A sinapse imunológica é a área de comunicação entre as células T e células apresentadoras de antígeno (APCs). Células T polarizar a receptores de superfície e proteínas para a sinapse imunológica para assegurar uma ligação estável e troca o sinal. Microscopia confocal, TIRF ou super-resolução clássica têm sido utilizados para estudar a sinapse imunológica. Uma vez que esses métodos exigem a aquisição de imagem manual e quantificação demorada, a imagem de eventos raros é um desafio. Aqui, descrevemos um fluxo de trabalho que permite a análise morfológica de dezenas de milhares de células. Imune as sinapses são induzidas entre as células T humanas primárias em preparações de panleucócitos e as células Raji B SEB-carregado de enterotoxina Staphylococcus aureus como APCs. Aquisição de imagens é realizada com imaging citometria de fluxo, também chamada de microscopia em fluxo, que combina características de um citômetro de fluxo e um microscópio de fluorescência. Uma estratégia completa associada para identificar a célula T/APC casais e analisando as sinapses imunes é fornecida. Como esse fluxo de trabalho permite a análise de imune sinapses nos preparativos do panleucócitos impuro e, portanto, requer apenas um pequeno volume de sangue (ou seja,, 1 mL), pode ser aplicado a amostras de pacientes. Importante, várias amostras podem ser preparadas, medidas e analisadas em paralelo.