Esse protocolo extrai DNA genômico da Yersinia ruckeri suspendendo colônias isoladas em água ultrapura e aplicando calor para lisar as células. A centrifugação separa o sobrenadante contendo DNA dos detritos celulares, produzindo DNA molde adequado para genotipagem baseada em PCR e análise epidemiológica.
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Artigo de método
Extração de DNA Genômico de Tecido Foliar Vegetal Infectado por Bactérias Patogênicas
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28 de novembro de 2025
Neste artigo
Resumo
Protocolo
1. Cultivo e extração bacteriana de DNA genômico
- Semeie culturas puras de Y. ruckeri em qualquer tipo de ágar adequado (os autores usaram ágar sanguíneo bovino a 5%) e incube a 22 °C por 1-2 dias, ou 15 °C por 3-4 dias.
- De cada placa de ágar, escolha uma única colônia representativa com um laço de inoculação e transfira para tubos centrífugos de 1,5 mL contendo 50 μL de água ultrapurificada. Suspenda, faça vórtice brevemente e incube por 7 minutos em um bloco de aquecimento a 100 °C.
- Centrifuge a 16.000 x g por 3 minutos e use uma pipeta para transferir cuidadosamente o sobrenadante para um tubo vazio de 1,5 mL. Prossiga para a próxima etapa usando o sobrenadante como DNA modelo ou armazene a -20 °C até esse momento.
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Materiais
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Kit de Purificação de DNA Genômico Wizard | Promega | A1120 | Fonte de Lisis de Núcleos, RNase, Precipitação de Proteínas e soluções de Reidratação de DNA |
| Nitrogênio líquido | Produtos Aéreos | N/A | |
| Mastercycler Pro com painel de controle | Eppendorf | 6321000019 | |
| Micro-ondas de 1250 W | Panasonic | N/A | |
| Centrífuga de mesa 5424 | Eppendorf | 05-403-93 | |
| Banho-maria digital Isotemp 215 | Fisher científica | 15-462-15Q | |
| Espátula metálica | Sigma-Aldrich | Z283274 | |
| Almofariz e pilão | Sigma-Aldrich | Z247464 | |
| Misturador Vortex LSE | Corning | 6775 | |
| 2-propanol | Sigma-Aldrich | I9516 | |
| Ponteiras estéreis de 10 μL | Dica Um | 1161-3730 | |
| Pontas estéreis de 200 μL | Dica Um | 1163-1730 | |
| Pontas estéreis de 1250 μL | Dica Um | 1161-1750 | |
| Kit de Pipetadores de Volume Variável | VWR | 75788-460 | |
| Brometo de etídio | Sigma-Aldrich | E1510 | |
| Agarose | IBI Scientific | IB70041 | |
| EDTA | Thermo Fisher Scientific | 17892 | |
| Ácido acético | Fisher Chemical | A38-212 | |
| Base Tris | Sigma-Aldrich | 10708976001 | |
| μcuvette | Eppendorf | 6138000018 | |
| Bioespectrômetro básico | Eppendorf | 6135000009 |
