O pH intracelular é rigidamente regulado e diferenças de pH entre o citoplasma e as organelas foram relatadas1. A regulação do pH celular é crucial para o controle homeostático de processos fisiológicos que incluem: síntese de proteínas, DNA e RNA, tráfego vesicular, crescimento celular e divisão celular. Alterações na homeostase do pH celular podem levar a alterações funcionais prejudiciais e promover a progressão de várias doenças2. Vários métodos estão disponíveis para medir o pH intracelular, mas muito poucos deles permitem a medição simultânea do pH no citoplasma e nas organelas. Aqui, descrevemos em detalhes um método rápido e preciso para a medição simultânea do pH citoplasmático e organelar usando microscopia confocal em células vivas3. Este objetivo é alcançado com o uso de dois corantes raciométricos com sensor de pH que possuem particionamento seletivo do compartimento celular. Por exemplo, SNARF-1 é compartimentado dentro do citoplasma, enquanto HPTS é compartimentado dentro de organelas endossômicas / lisossômicas. Embora o HPTS seja comumente usado como um indicador de pH citoplasmático, esse corante pode rotular especificamente vesículas ao longo da via endossômico-lisossômica após ser absorvido pela pinocitose3,4. Usando essas sondas de detecção de pH, é possível medir simultaneamente o pH dentro dos compartimentos endocítico e citoplasmático. O comprimento de onda de excitação ideal do HPTS varia dependendo do pH, enquanto para o SNARF-1, é o comprimento de onda de emissão ideal que varia. Após o carregamento com SNARF-1 e HPTS, as células são cultivadas em diferentes soluções calibradas de pH para construir uma curva padrão de pH para cada sonda. A imagem celular por microscopia confocal permite a eliminação de artefatos e ruído de fundo. Devido às propriedades espectrais do HPTS, esta sonda é mais adequada para medição do compartimento endossômico levemente ácido ou para demonstrar a alcalinização das organelas endossômicas/lisossômicas. Este método simplifica a análise de dados, melhora a precisão das medições de pH e pode ser usado para abordar questões fundamentais relacionadas à modulação do pH durante as respostas celulares a desafios externos.