O Conceito Terroir Interpretado através da baga da uva Metabolomics e transcriptómica

Silvia Dal Santo; Mauro Commisso; Erica D'Incà; Andrea Anesi; Matteo Stocchero; Sara Zenoni; Stefania Ceoldo; Giovanni B. Tornielli; Mario Pezzotti; Flavia Guzzo

doi:10.3791/54410

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Artigo de método

O Conceito Terroir Interpretado através da baga da uva Metabolomics e transcriptómica

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DOI:

10.3791/54410

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5 de outubro de 2016

Silvia Dal Santo^*¹ , Mauro Commisso^*¹ , Erica D'Incà¹ , Andrea Anesi¹^,² , Matteo Stocchero³ , Sara Zenoni¹ , Stefania Ceoldo¹ , Giovanni B. Tornielli¹ , Mario Pezzotti¹ , Flavia Guzzo¹

¹Biotechnology Department, University of Verona, ²Lab. of Bioorganic Chemistry, Physics Department, University of Trento, ³S-IN Soluzioni Informatiche

^* These authors contributed equally

Neste artigo

Resumo

Este artigo descreve a aplicação de metabolômica irrelevantes, transcriptomics e análise estatística multivariada para transcrições baga da uva e metabolitos, a fim de ter uma visão sobre o conceito terroir, ou seja, o impacto do meio ambiente sobre características de qualidade de baga.

Resumo

Terroir refere-se à combinação de fatores ambientais que afetam as características das culturas como videira (Vitis vinifera) de acordo com determinados habitats e práticas de gestão. Este artigo mostra como certos assinaturas terroir pode ser detectado no metaboloma baga e transcriptoma do Corvina videira cultivar utilizando análise estatística multivariada. O método requer primeiro um plano de amostragem adequada. Neste estudo de caso, um clone específico da cultivar Corvina foi selecionado para minimizar as diferenças genéticas, e amostras foram coletadas em sete vinhas representando três diferentes macro-regiões durante as três estações de crescimento diferentes. Uma abordagem não segmentados metabolômica LC-MS é recomendado devido à sua alta sensibilidade, acompanhado de processamento de dados eficiente usando software MZmine e uma estratégia de identificação metabólito com base na análise da árvore de fragmentação. análise de transcriptoma global pode ser conseguido usando microarrayscontendo sondas cobrindo ~ 99% de todos os genes de videira preditos, permitindo a análise simultânea de todos os genes expressos diferencialmente no contexto de diferentes terrenos de. Finalmente, a análise de dados multivariados com base em métodos de projecção pode ser utilizado para ultrapassar o efeito forte específico da vindima, permitindo que os dados e metabolômicas transcriptômica a ser integrados e analisados em pormenor, para identificar as correlações informativos.

Introdução

análise de dados em larga escala com base nos genomas, transcriptomes, proteomas e metabolomes de plantas oferece uma visão sem precedentes sobre o comportamento de sistemas complexos, tais como as características terroir do vinho que refletem as interações entre plantas de videira e seu ambiente. Porque o terroir de um vinho pode ser diferente, mesmo quando clones de videira idênticos são cultivadas em vinhedos diferentes, a análise genômica é de pouca utilidade, porque os genomas clonais são idênticos. Em vez disso, é necessário olhar para as correlações entre a expressão do gene e as propriedades metabólicas das bagas, que determinam os traços de vinho de qualidad....