Foi desenvolvido um protocolo para superar as dificuldades de isolamento e caracterização de linfócitos T raros específicos para patógenos, como o papilomavírus humano (HPV), que causam infecções localizadas. Os passos envolvidos incluem a identificação da(s) região(ões) das proteínas do HPV que contêm epítopo(s) de linfócito T a partir de um indivíduo, a seleção dos linfócitos T específicos pelo peptídeo com base na secreção de interferon-γ (IFN-γ) e o cultivo e caracterização dos clones de linfócitos T (Fig. 1). O indivíduo 1 era um paciente recém-diagnosticado com lesão intraepitelial escamosa de alto grau por biópsia e submetido ao procedimento cirúrgico de excisão com alça diatérmica no dia em que os linfócitos T foram coletados1. Uma região nas proteínas E6 e E7 do papilomavírus humano tipo 16 (HPV 16) que continha um epítopo de linfócito T foi identificada por meio de um ensaio de imunospot ligado à enzima para IFN-γ (ELISPOT) realizado com peptídeos sintéticos sobrepostos (Fig. 2). Os dados desse ensaio foram utilizados não apenas para identificar uma região que contém um epítopo de linfócito T, mas também para estimar o número de linfócitos T específicos para o epítopo e isolá-los com base na secreção de IFN-γ, utilizando microesferas magnéticas comercialmente disponíveis (kit de isolamento de linfócitos T CD8, Miltenyi Biotec, Auburn CA). Os linfócitos T selecionados secretadores de IFN-γ foram diluídos e cultivados individualmente na presença de uma mistura de células alimentadoras irradiadas, a fim de suportar o crescimento de um único linfócito T por poço. Esses clones de linfócitos T foram triados por meio de um ensaio ELISPOT para IFN-γ na presença de peptídeos que cobrem a região identificada e células B linfoblastoides autólogas transformadas pelo vírus Epstein-Barr (LCLs, obtidas conforme descrito por Walls e Crawford)2, com o objetivo de minimizar o número de células necessárias do clone de linfócito T. Em vez de utilizar 1 x 105 células por poço, quantidade tipicamente usada em ensaios ELISPOT1,3, foram utilizadas 1.000 células do clone de linfócito T na presença de 1 x 105 LCLs autólogas, reduzindo drasticamente o número de células do clone de linfócito T necessárias. As LCLs autólogas serviram não apenas para apresentar antígenos peptídicos às células do clone de linfócito T, mas também para manter uma alta densidade celular nos poços, permitindo que as células do clone de linfócito T específicas para o epítopo secretassem IFN-γ. Isso garante o bom desempenho do ensaio ELISPOT para IFN-γ. Da mesma forma, ensaios ELISPOT para IFN-γ foram utilizados para caracterizar a sequência mínima e ótima de aminoácidos do epítopo de linfócito T CD8 (HPV 16 E6 52-61 FAFRDLCIVY) e seu elemento de restrição da classe I do HLA (B58). O ensaio ELISPOT para IFN-γ também foi realizado utilizando LCLs autólogas infectadas com vírus vaccínia que expressavam a proteína E6 ou E7 do HPV 16. O resultado demonstrou que o epítopo de linfócito T E6 foi processado endogenamente. Foi demonstrada a reconhecimento cruzado do epítopo de linfócito T homólogo de outros tipos de HPV de alto risco. Este método também pode ser usado para descrever epítopos de linfócitos T CD44.