Name: Ukierunkowana metabolomika próbek koralowców twardych oparta na chromatografii gazowej i spektrometrii mas (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-10-13T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 1 s
Description: Poznaj metodykę ekstrakcji metabolitów z holobiontów koralowców przy użyciu chromatografii gazowej i spektrometrii mas. Technika ta umożliwia analizę frakcji gospodarza i symbiontów Symbiodiniaceae, wspierając badania nad odpornością raf koralowych.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

J.L.M. był wspierany przez stypendium badawcze Kanclerza UTS.

Metabolite Profiling of Hard Coral Samples Using GC-MS

Autorzy nie mają do ujawnienia konfliktu interesów.

Oddzielenie gospodarza i symbionta jest łatwe i szybkie do osiągnięcia poprzez proste wirowanie, a wyniki pokazują, że oddzielenie frakcji może dostarczyć cennych informacji wskazujących na specyficzny wkład członków holobiontu, co może przyczynić się do funkcjonalnej analizy zdrowia koralowców. U dorosłych koralowców synteza lipidów jest przeprowadzana głównie przez rezydentny symbiontglonów 40, który dostarcza lipidy (np. triacyloglicerol i fosfolipidy)41 oraz kw...

Metabolity reprezentują końcowe produkty procesów komórkowych, a metabolomika - badanie zestawu metabolitów wytwarzanych przez dany organizm lub ekosystem - może dostarczyć bezpośredniego miernika funkcjonowania organizmu1. Jest to szczególnie ważne dla badania ekosystemów, interakcji symbiotycznych i narzędzi do odbudowy, ponieważ celem większości strategii zarządzania jest zachowanie (lub przywrócenie) określonych funkcji usług ekosystemowych2. Rafy koralowe są jednym z ekosystemów wodnych, który demonstruje potencjalną wartość metabolomiki dla wyjaśnienia interakcji symbiotycznych i powiązania fizjologicznych reakcji koralowców z wpływami na poziomie społeczności i ekosystemu3. Zastosowanie wysokoprzepustowej chromatografii gazowej ze spektrometrią mas (GC-MS) jest szczególnie cenione ze względu na jej zdolność do szybkiej analizy szerokiego zakresu klas metabolitów jednocześnie z wysoką selektywnością i czułością, zapewnia szybką identyfikację związku, gdy dostępne są biblioteki spektralne, oraz zapewnia wysoki poziom odtwarzalności i dokładności przy stosunkowo niskim koszcie na próbkę.
Koralowce to holobionty składające się ze zwierzęcia koralowego, fotosyntetycznych endosymbiontów bruzdnic (rodzina: Symbiodiniaceae4) oraz złożonego mikrobiomu5,6. Ogólnie rzecz biorąc, sprawność holobiontu jest utrzymywana głównie poprzez wymianę małych cząsteczek i pierwiastków, które wspierają funkcjonowanie metaboliczne każdego członka7,8,9,10. Podejścia metabolomiczne okazały się szczególnie skuteczne w wyjaśnianiu metabolicznych podstaw swoistości symbiozy9,11, reakcja bielenia na stres termiczny7,8,12,13, odpowiedzi na choroby14, reakcje na narażenie na zanieczyszczenie15, Fotoaklimatyzacja16 i sygnalizacja chemiczna17 w koralowcach, a także pomoc w odkrywaniu biomarkerów18,19. Ponadto metabolomika może dostarczyć cennego potwierdzenia wniosków wywnioskowanych z technik opartych na DNA i RNA9,20. Istnieje zatem znaczny potencjał wykorzystania metabolomiki do oceny stanu zdrowia raf koralowych i opracowania narzędzi do ochrony raf3, na przykład poprzez wykrywanie metabolicznych biomarkerów stresu18,19 oraz do badania potencjału strategii aktywnego zarządzania, takich jak subsydia żywieniowe21.
Oddzielenie komórek gospodarza i komórek symbiontycznych oraz analiza ich profili metabolitów niezależnie, a nie razem jako holobiont, może dostarczyć więcej informacji o interakcjach partnerskich, niezależnych stanach fizjologicznych i metabolicznych oraz potencjalnych mechanizmach molekularnych adaptacji11,12,22,23,24. Bez oddzielenia koralowców i Symbiodiniaceae, prawie niemożliwe jest niezależne wyjaśnienie udziału i metabolizmu koralowców i/lub Symbiodiniaceae, z wyjątkiem złożonej rekonstrukcji genomu i modelowania metabolicznego25, ale nie zostało to jeszcze zastosowane do symbiozy koralowców i bruzdnic. Co więcej, próba wydobycia informacji o indywidualnym metabolizmie gospodarza lub symbionta glonów z profilu metabolitów holobiontu może prowadzić do błędnej interpretacji.
Na przykład, do niedawna, obecność wielonienasyconych kwasów tłuszczowych C18:3n-6, C18:4n-3 i C16 w ekstraktach z tkanek koralowców i holobiontów była uważana za pochodzącą od symbionta glonów, ponieważ zakładano, że koralowce nie posiadają desaturazy ωx niezbędne do produkcji kwasów tłuszczowych omega-3 (ω3); jednak ostatnie dowody genomiczne sugerują, że wiele parzydełkowców ma zdolność do wytwarzania ω3 PUFA de novo i dalej biosyntetyzować ω3 długołańcuchowe PUFA26. Połączenie GC-MS ze stabilnym znakowaniem izotopowym (np. 13C-wodorowęglan, NaH13CO3) może być wykorzystane do śledzenia losów fotosyntetycznie związanego węgla przez sieci metaboliczne holobiontów koralowców zarówno w warunkach kontrolnych, jak i w odpowiedzi na zewnętrzne czynniki stresogenne27,28. Jednak krytycznym krokiem w śledzeniu losu 13C jest oddzielenie tkanki koralowca od komórek glonów - tylko wtedy obecność związku znakowanego 13C we frakcji gospodarza koralowca może być jednoznacznie przypisana jako metabolit pochodzący z Symbiodiniaceae translokowany do koralowca lub dalszy produkt translokowanego znakowanego związku. Technika ta zademonstrowała swoją moc, kwestionując długo utrzymywane założenie, że glicerol jest podstawową formą, w której fotosynteza jest translokowana z symbiontu do hosta29, a także wyjaśniając, jak zmienia się przepływ składników odżywczych między partnerami podczas bielenia27,28 oraz w odpowiedzi na niekompatybilne gatunki Symbiodiniaceae11.
Chociaż decyzja o rozdzieleniu tkanek jest przede wszystkim podyktowana pytaniem badawczym, praktyczność, niezawodność i potencjalne skutki metaboliczne tego podejścia są ważne do rozważenia. W tym miejscu przedstawiamy szczegółowe, zademonstrowane metody ekstrakcji metabolitów z holobiontu, a także oddzielnych frakcji gospodarza i symbiontów. Porównujemy profile metabolitów gospodarza i symbionta niezależnie oraz porównujemy te profile z profilem metabolitów holobiontów.

<table><tbody><tr><td>100% metanol klasy LC</td><td>Niezbędne</td> probówki mikrowirówkowe Merck <td>439193</td><td>klasy LC</td></tr><tr><td>2 ml, polipropylen PP</td><td>Eppendorf</td><td>30121880</td><td>zapewnia wysoką odporność na chemikalia, naprężenia mechaniczne i ekstremalne temperatury</td></tr><tr><td>2030 Chromatograf gazowy Shimadzu Shimadzu</td><td>GC-2030</td><td></td><td></td></tr><tr><td>710-1180 &micro; m Koraliki szklane płukane kwasem</td><td>Merck</td><td> G1152</td><td>Ten rozmiar jest optymalny do rozbijania komórek Symbiodiniaceae</td></tr><tr><td>AOC-6000 Plus Wielofunkcyjny automatyczny podajnik</td> próbek <td>Shimadzu</td><td>AOC6000</td><td></td></tr><tr><td>odczynnik Bradford</td><td>Merck</td><td>B6916</td><td>Dopuszczalny jest dowolny odczynnik kolorymetryczny do białek</td></tr><tr><td>Pistolet na sprężone powietrze</td><td>Ozito</td><td>6270636</td><td>Podobny projekt do przyjęcia. Posiadanie złączki pasującej do końcówki o pojemności 1 ml ma kluczowe znaczenie.</td></tr><tr><td>&nbsp; Kolumna DB-5 z kolumną o średnicy wewnętrznej 0,25 mm i 1 &mikro; m grubość powłoki</td><td>Agilent</td><td>122-5013</td><td></td></tr><tr><td>DMF</td><td>Merck</td><td>RTC000098</td><td></td></tr><tr><td>D-Sorbitol-6-13C i/lub 13C5&ndash; 15N Walina</td><td>Merck</td><td>605514/ 600148</td><td>Do metanolu można dodać jeden lub oba wzorce wewnętrzne.</td></tr><tr><td>96-dołkowa płytka z płaskim dnem</td><td>Merck</td><td>CLS3614</td><td></td></tr><tr><td>Szklane fiolki scyntylacyjne</td><td>Merck</td><td>V7130</td><td>20 ml, z nieplastikową uszczelką</td></tr><tr><td>Immunoglogin G</td><td>Merck</td><td>56834</td><td>jeśli nie jest dostępna, albumina surowicy bydlęcej jest dopuszczalna</td></tr><tr><td>Podkład</td><td></td><td>v4</td><td></td></tr><tr><td>R</td><td></td><td>v4.1.2</td><td></td></tr><tr><td>Oprogramowanie</td> <td>Shimadzu LabSolutions Insight</td><td>v3.6</td><td></td></tr><tr><td>Wodorotlenek sodu</td><td>Merck</td><td>S5881</td><td>Granulki do przygotowania 1 M roztworu</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td></td><td>v1.3.1</td><td>Pakiet R</td></tr><tr><td>TissueLyser LT</td><td>Qiagen</td><td>85600</td><td>Lub podobny</td></tr><tr><td>TQ8050NX potrójny kwadrupolowy spektrometr masowy</td><td>Shimadzu</td><td>GCMS-TQ8050 NX</td><td></td></tr><tr><td>UV-96 płytka dołkowa</td><td>Greiner</td><td>M3812</td><td></td></tr><tr><td>Worek na próbki Whirl-Pak</td><td>Merck</td><td>WPB01018WA</td><td>Worek do pobierania próbek; Rozmiar: wystarczająco duży, aby pomieścić ~5 cm fragment koralowca, ale nie za duży, aby woda była zbyt rozlana</td></tr></tbody></table>

ukierunkowana metabolomika próbek koralowców twardych oparta na chromatografii gazowej i spektrometrii mas

Gas Chromatography-Mass Spectrometry-Based Targeted Metabolomics of Hard Coral Samples

Metody oparte na chromatografii gazowej i spektrometrii mas (GC-MS) okazały się skuteczne w wyjaśnianiu metabolicznych podstaw symbiozy parzydełkowców i bruzdnic oraz tego, jak koralowce reagują na stres (np. podczas bielenia wywołanego temperaturą). Profilowanie metabolitów w stanie stacjonarnym holobiontu koralowca, który składa się z parzydełkowca i związanych z nim mikroorganizmów (Symbiodiniaceae i innych protistów, bakterii, archeonów, grzybów i wirusów), zostało z powodzeniem zastosowane w warunkach otoczenia i stresu w celu scharakteryzowania holistycznego stanu metabolicznego koralowca.
Jednakże, aby odpowiedzieć na pytania dotyczące interakcji symbiotycznych, konieczne jest niezależne przeanalizowanie profili metabolitów gospodarza koralowca i jego symbiontów glonów, co można osiągnąć tylko poprzez fizyczną separację i izolację tkanek, a następnie niezależną ekstrakcję i analizę. Chociaż zastosowanie metabolomiki jest stosunkowo nowe w dziedzinie koralowców, nieustanne wysiłki grup badawczych zaowocowały opracowaniem solidnych metod analizy metabolitów w koralowcach, w tym oddzielenia tkanki gospodarza koralowca i symbiontów glonów.
Ten artykuł przedstawia przewodnik krok po kroku dotyczący separacji holobiontów i ekstrakcji metabolitów do analizy GC-MS, w tym kluczowe kroki optymalizacyjne do rozważenia. Pokazujemy, w jaki sposób, po niezależnej analizie, połączony profil metabolitów dwóch frakcji (koralowca i Symbiodiniaceae) jest podobny do profilu całości (holobiontu), ale oddzielając tkanki, możemy również uzyskać kluczowe informacje o metabolizmie i interakcjach między dwoma partnerami, których nie można uzyskać z samej całości.

Wszystkie dane uzyskane w ramach niniejszej pracy są dostępne w informacjach uzupełniających.
Oddzielenie symbionta od gospodarza
<img alt="Strzykawka, probówki do wirowania i analiza fluorescencyjna w badaniu symbiontów; przedstawiono układ doświadczalny." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65628/65628fig01.jpg" data-altupdatedat="1788840098000" data-alt="Rysunek 1"> 
Rysunek 1<...

Tutaj prezentujemy ekstrakcję i przygotowanie polarnych i półpolarnych metabolitów z holobiontu koralowca, a także wydzielonych tkanek gospodarza koralowców i frakcji komórek Symbiodiniaceae, do analizy metodą chromatografii gazowej i spektrometrii mas.

Ukierunkowana metabolomika próbek koralowców twardych oparta na chromatografii gazowej i spektrometrii mas

Gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS)-based approaches have proven to be powerful for elucidating the metabolic basis of the ...

Jak każdy organizm, koralowce są zależne od doskonałego odżywiania, aby rosnąć i budować rafy dla odporności i rozmnażania oraz wytrzymywać zmieniające się warunki środowiskowe. Ale bardzo niewiele wiemy o optymalnym odżywianiu koralowców w normalnych lub zmieniających się warunkach oraz o tym, jak każdy członek holobiontu koralowego przyczynia się do tego stanu odżywienia. Koralowce to holobionty, składające się z gospodarza i różnych symbiotycznych mikroorganizmów.Należą do nich Symbiodiniaceae, protisty, bakterie, wirusy i grzyby. Sprawność holobiontu zależy od interakcji metabolicznych między tymi członkami. Na przykład Symbiodiniaceae dostarczają fotosyntezy, które wspierają metabolizm gospodarza i pomagają mu przystosować się do zmieniających się warunków.Aby zrozumieć to kluczowe partnerstwo, musimy osobno przeanalizować skład chemiczny i metaboliczny każdego z partnerów. Odkrycia te wykazały, że więcej informacji można uzyskać, oddzielając frakcje gospodarza i symbionu do analizy metabolicznej. Jednak decyzja o analizie oddzielnych frakcji w porównaniu z holobiontem jest ostatecznie uzależniona od pytania badawczego.Tak więc w przypadkach, w których analiza holobiontu jest lepsza, przedstawiliśmy metodologię ekstrakcji metabolitów holobiontów oraz sugestie, jak uzyskać jak najwięcej informacji podczas analizy. Metody zastosowane w tym badaniu otwierają nowe możliwości badawcze. Obejmują one ujawnienie potencjalnych biomarkerów, identyfikację kluczowych metabolitów na określonych etapach życia lub w warunkach stresu, zrozumienie korzyści płynących z kojarzenia z określonymi gatunkami i badanie interakcji w obrębie holobiontu.Przyszłe badania będą koncentrować się na zastosowaniu ustalonych tu protokołów w kilku obszarach badawczych, w tym w wykrywaniu biomarkerów mających zastosowanie w ochronie i odbudowie raf koralowych. Metodologia ta może być również stosowana tam, gdzie rozdzielenie frakcji nie jest możliwe dla innych miar fizjologicznych. Na przykład podczas analizy emisji lotnych metabolitów z kolonii koralowców.Na początek spuść nadmiar wody morskiej z worka do pobierania próbek zawierającego fragmenty koralowców. Zanurz próbki w ciekłym azocie na co najmniej 30 sekund. Aby usunąć tkankę koralowca ze szkieletu, umieść sterylną torbę do pobierania próbek na lodzie, upewniając się, że jest stabilna i otwarta, ale nie zanurzona w lodzie.Dodaj do torby 10 mililitrów zimnej, ultraczystej wody. Za pomocą sterylnej pęsety wybierz fragment koralowca umieszczony na lodzie i spłucz go zimną, ultraczystą wodą, aż nie pozostaną resztki wody morskiej. Umieść opłukany fragment koralowca w torbie zawierającej ultraczystą wodę.Następnie odetnij około pięciomilimetrowy koniec jednomililitrowej końcówki pipety i przyklej ją taśmą do końca pistoletu pneumatycznego za pomocą taśmy izolacyjnej. Skieruj pistolet pneumatyczny na fragment koralowca z workiem do połowy zamkniętym i przepływem powietrza na niskim podłożu, aby delikatnie usunąć tkankę, wykonując okrężny ruch wody nad fragmentem. Po trzech minutach lub gdy cała tkanka zostanie usunięta ze szkieletu, wyłącz powietrze i wyjmij aerograf.Całkowicie zamknij torbę i ściśnij całą usuniętą tkankę koralową do dolnego rogu torby. Odetnij przeciwległy róg torebki i delikatnie wlej zawartość do 15-mililitrowej rurki na lodzie. Homogenizować próbkę koralowca za pomocą mechanicznego homogenizatora piłokształtnego przez jedną minutę, aż próbka zostanie w pełni zhomogenizowana i nie będą widoczne żadne grudki.W celu normalizacji należy pobrać jedną mililitrową porcję z homogenizowanej tkanki do liczby komórek Symbiodiniaceae, analizy zawartości białka w tkance koralowej i oszacowania chlorofilu A. W przypadku oddzielania materiału gospodarza i komórek glonów, odwirować pozostały homogenat koralowca w temperaturze 2,500 G przez pięć minut w temperaturze czterech stopni Celsjusza. Przenieść supernatant zawierający materiał gospodarza do nowej probówki o pojemności 15 mililitrów.Dodaj dwa mililitry zimnej, ultraczystej wody do osadu glonów i wiruj, zarówno materiał gospodarza, jak i osad glonów na dwie minuty, aby ponownie zawiesić. Ponownie odwirować wszystkie próbki i przenieść supernatant zawierający materiał gospodarza do nowej probówki o pojemności 15 mililitrów. Po wyrzuceniu supernatantu z osadu z glonów, należy zachować osad w oryginalnej 15-mililitrowej probówce.Zamrozić homogenat holobiontu lub oddzielonego gospodarza we frakcjach Symbiodiniaceae w temperaturze minus 80 stopni Celsjusza przez co najmniej dwie godziny. Następnie liofilizuj próbki przez noc w próżni 0,01 milibara w temperaturze minus 85 stopni Celsjusza. Po pobraniu zważ każdą próbkę na wadze laboratoryjnej do oddzielnych dwulitrowych mikroprobówek wirówkowych bez plastyfikatora.Wizualizacja mikroskopowa wykazała brak komórek Symbiodiniaceae w próbkach tkanek gospodarza po trzech etapach mycia. Podobnie stwierdzono minimalną ilość tkanki gospodarza we frakcjach symbiontów. Jednak pusty homogenat wskazywał, że wewnątrzkomórkowe Symbiodiniaceae nie zostały uwolnione ze swoich symbiosomów poprzez proste aerografowanie.Aby wyekstrahować wewnątrzkomórkowe metabolity z liofilizowanego holobiontu, dodaj 400 mikrolitrów 100% zimnego metanolu z wewnętrznymi wzorcami do liofilizowanego holobiontu. Następnie dodaj 10 miligramów szklanych kulek przemytych kwasem i umieść probówkę we wstępnie schłodzonej wkładce młynka do perełek o częstotliwości 50 Hz na trzy minuty. Po lizie dodaj 600 mikrolitrów zimnego metanolu i wiruj przez jedną minutę.Umieść probówkę na rożnie w temperaturze czterech stopni Celsjusza na 30 minut. Aby wyekstrahować metabolity z oddzielonych liofilizowanych komórek Symbiodiniaceae, dodaj 200 mikrolitrów zimnego metanolu z wewnętrznymi wzorcami do wysuszonych komórek Symbiodiniaceae. Następnie dodaj myte kwasem szklane kulki i umieść rurkę we wstępnie schłodzonej wkładce młynka do perełek z częstotliwością 50 herców.Po trzech minutach dodaj 800 mikrolitrów metanolu i wiruj przez 30 sekund. W celu ekstrakcji metabolitów z oddzielonej liofilizowanej tkanki gospodarza, dodaj jeden mililitr zimnego metanolu zawierającego wzorce wewnętrzne do wysuszonego materiału gospodarza i wiruj przez 20 sekund. Następnie umieść probówkę w pływającym uchwycie na probówkę w celu sonikacji w temperaturze czterech stopni Celsjusza na 30 minut.Następnie, w celu oczyszczenia ekstraktu metabolitowego, odwirować wszystkie próbki w temperaturze 3000 G przez 30 minut w temperaturze czterech stopni Celsjusza. Ostrożnie przenieść supernatant do nowej dwumililitrowej mikroprobówki wirówkowej, nie naruszając osadu. Ponownie zawiesić granulat w jednym mililitrze 50% zimnego metanolu i energicznie wirować przez jedną minutę.Ponownie odwirować, a następnie zebrać i połączyć supernatant ekstraktów polarnych z ekstraktami półpolarnymi z tej samej próbki. Odwirować zebrane ekstrakty w temperaturze 16, 100 G przez 15 minut w celu usunięcia osadów. Do analizy podamy 50 mikrolitrów każdego ekstraktu do szklanej wkładki i zagęszczamy za pomocą koncentratora próżniowego przez 30 minut w temperaturze 30 stopni Celsjusza.Analiza GCMS ujawniła 107 oznaczonych metabolitów we wszystkich zabiegach, w tym zestaw aminokwasów, kwasów organicznych, węglowodanów, kwasów tłuszczowych i steroli. K oznacza, że grupowanie zidentyfikowało trzy odrębne klastry próbek. Próbki holobiontów były pośrednie między oddzielonymi frakcjami gospodarza i symbiontów.Chociaż K oznacza rozkłady klastrów, współrzędne równoległe i wizualizacja mapy cieplnej we względnej obfitości metabolitów wskazują, że profil holobionta bardziej odpowiadał profilowi frakcji gospodarza, znacznie różnił się zarówno od profilu gospodarza, jak i symbiontów. Profile gospodarza i symbionta znacznie różniły się od siebie, przy czym 100 indywidualnych metabolitów znacznie różniło się między frakcjami gospodarza i symbiontów.

gas-chromatography-mass-spectrometry-based-targeted-metabolomics-hard

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Profilowanie metabolitów nieukierunkowanych za pomocą ultra wydajnej chromatografii cieczowej w połączeniu ze spektrometrią mas (UPLC-MS) jest potężną techniką badania metabolizmu.  W tym artykule przedstawiono typowy przepływ pracy wykorzystywany do nieukierunkowanego profilowania metabolitów w surowicy, w tym organizację i przygotowanie próbki, pozyskiwanie danych, analizę danych, kontrolę jakości i identyfikację metabolitów.

Wielkoskalowe, nieukierunkowane profilowanie metabolomiczne surowicy za pomocą ultrasprawnej chromatografii cieczowej ze spektrometrią mas (UPLC-MS)

Nieukierunkowana metabolomika dostarcza hipotezy generującej migawkę profilu metabolicznego.  Protokół ten zademonstruje ekstrakcję i analizę metabolitów z komórek, surowicy lub tkanki.  Szereg metabolitów jest badany za pomocą ekstrakcji ciecz-faza cieczowa, ultraprzepływowej chromatografii cieczowej/spektrometrii mas o wysokiej rozdzielczości (UPLC-HRMS) w połączeniu z oprogramowaniem do analizy różnicowej.

Nieukierunkowana metabolomika ze źródeł biologicznych przy użyciu ultrasprawnej chromatografii cieczowej ze spektrometrią mas o wysokiej rozdzielczości (UPLC-HRMS)

Profilowanie metabolitów było cennym atutem w badaniach nad metabolizmem w zdrowiu i chorobie. Wykorzystując chromatografię cieczową z fazami normalnymi sprzężoną ze spektrometrią mas o wysokiej rozdzielczości ze zmianą polaryzacji i szybkim cyklem pracy, opisujemy protokół analizy polarnego składu metabolicznego materiału biologicznego z wysoką czułością, dokładnością i rozdzielczością.

Strategia dla wrażliwej, wielkoskalowej metabolomiki ilościowej

Ten protokół służy do ekstrakcji i koncentracji białka i DNA z biomasy mikrobiologicznej zebranej z wody morskiej, a następnie do generowania peptydów tryptycznych odpowiednich do analizy proteomicznej opartej na tandemowej spektrometrii mas.

Przebieg metaproteomiki mikrobiologicznej organizmów wodnych: od komórek do peptydów tryptycznych odpowiednich do analizy opartej na tandemowej spektrometrii mas

Dwuwymiarowa metoda chromatografii gazowej z czasem przelotu jest opisana do charakterystyki wodnej frakcji bioropy powstałej w wyniku hydrotermalnego upłynniania glonów. Protokół ten może być również stosowany do analizy frakcji wodnej produktów ciekłych z szybkiej pirolizy, szybkiej pirolizy katalitycznej, katalitycznego odtleniania i hydrorafinacji.

Charakterystyka jakościowa frakcji wodnej z hydrotermalnego skraplania glonów przy użyciu chromatografii gazowej 2D ze spektrometrią mas czasu przelotu

Opisana jest ulepszona metoda polimorfizmu długości fragmentów ograniczających reakcję łańcuchową polimerazy do genotypowania gatunków rozdymek za pomocą chromatografii cieczowej/spektrometrii mas. Kolumna monolitu krzemionkowego z odwróconymi fazami służy do oddzielania strawionych amplikonów. Metoda ta może wyjaśnić monoizotopowe masy oligonukleotydów, co jest przydatne do identyfikacji składu zasadowego.

Ulepszone polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych reakcji łańcuchowej polimerazy Genotypowanie toksycznych rozdymek za pomocą chromatografii cieczowej/spektrometrii mas

Ten protokół opisuje, jak przygotować larwy Drosophila do analizy metabolomicznej opartej na GC-MS.

Przygotowanie próbek larw Drosophila do metabolomiki opartej na chromatografii gazowej i spektrometrii mas (GC-MS)

Ten protokół opisuje pojedynczą przepustowość dla uzupełniających technik analitycznych i omicznych, której kulminacją jest w pełni sparowana charakterystyka naturalnej materii organicznej i proteomiki mikrobiologicznej w różnych ekosystemach. Podejście to pozwala na solidne porównania w celu identyfikacji szlaków i przemian metabolicznych ważnych dla opisu produkcji gazów cieplarnianych i przewidywania reakcji na zmiany środowiskowe.

Jednoprzepustowe komplementarne techniki analityczne o wysokiej rozdzielczości do charakteryzowania złożonych mieszanin naturalnej materii organicznej

Przedstawiono metodę nieukierunkowanej analizy metabolitów i lipidów w ziarnie pszenicy. Protokół obejmuje metodę ekstrakcji metabolitu acetonitrylu oraz metodologię chromatografii cieczowej z odwróconą fazą i spektrometrią mas, z akwizycją w dodatnich i ujemnych trybach jonizacji elektrorozpylanej.

Nieukierunkowana chromatografia cieczowa i analiza metabolomiczna ziarna pszenicy oparta na spektrometrii mas

Manuskrypt przedstawia pobieranie próbek ludzkich guzów mózgu na miejscu za pomocą mikroekstrakcji w fazie stałej, a następnie ich profil biochemiczny w kierunku odkrycia biomarkerów.

Pobieranie próbek i ekstrakcja guzów mózgu na miejscu do analizy metabolomicznej i lipidomicznej

Przedstawiono metodę analizy metabolomicznej jęczmienia. Metoda obejmuje frakcjonowanie i derywatyzację metabolitów oraz ich analizę za pomocą chromatografii gazowej/spektrometrii mas (GC/MS). Analiza metabolomiczna może być wykorzystana do określenia wpływu międzyplonów i stresu suszy na ziarno.

Analiza metabolomiczna jęczmienia metodą chromatografii gazowej/spektrometrii mas

Poznaj metodykę ekstrakcji metabolitów z holobiontów koralowców przy użyciu chromatografii gazowej i spektrometrii mas. Technika ta umożliwia analizę frakcji gospodarza i symbiontów Symbiodiniaceae, wspierając badania nad odpornością raf koralowych.

Ukierunkowana metabolomika próbek koralowców twardych oparta na chromatografii gazowej i spektrometrii mas

Przeglądaj więcej filmów