egzocytozy, opisanych wcześniej w literaturze.

Aby skorzystać z oprogramowania do automatycznego wykrywania i analizy egzocytozy, najpierw kliknij przycisk znajdź zestaw danych, a następnie przejdziesz do miejsca, w którym zdeponowane są Twoje dane, i będziesz chciał umieścić je w folderze o nazwie surowe dane. Twoje pliki danych zostaną automatycznie wypełnione listą w tym miejscu, a w tym folderze może znajdować się dowolna liczba plików danych. Następnie wybierz katalog, w którym zostaną zdeponowane pliki analizy.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Sign In Start Free Trial

Explore More Videos

Automatyczne wykrywanie analiza egzocytoza obrazowanie TIRF fluorofory wrażliwe na pH rozkład przestrzenny zdarzenia egzotyczne tryby klasyfikacji pliki masek pliki danych liczba klatek na sekundę rozmiar piksela obraz J kreator masek analiza fluorescencyjna

Related Videos

Technika in vitro do wizualizacji egzocytozy granulek wydzielniczych w komórkach tucznych

03:34

Technika in vitro do wizualizacji egzocytozy granulek wydzielniczych w komórkach tucznych

Related Videos

596 Views

Wizualizacja endocytozy receptorów sprzężonych z białkiem G za pośrednictwem klatryny w rozdzielczości pojedynczego zdarzenia za pomocą mikroskopii TIRF

12:40

Wizualizacja endocytozy receptorów sprzężonych z białkiem G za pośrednictwem klatryny w rozdzielczości pojedynczego zdarzenia za pomocą mikroskopii TIRF

Related Videos

81K Views

Techniki analizy pęcherzyków zewnątrzkomórkowych za pomocą cytometrii przepływowej

09:39

Techniki analizy pęcherzyków zewnątrzkomórkowych za pomocą cytometrii przepływowej

Related Videos

24K Views

badanie granulek wydzielniczych komórek tucznych; od biosyntezy do egzocytozy

16:01

badanie granulek wydzielniczych komórek tucznych; od biosyntezy do egzocytozy

Related Videos

13.7K Views

Pomiar endocytozy pęcherzyków synaptycznych w hodowanych neuronach hipokampa

07:30

Pomiar endocytozy pęcherzyków synaptycznych w hodowanych neuronach hipokampa

Related Videos

10.5K Views

Monitorowanie wpływu stresu osmotycznego na pęcherzyki wydzielnicze i egzocytozę

08:08

Monitorowanie wpływu stresu osmotycznego na pęcherzyki wydzielnicze i egzocytozę

Related Videos

9K Views

Obrazowanie FITC-dekstranu jako reportera regulowanej egzocytozy

04:50

Obrazowanie FITC-dekstranu jako reportera regulowanej egzocytozy

Related Videos

13.4K Views

Kwantyfikacja efektozy za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej pojedynczych komórek

06:15

Kwantyfikacja efektozy za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej pojedynczych komórek

Related Videos

13.5K Views

Kwantyfikacja parametrów czasoprzestrzennych egzocytozy komórkowej w komórkach z mikrowzorami

10:21

Kwantyfikacja parametrów czasoprzestrzennych egzocytozy komórkowej w komórkach z mikrowzorami

Related Videos

6.5K Views

Ilościowe podejścia do oceny in vivo agregatów neuronalnych i ekstruzji organelli w dużych pęcherzykach egzoferyjnych u C. elegans

09:06

Ilościowe podejścia do oceny in vivo agregatów neuronalnych i ekstruzji organelli w dużych pęcherzykach egzoferyjnych u C. elegans

Related Videos

8.1K Views

JoVE logo
Contact Us Recommend to Library
Research
  • JoVE Journal
  • JoVE Encyclopedia of Experiments
  • JoVE Visualize
Business
  • JoVE Business
Education
  • JoVE Core
  • JoVE Science Education
  • JoVE Lab Manual
  • JoVE Quizzes
Solutions
  • Authors
  • Teaching Faculty
  • Librarians
  • K12 Schools
  • Biopharma
About JoVE
  • Overview
  • Leadership
Others
  • JoVE Newsletters
  • JoVE Help Center
  • Blogs
  • JoVE Newsroom
  • Site Maps
Contact Us Recommend to Library
JoVE logo

Copyright © 2026 MyJoVE Corporation. All rights reserved

Privacy Terms of Use Policies
WeChat QR code