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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Discutimos a construção e operação de um sistema não-linear complexa óptico que utiliza comutação totalmente óptica ultra-rápida para isolar Raman a partir de sinais de fluorescência. Usando este sistema, somos capazes de separar com sucesso sinais Raman e fluorescência utilizando energias de pulso e poderes média que permanecem biologicamente seguro.
A espectroscopia Raman é frequentemente assolada por um fundo fluorescente muito forte, particularmente para amostras biológicas. Se uma amostra é animado com um trem de pulsos ultra-rápidos, um sistema que pode temporalmente separadas espectralmente sobrepostas sinais em uma escala de tempo de picosegundos pode isolar rapidamente chegar luz dispersa Raman de tarde-de chegar a luz de fluorescência. Aqui nós discutimos a construção e operação de um sistema não-linear complexa óptico que utiliza todos os óptica de comutação em forma de um baixo consumo de energia óptico Kerr portão para isolar sinais Raman e de fluorescência. Um único laser de 808 nm com 2,4 W de potência média e taxa de repetição 80 MHz é dividida, com aproximadamente 200 mW de 808 nm de luz que está sendo convertido para <5 mW de 404 nm de luz enviado para a amostra para excitar espalhamento Raman. Os restantes luz nm unconverted 808 é então enviada para um meio não-linear, onde ele atua como a bomba para o obturador totalmente óptica. O obturador abre e fecha em 800 fs com um pico de eficiência de aproximadamente 5%. Usando este sistema, somos capazes de separar com sucesso sinais Raman e fluorescência em uma taxa de repetição de 80 MHz a partir de energias de pulso e poderes média que permanecem biologicamente seguro. Porque o sistema não tem capacidade ociosa em termos de potência óptica, detalhamos várias considerações de design e de alinhamento que ajuda a maximizar o rendimento do sistema. Discutimos, também, o nosso protocolo para a obtenção da sobreposição espacial e temporal do sinal e vigas bomba dentro do meio Kerr, bem como um protocolo detalhado para aquisição espectral. Por fim, relatamos um representante alguns resultados de espectros Raman obtidos na presença de fluorescência forte usando o nosso sistema de tempo de selecção.
1. Alguns cuidados devem ser tomados na preparação e colocação de uma amostra de Raman dentro deste sistema.
2. A fim de ter tempo de gated espectros Raman, o feixe de excitação deve ser devidamente preparado.
3. Para que o portão óptica para operar com a máxima eficiência, é preciso ter cuidado na preparação do feixe de bomba (Kerr feixe) também.
4. Com os dois feixes combinado, o portão Kerr e sistema de coleta são criados para maximizar o tempo de gated coletados sinal.
5. Coleção de um espectro de tempo-gated única Raman exige a aquisição de espectros de várias para corrigir artefatos do sistema.
6. Uma vez adquirido, várias etapas de processamento são úteis para melhorar a qualidade ea aparência dos dados.
7. Resultados representativos:

Figura 1. Diagrama esquemático do sistema de propagação Kerr. O caminho do feixe bomba é mostrado em vermelho, enquanto o caminho SHG é mostrado em azul. O caminho onde Raman e de fluorescência são sobrepostas é mostrado em verde, enquanto o caminho onde a fluorescência tem sido temporalmente filtrados é mostrado em amarelo. Abreviaturas da seguinte forma: BPF, banda passante do filtro; CCD, charge-coupled device; DCM, dicróicas espelho; FI, Faraday isolador; λ / 2, placa de meia onda; LPF, longa-pass do filtro; médio, NLM não-linear; P polarizador, ; SHG, cristal geração de segundo harmônico.

Figura 2 Top:. Raw espectros de cumarina dissolvidos em óleo de imersão. Curva vermelha mostra o espectro tomado com a porta abertas (analisador de conjunto para transmissão máxima). Curva preta mostra o espectro tomado com o analisador alinhados para transmissão mínima e uma bomba de feixe aplicado (o espectro gated). Curva azul mostra a spectum tomadas com o analisador alinhado para a transmissão mínima e nenhuma bomba feixe aplicado (portão mantida fechada). Curva verde mostra o espectro tomado com a bomba só feixe aplicado. Linhas tracejadas indicam magenta região espectral mostrado no painel abaixo. Todos os espectros foram suavizadas com uma ponto 11, de 3 ª ordem Savitzky-Golay filtro. Inferior: Spectra de cumarina dissolvido em óleo de imersão após fluorescência de fundo subtração. Curva vermelha é o espectro com a porta abertas, ea curva azul é o espectro fechado. O espectro gated mostra claramente a característica de pico de alta complicado número de ondas de óleos.
Discutimos a construção e operação de um sistema não-linear complexa óptico que utiliza comutação totalmente óptica ultra-rápida para isolar Raman a partir de sinais de fluorescência. Usando este sistema, somos capazes de separar com sucesso sinais Raman e fluorescência utilizando energias de pulso e poderes média que permanecem biologicamente seguro.
Este trabalho foi financiado pela NSF prêmio DBI 0852891. Parte deste trabalho também foi financiado pelo Centro de Biophotonics Ciência e Tecnologia, um designado NSF Centro de Ciência e Tecnologia gerido pela Universidade da Califórnia, Davis, no âmbito do Acordo de Cooperação n º PHY0120999.
| Nome | Companhia | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Lentes | ThorLabs | Vários | Todas as lentes revestidas a ter perdas de transmissão máxima de 1% cada |
| Sintonizável Ti: Sapph a laser | Coerente | Camaleão | 30 nJ, 200 fs, 80 MHz |
| Objetiva de imersão 40X de petróleo | Olimpo | UApo/340 | NA = 1,35 |
| Microscópio invertido | Olimpo | IX-71 | Modificado para remover todas as lentes na porta lateral |
| Metade placa de onda | Thorlabs | AHWP05M-600 | |
| Glan-Thompson polarizador | Thorlabs | GTH10M | ~ Perda de transmissão de 10% |
| Espectrômetro | PI Acton | SP2300i | |
| CCD | PI Acton | Pixis 100B | |
| Software mathmatical | The MathWorks | MATLAB | versão 2008a |
| Faraday isolador | EOT | BB8-5I | |
| Piezo-elétrico espelho | Newport | AG-M100 | |
| BBO cristal | CASIX | personalizado | 1 mm de espessura |
| Bandpass filtro 1 | Andover | 008FC14 | 808 ± 0,4 nm |
| Dichroic espelho | Semrock | FF662-FDI01 | limite da faixa de 662 nm |
| Filtro passa-tempo | Semrock | BLP01-405R | limite da faixa de 417 nm |
| Bandpass filtro 2 | Semrock | FF02-447/60 | 417-447 nm |
| CS 2 | Sigma-Aldrich | 335266 | Pureza de 99% |
| Cumarina 30 | Sigma-Aldrich | 546127 | Pureza de 99% |
| Óleo de imersão | Cargille | 16242 | Tipo de DF |