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Análise proteômica de material FFPE requer métodos robustos e reprodutíveis para a preparação da amostra. Nesta publicação, demonstram um protocolo que permite o isolamento eficaz de populações de células a partir do material fixo e a sua transformação química, resultando em fracções de péptidos de pureza elevada que pode ser utilizado directamente para análise LC-MS/MS. O processo consiste em quatro partes distintas: (1) preparação de secções das amostras FFPE e sua microdissecção, (2) a lise da amostra e processamento das proteínas utilizando abordagem MED FASP, e (3) quantificação e (4) fraccionamento da os péptidos (Figura 1).
No primeiro passo do processo, as amostras de FFPE são seccionados com um micrótomo e montadas em lâminas cobertas de membrana. Para aumentar a adesão entre as secções de tecido e a superfície da membrana da corrediça é necessário irradiar a superfície da lâmina com luz UV. Para isso, use a luz de uma lâmpada UVintegrado no banco de cultura de células. Após esta etapa, as lâminas são submetidas a lavagens, permitindo a remoção de parafina e re-hidratação das amostras. O material é reidratado corados com hematoxilina por um tempo curto. Isto resulta numa fraca coloração da amostra, mas é suficiente para a visualização de áreas de amostra para microdissecação. O processo de coloração tem de ser interrompido rapidamente por lavagem das lâminas com um excesso de água. A coloração prolongada dos resultados da amostra em baixos rendimentos peptídicas.
Na próxima etapa, as secções secas são submetidas a microdissecação. A selecção da área de tecido de células individuais depende do tipo de investigação e exige conhecimento específico em histologia ou Pathomorphology. O material lançado por laser é cobrado sobre superfícies adesivas dos tubos de coleta de amostra. Uma vez que a capacidade de ligação do material de adesivo é limitado, é necessário transferir o material de microdissecção da tampa para tele tubo após dissecção de cada 3-5 mm 2 da amostra. Isto pode ser facilmente feito por pipetagem de alguns microlitros de tampão de lise do tecido (LTB) para a tampa e um curto espaço de fiação de tubo em uma centrífuga. Depois a amostra é recolhida no fundo do tubo, a microdissecção e a recolha da amostra sobre a tampa pode ser continuado. Uma vez que toda a amostra é recolhida os tubos têm que ser adicionalmente tapado com parafilme e incubado num banho de água a cerca de 99 ° C com agitação contínua durante 1 hora. Uma vez que durante a incubação de água condensa-se sobre a tampa, a cada 15 minutos os tubos têm de ser pouco centrifugada para recolher a água de volta no cone de tubo.
Para obter peptídeos os lisados de tecido são processadas usando a abordagem MED-FASP. Neste método, as proteínas hidrolisadas são empobrecido do detergente e outras substâncias de baixo peso molecular, carboamidomethylated em resíduos de cisteinilo, e depois, consecutivamente digerido com duas enzimas difFering em suas especificidades de clivagem: endoproteinase LysC e tripsina. Depois de cada passo de digestão, os péptidos são recolhidos em fracções separadas. Nesta parte da preparação da amostra que é importante continuar a cada um dos passos de centrifugação, até mais do que 95% da solução inicialmente carregado para dentro da unidade de filtração da membrana passou. Analisando tecido do cólon e cancro da sua observou-se que este procedimento produz 3-6 pg de péptido por 100 nl (tecido 100 ug ou 10 mm 2 de uma secção de 10 mm) do material de microdissecção (Tabela 1). Uma vez que a proteína total extraída dos tecidos é de cerca de 10% do peso do tecido dos processos de extracção e de digestão em conjunto resulta em um rendimento de 30-60% no que diz respeito ao tecido original fresco. Estes valores reflectem as perdas de proteína durante a desidratação e de coloração, por microdissecção, e a retenção da parte da amostra não digerida nas unidades de ultrafiltração. Porque extração e processamento de nenhumtecido FFPE n-microdissecção resultou em rendimento de proteína e peptídeo-conversão de 75% 5, é provável que as perdas de amostra críticas ocorrem durante as etapas anteriores MED-FASP. Uma característica importante das misturas de péptidos obtidos por este processo é o seu elevado grau de pureza, que facilita ainda mais péptido processo de fraccionamento de fraccionamento e a identificação de espectrometria de massa. Isto foi recentemente demonstrado pela análise de amostras de adenoma colorrectal 3. Nesse estudo cerca de 40% dos eventos de MS / MS levou à identificação de peptídeos de tecido FFPE e resultou em mapeamento de até 17.000 péptidos por ensaio LC-MS/MS único. Taxas mais altas de identificação foram alcançados apenas na análise in vitro de células cultivadas congelados 3.
Nas duas últimas partes de todo o processo, os peptídeos isolados são quantificados e fraccionado em microcolunas pipeta com ponta. Uma vez que as quantidades de péptido isolado, a partir do tecido são microdissecção serbaixo 10 ug eles não podem ser quantificados utilizando ensaios de proteína à base de corantes comummente utilizados. Também os A 280 medidas de UV-espectral a estas concentrações não são úteis devido ao efeito de espalhamento de luz. Em contraste, as medições de fluorescência dos resíduos de triptofano oferecer uma maneira de confiança para a determinação do teor de péptido.
Recentemente, temos mostrado que até 5.000 proteínas de células em cultura podem ser identificados em um 'tiro' 4 hr análise LC-MS/MS 7. No entanto, este tipo de análise aplicada aos tecidos nativos raramente permite a identificação de mais do que 3000 mil proteínas. Para aumentar a profundidade da análise dos péptidos gerados na MED FASP têm de ser pré-fraccionadas antes LC-MS/MS. A separação de micro-coluna SAX base é um método de fraccionamento simples e eficiente 10. Já foi aplicada em vários estudos proteomic incluindo aqueles analisando tecido fixo 5, 8, 9. O SAX-microcolu 'pipeta ponta'mns, eo C 18 - colunas de dessalinização "StageTip '9 são fáceis de preparar. As colunas são montados por empilhamento de tampões, cortadas a partir do SAX ou C 18 membranas, numa ponta de pipeta de 200 ul 11. Exemplos de a análise das amostras de FFPE fraccionado-SAX são mostrados na Tabela 1.

Figura 1. Introdução ao procedimento. O processo consiste em quatro partes distintas: (1) preparação de secções das amostras FFPE e sua microdissecção, (2) a lise da amostra e processamento das proteínas utilizando abordagem MED FASP, e (3) quantificação e (4) fraccionamento da os péptidos.
| Amostra | Amostra pré-fracionamento / digestão | Espectrômetro de massa utilizado | Ng rendimento péptido / amostra nL (± DP) | Identificações únicas proteína por amostra única | Referência |
• Adenonocarcinoma • mucosa do cólon normal | SAX / uma enzima | Orbitrap-Velos | 36 ± 11 (n = 8) 30 ± 8 (n = 8) | 5.985 ± 54 5.868 ± 110 | 8 |
| • Colonic Adenoma | SAX / duas enzimas | Q Exactive | 56 ± 6,1 (n = 3) | 9.501 ± 28 | 3 |
Tabela 1. Resultados representativos das análises proteomic do tecido microdissecção FFPE.