Crescimento Bacteriano e Técnicas

Fonte: Cian, M. B. et. al., Separação do Envelope Celular para Bactérias Gram-negativas em Frações de Membrana Interna e Externa com Ajustes Técnicos para Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra a separação das frações de membrana interna e externa de bactérias Gram-negativas usando ultracentrifugação com gradiente de sacarose. As frações de membrana são purificadas e armazenadas em baixas temperaturas para análise direcionada de componentes específicos da membrana.

Fonte: Mercier, N., et al. Purificação de afinidade MS2 acoplada ao sequenciamento de RNA em bactérias Gram-positivas. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra um procedimento passo a passo para coletar células bacterianas e lisá-las mecanicamente para liberar conteúdo intracelular.

Fonte: Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra o isolamento de pequeno RNA regulador (sRNA) marcado com MS2 ligado ao seu RNA alvo bacteriano usando purificação de afinidade com uma fusão de proteína de ligação à maltose (MBP) – MS2 imobilizada em resina de amilose.

Fonte: Feltwell, T., et.al. Separação de bactérias por quantidade de cápsula usando um gradiente de densidade descontínuo. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o uso de um gradiente de densidade descontínuo para separar cepas bacterianas com base na quantidade de cápsulas. Ao centrifugar uma biblioteca mutante de transposon através do gradiente, bactérias com diferentes densidades de cápsula se localizam em camadas distintas. As frações separadas podem então ser coletadas para análise a...

Fonte: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Isolamento e caracterização de vesículas extracelulares produzidas por micobactérias limitadas ao ferro. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o isolamento gradual de vesículas extracelulares (EVs) de Mycobacterium tuberculosis cultivadas sob condições limitantes de ferro que imitam o ambiente hospedeiro. Ele descreve o uso de ultrafiltração, centrifugação diferencial e separação de gradiente de densidade para enriquecer e identificar frações contendo...

Fonte: Watson, D. C., et.al. Isolamento e purificação escaláveis de vesículas extracelulares de Escherichia coli e outras bactérias. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra o isolamento e a concentração de vesículas extracelulares (EVs) derivadas da membrana externa de bactérias geneticamente modificadas. O processo envolve a cultura das bactérias para liberar EVs, seguido por etapas sequenciais de centrifugação e filtração para remover células e detritos. Finalmente, a ultrafiltração é usada...

Fonte: Watson, D. C., et al. Isolamento e purificação escaláveis de vesículas extracelulares de Escherichia coli e outras bactérias. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra o uso da cromatografia de exclusão de tamanho com esferas de resina porosa para isolar vesículas extracelulares bacterianas (EVs) de um filtrado de cultura bacteriana. EVs maiores eluem cedo, contornando os poros da resina, enquanto proteínas menores entram nos poros e eluem mais tarde.

Fonte: Fattahi, N., et al. Interfaces de hidrogel fotodegradável para triagem, seleção e isolamento de bactérias. J. Vis. Exp. (2021).Este vídeo demonstra a extração de colônias bacterianas de um hidrogel fotodegradável usando luz UV. Uma colônia específica é selecionada e uma exposição à luz padronizada é projetada para iniciar a degradação localizada do hidrogel. Após ajustar a intensidade e a duração da luz, a luz UV é aplicada, liberando a colônia. A colônia é então aspirada através de...

Fonte: Ghadigaonkar, D. e Rath, A. Isolamento e Identificação de Bactérias Resistentes a Antibióticos Transmitidas pela Água e Caracterização Molecular de seus Genes de Resistência a Antibióticos. J. Vis. Exp. (2023)Este vídeo demonstra o isolamento e a preparação de bactérias resistentes a antibióticos a partir de uma amostra de água usando meios seletivos. O DNA é extraído de bactérias resistentes a antibióticos e amplificado para identificar os genes bacterianos resistentes a antibióticos.

Fonte: Kazi, M. I., et. al., Gerando bibliotecas de inserção de transposons em bactérias Gram-negativas para sequenciamento de alto rendimento. J. Vis. (2020)Este vídeo demonstra a seleção, quantificação e preservação de bactérias receptoras Gram-negativas portadoras de inserções de transposons com base na resistência à canamicina.

Fonte: Fernández-Coll, L. e Cashel, M. Usando radiomarcação de placa de microtitulação para múltiplas medições in vivo de Escherichia coli (p) ppGpp seguidas de cromatografia em camada fina. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo apresenta um protocolo de alto rendimento para medir os níveis e a dinâmica dos nucleotídeos bacterianos de resposta ao estresse ppGpp e pppGpp usando cromatografia em camada fina (TLC). O método fornece uma abordagem poderosa, rápida e econômica para quantificar (p)ppGpp em...

Fonte: Streather, B. R., et al. Produção e análise otimizadas de vesículas cheias de proteínas recombinantes de E. coli. J. Vis. Exp. (2023)Este vídeo demonstra a produção e o isolamento de proteínas recombinantes marcadas com Peptídeo Nucleante de Vesículas (VNp) de vesículas bacterianas. Um indutor desencadeia a expressão de proteínas marcadas com VNp, impulsionando a formação e encapsulamento de vesículas, seguido de centrifugação e sonicação para recuperação eficiente de proteínas sem lise...

Fonte: Shivaiah, K., et al. Isolamento de gotículas lipídicas de plastoglobulos do tecido foliar da planta e cianobactérias. J. Vis. Exp. (2022).Este vídeo demonstra o isolamento de plastoglóbulos de cianobactérias usando centrifugação com gradiente de densidade de sacarose, destacando sua natureza rica em lipídios e de baixa densidade e garantindo sua preservação estrutural para análise a jusante.

Fonte: Armbruster, K. M., Meredith, T. C. Enriquecimento de Lipoproteínas Bacterianas e Preparação de Lipopeptídeos N-terminais para Determinação Estrutural por Espectrometria de Massa. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o enriquecimento de lipoproteínas bacterianas usando um detergente não iônico que sofre separação de fases após o aquecimento. Por meio de mudanças sequenciais de temperatura e etapas de centrifugação, as lipoproteínas são seletivamente divididas na fase detergente,...

Fonte: Leuthold, M. M., et al. Produção de Domínios Salientes de Norovírus Humano em E. coli para Cristalografia de Raios-X. J. Vis. Exp. (2016).Este vídeo demonstra a purificação do domínio P do norovírus humano recombinante usando cromatografia de exclusão de tamanho, destacando a separação da proteína-alvo de impurezas de maior e menor peso molecular com base na acessibilidade diferencial dos poros. O processo é monitorado por absorbância UV e confirmado por meio da análise SDS-PAGE de...

Fonte: Kuo, T., et al. Purificação cromatográfica negativa em uma etapa da proteína ativadora de neutrófilos Helicobacter pylori superexpressa em Escherichia coli em modo de batelada. J. Vis. Exp. (2016)O vídeo demonstra uma técnica de cromatografia negativa para purificar uma proteína associada à virulência de um lisado bacteriano. Ao usar uma resina carregada positivamente em uma solução tamponada, as proteínas da célula hospedeira são retidas seletivamente, enquanto a proteína-alvo quase...

Fonte: Murata, T., et al. Purificação de uma proteína de alta massa molecular em Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra um procedimento passo a passo para a purificação de uma proteína marcada com poli-histidina secretada por Streptococcus mutans.

Fonte: Venuprasad, K., et al. Administração intratraqueal de Haemophilus influenzae em modelos de camundongos para estudar a inflamação das vias aéreas. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra a coleta e o processamento do fluido de lavagem broncoalveolar de um camundongo sacrificado infectado com Haemophilus influenzae não tipável para análise a jusante.

Fonte: Ginies, C., et al. Identificação de ácidos graxos em Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o processo de preparação de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAMEs) a partir de amostras bacterianas, tratando a biomassa com uma solução alcalina, seguida de separação de fases e evaporação do solvente para análise a jusante.

Fonte: Shivaiah, K., et al. Isolamento de gotículas lipídicas de plastoglobulos do tecido foliar da planta e cianobactérias. J. Vis. Exp. (2022)O vídeo demonstra o isolamento de plastoglóbulos de cianobactérias. Começa com uma cultura de cianobactérias e prossegue através da ruptura celular usando força mecânica. A liberação de pigmentos fotossintéticos indica lise bem-sucedida. Um gradiente de etapa de sacarose é então usado para separar os componentes celulares por densidade, permitindo que...

Comece com culturas de espécies Gram-negativas de Yersinia e não-Yersinia Enterobacteriaceae.Usando inoculadores de agulha estéreis, pontilhar as culturas em Cefsulodin-Irgasan-Novobiocina tradicional ou ágar CIN e ágar NIC modificado.Incube as placas para promover o crescimento bacteriano.Tanto os ágares CIN tradicionais quanto os modificados suportam o crescimento de Yersinia e Enterobacteriaceae não Yersinia que fermentam manitol para produzir subprodutos ácidos.A produção de ácido reduz o...

Comece com uma cultura de enriquecimento derivada do solo de zonas úmidas contendo comunidades bacterianas.A cultura exibe atividade de Feammox, oxidação de amônio acoplada à redução de ferro férrico, indicando o enriquecimento de uma bactéria capaz desse processo metabólico.Diluir em série a cultura usando meios.Risque as amostras diluídas em placas de ágar de teste suplementadas com ferro férrico e amônio.Use placas de controle que não possuam ferro férrico ou amônio, ou contenham ferro...

Fonte: Becker, B., et al. Um ensaio repórter simples baseado em fluorescência para identificar componentes celulares necessários para o tráfego da cadeia da toxina A da ricina (RTA) em leveduras. J. Vis. Exp. (2017).Este vídeo demonstra a purificação de uma proteína recombinante marcada com poli-histidina usando cromatografia de afinidade baseada em níquel. Ele descreve etapas importantes, incluindo lise bacteriana por sonicação, clarificação e filtração do lisato, e ligação seletiva e elução...

Fonte: Wunderlin, T., et al. Isolamento físico de endosporos de amostras ambientais por lise direcionada de células vegetativas. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra um método para isolar endosporos de uma amostra ambiental contendo tanto células vegetativas quanto várias bactérias. O procedimento envolve filtração, perturbação mecânica e tratamento químico seletivo para enfraquecer e lisar células vegetativas enquanto preserva os endósporos. A etapa final isola os endosporos resilientes por...

Fonte: Gulla, S., et al. Análise em Tandem-Repetição Multi-locus da Bactéria Yersinia ruckeri com patígenos de peixes por PCR multiplex e eletroforese capilar. J. Vis. Exp. (2019).Esse protocolo extrai DNA genômico da Yersinia ruckeri suspendendo colônias isoladas em água ultrapura e aplicando calor para lisar as células. A centrifugação separa o sobrenadante contendo DNA dos detritos celulares, produzindo DNA molde adequado para genotipagem baseada em PCR e análise epidemiológica.

Fonte: Gulla, S., et al. Análise em Tandem-Repetição Multi-locus da Bactéria Yersinia ruckeri com patígenos de peixes por PCR multiplex e eletroforese capilar. J. Vis. Exp. (2019).Esse protocolo extrai DNA genômico da Yersinia ruckeri suspendendo colônias isoladas em água ultrapura e aplicando calor para lisar as células. A centrifugação separa o sobrenadante contendo DNA dos detritos celulares, produzindo DNA molde adequado para genotipagem baseada em PCR e análise epidemiológica.

Fonte: Stones, D. H., et al. Materiais biomiméticos para caracterizar as interações bactéria-hospedeiro. J. Vis. Exp. (2015)Este vídeo demonstra o uso de esferas bacteriomimiméticas para quantificar a adesão bacteriana às células epiteliais hospedeiras em condições competitivas. Ele descreve as etapas envolvidas no tratamento das células, lisando-as e plaqueando diluições em série para medir unidades formadoras de colônias.

Fonte: Jung, A. L. et. al., Legionella pneumophila Outer Membrane Vesicles: Isolation and Analysis of Their Pro-inflammatory Potential on Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra o pré-tratamento de macrófagos com vesículas de membrana externa (OMVs) de Legionella pneumophila para examinar seu efeito na replicação bacteriana. Ao alterar a sinalização imunológica do hospedeiro, os OMVs tornam os macrófagos mais permissivos à infecção. Contagens de colônias mais altas nas células...

Fonte: Jagau, H. et al. Infecção por pneumococo de células endoteliais humanas primárias em fluxo constante. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra a visualização em tempo real da ligação pneumocócica às cadeias do fator de von Willebrand (FVW) em células endoteliais sob condições de fluxo de meio constante. Ele descreve as etapas para estimular a liberação de FVW, rotular as cordas e quantificar a ligação bacteriana.

Fonte: Morrill, S. R., et al. Modelos de colonização vaginal murina por bactérias cultivadas anaeróbicas. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um protocolo para modelar a colonização vaginal em camundongos usando bactérias anaeróbicas resistentes a antibióticos. Começa com o tratamento hormonal para aumentar a suscetibilidade epitelial, seguido pela inoculação vaginal e co-inoculação em condições anaeróbicas. O procedimento termina com amostragem pós-inoculação e cultura para avaliar a...

Fonte: Li, J. et al. Desenvolvimento de um modelo de infecção larval de peixe-zebra para Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra a entrega baseada em microinjeção de Clostridioides difficile marcado com fluorescência no lúmen intestinal de uma larva de peixe-zebra anestesiada. Ele descreve as etapas envolvidas na preparação larval, injeção bacteriana e confirmação baseada em microscopia de fluorescência da localização bacteriana no intestino.

Fonte: Cruz-Adalia, A., et al. As células T capturam bactérias por transinfecção de células dendríticas. J. Vis. Exp. (2016).Este vídeo demonstra a transinfecção bacteriana por meio de interações entre células T e células dendríticas específicas do antígeno. As células dendríticas infectadas por bactérias que apresentam peptídeo de ovalbumina são incubadas com células T, diretamente ou separadas por uma membrana. O contato direto permite a formação de sinapses imunológicas, permitindo a...

Fonte: Balczon, R., et al. Métodos para detecção de amilóides citotóxicos após infecção de células endoteliais pulmonares por Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o procedimento para gerar sobrenadante citotóxico a partir de células endoteliais pulmonares após infecção por Pseudomonas aeruginosa. Ele descreve como as proteínas efetoras bacterianas interrompem a estrutura da célula hospedeira e induzem a liberação de oligômeros amilóides citotóxicos no sobrenadante.

Fonte: Lee, H. et. al., Sistema de proteína fluorescente verde dividida para visualizar efetores entregues por bactérias durante a infecção. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra um método para monitorar a infecção bacteriana e a entrega de proteínas efetoras em células vegetais usando a complementação de proteína fluorescente verde de superpasta dividida (sfGFP) combinada com microscopia confocal. A abordagem permite a visualização precisa da translocação efetora para o citosol da célula...

Fonte: Islam, A., et al., Avaliação da Transcitose Intestinal de Isolados de Bacteremia Neonatal por Escherichia coli . J. Vis. Exp. (2023)Este vídeo demonstra o procedimento para avaliar a transcitose de Escherichia coli neonatal em monocamadas epiteliais intestinais usando inserções transwell, medição de resistência elétrica e quantificação bacteriana.

Fonte: Anderson, Q. L., et al. Um patossistema de C. elegans de alto rendimento, alto conteúdo e base líquida. J. Vis. Exp. (2018)O vídeo demonstra um ensaio em base líquida onde larvas de C. elegans geneticamente modificadas são expostas a bactérias patogênicas em uma microplaca. As toxinas bacterianas secretadas no meio induzem o estresse e a morte do hospedeiro. Um corante fluorescente cora vermes mortos, permitindo a quantificação baseada em imagens da mortalidade para avaliar a...

Fonte: Yarringto, K. D., et al. Visualização cinética de interações bacterianas interespécies de célula única. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra a preparação de um sistema de cocultura usando bactérias móveis e não móveis sob uma almofada de agarose para imagens de células vivas. Ele mostra como bactérias móveis detectam atrativos químicos e invadem colônias imóveis, revelando interações bacterianas.

Fonte: Sorokulova, I., et al. Prevenção de efeitos adversos do estresse térmico em ratos por cepa de Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra ratos pré-tratados com bactérias benéficas ou solução salina tamponada com fosfato (PBS) e expostos ao estresse térmico para avaliar a integridade da barreira intestinal. Menos colônias bacterianas derivadas do intestino do fígado de ratos tratados, em contraste com numerosas colônias em ratos controle, indicam uma barreira epitelial...

Fonte: Yi, Y., et al. Interação planta-micróbio: resposta transcricional de Bacillus mycoides ao exsudato da raiz da batata J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a preparação e o tratamento de culturas de Bacillus mycoides para estudar as interações planta-micróbio. Ele descreve as etapas desde a risca de uma cultura de estoque e incubação em meio líquido até a exposição das bactérias aos exsudatos radiculares das plantas sob agitação. O processo culmina na colheita e congelamento instantâneo...

Fonte: Venuprasad, K., et al. Administração intratraqueal de Haemophilus influenzae em modelos de camundongos para estudar a inflamação das vias aéreas. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra a entrega intratraqueal de um inóculo bacteriano patogênico pulmonar em um camundongo anestesiado para modelar a infecção do trato respiratório inferior.

Fonte: Taylor, M. N., et.al. Usando dados de verme único para quantificar a heterogeneidade nas interações Caenorhabditis elegans-bacterianas. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra a exposição de vermes Caenorhabditis elegans livres de germes e pareados por idade a uma cepa bacteriana para colonização intestinal. Explica a remoção seletiva de bactérias externas e não aderidas, deixando apenas bactérias viáveis aderidas ao epitélio intestinal para quantificação.

Fonte: Taylor, M. N. et al. Usando dados de verme único para quantificar a heterogeneidade nas interações Caenorhabditis elegans-bacterianas. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra a quantificação da variabilidade da carga bacteriana intestinal em Caenorhabditis elegans individuais por meio de interrupção mecânica. Ele descreve as etapas para preparação de amostras, interrupção mecânica, diluição em série e contagem de colônias para avaliar as diferenças na carga bacteriana intestinal entre...

As bactérias endofíticas colonizam os tecidos vegetais e promovem o crescimento das plantas.Para estudar seu impacto no crescimento do tomateiro sob estresse salino, comece com mudas estéreis mostrando folhas e raízes em desenvolvimento.Mergulhe as raízes da muda experimental em uma suspensão de bactérias endofíticas; deixar o controlo não inoculado.Transfira ambos os grupos para solo esterilizado para evitar interferência microbiana externa e incube em uma câmara de crescimento.Do solo, as...

Pegue uma mistura de inóculo de bactérias solubilizadoras de fosfato ou PSB e bactérias roxas sem enxofre ou PNSB.Pulverize a mistura no solo misturado com fertilizante e esterco de vaca.Semeie a semente e cubra-a com o solo.Deixe a planta crescer.As bactérias localizam-se perto da raiz em uma zona chamada rizosfera.O PSB converte fosfatos insolúveis do solo em formas solúveis.Enquanto isso, o PNSB fixa nitrogênio convertendo o gás nitrogênio atmosférico em amônia.A planta absorve os fosfatos...

Comece com mudas de arroz pré-germinadas em condições escuras e assépticas para garantir uma germinação uniforme.Transferir estas plântulas para um balão contendo um meio semi-sólido rico em nutrientes, pré-inoculado com uma bactéria de ensaio.À medida que a planta cresce, as raízes liberam compostos quimiotáticos no meio circundante.Esses compostos estimulam a proliferação bacteriana, levando à adesão, multiplicação e formação de colônias na superfície da raiz.À medida que as raízes se...

Fonte:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21Universidade de Liverpool, 2 Universidade de DundeeEste vídeo demonstra o uso de um dispositivo revestido de silicone impresso em 3D que imita a superfície interna dos cateteres urinários para simular a infecção do trato urinário associada ao cateter.

Fonte: Arroyo, M. C., et al. Avaliação da Viabilidade de um Consórcio Bacteriano Sintético na Interface In Vitro Intestino-Microrganismo. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a avaliação da viabilidade de uma comunidade microbiana oral sintética durante a simulação da digestão oral, gástrica e intestinal. A sobrevivência bacteriana é quantificada após cada fase, revelando um declínio progressivo devido ao estresse digestivo.

Fonte: Okamoto, A., et al. Instalação eletroquímica autoportante para enriquecer bactérias respiradoras de ânodos no local. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o uso de um sistema eletroquímico no local para enriquecer bactérias que respiram ânodos (ARB) a partir de reservatórios naturais. Um gradiente redox é estabelecido ao colocar o ânodo em águas profundas sem oxigênio e o cátodo em águas superficiais ricas em oxigênio. Os ARB formam biofilmes e transferem elétrons para o ânodo, que...

Fonte: Ahmadi, S., et al. Um modelo de cultivo lotado in vitro para estimar os efeitos dos regimes intervencionistas na microbiota fecal humana. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra um método para modelar a fermentação microbiana intestinal incubando amostras fecais com fibra fermentável dietética sob condições anaeróbias para estudar a produção de metabólitos pela microbiota intestinal.

Fonte: Biller, S. J., et al. Isolamento e caracterização de vesículas extracelulares de cianobactérias. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra a preparação de vesículas extracelulares de cianobactérias para microscopia eletrônica de transmissão por coloração negativa, permitindo a visualização de alta resolução da morfologia, tamanho e pureza da vesícula para análises estruturais e comparativas.

Fonte: Zhang, Y., et al. Aplicação de Nanopartículas Fluorescentes ao Estudo da Remodelação do Sistema Endolisossômico por Bactérias Intracelulares. J. Vis. Exp. (2015)Este vídeo demonstra o uso de nanopartículas fluorescentes para visualizar a remodelação endolisossômica em células epiteliais humanas infectadas por bactérias intracelulares. Após a invasão bacteriana, os patógenos manipulam o citoesqueleto do hospedeiro e o sistema endolisossomal, formando vacúolos com projeções tubulares que...

Fonte: Valentine, M. E., et al. Geração de mutantes de deleção de genes em Pseudomonas aeruginosa e teste de atenuação de virulência em um modelo simples de infecção em camundongos. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra o uso da bioluminescência para visualizar e comparar o comportamento in vivo de cepas bacterianas virulentas e atenuadas em camundongos. Ele descreve a preparação de suspensões bacterianas bioluminescentes e sua injeção intraperitoneal em camundongos. A cepa virulenta exibe...

Fonte: Guo, S., et al. Quantificando a motilidade do enxame da superfície bacteriana em placas de gradiente indutor. J. Vis. Exp. (2022).Este vídeo demonstra o uso de uma placa de enxame de gradiente de camada dupla para estudar o comportamento do enxame bacteriano sob concentrações variadas de inibidores. Uma placa com um inibidor formador de gradiente na camada inferior é inoculada com bactérias e incubada. As imagens são capturadas em intervalos regulares para analisar o efeito da...

Fonte: Zhang, X., et al. Um modelo de embrião de peixe-zebra para visualização in vivo e análise intravital da infecção por Staphylococcus aureus associada a biomateriais. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra imagens de fluorescência de embriões de peixe-zebra injetados com Staphylococcus aureus, permitindo a quantificação da progressão da infecção e distribuição bacteriana para avaliar o impacto das microesferas de biomateriais nas interações patógeno-hospedeiro in vivo.

Fonte: Schlimpert, S. et al. Imagem de lapso de tempo de fluorescência do ciclo de vida completo de S. venezuelae usando um dispositivo microfluídico. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra imagens de lapso de tempo de fluorescência do ciclo de vida completo da bactéria Streptomyces venezuelae usando um dispositivo microfluídico para visualizar a germinação, o crescimento das hifas e a esporulação em tempo real.

Fonte: Bru, J., et.al. Imagem de lapso de tempo de enxames bacterianos e a resposta coletiva ao estresse. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra como visualizar e medir o comportamento de evitação de enxame em Pseudomonas aeruginosa usando um ensaio de placa de ágar enxame. Ele mostra a configuração da imagem de lapso de tempo sob condições controladas e explica como os sinais de estresse induzidos por antibióticos redirecionam o movimento bacteriano, que é quantificado por meio da análise de...

Fonte: Heering, J., et al., Indução de Diferenciação Celular e Imagem de Célula Única de Vibrio parahaemolyticus Swimmer e Swarmer Cells. J. Vis. Exp. (2017).Este vídeo demonstra a preparação de células de enxame de uma colônia de Vibrio parahaemolyticus para imagens de fluorescência. As bactérias são geneticamente modificadas para expressar uma proteína marcada com fluoróforo que se localiza unipolarmente em células nadadoras e bipolarmente em células de enxame alongadas, permitindo sua...

Fonte: Bennett, J. A. et al. Avaliação visual e microscópica de mutantes do desenvolvimento de Streptomyces . J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o uso da microscopia de contraste de fase para examinar as diferenças fenotípicas entre o tipo selvagem e o mutante Streptomyces coelicolor. Ele descreve as etapas envolvidas na preparação e imagem de filamentos aéreos para detectar defeitos de desenvolvimento na formação de esporos.

Fonte: Chu, W., e Zhuang, X. Visualizando a motilidade bacteriana com base em uma reação de cor. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um ensaio de ágar semissólido à base de corante redox para avaliar a motilidade bacteriana distinguindo visualmente cepas móveis e não móveis.

Fonte: Pioli, R., et al., Padronização de microrganismos e micropartículas por meio de montagem assistida por capilaridade sequencial. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra o método de captura de células únicas de Escherichia coli (E. coli) marcadas com fluorescência em armadilhas microfluídicas usando uma suspensão livre de carbono e fluxo controlado, seguido de adição de nutrientes para desencadear o crescimento e a imagem de fluorescência de microcolônias.

Fonte: Wen, J., Pasman, et. al., Visualização de germinossomos e membrana interna em esporos de Bacillus subtilis . J. Vis. (2019)Este vídeo demonstra o uso de microscopia de iluminação estruturada para adquirir imagens de fluorescência tridimensionais que revelam a organização das proteínas de germinação dentro do esporo bacteriano.

Fonte: Oms, T., et al. População e análise de célula única da persistência de antibióticos em Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)Este vídeo apresenta um protocolo para monitorar células bacterianas individuais que expressam uma proteína de ligação ao DNA marcada com fluorescência dentro de um sistema microfluídico. Ele ilustra como os antibióticos inibem a maioria das células, enquanto uma subpopulação de células persistentes sobrevive ao tratamento e cresce novamente após a remoção do...

Fonte: Murata, K. et. al., Visualização da compactação de DNA em cianobactérias por tomografia crioeletrônica de alta voltagem. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o cultivo síncrono de cianobactérias sob ciclos claro-escuro para estudar a compactação do DNA regulada pelo circadiano. A microscopia de fluorescência revela DNA condensado em pontos de tempo definidos, confirmando o alinhamento do ciclo celular em toda a população.

Fonte: Chetrit, D., et al. Aplicação de imagens de células vivas e tomografia crioeletrônica para resolver características espaço-temporais do sistema de secreção de pontos/ICM de Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra o uso de imagens de fluorescência de células vivas para quantificar a polaridade e a dinâmica dos componentes do sistema de secreção em Legionella pneumophila, permitindo a análise do recrutamento espacial e da redistribuição citosólica crítica para a...

Fonte: Chetrit, D., et al. Aplicação de imagens de células vivas e tomografia crioeletrônica para resolver características espaço-temporais do sistema de secreção de pontos/ICM de Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020)O vídeo descreve como preparar amostras de Legionella pneumophila para tomografia crioeletrônica, combinando cultura bacteriana, marcação de nanopartículas de ouro e técnicas de vitrificação. O processo preserva as estruturas celulares nativas e permite imagens de alta...

Fonte: Weber, N., et al., Transformação Natural, Expressão de Proteínas e Crioconservação da Cianobactéria Filamentosa Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra o procedimento para avaliar a motilidade deslizante em Phormidium lacuna , homogeneizando culturas de filamentos para criar uma suspensão uniforme, preparando uma configuração de ensaio de placa de Petri sobre uma lâmina de microscópio e visualizando o movimento do filamento.

Fonte: Sorokulova, I., et al. Prevenção dos Efeitos Adversos ao Estresse Térmico em Ratos pela Cepa Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo apresenta análises histológicas e de microscopia hematológica usadas para avaliar os efeitos protetores do Bacillus subtilis em ratos expostos ao estresse térmico.

Fonte: Chaimovitz, E. A., et al. Medição contínua de ruído biológico em Escherichia coli usando microscopia time-lapse. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra a visualização em tempo real do ruído biológico em E. coli ao acompanhar flutuações na fluorescência da GFP durante o crescimento e divisão bacteriana usando microscopia de time-lapse.

Fonte: Fattahi, N., et al. Interfaces de hidrogel fotodegradável para triagem, seleção e isolamento de bactérias. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra o uso de hidrogéis fotodegradáveis para isolar colônias bacterianas dentro de matrizes de micropoços de silício. As células bacterianas são primeiro carregadas em micropoços, encapsuladas em um hidrogel reticulado e cultivadas em colônias distintas. Após a exposição à luz ultravioleta, a degradação direcionada do hidrogel permite a extração...

Fonte: Feltwell, T., et.al. Separação de bactérias por quantidade de cápsula usando um gradiente de densidade descontínuo. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra a preparação e caracterização de cepas bacterianas com produção variável de cápsulas. Cepas patogênicas portadoras de diferentes mutações em genes relacionados à cápsula são cultivadas, cultivadas em meio líquido e submetidas à centrifugação para distinguir os fenótipos da cápsula com base na densidade do pellet. O tratamento tampão é...

Fonte: Le Nagard, L., et al. Bactérias magnetotáticas em crescimento do gênero Magnetospirillum: Cepas MSR-1, AMB-1 e MS-1. J. Vis. Exp. (2018).Este vídeo demonstra como cultivar bactérias Magnetospirillum em condições microaeróbicas usando meios líquidos e semissólidos. Ele destaca a formação de uma banda bacteriana visível na interface óxico-anóxica e sua migração ascendente à medida que o oxigênio se esgota. O vídeo também mostra como avaliar o comportamento magnetotático observando a...

Fonte: Valentine, M. E., et al. Geração de mutantes de deleção de genes em Pseudomonas aeruginosa e teste de atenuação de virulência em um modelo simples de infecção em camundongos. J. Vis. Exp. (2020).Este vídeo demonstra a geração de recombinantes de cruzamento duplo em Pseudomonas aeruginosa usando uma estratégia de deleção de genes baseada em plasmídeo. O processo envolve a seleção de bactérias que abrigam um plasmídeo não replicativo integrado ao genoma por meio de um único cruzamento e,...

Fonte: Schlimpert, S., et al. Imagem de lapso de tempo de fluorescência do ciclo de vida completo de S. venezuelae usando um dispositivo microfluídico. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o cultivo e isolamento de esporos de Streptomyces venezuelae. Os esporos, células dormentes que ajudam as bactérias a sobreviver ao estresse, são produzidos durante a limitação de nutrientes e coletados por centrifugação. O método garante uma suspensão de esporos pura e armazenada a frio para aplicações a...

Fonte: Heering, J., et al. Indução de diferenciação celular e imagem de célula única de células nadadoras e enxameadoras de Vibrio parahaemolyticus . J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a indução da diferenciação de células de enxame em Vibrio parahaemolyticus usando um meio de ágar especialmente preparado. Ao manipular pistas ambientais, como depleção de ferro, suplementação de cálcio e contato com a superfície, as bactérias são estimuladas a fazer a transição de sua forma de nadador para...

Fonte: Li, J., et. al., Desenvolvimento de um modelo de infecção larval de peixe-zebra para Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra o isolamento e a cultura da bactéria Clostridioides difficile do intestino de larvas de peixe-zebra. O intestino infectado é dissecado, homogeneizado e incubado em meio anaeróbico seletivo contendo antibióticos. Essas condições suprimem micróbios concorrentes e promovem o crescimento de células viáveis.

Fonte: Ayivi, R. et al., O cultivo, crescimento e viabilidade de bactérias do ácido lático: uma perspectiva de controle de qualidade. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra o método para recuperar bactérias do ácido lático estressadas pelo frio de um estoque de glicerol congelado, restaurando a viabilidade bacteriana por meio de incubação anaeróbica e isolando colônias ativas para expansão da cultura.

Fonte: Kuo, C., et al. Detecção de colonização entero-hemorrágica por Escherichia coli em hospedeiro murino por sistema de bioluminescência in vivo não invasivo. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a preparação de uma suspensão de Escherichia coli entero-hemorrágica que expressa luciferase a partir de estoque congelado para uso como inóculo oral em modelos animais. Isso permite o rastreamento bioluminescente em tempo real da colonização intestinal durante estudos de infecção in vivo.

Fonte: Nathoo, N., et al. Um sistema de co-cultivo hidropônico para análise simultânea e sistemática de interações moleculares e sinalização planta/micróbio. J. Vis. Exp. (2017).Este vídeo demonstra um sistema de co-cultivo hidropônico para estudar as interações planta-bactéria em condições estéreis. As mudas das plantas são transferidas para um meio de crescimento ácido estéril, incubadas e inspecionadas quanto à contaminação antes da inoculação com Agrobacterium. As bactérias ativadas se...

Fonte: Figueroa, D. M., et al. Produção e visualização de esferoplastos e protoplastos bacterianos para caracterizar a localização de peptídeos antimicrobianos. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra um procedimento passo a passo para gerar protoplastos a partir da bactéria Gram-positiva Bacillus megaterium.

Fonte: Eggers, C. H. Manipulação genética mediada por phage da espiroqueta da doença de Lyme Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra a preparação de uma cultura de Borrelia burgdorferi geneticamente modificada com DNA de bacteriófago dormente carregando um gene de resistência a antibióticos. Após a seleção e incubação de antibióticos, um indutor químico desencadeia danos ao DNA, levando à excisão, replicação e montagem de novos vírions contendo o gene de resistência. Após...

Fonte: Morales-Soto, N. et. al., Preparação, Imagem e Quantificação de Ensaios de Motilidade de Superfície Bacteriana. J. Vis. Exp. (2015)Este vídeo demonstra um ensaio de enxame usando bactérias que expressam proteína fluorescente verde para observar a motilidade da superfície em ágar macio. A imagem de lapso de tempo captura a expansão coordenada e a formação de gavinhas, destacando a motilidade da superfície bacteriana.

Fonte: Anwar, Z., et al. Enriquecimento e detecção de toxinotipos de Clostridium perfringens em amostras de alimentos para varejo. J. Vis. Exp. (2019).Neste vídeo, bactérias redutoras de sulfito são cultivadas em um meio de ágar contendo sulfito, onde crescem anaeróbia e reduzem sulfito a sulfeto de hidrogênio, formando precipitados pretos com íons de ferro. As colônias negras são isoladas da profundidade do ágar usando técnicas assépticas e transferidas para meio fresco para incubação...

Fonte: Morita, M., et al. Cultura de células bacterianas no nível de célula única dentro de vesículas gigantes. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra um método para cultivar e observar células bacterianas individuais encapsuladas dentro de vesículas gigantes ancoradas a uma bicamada lipídica suportada. O sistema permite imagens estáveis e de longo prazo da dinâmica de crescimento de uma única célula em um microambiente confinado e fisiologicamente relevante.

Fonte: Tomás, J. M., et al. Geração de mutantes nulos para elucidar o papel das glicosiltransferases bacterianas na motilidade bacteriana. J. Vis. Exp. (2022).Este vídeo demonstra a amplificação dependente do iniciador de um plasmídeo suicida em E. coli. O plasmídeo, que carrega um gene de resistência a antibióticos, se replica apenas na presença de uma proteína iniciadora codificada pelo hospedeiro. Após eletroporação e incubação em meio de recuperação, a mistura é semeada em ágar contendo...

Fonte: Cafini, F., et.al. Metodologia para o Estudo da Transferência Horizontal de Genes em Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a captação de DNA induzida por competência em Staphylococcus aureus por meio de transformação natural. Uma cepa sensível ao cloranfenicol projetada para expressar constitutivamente um fator sigma é cultivada sob condições limitantes de nutrientes para aumentar a competência e, em seguida, incubada com DNA de doador portador de um gene de...

Fonte: Anderson, Q. L., et al., Um patossistema de C. elegans de alto rendimento, alto conteúdo e base líquida. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a preparação de bactérias de interferência de RNA (RNAi) que transportam plasmídeos para inibir a expressão do gene alvo. Ele descreve as etapas de seleção, crescimento e indução bacteriana de RNAi para produzir placas que expressam dsRNA para ensaios a jusante.

Fonte: Brodl, E., et al. In situ Medição e correlação da densidade celular e emissão de luz de bactérias bioluminescentes. J. Vis. Exp. 1 (2018)Este vídeo demonstra o cultivo de bactérias bioluminescentes marinhas para observar a ativação mediada por quorum sensing do operon de luminescência, permitindo o monitoramento em tempo real da expressão gênica e emissão de luz para estudos em comunicação microbiana e regulação gênica.

Fonte: Gilmore, S. F., et al. Produção em escala livre de células e adição de adjuvante a uma proteína principal recombinante da membrana externa de Chlamydia muridarum para o desenvolvimento de vacinas. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra a síntese livre de células de antígenos de proteínas de membrana estabilizados por nanodiscos usando um sistema de compartimento duplo. O dispositivo mantém condições ideais para síntese eficiente de proteínas, dobramento adequado e integração estável em...

Fonte: Bru, J., et al., Time-lapse Imaging of Bacterial Swarms and the Collective Stress Response. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra o procedimento para analisar o comportamento de enxameação de Pseudomonas aeruginosa , observando o crescimento bacteriano de uma cultura central em direção a pontos satélites contendo a mesma cultura misturada com um antibiótico, usando uma configuração de placa de ágar e imagens de lapso de tempo.

Fonte: Liu, P. C., et al. Projeto e uso de um morbidostato automatizado de baixo custo para evolução adaptativa de bactérias sob seleção de antibióticos. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o uso de um chip microfluídico para visualizar e comparar o crescimento e a morfologia de cepas de E. coli do tipo selvagem e resistentes ao trimetoprima sob estresse antibiótico trimetoprima.

Fonte: Bhaduri, S., et al., Precipitação de calcita induzida microbiologicamente mediada por Sporosarcina pasteurii. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o método de enriquecimento de Sporosarcina pasteurii com uréia e cloreto de cálcio para desencadear a atividade da urease, levando à formação de cristais de calcita visíveis por meio da precipitação de calcita induzida microbiologicamente, ou MICP.

Fonte: Figueroa, D. M., et.al. Produção e visualização de esferoplastos e protoplastos bacterianos para caracterizar a localização de peptídeos antimicrobianos. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a produção de esferoplastos de Escherichia coli inibindo primeiro a divisão celular para induzir a filamentação, seguida pela digestão enzimática da parede celular. O processo inclui a adição controlada de um agente quelante, DNase, e um estabilizador osmótico para garantir a formação e...

Fonte: Collins, A. J., et al., Estabelecendo Culturas Binárias Estáveis de Saccharibacteria Simbióticas da Cavidade Oral. J. Vis. Exp. (2021)Este vídeo demonstra o estabelecimento e manutenção de uma cultura binária de Saccharibacteria e sua bactéria hospedeira, co-incubando-as sequencialmente em meio de crescimento específico do hospedeiro.

Fonte: Erdogan, F., et al., Ensaios de acasalamento conjugativo para análise específica de sequência de proteínas de transferência envolvidas na conjugação bacteriana. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra o procedimento para transferir um plasmídeo F do doador para as células de E. coli receptoras usando um plasmídeo de resgate e selecionando transconjugantes por meio de resistência dupla a antibióticos. O processo inclui a mistura de culturas bacterianas, incubação sem agitação, interrupção...

Fonte: Cheng, C., et al. Inativação de patógenos via fotólise de luz visível de riboflavina-5'-fosfato. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um método para avaliar os efeitos fototóxicos do mononucleotídeo de flavina (FMN) em bactérias patogênicas. As culturas bacterianas são expostas a concentrações crescentes de FMN e iluminadas com luz visível para gerar espécies reativas de oxigênio (ROS) que danificam os componentes celulares. As bactérias sobreviventes são então quantificadas para...

Fonte: Gupta, S., et al. Isolamento e caracterização de vesículas extracelulares produzidas por micobactérias limitadas ao ferro. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o procedimento de cultivo de Mycobacterium tuberculosis sob condições limitadas de ferro para induzir estresse de ferro e promover a secreção de sideróforos que suportam a sobrevivência bacteriana.

Fonte: Niu, L., et al., Visualização da morte celular lítica de macrófagos durante infecção micobacteriana em embriões de peixe-zebra por meio de microscopia intravital. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra a preparação de uma suspensão de célula única de Mycobacterium marinum a partir de uma cultura de fase logarítmica tardia para uso consistente em ensaios de infecção e aplicações a jusante.

Fonte: Paschke, P., et al. Engenharia genética de células de Dictyostelium discoideum com base na seleção e crescimento de bactérias. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o procedimento para introduzir um plasmídeo que transporta um gene alvo nas células da ameba por meio de eletroporação, seguido de recuperação em um suplemento bacteriano para permitir a entrega eficiente do gene na ameba do tipo selvagem.

Fonte: Gutiérrez, S., et. al., Isolamento de fagossomos contendo Salmonella typhimurium de macrófagos. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a cultura e preparação de Salmonella typhimurium para obter uma suspensão bacteriana limpa e metabolicamente ativa, adequada para uso experimental.

Fonte: Lin, P., et al. Sintetizando microcápsulas de tungstato de sódio e molibdato de sódio por meio de excreção de minerais bacterianos. J. Vis. Exp. (2018).Este vídeo demonstra a preparação de uma cultura bacteriana monoclonal para produção mineral por meio de diluição seriada e isolamento de colônias em uma placa de ágar. Ao agitar a placa com contas de vidro, as células individuais são separadas espacialmente para formar colônias geneticamente uniformes, que são então transferidas para...

Fonte: Lin, P., et al. Sintetizando microcápsulas de tungstato de sódio e molibdato de sódio por meio de excreção de minerais bacterianos. J. Vis. Exp. (2018).Este vídeo demonstra o procedimento para sintetizar microcápsulas rígidas de óxido metálico por meio da cultura de bactérias redutoras de metal com íons metálicos, seguido de purificação sequencial por sonicação, centrifugação e lavagem com etanol.

Fonte: Fuchs, F. M., et al. Investigando os efeitos prejudiciais da esterilização por plasma de baixa pressão na sobrevivência dos esporos de Bacillus subtilis usando microscopia de células vivas. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a produção, purificação e deposição baseada em aerossol de esporos de Bacillus subtilis para criar uma monocamada uniforme, permitindo aplicações a jusante, como análise baseada em microscopia da germinação de esporos, viabilidade ou resposta ao estresse.

Fonte: Vieira, J., et al. Desenho e desenvolvimento de um modelo para estudar o efeito do oxigênio suplementar no microbioma das vias aéreas da fibrose cística. J. Vis. Exp. (2021).Este vídeo demonstra a preparação de um meio de escarro artificial que imita a viscosidade, a composição de nutrientes e o pH do escarro pulmonar com fibrose cística. O meio resultante fornece uma plataforma fisiologicamente relevante para estudos ex vivo.

Fonte: Maurakis, S., e Cornelissen, C. N. Crescimento limitado por metais de Neisseria gonorrhoeae para caracterização de genes responsivos a metais e aquisição de metais de ligantes hospedeiros. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra o procedimento para o cultivo de Neisseria gonorrhoeae sob condições limitadas por metal usando um meio definido e empobrecido em metal.

Fonte: Naji, A., et al. Estudo do estresse oxidativo causado pelos estreptococos do grupo Mitis em Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o método de cultivo de Streptococcus mitis em condições microaerofílicas usando extrato de levedura Todd-Hewitt, ou meio de ágar THAH, para preparar culturas bacterianas para estudos de interação patógeno-hospedeiro.

Fonte: Venuprasad, K. et. al., Administração intratraqueal de Haemophilus influenzae em modelos de camundongos para estudar a inflamação das vias aéreas. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra a cultura de Haemophilus influenzae não tipável e a preparação de um inóculo padronizado por dose para estudos de colonização ou infecção a jusante.

Fonte: Stefan, A., et al., Os benefícios multifacetados da co-expressão de proteínas em Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)Este vídeo demonstra o procedimento para transformar Escherichia coli com um plasmídeo portador de um gene de resistência a antibióticos, incluindo preparação celular, eletroporação, recuperação e seleção de transformantes.

Fonte: Jiang, H., Ho, M. Isolamento e caracterização do ficobilissomo intacto em cianobactérias. J. Vis. Exp. (2021).Este vídeo demonstra o procedimento de cultivo de cianobactérias para obter biomassa por meio do cultivo de células sob iluminação contínua com suprimento de dióxido de carbono e condições ricas em nutrientes, seguido de colheita por centrifugação.

Fonte: Wiegand, D. J., Lee, et al., Expressão de proteínas livres de células usando a bactéria de crescimento rápido Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o cultivo e a colheita de Vibrio natriegens, uma bactéria de crescimento rápido, sob condições aeradas para preparar pellets bacterianos para a geração de extrato bruto.

Fonte: Wiegand, D. J., et al. Expressão de proteína livre de células usando a bactéria de crescimento rápido Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra a preparação de um extrato celular de Vibrio natriegens, uma bactéria de crescimento rápido conhecida por sua alta taxa de síntese de proteínas. O pellet bacteriano é lavado e ressuspenso em tampão de lise antes da sonicação no gelo para evitar a degradação celular. O lisado é centrifugado para separar os detritos celulares...

Fonte: Wiegand, D. J., et al. Expressão de proteína livre de células usando a bactéria de crescimento rápido Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o uso de um sistema de expressão de proteínas livres de células bacterianas baseado em lisado bruto de Vibrio natriegens para realizar transcrição e tradução in vitro acopladas. Ele destaca a preparação de uma mistura mestre com componentes essenciais e a síntese passo a passo de proteínas funcionais a partir de um molde de DNA.

Fonte: Jian, X., et al., Cultivo Microbiano Automatizado e Evolução Adaptativa usando o Sistema de Cultura de Microgotículas Microbianas (MMC). J. Vis. Exp. (2022).Este vídeo demonstra o uso de um sistema de cultura de microgotículas microbianas para impulsionar a evolução adaptativa das bactérias em direção à tolerância ao metanol. Ao misturar culturas bacterianas modificadas com um meio de estresse de alto teor de metanol e segmentá-las em microgotículas, o sistema seleciona mutantes que...

Fonte: Weber, N., et al., Transformação Natural, Expressão de Proteínas e Crioconservação da Cianobactéria Filamentosa Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo descreve um procedimento para realizar a transformação natural em cianobactérias filamentosas usando DNA de plasmídeo para obter expressão estável de GFP e resistência a antibióticos por meio de recombinação homóloga.

Fonte: Wagner, A. O., et al., Preparação Média para o Cultivo de Microrganismos em Condições Estritamente Anaeróbicas/Anóxicas. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra a preparação e inoculação de culturas anaeróbicas usando lodo livre de oxigênio sob condições estritamente controladas e desoxigenadas.

Fonte: Lea-Smith, D. J., et al. Geração de mutantes marcados e sem marcadores em espécies de cianobactérias modelo. J. Vis. Exp. (2016)O vídeo demonstra um método para gerar mutantes marcados com antibióticos em cianobactérias. O protocolo começa com a cultura de cianobactérias, seguida pelas etapas de centrifugação e lavagem que preservam os pili da superfície. Um plasmídeo carregando um gene de resistência a antibióticos flanqueado por sequências homólogas é então introduzido. Durante a...

Comece com um digestor anaeróbico, um reator selado e livre de oxigênio semeado com um lodo sintético que imita os sólidos depositados das águas residuais.O lodo contém micróbios anaeróbios mesófilos, uma comunidade microbiana mista.Esses micróbios prosperam em temperaturas moderadas e impulsionam a digestão da matéria orgânica do lodo.Misture continuamente o lodo para sustentar a atividade bacteriana e promover a digestão.Mais tarde, adicione bioplásticos, que são polímeros biodegradáveis, ao...

Comece com um turbidostat, um dispositivo que mantém uma densidade celular constante em cultura.O dispositivo contém um recipiente com uma cultura bacteriana, que é continuamente arejada por agitação e mantida a uma temperatura constante.Um diodo laser emite um feixe de luz que é dividido em dois caminhos.Um caminho é direcionado para um sensor de referência para monitorar as flutuações de intensidade do laser, enquanto o outro passa pela cultura.As células bacterianas espalham e absorvem a...

Comece com uma cepa de bactéria Pseudomonas aeruginosa , isolada de solo contaminado com óleo, em um meio contendo uma fonte de nitrogênio e um excesso de óleo comestível como fonte de carbono.Esta estirpe sintetiza polihidroxialcanoato (PHA), um polímero de cadeia longa útil na produção de bioplásticos.Incube sob agitação para facilitar a aeração e promover o crescimento bacteriano.Inicialmente, o meio fornece fontes de carbono e nitrogênio para apoiar a proliferação bacteriana e gerar alta...

Comece com uma cultura de Alishewanella, uma bactéria Gram-negativa tolerante ao sal.Em seguida, listre a cultura em placas de ágar contendo concentrações crescentes de cloreto de sódio para simular níveis variados de estresse salino.Cubra cada placa com uma camada de meio não solidificado para evitar a difusão de oxigênio e manter a cultura em um ambiente limitado por oxigênio.Sele e incube as placas a uma temperatura ideal para apoiar o crescimento bacteriano.Durante a incubação, a bactéria...

Fonte: Arias, S. L., et al. Fabricação de uma nanocelulose bacteriana magnética funcionalizada com nanopartículas de óxido de ferro. J. Vis. Exp. (2016).Este vídeo demonstra a produção de nanocelulose cultivando bactérias produtoras de celulose em um meio nutritivo contendo manitol. As bactérias metabolizam o manitol em glicose, que é então polimerizada e extrudida como cadeias de glucano que cristalizam em folhas de celulose, formando uma matriz tridimensional na interface ar–líquido. As...

Fonte: Brumfield, K. D. et al., Técnicas de Laboratório Usadas para Manter e Diferenciar Biotipos de Isolados Clínicos e Ambientais de Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra o crescimento de culturas bacterianas em meio líquido. A agitação promove a aeração e distribui os nutrientes de forma uniforme, apoiando o crescimento exponencial e resultando em uma suspensão uniforme e metabolicamente ativa, adequada para aplicações a jusante.

Fonte: Schumacher, D., et al. Imagem de Células Vivas por Fluorescência do Ciclo Celular Vegetativo Completo da Bactéria Social de Crescimento Lento Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a preparação e a imagem de Myxococcus xanthus, uma bactéria do solo de crescimento lento. A cultura é cultivada em meio médio, aplicada em uma cobertura com microsferas fluorescentes e recobrida com uma almofada de agarose pré-aquecida para apoiar a hidratação e o fornecimento de...

Fonte: Yang, Z., et al. Uma Plataforma de Alta Capacidade para a Triagem de Salmonella spp./Shigella spp.. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o enriquecimento seletivo e a identificação de Salmonella usando xilose, lisina desoxicolato (XLD) e ágar cromogênico. O caldo de selenito promove o crescimento de Salmonella , enquanto o ágar XLD revela colônias de centro negro por meio da produção de sulfeto de hidrogênio. O ágar cromogênico confirma a identidade por meio da formação de pigmentos...

Fonte: Jeong, H., et. al. Procedimento para Evolução Laboratorial Adaptativa de Microrganismos Usando Quimóstato. J. Vis. Exp. (2016).Este vídeo demonstra o isolamento seletivo e o crescimento de bactérias adaptadas ao estresse de uma cultura exposta a condições prolongadas de estresse. A cultura é placada sobre ágar contendo estressor, e uma única colônia é selecionada para inocular um meio líquido com o estressor. A absorvância é medida em intervalos regulares para monitorar o crescimento e...

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospectação de Cepas Microbianas para Biorremediação e Desenvolvimento de Probióticos para Pesquisa e Preservação de Metaorganismos. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o isolamento de bactérias marinhas degradadoras de poluentes por diluição em série, seleção de colônias e crescimento em meio contendo EE2. Ao usar EE2 como única fonte de carbono, o protocolo identifica cepas bacterianas capazes de metabolizar esse poluente ambiental.

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospectação de Cepas Microbianas para Biorremediação e Desenvolvimento de Probióticos para Pesquisa e Preservação de Metaorganismos. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o isolamento seletivo de bactérias marinhas degradadoras do petróleo ao enriquecer amostras de água do mar em meios à base de petróleo, possibilitando a recuperação de cepas puras com potencial de aplicações na biorremediação de petróleo bruto e limpeza ambiental.

Fonte: Berens, C. et al. Aplicação de um sistema de expressão induzível para estudar a interferência dos fatores de virulência bacteriana com a sinalização intracelular. J. Vis. Exp. (2015)Este vídeo demonstra o uso de um sistema de expressão induzível para identificar onde a proteína efetora bacteriana CaeB interrompe a cascata apoptótica do hospedeiro. Ele descreve as etapas para transfectar células que expressam CaeB com um sistema responsivo à tetraciclina, a fim de induzir a expressão...

Fonte: Wei, D., et al., Produção de Produtos Químicos por Klebsiella pneumoniae Usando Hidrolisado de Bambu como matéria-prima. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a conversão microbiana de açúcares derivados do bambu em 2,3-butanediol por meio do cultivo de Klebsiella pneumoniae em um meio à base de hidrolisado sob condições microaeróbicas e levemente ácidas.

Fonte: Hemmerich, J., et al. Protocolo para Otimização da Produção de Proteínas Heterólogas Utilizando Tecnologia Automatizada de Microbioreator. J. Vis. Exp. (2017).Este vídeo demonstra o uso de um microbiorator automatizado para monitorar o crescimento bacteriano e a secreção de proteínas fluorescentes em resposta a diferentes formulações de meio. Uma bactéria geneticamente modificada que expressa uma proteína fluorescente secretora é cultivada sob seleção antibiótica e inoculada em poços...

Fonte: Lea-Smith, D. J., et al. Geração de mutantes marcados e sem marcadores em espécies cianobacterianas modelo. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra a criopreservação de cepas cianobacterianas combinando suspensões celulares concentradas com glicerol ou DMSO e armazenando-as em baixas temperaturas, permitindo a manutenção a longo prazo de culturas viáveis para fotossíntese e estudos genéticos.

Fonte: Arias, S. L., et al. Fabricação de uma nanocelulose bacteriana magnética funcionalizada com nanopartículas de óxido de ferro. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra a síntese in situ de nanopartículas de magnetita dentro de uma película bacteriana de nanocelulose produzida por Gluconacetobacter xylinus. Ele explica como a nanocelulose bacteriana magnética é gerada por infusão de íons de ferro, precipitação alcalina e purificação.

Fonte: Rufián, J. S., et al, Análise de Célula Única da Expressão dos Genes de Pseudomonas syringae no Tecido Vegetal. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um método de pressão baseado em seringa para extrair bactérias apoplásicas, que proliferam e formam microcolônias dentro do apoplasto, o espaço intercelular entre as células vegetais. O método fornece amostras bacterianas livres de detritos adequadas para análise de célula única a jusante.

Fonte: Becker, B., et al. Um ensaio repórter simples baseado em fluorescência para identificar componentes celulares necessários para o tráfego da cadeia da toxina A da ricina (RTA) em leveduras. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a expressão induzível da cadeia da toxina ricina A (RTA) marcada com His, em Escherichia coli. Ele descreve as etapas envolvidas no cultivo seletivo de bactérias transformadas com um plasmídeo de expressão recombinante, indução da expressão de RTA marcado com Him...

Fonte: Pokhrel, A., et al. Ensaio para polifosfato inorgânico em bactérias. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra um ensaio colorimétrico para medir o polifosfato inorgânico (polyP) em amostras bacterianas. O procedimento envolve a conversão enzimática do poliP em fosfato livre, que então reage com o molibdato e o ácido ascórbico para produzir um complexo de cor azul. Ao comparar a absorbância deste complexo com uma curva padrão de concentrações de fosfato conhecidas, o conteúdo de poliP em...

Fonte: Choi, H. J., et al. Acustophorese Microfluídica para Separação Fluídica de Bactérias Gram-Negativas usando Grânulos de Afinidade Aptâmero. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra o método de separação seletiva de bactérias Gram-negativas de uma amostra bacteriana mista usando microesferas revestidas com aptâmero e forças acústicas dentro de um chip microfluídico.

Fonte: Brodl, E., et al. Medição in situ e correlação da densidade celular e emissão de luz de bactérias bioluminescentes. J. Vis. Exp. (2018).Este vídeo demonstra a medição e correlação da bioluminescência com a densidade celular em bactérias transformadas. Uma única colônia bacteriana é usada para iniciar uma cultura líquida. A cultura é colocada em um poço na concentração celular desejada. Um antibiótico e um indutor são adicionados para expressar o gene necessário para a bioluminescência...

Fonte: Koeth, L. M., et. al., Um método de microdiluição de caldo de referência para teste de suscetibilidade in vitro de dalbavancina de bactérias que crescem aeróbicas. J. Vis. Exp. (2015).Este vídeo demonstra o método de microdiluição em caldo para determinar a concentração inibitória mínima (CIM) de um antibiótico lipoglicopeptídico contra bactérias Gram-positivas. Abrange o isolamento de colônias bacterianas, diluição, inoculação de poços de microplacas com concentrações variadas de...

Fonte: Zhang, X. et. al., Um modelo de embrião de peixe-zebra para visualização in vivo e análise intravital da infecção por Staphylococcus aureus associada a biomateriais. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra um modelo de embrião de peixe-zebra para estudar infecções ligadas a biomateriais implantados. A injeção de Staphylococcus aureus com microesferas de poliestireno aumenta a sobrevivência bacteriana, confirmando o papel promotor de infecção dos materiais implantados.

Fonte: Yeung, M., et al. Desenvolvimento de um meio de ágar cromogênico mais sensível e específico para a detecção de Vibrio parahaemolyticus e outras espécies de Vibrio . J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra um método baseado em cultura para identificar espécies de Vibrio , destacando o ágar cromogênico como uma alternativa mais precisa ao tiossulfato-citrato-sais biliares-sacarose comumente usado ou ágar TCBS. O ágar cromogênico fornece diferenciação superior das cepas de Vibrio,...

Fonte: Al Ahmar, R., et al. Cultura de Variante de Pequena Colônia de Pseudomonas aeruginosa e Quantificação de seu Alginato. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra um ensaio colorimétrico para quantificar o alginato produzido por Pseudomonas aeruginosa, usando carbazol para detectar ácidos urônicos após hidrólise ácida. O método permite a análise comparativa da produção de alginato normalizada à biomassa bacteriana em pesquisas e estudos clínicos.

Fonte: Al Ahmar, R., et al. Cultura de Variante de Pequena Colônia de Pseudomonas aeruginosa e Quantificação de seu Alginato. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra um imunoensaio colorimétrico para quantificar o alginato, um exopolissacarídeo protetor produzido por Pseudomonas aeruginosa. O procedimento envolve o revestimento de uma microplaca com a amostra, a aplicação de anticorpos específicos e o uso de uma reação enzima-substrato para gerar uma mudança de cor mensurável. Uma curva padrão...

Fonte: Hassan, J. A., et al. Identificação de alto rendimento de resistência a Pseudomonas syringae pv. Tomate em tomate usando ensaio de inundação de mudas. J. Vis. Exp. (2020).Este vídeo demonstra um método para rastrear a resistência bacteriana em diferentes cepas de tomate usando mudas de dez dias inoculadas com uma suspensão bacteriana. Ele explica como as bactérias invadem os estômatos, fornecem proteínas efetoras para suprimir a imunidade das plantas e como as respostas das plantas...

Fonte: Anderson, Q. L. et al. Um patossistema de C. elegans de alto rendimento, alto conteúdo e base líquida. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra um método de triagem de alto rendimento usando Caenorhabditis elegans para estudar knockdowns de genes durante interações patógeno-hospedeiro. Ele descreve o procedimento para preparar vermes knockdown e transferi-los para placas de ensaio para avaliar os efeitos da morte de vermes induzida por patógenos.

Fonte: Cayron, J., e Lesterlin, C. Análise Multiescala do Crescimento Bacteriano Sob Tratamentos de Estresse. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o procedimento para avaliar a filamentação de E. coli e a replicação do DNA sob tratamento antibiótico inibidor da divisão celular usando placas para medir a viabilidade e citometria de fluxo para analisar o tamanho da célula e o conteúdo de DNA.

Fonte: Cheng, C., et al. Inativação de patógenos via fotólise de luz visível de riboflavina-5'-fosfato. J. Vis. Exp. (2022).Neste vídeo, uma mistura de reação tamponada contendo L-metionina, nitro azul de tetrazólio (NBT) e mononucleotídeo de flavina (FMN) é irradiada com luz violeta para induzir a produção de espécies reativas de oxigênio (ROS). Isso leva à inativação bacteriana e à formação de formazan detectável espectrometricamente.

Fonte: Weber, N. et. al., Transformação Natural, Expressão de Proteínas e Crioconservação da Cianobactéria Filamentosa Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um ensaio focado baseado em LED para estudar fototaxia em cianobactérias filamentosas. As bactérias migram em direção à fonte de luz, formando um acúmulo denso no centro iluminado, que é visualizado e quantificado por meio da análise da intensidade de pixels da imagem capturada.

Fonte: Balczon, R., et al. Métodos para detecção de amilóides citotóxicos após infecção de células endoteliais pulmonares por Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o protocolo para quantificar amiloides em sobrenadantes de cultura de células endoteliais pulmonares infectadas com bactérias virulentas, usando tioflavina T, um corante fluorescente que se liga a estruturas de folha beta amilóide. Um aumento na fluorescência em comparação com a linha de base indica a...

Fonte: Speare, L., et al. Ensaio de Coincubação para Quantificar Interações Competitivas entre Isolados de Vibrio fischeri . J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra um ensaio de co-incubação usado para estudar como as cepas bacterianas competem em um ambiente compartilhado. É amplamente aplicado em microbiologia para identificar mecanismos, como morte dependente ou independente de contato, que impulsionam essas interações.

Fonte: Venkateswaran, S., et al. Identificação de alto rendimento de polímeros repelentes de bactérias para dispositivos médicos. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra um método de alto rendimento para identificar polímeros repelentes de bactérias usando uma lâmina de microarray exposta a culturas bacterianas mistas. A ligação bacteriana é avaliada por fluorescência DAPI, onde o sinal reduzido indica polímeros com fixação mínima na superfície.

Fonte: Barber, A. E., et al. Preparação e aplicação de um novo biossensor bacteriano para a detecção presuntiva de resíduos de arma de fogo. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra a detecção de analitos específicos usando um biossensor bacteriano. Uma cultura bacteriana carregando um plasmídeo com um gene de proteína fluorescente vermelha (RFP) sob um promotor sensível ao analito é coletada. Depois de limpar completamente a superfície de teste, uma pequena seção do lenço é imersa na cultura e...

Fonte: Augimeri, R. V. et. al., Utilizando o composto liberador de etileno, ácido 2-cloroetilfosfônico, como uma ferramenta para estudar a resposta do etileno em bactérias. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o efeito do etileno gerado pelo ácido 2-cloroetilfosfônico (CEPA) no crescimento bacteriano e na produção de celulose. O etileno ativa vias de sinalização que estimulam a síntese de celulose, resultando em maior formação de películas. Esses resultados destacam a resposta bacteriana ao...

Fonte: Cayron, J., et al. Análise em várias escalas do crescimento bacteriano sob tratamentos de estresse. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra como preparar e usar uma placa microfluídica para obter imagens de células bacterianas sob condições de estresse. Ele descreve o processo de introdução de uma cultura bacteriana e um meio antibiótico indutor de estresse, seguido de carregamento celular e configuração microscópica. A imagem de lapso de tempo no modo de contraste de fase é então usada...

Fonte: Sekar, A., et. al., Um novo método para determinar a atividade antibacteriana longitudinal de materiais farmacológicos. J. Vis. Exp. (2023)Este vídeo demonstra um ensaio baseado em luminescência para avaliar a eficácia antibacteriana de uma tira polimérica carregada de antibióticos, quantificando a luminescência acionada por ATP, que diminui em culturas bacterianas expostas ao antibiótico.

Fonte: Zhu, W., & Chu, W. Método Visual Sensível para a Detecção de Bactérias Produtoras de Sulfeto de Hidrogênio. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um método visual sensível para a detecção rápida de bactérias produtoras de sulfeto de hidrogênio. Uma mudança de cor de amarelo para preto indica atividade bacteriana através da formação de sulfeto de bismuto.

Fonte: Bennett, J. A., et al. Avaliação visual e microscópica de mutantes do desenvolvimento de Streptomyces. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o cultivo e a comparação fenotípica de cepas de Streptomyces coelicolor de tipo selvagem e mutante. Ele descreve procedimentos para minimizar mutações espontâneas, prevenir a contaminação cruzada e promover o crescimento bacteriano por meio de técnicas adequadas de plaqueamento. Finalmente, o vídeo destaca as diferenças visuais na morfologia da...

Fonte: Francis, M. B., et al. Detecção de fragmentos de córtex durante a germinação de esporos bacterianos. J. Vis. Exp. (2016).Este vídeo demonstra um método colorimétrico para detectar a degradação do córtex durante a germinação de esporos bacterianos, medindo a liberação de açúcares redutores ao longo do tempo. Usando padrões de N-acetilglucosamina e amostras de ponto de tempo, o ensaio quantifica a concentração de açúcar por meio de uma reação cromogênica roxa, indicando a extensão da...

Fonte: Stenzler, B. R. et. al., Um ensaio de biossensor anaeróbico para a detecção de mercúrio e cádmio. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra o uso de biossensores bacterianos geneticamente modificados para medir com precisão a fração biodisponível de íons de mercúrio em condições anaeróbicas. Ao variar a concentração de sulfato de magnésio, o ensaio garante que o biossensor responda seletivamente aos íons de mercúrio livres, conforme indicado pelas mudanças na intensidade da fluorescência.

Fonte: Vidilaseris, K., et al. Triagem para inibidores de pirofosfatase ligados à membrana de Thermotoga maritima . J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra um ensaio colorimétrico para rastrear inibidores da pirofosfatase ligada à membrana bacteriana (mPPase) quantificando a liberação de ortofosfato. O método permite a identificação de compostos que inibem a mPPase de Thermotoga maritima, um potencial alvo de drogas antimicrobianas.

Fonte: Sarathy, J. P. et al. Um ensaio de ligação de caseum in vitro que prevê a penetração de drogas em lesões de tuberculose. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra um ensaio in vitro para medir a ligação do fármaco ao caseum de lesões de tuberculose usando diálise de equilíbrio rápido. Ele descreve as etapas para preparar suspensões de caseum, realizar diálise e calcular a fração de medicamento não ligada para prever a penetração do medicamento no caseum.

Fonte: Rugjee, K. N. et. al., Estabelecimento de uma configuração de alto rendimento para triagem de pequenas moléculas que modulam a sinalização c-di-GMP em Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra a geração de uma cepa repórter cíclica-di-GMP-responsiva em Pseudomonas aeruginosa usando eletroporação. A transformação bem-sucedida é confirmada por meio da seleção de antibióticos e análise baseada em...

Fonte: Rugjee, K. N., et al. Estabelecimento de uma configuração de alto rendimento para triagem de pequenas moléculas que modulam a sinalização c-di-GMP em Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016).Este vídeo demonstra a triagem de moduladores cíclicos de di-GMP usando bactérias geneticamente modificadas que expressam proteína fluorescente verde (GFP) sob o controle de um promotor sensível a c-di-GMP. A fluorescência é medida em uma placa de vários poços contendo diferentes compostos de...

Fonte: Chapman, I. J., et al., Otimização de Sonda Molecular para Determinar a Mortalidade Celular em um Organismo Fotossintético (Microcystis aeruginosa) Usando Citometria de Fluxo. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o método para distinguir células vivas e mortas de Microcystis aeruginosa , combinando a marcação de sonda fluorescente com análise de citometria de fluxo de autofluorescência de ficocianina e sinal de sonda.

Fonte: Nickling, J. H., et.al. Peptídeos antimicrobianos produzidos por incorporação de aminoácidos não canônicos por pressão. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra um ensaio de difusão em ágar usado para avaliar a atividade antimicrobiana de variantes de nisina. Ele mostra como o Lactococcus lactis expressando a peptidase ligada à membrana NisP ativa os precursores da nisina produzidos em E. coli, resultando em halos de inibição do crescimento. O tamanho desses halos reflete a bioatividade...

Fonte: Tokunou, Y., et al, Detecção eletroquímica do efeito do isótopo cinético de deutério no transporte de elétrons extracelular em Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra um método eletroquímico de célula inteira para avaliar como a transferência de prótons afeta o transporte de elétrons extracelular (EET) em bactérias eletroativas. Ao substituir prótons por deutérios usando óxido de deutério, o método mede as mudanças na corrente para revelar um efeito de isótopo...

Fonte: Dodge, R., et al. Contagem rápida de unidades formadoras de colônias em formato de placa de 96 poços aplicada ao microbioma de Drosophila . J. Vis. Exp. (2023)Este vídeo demonstra a quantificação de unidades formadoras de colônias (UFCs) de bactérias associadas ao intestino em moscas Drosophila usando uma abordagem de diluição e plaqueamento em série. Amostras homogeneizadas de moscas contendo bactérias intestinais são diluídas em série, plaqueadas em ágar e incubadas para permitir o...

Fonte: Maurakis, S., et al. Crescimento limitado por metal de Neisseria gonorrhoeae para caracterização de genes responsivos a metais e aquisição de metais de ligantes hospedeiros. J. Vis. Exp. (2020).Este vídeo demonstra um ensaio de crescimento bacteriano limitado a metais para estudar o papel dos genes responsivos a metais. Bactérias selvagens e mutantes cultivadas em meio empobrecido em metal são incubadas com ligante de metal e seu crescimento é monitorado usando um leitor de placas. Em...

Fonte: Maurakis, S., e Cornelissen, C. N. Crescimento limitado por metais de Neisseria gonorrhoeae para caracterização de genes responsivos a metais e aquisição de metais de ligantes hospedeiros. J. Vis. Exp. (2020)Este vídeo demonstra o procedimento para detectar transportadores de metal de superfície em Neisseria gonorrhoeae cultivada sob condições limitadas por metal usando um ensaio de dot blot, envolvendo ligação de ligante, detecção de anticorpos e visualização colorimétrica.

Fonte: Chen, Y., et al., Medição de Taxas Específicas de Tradução Incorreta de Micobactérias com Sistemas de Relatório de Ganho de Função. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra um método para quantificar erros de tradução em Mycobacterium smegmatis usando um GFP induzível e um sistema repórter de luciferase mutante secretada. Ele mostra como a luminescência resultante de erros de tradução é medida e comparada à fluorescência GFP para avaliar o impacto de uma molécula de teste na precisão da...

Fonte: Gilmore, S. F. et al. Produção em escala livre de células e adição de adjuvante a uma proteína principal recombinante da membrana externa de Chlamydia muridarum para o desenvolvimento de vacinas. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra o uso de Western blotting para avaliar a integridade estrutural da principal proteína da membrana externa (MOMP) dentro de complexos de vacinas baseados em nanopartículas. Ele descreve as principais etapas envolvidas na transferência de proteínas, marcação...

Fonte: Stefan, A., et al. Os benefícios multifacetados da co-expressão de proteínas em Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).Este vídeo demonstra a avaliação da frequência de mutação em bactérias usando um ensaio de beta-glicosidase. Culturas bacterianas que expressam uma DNA polimerase deficiente em revisão são coletadas ao longo de gerações sucessivas. Erros de replicação causados pela revisão reduzida podem ativar um gene da beta-glicosidase suprimido. Após centrifugação e...

Fonte: Jian, X. et. al., Cultivo Microbiano Automatizado e Evolução Adaptativa usando o Sistema de Cultura de Microgotículas Microbianas (MMC). J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra o uso de uma plataforma baseada em gotículas microfluídicas para monitoramento em tempo real do crescimento bacteriano. Ao gerar gotículas uniformes contendo suspensões bacterianas e guiá-las através de uma via de detecção, o sistema permite a medição óptica contínua da densidade celular para construir uma curva...

Pegue uma cultura de Corynebacterium glutamicum, transformada com um plasmídeo carregando um gene repórter fluorescente a jusante do antiterminador do ácido ribonucléico ou sequência RAT, em uma placa de vários poços.Durante a transcrição, o RAT-RNA forma uma estrutura de alça de haste que bloqueia a RNA polimerase, interrompendo a expressão do gene repórter.O plasmídeo também expressa constitutivamente LicV, uma proteína de fusão que compreende a proteína de ligação ao RNA RAT, LicT e o...

Comece com uma pasta contendo células bacterianas tratadas com nanopartículas de prata suspensas em uma matriz de exopolissacarídeos.Adicione um tampão fosfato à pasta para manter um pH estável.Em seguida, introduza uma solução contendo glicose e um indicador redox solúvel e, em seguida, incube a mistura. O indicador redox atua como um aceptor de elétrons.Durante a incubação, a glicose e o indicador redox entram nas células bacterianas metabolicamente ativas.As células utilizam glicose durante...

Pegue diluições seriadas de uma cultura bacteriana e adicione alíquotas em frascos calorimétricos contendo meio de crescimento.Carregue os frascos selados na placa de vários poços de um microcalorímetro isotérmico para medir a produção de calor metabólico.O dispositivo é mantido a uma temperatura constante para garantir que o calor detectado se origine exclusivamente do metabolismo bacteriano.À medida que as bactérias metabolizam nutrientes e proliferam, elas liberam calor que os sensores...

Fonte: Ali, I., et al. Triagem de Alto Débito de Isolados Microbianos com Impacto na Saúde de Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demonstra um ensaio fluorescente de alto rendimento para avaliar como as bactérias intestinais afetam a resiliência ao estresse em Caenorhabditis elegans. Ao rastrear a fluorescência azul dos grânulos intestinais rompidos, o ensaio revela sinais de morte mais antigos em vermes expostos a bactérias testadas.

Fonte: Sutlief, A. L., et al. Análise de Células Vivas do Estresse de Cisalhamento em Pseudomonas aeruginosa usando um sistema microfluídico automatizado de maior rendimento. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra a preparação de uma placa microfluídica para estudos de tensão de cisalhamento em culturas bacterianas. Após a preparação dos canais com meio, as células bacterianas são introduzidas no canal experimental e incubadas para a fixação. Meios residuais e culturas são removidos para...

Fonte: Brumfield, K. D., et al. Técnicas laboratoriais usadas para manter e diferenciar biótipos de isolados clínicos e ambientais de Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra um ensaio de ágar suave usando cloreto de trifeniltetrazólio para avaliar e comparar a motilidade das cepas de Vibrio cholerae visualizando a atividade metabólica por meio da formação de zonas vermelhas ao redor de células ativamente migratórias.

Fonte: Brumfield, K. D., et al., Técnicas de Laboratório Usadas para Manter e Diferenciar Biotipos de Isolados Clínicos e Ambientais de Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017).Este vídeo demonstra o teste Voges-Proskauer (VP) para diferenciar entre três biótipos de Vibrio cholerae: clássico, tipo selvagem El Tor e variante El Tor. Cada cultura é inoculada em um meio contendo glicose, incubada e tratada com α-naftol e hidróxido de potássio para detectar a presença de acetoína. Uma cor...

Fonte: Mettrick, K. A., Lawrence, et al., Induzindo uma Obstrução de Replicação Site-Specific em E. coli Usando um Sistema de Operador Repressor Fluorescente. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra bloqueio específico do sítio do forqueta de replicação em Escherichia coli usando a expressão induzida por arabinose de TetR amarelo marcado com proteína fluorescente que se liga a matrizes cromossômicas de tetO.

Fonte: Domesle, K. J., et al. Amplificação isotérmica mediada por laços para triagem de Salmonella em alimentos de origem animal e confirmação de Salmonela por isolamento em cultura. J. Vis. Exp. (2020).Este vídeo demonstra a técnica de amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) para detectar um gene bacteriano alvo amplificando o DNA a temperatura constante. A mistura de reação é preparada adicionando uma mistura mestre isotérmica, primers específicos para o gene-alvo e amostras contendo...

Fonte: Aigrain, L., et al. Internalização e Observação de Biomoléculas Fluorescentes em Microrganismos Vivos por Eletroporação. J. Vis. Exp. (2015)O vídeo demonstra a entrega de biomoléculas fluorescentes em células microbianas eletrocompetentes usando eletroporação. O processo começa com a introdução de DNA ou proteínas marcados com fluoróforos em uma suspensão celular resfriada. Um pulso de alta voltagem é então aplicado para criar poros temporários de membrana, permitindo a entrada da...

Fonte: Kurokawa, M., et al. Análise precisa e de alta produtividade do crescimento bacteriano. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra a quantificação de alto rendimento do crescimento bacteriano usando um leitor de microplacas. Ele descreve as etapas envolvidas na preparação da cultura, medição de densidade óptica e análise da dinâmica do crescimento.

Fonte: Dahl, J. et al. Detecção da atividade dependente de pH de Escherichia coli Chaperona HdeB In Vitro e In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra um ensaio baseado em espectrofotômetro de fluorescência para avaliar a atividade de chaperonas em uma proteína substrato sob estresse ácido e térmico. Ele descreve as etapas para monitorar o desdobramento e agregação do substrato por meio da dispersão da luz, comparando condições com e sem o acompanhante.

Fonte: Dahl, J., et al. Detecção da atividade dependente de pH de Escherichia coli Chaperona HdeB In Vitro e In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra o uso de culturas recombinantes de E. coli para avaliar o efeito protetor de uma acompanhante ativada por ácido durante o estresse ácido. O monitoramento do crescimento bacteriano revela maior sobrevivência em culturas que expressam chaperonas em comparação com os controles, destacando o papel das chaperonas na estabilização proteica sob...

Fonte: Stenum, T. S., et al. Quantificação da abundância e dos níveis de carga dos RNAs de transferência em Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra o uso da eletroforese em gel e do blot do norte para detectar e comparar os níveis de carga dos RNAs de transferência em E. coli , separando formas aminoaciladas e desaciladas.

Fonte: Gulla, S., et al. Análise em Tandem-Repetição Multi-locus da Bactéria Yersinia ruckeri com patígenos de peixes por PCR multiplex e eletroforese capilar. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o procedimento para separar amplificações de repetição em tandem de número variável marcadas fluorescentemente (VNTR), derivadas de uma bactéria patogênica de peixes, usando eletroforese capilar para gerar perfis eletroferográficos específicos de tamanho para identificação bacteriana.

Fonte: Hockett, K. L. e Baltrus, D. A. Uso da técnica de sobreposição de ágar mole para rastrear compostos inibitórios produzidos por bactérias. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra o procedimento para detectar a morte mediada por bacteriocina ao detectar sobrenadante de uma cepa doadora induzida por antibiótico sobre uma sobreposição de ágar mole contendo uma cepa teste. Zonas claras formadas após a incubação indicam inibição bacteriana.

Fonte: Cabeen, M. T., et al. Análise Microfluídica de célula única de Bacillus subtilis. J. Vis. Experiência (2018)O vídeo demonstra o uso de um dispositivo microfluídico para observar o crescimento bacteriano em nível de célula única. Ele mostra como células bacterianas não móveis, confinadas em trincheiras em microescala, são continuamente nutridas e visualizadas sob um microscópio de fluorescência. A configuração permite visualização em tempo real da divisão celular e do rastreamento de...

Fonte: Scheidweiler, D., et al. Combinando dispositivos fluídicos com microscopia e citometria de fluxo para estudar o transporte microbiano em meios porosos em escalas espaciais. J. Vis. Exp. (2020).Este vídeo demonstra o uso de um dispositivo microfluídico para quantificar a motilidade bacteriana por meio de uma matriz porosa composta por pilares dispostos aleatoriamente. Bactérias marcadas com fluorescência são introduzidas no dispositivo, imagens por microscopia enquanto se movem pela...

Fonte: Kim, H. et. al., Triagem Multienzimática Usando um Sistema de Triagem Enzimática Genética de Alto Rendimento. J. Vis. Exp. (2016)Este vídeo demonstra um método de triagem genética para detectar a expressão enzimática usando bibliotecas metagenômicas de fosmid e substratos cromogênicos. A citometria de fluxo identifica e isola células individuais produzindo produtos coloridos, permitindo a seleção de alta produtividade das células ativas que expressam enzimas.

Fonte: Samuels, D. J., et al. Uma abordagem baseada em cromatografia líquida tandem – espectrometria de massas para análise de metabólitos de Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Este vídeo demonstra o uso da cromatografia líquida–espectrometria de massa para identificar e quantificar metabólitos intracelulares de S. aureus. Ele descreve as etapas envolvidas na extração de metabólitos, normalização de peptídeos, cromatografia líquida e análise espectrométrica de massas.