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Fixação de etanol e coloração DAPI: um método para visualizar o DNA em C. elegans

April 30th, 2023

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Abstract

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Fonte: Clarke, E. K., et al. Manipulação de Ploidia em Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2018).

Aqui, descrevemos uma técnica usada para visualizar o DNA genômico em nematóides fixos e intactos. O vídeo inclui um exemplo de protocolo para contar a cromatina em oócitos de C. elegans não fertilizados.

Protocol

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Este protocolo é um trecho de Clarke et al, Manipulação de Ploidia em Caenorhabditis elegans, J. Vis. Exp. (2018).

As cepas tetraplóides podem ser validadas contando o número de cromossomos em seus oócitos não fertilizados. A microscopia fluorescente pode ser usada para rastrear o número de pares de cromossomos em oócitos diplóides não fertilizados (antes das divisões meióticas), se a cepa tiver um marcador fluorescente para cromossomos. Na ausência de marcadores cromossômicos fluorescentes, os nematóides tetraplóides podem ser rastreados fixando os nematóides e colorindo com um corante de DNA; veja abaixo um protocolo para fixação de etanol e coloração de dicloridrato de 4′,6-Diamidina-2′-fenilindol (DAPI) de animais inteiros.

Coloração DAPI de animais inteiros

NOTA: As cepas tetraplóides que carregam 12 pares de cromossomos conectados podem ser validadas pela coloração DAPI desses animais e contando o número de corpos DAPI em seus oócitos não fertilizados.

  1. Coloque 5 a 10 μL de tampão M9 em uma lâmina de microscópio e, em seguida, transfira de 6 a 10 nematóides para a gota.
  2. Sob um microscópio de dissecação, retire a maior parte do M9 da gota sem remover os nematóides com um pano de limpeza sem fiapos. Em seguida, adicione imediatamente uma gota de 10 μL de etanol a 90% nas minhocas. Deixe as minhocas secarem completamente, mas não por mais do que alguns segundos.
  3. Assim que o etanol evaporar (isso pode ser visto como acontece sob o microscópio de dissecação), adicione mais 10 μL de etanol a 90% nos vermes.
  4. Repita a etapa 3.1.3 mais três vezes.
  5. Uma vez que a última gota de etanol tenha evaporado, adicione 6 μL de DAPI ou corante Hoechst na concentração final recomendada no meio de montagem de escolha (por exemplo, uma diluição de 1:1.000 de uma concentração de estoque de DAPI de 2 ng/μL em M9). Para armazenamento a longo prazo das lâminas, pode-se usar p-fenilenodiamina a 0,5% dissolvida em Tris-HCl 20 mM, pH 8,8, em glicerol a 90% como solução antidesbotamento, em vez de apenas M9.
  6. Cubra as minhocas na lâmina com uma lamínula e sele as bordas da lamínula com esmalte. Pontue em um microscópio de fluorescência (etapa 3.1.7) pelo menos 10 minutos após adicionar a lamínula. As lâminas sem antidesbotamento podem ser armazenadas por alguns dias a 4 °C antes de serem marcadas, mas a qualidade da fluorescência começa a diminuir após alguns dias.
  7. Usando um microscópio fluorescente com ampliação de 100X, marque o número de corpos DAPI únicos (presumivelmente pares de cromossomos únicos) no oócito não fertilizado mais maduro, que é imediatamente adjacente à espermateca e ainda não entrou na espermateca ou no útero.
    1. Para pontuar corpos DAPI individuais dentro de um núcleo de oócito, use o foco fino do microscópio para se mover lentamente do topo do núcleo do oócito para o fundo durante a contagem. Em seguida, reconte o mesmo núcleo enquanto move o foco na direção oposta (ou seja, de baixo para cima do núcleo) para confirmar o número contado de corpos DAPI.
  8. Marque o oócito não fertilizado mais maduro em cada uma das duas gônadas em pelo menos dez hermafroditas por cepa de Lon estável. Os oócitos do tipo selvagem têm 6 corpos DAPI em média, 5 pares de autossomos e o par de cromossomos sexuais. A presença de 12 corpos DAPI no oócito de cepas estáveis de Lon indica que os animais desta linhagem são tetraplóides parciais (4 conjuntos de autossomos, 3 cromossomos X) ou completos (4 conjuntos de autossomos, 4 cromossomos X).
  9. Calcule o número médio de corpos DAPI observados em múltiplos (pelo menos 10) oócitos por cepa. Alguns pares de cromossomos estarão se tocando ou bem em cima um do outro, então o número de corpos DAPI em um oócito geralmente é menor do que o número real de pares de cromossomos.
  10. (Opcional) Valide ainda mais as cepas Lon estáveis onde o número médio de corpos DAPI é 12 para testar se são tetraplóides completos (4A, 4X) ou parciais (4A, 3X) por coloração de imunofluorescência contra proteínas do eixo cromossômico, como HTP-3. Essa coloração distinguirá os pares de cromossomos mostrando um padrão cruciforme de cromossomos únicos não conectados presentes no tetraplóide parcial.

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Microscópio de dissecaçãoMotic MicroscopiaSMZ171
NomecompanhiaNúmero de catálogoComentários
Coloração
Hoechst 33258, PentahidratadoBiotium40045
DAPIBiotium40011
NomecompanhiaNúmero de catálogoComentários
Fixação de etanol
Etanol, Puro, 190 Proof (95%), USPKoptec, VWRRolamento 89125-166
NomecompanhiaNúmero de catálogoComentários
M9 Buffer
Cloreto de sódio, grau de biotecnologiaVWRRolamento 97061-278
Fosfato de potássio, grau anidro monobásicoVWRRolamento 97062-346
Fosfato de sódio, monobásico di-hidratadoFisher CientíficoAC271750025

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Ethanol FixationDAPI StainingC elegansFluorescent MicroscopyChromatin CountingOocyte AnalysisTetraploid StrainsSister Chromatid PairsAnti fade PreservativeCover Slip Sealing

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