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O ciclo de transcrição eucariótica consiste em três etapas principais; iniciação, alongamento e terminação. A terminação de transcrição por ARN-polimerase II consiste de dois distintos, passos 3 interdependentes. O primeiro passo envolve a clivagem, poliadenilação e de libertação de ARNm a partir do molde, e é imediatamente seguida por uma segunda etapa, marcada por desengate da polimerase a partir do modelo. Terminação adequada é crucial para a reciclagem da polimerase durante o início / reinício da transcrição, para evitar a interferência com a transcrição dos genes a jusante, e para manter a transcrição aberrante em cheque, limitando a transcrição de penetrante não codificante de ARN 4, 5. Apesar dos avanços recentes, a terminação é, de longe, o passo menos entendida do ciclo de transcrição de ARN polimerase II. Um ensaio fiável terminação é essencial para o estudo do mecanismo de underlying terminação da transcrição por ARN-polimerase II in vivo.
Um número de abordagens experimentais são utilizados para detectar o defeito um gene de terminação de transcrição de forma activa sob condições fisiológicas. Estes incluem Northern blot, Chip fator de terminação (imunoprecipitação da cromatina) e no ensaio de TRO tradicional. Cada uma destas técnicas tem algumas vantagens e desvantagens. O ensaio TRO tradicional costumava ser a abordagem mais confiável e sensível para a detecção de um defeito de terminação da transcrição in vivo 1. Este ensaio localiza as moléculas de polimerase transcricionalmente activos em diferentes regiões de um gene dentro da célula. Sob condições normais, o ensaio mostra moléculas de polimerase de transcrição engajadas rigorosamente distribuídas entre a região do promotor e terminador do gene (Figura 1A). Após o término com defeito, no entanto, a polimerase é incapaz de ler o sinal de terminaçãoe é detectado na região a jusante da extremidade 3 'do gene (Figura 1B).
Um defeito de terminação da transcrição é manifestada na presença de uma polimerase de sentido-transcrição que iniciada a partir da região do promotor proximal, e sendo incapaz de ler o sinal de terminação, continua a transcrição da região a jusante da extremidade 3 'de um gene, como mostrado na figura 2A. Com a constatação de que o genoma eucariota exibe a transcrição generalizada esmagadora no sentido, bem como indicações anti-senso e em torno de um gene 6, 7, 8, 9, 10, logo ficou claro que o ensaio TRO tradicional não pode detectar se o sinal de polimerase a jusante de um gene representa uma transcrição iniciada pelo promotor (Figura 2A) ou um ARN aberrante que iniciou Somewhere no meio do gene ou a jusante do elemento terminador (Figura 2B), ou a polimerase de transcrição no sentido anti-sentido a partir da extremidade 3 'do gene (Figura 2C). O ensaio específico de cadeia TRO usando BrUTP descrito aqui pode distinguir se o sinal de polimerase readthrough observada representa ARNm com sentido alargado iniciada pelo promotor ou um transcrito anti-sentido que iniciou a jusante do gene sob exame. Temos utilizado com sucesso esta abordagem para demonstrar o papel da Kin28 quinase na terminação da transcrição em brotamento levedura 2. Empregando a abordagem aqui vamos mostrar que Rna14 é necessária para a terminação da transcrição de ASC1 em brotamento levedura.