Eletroforese em gel de agarose de amplicons de DNA pós-PCR: um método para analisar produtos de PCR multiplex e avaliar o sucesso da reação de PCR

Neste artigo

Resumo

Fonte: Gulla, S. et al. Análise de repetição em tandem de número variável multilocus da bactéria patogênica de peixes Yersinia ruckeri por PCR multiplex e eletroforese capilar. J. Vis. Exp. (2019)

Neste vídeo, demonstramos a separação do DNA bacteriano amplificado por PCR usando eletroforese em gel de agarose. O gel de agarose funciona como uma peneira molecular, permitindo que o DNA carregado negativamente migre com base em seu tamanho sob um campo elétrico aplicado.

Protocolo

1. Confirmação do amplicon de PCR por eletroforese em gel

De acordo com as recomendações do fabricante, prepare um volume de gel de agarose a 1,5% (p/v) em tampão 1x tris-borato-EDTA (TBE) apropriado para o número de reações de PCR a serem testadas. Antes da fundição, adicione 5 μL de corante de ácido nucleico fluorescente por 50 μL de solução de gel e misture. Use bandejas e pentes conforme apropriado para a fundição, deixando um número apropriado de poços livres para escadas de referência de DNA.
Após a configuração, mergulhe o gel em 1x TBE-buffer em um sistema GE. Misture 5 μL de produto de PCR com 2 μL de corante de carga e ....

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Resultados

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Figura 1: Eletroforese em gel verificando a presença de múltiplos produtos de PCR. A imagem confirma a presença de múltiplos amplicons de PCR em todas as 12 pistas contendo amostras, com a primeira faixa representando a escada de DNA usada. Os tamanhos dos fragmentos de escada selecionados foram indicados, assim como o ensaio de PCR e a afiliação de cepas de cada pista.

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