CorrelationCalculator i Filigran: narzędzia do sieciowej analizy danych metabolomicznych opartej na danych

Analiza danych metabolomicznych to wieloetapowy proces, który wykorzystuje wiele specjalistycznych narzędzi programowych. Tę analizę danych można podzielić na trzy główne etapy: przetwarzanie danych i kontrolę jakości, analizę statystyczną i interpretację danych biologicznych. Narzędzia opisane w tym protokole zostały zaprojektowane tak, aby umożliwić drugi etap analizy.

W ciągu ostatniej dekady metabolomika stała się nauką anomiczną ze względu na postęp w technologiach analitycznych, takich jak chromatografia gazowa ze spektrometrią mas i chromatografia cieczowa ze spektrometrią mas. Techniki te umożliwiają jednoczesne pomiary setek do tysięcy metabolitów małocząsteczkowych, tworząc złożone, wielowymiarowe zestawy danych. Analiza danych metabolomicznych wiąże się z kilkoma wyzwaniami dla podejść do wzbogacania opartych na szlakach.

Po pierwsze, znaczna liczba metabolitów nie może być zmapowana na szlaki metaboliczne. Co więcej, pokrycie szlaku metabolizmu wtórnego i lipidowego nie jest wystarczające. W związku z tym potrzebne są alternatywne podejścia do biologicznej interpretacji danych.

Techniki analizy sieci opartej na danych mogą pomóc w przezwyciężeniu wyzwań związanych z opartą na wiedzy analizą wzbogacania szlaków dla danych metabolomicznych. Na przykład sieci korelacji mogą pomóc w określeniu relacji między znanymi i nieznanymi metabolitami, a tym samym ułatwić adnotacje dotyczące nieznanych.