Swab método de amostragem para a detecção do norovírus Humano em Surfaces

Resumo

Uma metodologia de amostragem baseada em macroespuma foi desenvolvida e avaliada para a detecção e quantificação de norovírus em superfícies duras ambientais.

Resumo

noroviruses humanos são uma das principais causas da epidemia e gastroenterite esporádica em todo o mundo. Porque a maioria das infecções são ou transmitida diretamente por via da pessoa-a-pessoa ou indirectamente através de superfícies ambientais ou alimentos, fômites contaminados e superfícies inanimadas são veículos importantes para a propagação do vírus durante surtos de norovírus.

Nós desenvolvido e avaliado um protocolo com cotonetes macro-espuma para a detecção e tipagem de norovírus humanos de superfícies duras. Comparado com cotonetes com ponta de fibra ou toalhetes anti-estáticos, compressas macro-espuma permitir a recuperação de vírus (intervalo 1,2-33,6%) das superfícies de assento de sanita de até 700 ^cm2. O protocolo inclui passos para a extracção do vírus a partir dos cotonetes e ao aumento da concentração do RNA viral utilizando colunas de centrifugação. No total, 127 (58,5%) das 217 amostras de esfregaço que tinham sido recolhidas a partir de superfícies em navios de cruzeiro e instalações de cuidados de longo prazo, onde norovirus gastroenterite tinham sidorelatado testou positivo para GII norovirus por RT-qPCR. Destes 29 (22,8%) poderia ser genotipados com sucesso. Em conclusão, a detecção de norovírus em superfícies ambientais utilizando o protocolo desenvolvido que pode ajudar a determinar o nível de contaminação do meio ambiente durante surtos, bem como a detecção de vírus quando as amostras não estão disponíveis clínicos; pode também facilitar o acompanhamento da eficácia de estratégias de remediação.

Introdução

Noroviruses humanos são uma das principais causas da epidemia e gastroenterite aguda esporádica em todo o mundo ^{1, 2, 3.} O vírus é extremamente contagiosa ea transmissão ocorre por meio de pessoa direta a interacção pessoa ou indirectamente, através de contacto com os alimentos contaminados, água ou superfícies ambientais. Norovírus pode ser derramado por longos períodos e prolongada sobrevivência do vírus em superfícies ambientais tem sido documentada ^{1, 2, 3.} Durante derrama....

Protocolo

1. Swab Amostragem no campo

1. Usar um par limpo de luvas.
2. Medir o tamanho da área de amostragem, sem tocar na superfície utilizando uma fita de medição ou régua. Tente estimar a área com a maior precisão possível e preencher um formulário de relatório (Tabela Suplementar 1).
3. Verifique o kit cotonete para possíveis fugas e amostras rótulo sacos de transporte e kits de esfregaço.
4. Mover a haste de toda a área de amostragem, como segue: um acidente vascular cerebral em direcção horizontal, um acidente vascular cerebral em direcção vertical, e um acidente vascular cerebral em um sentido diagonal. Não....

Resultados

A Figura 1 apresenta um fluxograma do protocolo de amostragem cotonete. Este protocolo consiste em quatro etapas principais; 1) coleta de amostra, 2) o armazenamento de amostras e transporte, 3) purificação viral RNA e concentração e 4) ensaio de RT-qPCR e genotipagem.

Figura 1: Fluxograma do protocolo final para amostragem de supe.......

Discussão

Os norovírus têm uma dose infecciosa humana 50% entre 18 e 10 ³ partículas de vírus ^20. Portanto, mesmo a contaminação de baixo nível de superfícies podem representar um risco para a saúde pública. Vários aspectos do protocolo de amostragem swab foram avaliados, incluindo: 1) diferentes materiais de esfregaço, 2) cotonetes condição de armazenamento durante o transporte, 3) concentração de RNA viral, e 4) colifago MS2 como controle de extração interno.

Até r.......

Materiais

Lista de materiais utilizados neste artigo

Nome	Empresa	Número de catálogo	Comentários
Nome genérico para kits
Macrofoam swab	Prewetened EnviroMax Swab kit	Puritan	2588060PFUW
RNA Lysis buffer	CDC UNEX buffer	Microbiologics	Cat No MR0501
RNA extraction spin column	Midi column	Omega Biotek	Cat No R6664-02
RNA purification spin column	Zymol RNA Clean and Concentrator kit	Zymo Research	Cat No R1016
Kit RT-PCR em tempo real	AgPath kit de RT-PCR de uma etapa	Life Technologies	Cat No 4387391
Kit de RT-PCR convencional	Kit de RT-PCR de uma etapa Qiagen	Kit Qiagen	Cat No 210212
Kit de extração de gel	Qiagen QIAquick kit de extração de gel	Qiagen kit Cat	N.º 28704 ou 28706
	Coliphage MS2	ATCC	Cat No 15597-B1
	Transcrições
Plataforma de PCR em tempo real	Applied Biosystems	Modelo ABI 7500
	MicroAmp Clear Adhesive Film	Thermo Scientific	Cat No 4306311

de escoamento de RNAPlaca de reação óptica de 96 poços Thermo Scientific Cat No 4316813