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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Aqui apresenta-se um protocolo para imitar a entrada de compostos derivados de bactérias após a quebra da barreira intestinal. Um baixas doses subletais de lipopolissacarídeo foi injetado sistemicamente em ratos, que foram monitorados por injeção de pós 24h. Determinou-se a expressão de citocinas pró-inflamatórias em vários pontos de tempo no cólon, fígado e baço.
A barreira epitelial intestinal separa o anfitrião da microbiota que normalmente é tolerada ou ignorada. A brecha desta barreira resulta na entrada de bactérias ou produtos derivados de bactérias no hospedeiro, acessando a circulação do hospedeiro e órgãos internos, levando à inflamação descontrolada, como observado em pacientes com doença inflamatória intestinal (IBD), que caracterizam-se por um aumento da permeabilidade epitelial intestinal.
Para simular a entrada de compostos derivados de bactérias para o host, um modelo de endotoxemia tem sido adotado em qual lipopolissacarídeo (LPS), um componente da parede celular externa de bactérias Gram-negativas, foram injetadas em ratos. Neste estudo, uma dose subletais de LPS intraperitonealmente foi injectada e os ratos foram monitorizados subsequentemente para 8 h, usando uma pontuação de doença. Além disso, a expressão de níveis das citocinas inflamatórias, Il6, Il1b e Tnfa foram analisados no baço, fígado e cólon por qPCR em pontos diferentes do tempo pós injeção de LPS. Este modelo pode ser útil para os estudos que envolvem a investigação de respostas imunes após a invasão de microorganismos ou produtos derivados de bacteriana causados por uma quebra de barreira de superfícies corporais.
O intestino humano é colonizado com um grande consórcio de microorganismos que formam a microbiota, que desenvolveu um relacionamento mutuamente benéfico com o host durante a evolução. Nesta relação, o host fornece um nicho seguro para a microbiota, Considerando que a microbiota fornece vitaminas, digestão de nutrientes e proteção contra agentes patogénicos para o host, a microbiota reside1. Quando este relacionamento benéfico entre o host e a microbiota é perturbado, podem desenvolver doenças, tais como a doença inflamatória intestinal (IBD). IBD é uma doença inflamatória crônica multifatorial do intestino causada por fatores genéticos e ambientais que ocorrem em duas formas principais, (CD) de doença de Crohn e colite ulcerativa (UC). Apesar das semelhanças entre as duas formas de DII, caracterizam-se por certas diferenças na localização e natureza das modificações inflamatórias. CD é uma desordem inflamatória recidivante de transmural que potencialmente pode se estender a qualquer parte do tracto gastrointestinal, enquanto UC é não-transmural e é restrito para o cólon. Além disso, mutações no nucleotídeo oligomerização domínio-contendo proteína de ligação 2 (NOD2), um receptor de reconhecimento de padrão (PRR) que reconhece muramyl dipeptídeo (MDP), um componente da parede celular de bactérias gram-positivas mais - negativas, é associados ao CD2. Além disso, seus produtos, Listeria e estreptococos e Escherichia coli (e. coli)foram todos encontrados dentro de macrófagos em pacientes de CD que digitou o host depois que uma barreira romper3. Quando as bactérias ou seus produtos entram o hospedeiro durante o desenvolvimento do CD, o sistema imunológico desenvolve uma resposta levando à produção de anticorpos antibacteriano4de circulação. Talvez, a prova mais convincente para o papel da microbiota na patogênese da IBD decorre em modelos do rato. Quando os animais são tratados com antibióticos, ou quando os ratos são mantidos em condições de (GF) livre de germes, a severidade da doença é reduzida na maioria dos modelos de colite, tais como IL-10-/-ratos que não desenvolvem colite em GF instalações5,6. Além disso, a colite também perturba a composição da microbiota, que é caracterizado por uma composição desequilibrada e reduziu a riqueza chamada disbiose7. A consequência do IBD pode ser um aumento da permeabilidade intestinal que pode levar a entrada de micróbios e produtos derivados microbiana no hospedeiro.
Em animais, a aplicação de dextrano sulfato de sódio (DSS) induz uma violação epitelial intestinal, levando a um aumento da permeabilidade da barreira epitelial8. Concentrações de LPS portal são elevadas em animais com DSS colite9. Curiosamente, animais faltando o C tipo lectina receptor específico adesão intracelular molécula 3 agarrando nonintegrin relacionados ao homólogo 1 (sinal-R1) são protegidos de colite DSS e endotoxemia induzida por LPS10. Para mais divulgação no hospedeiro, bactérias ou produtos derivados de bactérias têm de passar a barreira vascular11, a cavidade peritoneal, onde se situam o intestino pequeno e grande porte, os linfonodos mesentéricos e/ou o fígado12. Para reduzir a complexidade deste sistema, utilizou-se um composto derivado de bacteriano definido. LPS, que faz com que a endotoxemia depois intraperitoneal (i.p.) ou intravenosa (i.v.) injeção13 foi injetado em ratos, para estudar a expressão das interleucinas Il6 e IIB e as citocinas Tnfa em resposta a LPS.
LPS é um patógeno associado molecular padrão (PAMP) expresso como um componente da parede celular de bactérias Gram-negativas, que consiste de lipídios A (a principal PAMP na estrutura dos LPS), um oligossacarídeo de núcleo e um O lado da cadeia14. Receptor tipo toll 4 (TLR4) expressado por células dendríticas, macrófagos e células epiteliais reconhece LPS15, que requer co-receptores para ligação apropriada. A fase aguda da proteína LPS-proteína (LBP) vincula LPS para formar um complexo que transfere LPS para o cluster de diferenciação 14 (CD14), uma proteína de membrana glicosilfostidilinosiol-ancorado. CD14 mais shuttles LPS de antígeno de linfócitos 96 ou também conhecido como MD-2, que está associada com o domínio extracelular de TLR4. A vinculação dos LPS para MD-2 facilita a dimerização do TLR4/MD-2 para induzir mudanças conformacionais moléculas intracelulares adaptador para ativar a jusante sinalização via14, que inclui a diferenciação mieloide primária de recrutar gene de resposta 88 (MyD88) - via dependente e a TIR domínio-contendo adaptador de indução interferon-β (TRIF) - dependente da via16. O reconhecimento de LPS por TLR4 então ativa da via do NF-κB e induz a expressão de cytokines proinflammatory, como TNFa, IL-6 e IL-1 β17.
Em particular, quando LPS é injetado em animais, a concentração de LPS dado aos animais, o fundo genético do animal e a dieta tem de ser considerada. Altas concentrações de LPS leva a um choque séptico, caracterizado por hipotensão e várias falhas do órgão e finalmente a morte18. Ratos são menos sensíveis à LPS em comparação com os humanos, onde as concentrações de LPS entre 2-4 ng/kg de peso corporal (BW) são capazes de induzir uma tempestade de citocinas19. Para os ratos, a dose letal (DL50), que induz a morte em metade do varia de 10-25 mg/kg BW20 dependendo da estirpe de rato usado ratos. Para as cepas de rato comumente usados, C57Bl/6 e BALB/c, a dose letal 50% (DL50) é de 10 mg/kg BW. Em contraste, as estirpes C3H/HeJ e C57BL/10ScCr são protegidas de endotoxemia LPS induzidos, que é devido a mutações no Tlr421. Consequentemente, ratos Tlr4-deficientes são hiporeactividade para injeções com LPS22. Outras linhas de rato geneticamente modificado, como PARP1-/-ratos23 são resistentes ao choque tóxico induzida por LPS.
O modelo do mouse descrito aqui usa uma dose subletais de LPS administrado sistemicamente para imitar as consequências da divulgação de LPS, após uma quebra de barreira das superfícies do corpo. A concentração de LPS escolhida (2 mg/kg BW) não induzir a mortalidade em ratos C56Bl/6, mas a liberação induzida de citocinas pró-inflamatórias.
Os ratos foram criados e mantidos sob isentos de agentes patogénicos (SPF) condições específicas na instalação de animal do departamento de Biomedicina, Universidade de Basileia (Basileia, Suíça). Todos os experimentos de rato foram realizados em conformidade com o suíço Federal e regulamentos cantonais (número de protocolo animal 2816 [Cantão de Basileia-cidade]).
1. preparação da solução de LPS
2. intraperitoneal injeção de LPS para ratos
3. monitorar os ratos
4. tecido amostragem para extração de ácido ribonucleico (RNA) e homogeneização
5. RNA extraído de tecido
Nota: RNA reagentes de isolamento, clorofórmio e álcoois são considerados como material perigoso. Realize a extração do RNA sob uma capa de química. Use o certificado livre de RNase reagentes e equipamentos para manter um ambiente livre de RNase.
6. digestão de DNA restante
7. reversa transcrição
8. quantitativo PCR (qPCR)
Para imitar as consequências para o host após a entrada de bactérias ou produtos derivados de bactérias, que ocorre após a quebra da barreira intestinal, LPS foi injetado em camundongos C57Bl/6, em doses subletais (2 µ g/g de massa corporal). Cada único rato foi monitorado e marcou para a ocorrência de endotoxemia com parâmetros listados na folha de pontuação que inclui, a aparência dos ratos, a atividade dos animais, a condição dos olhos e a taxa de respiração e qualidade (tabela 1) . Os animais apresentaram sinais clínicos de doença que atingiu o pico de 6 a 10 h após a injeção de LPS e recuperado dentro de 24 h (Figura 1). Individuais camundongos foram sacrificado 2h, 4h e 8h após a injeção de LPS. Pedaços de tecido foram coletados de cólon, fígado e baço. RNA foi isolado por estes órgãos e reverso transcrito de cDNA. O cDNA foi usado como um modelo para qPCR para determinar os níveis de expressão de Il6 (Figura 2A), Il1b (Figura 2B), TNFa (Figura 2) e Il10 (Figura 2D) com primers utilizados para o qPCR descritas na tabela 6. A expressão de Il6 atingiu 2 h após a injeção no baço e cólon e 4h após a injeção no fígado. A expressão de Il1b, TNFa e Il10 pico 4h após a injeção no baço, fígado e cólon. Dentro de 8 h após a injeção, a expressão de Il6, Il1b, TNFa e Il10 retornado aos níveis de base.

Figura 1: injeção de LPS (2 µ g/g de massa corporal) induzida por sinais clínicos de endotoxemia em C57Bl/6mice. Após a injeção de 2 µ g/g de massa corporal de LPS, ratos individuais foram monitorados com o placar de doença apresentado na tabela 1 que inclui a aparência e a atividade dos animais, abrindo seus olhos e sua taxa de respiração e qualidade cada 2h para 12h e 24h na popa er injeção de LPS. O resultado de doença (eixo y) foi eliminado para o respectivo tempo (eixo x). Média ± SD para 4-5 ratos por cada ponto de tempo é apresentado. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: injeção de LPS (2 µ g/g de massa corporal) induz a expressão de citocinas pró-inflamatórias em camundongos C57Bl/6. Os ratos foram injetados com 2 µ g/g de massa corporal de LPS e os níveis de expressão de Il6 (A), Il1b (B), Tnfa (C) e Il10 (D) foram analisados por qPCR no baço, fígado e cólon na hora indicada pontos após a injeção. Níveis de expressão de citocinas foram todos normalizados para a expressão de Gapdh. Média ± SD para 4-5 ratos por cada ponto de tempo é mostrado. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Tabela 1: folha de Pontuação doença para monitorar camundongos C57Bl/6 após injeção de LPS. Parâmetros monitorados após a injeção de LPS. Animais foram monitorados a cada 2 h após a injeção, por um período de 12 h, e pontuações foram dadas para cada parâmetro individual listado na tabela. O resultado final para cada animal representa a soma de todas as pontuações individuais. Isto é uma adaptação de referência24. Clique aqui para baixar este arquivo.
| Quantidade | Reagente |
| 2 µ l da amostra / | 10x Buffer RT |
| 0.8 / µ l da amostra | 25 x deoxynucleotide (dNTP) Mix (100 mM) |
| 1 amostra / µ l | RT Primers aleatórios |
| 4.2 amostra / µ l | água livre de nuclease |
Tabela 2: Reagentes utilizados para preparar a mistura de mestre a transcrição reversa.
| Temperatura | Tempo |
| 25 ° C | 10 min |
| 37 ° C | 120 min |
| 37 ° C | 5 min |
| 4 ° C | Segure |
Tabela 3: Thermocycler configurações usadas para a transcrição reversa.
| Quantidade | Reagente |
| 5 µ l/poço | 2 x Master Mix |
| 0,05 µ l/poço | Tintura de referência |
| final de 500 nM/poço | cartilha para a frente |
| final de 500 nM/poço | reverter a primeira demão |
| entre 10 e 100 ng/bem, usamos 40 ng/poço | modelo cDNA diluído em um modelo de tampão de diluição (diluição 1/100 desta reserva foi feita em água livre de nuclease e utilizada para diluir o cDNA do modelo). Diluir o modelo nesse buffer permite a visualização dos poços onde modelo é adicionado como as mudanças de cor de reação do azul ao verde |
| água livre de nuclease para volume final de 10 µ l/poço | água livre de nuclease |
Tabela 4: Descrição da reação de PCR.
| Temperatura | Tempo | |
| 95 ° C | 2 min | |
| 95 ° C | 5 s | 40 ciclos |
| 60 ° C | 20 s | |
| 95 ° C | 15 s | analaysis curva de fusão |
| 60 ° C | 1 min | |
| 95 ° C | 15 s |
Tabela 5: Thermocycler configurações usadas para PCR.
| Primeira demão | Sequência de | Temperatura de fusão | Comprimento do produto |
| Il6-F | TCG MORDAÇA GCT TAA TTA CAC ATG TTC T | 60.3 | 94 bp |
| Il6-R | GCATCATCGTTGTTCATACAATCA | 58,2 | |
| Il1b-F | TGTGAAATGCCACCTTTTGA | 56,1 | 94 bp |
| Il1b-R | GTCAAAGGTTTGGAAGCAG | 57,2 | |
| Il10-F | ATCGATTTCTCCCCTGTGAA | 56,2 | 108 bp |
| Il10-R | TGTCAAATTCATTCATGGCCT | 56,1 | |
| TNFa-F | CCACCACGCTCTTCTGTCTAC | 60,4 | 103 bp |
| TNFa-R | AGGGTCTGGGCCATAGAACT | 60 | |
| GAPDH-F | CATCAAGAAGGTGGTGAAGC | 56,7 | 199 bp |
| GAPDH-R | CCTGTTGCTGTAGCCGTATT | 58 |
Tabela 6: Primers usados na reação de qPCR. A sequência de primers utilizados para qPCR para detectar rato citocinas e gene de limpeza Gapdh.
Os autores não têm nada para divulgar.
Aqui apresenta-se um protocolo para imitar a entrada de compostos derivados de bactérias após a quebra da barreira intestinal. Um baixas doses subletais de lipopolissacarídeo foi injetado sistemicamente em ratos, que foram monitorados por injeção de pós 24h. Determinou-se a expressão de citocinas pró-inflamatórias em vários pontos de tempo no cólon, fígado e baço.
Douglas é apoiada pela Fundação Nacional Suíço (SNSF 310030_146290).
| DreamTaq Green PCR Master Mix (2x) | Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA | K1081 | |
| Kit de Transcrição Reversa de cDNA de Alta Capacidade, | Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA | Conjunto de | DNase Livre de RNase 4368813|
| Qiagen, Hilden, Alemanha | 79254 | ||
| LPS Escherichia coli O111:B4 | Invivogen, San Diego, CA, EUA. | tlrl-eblps | |
| Omnican 50 Seringa de insulina descartável | B. Braun Melsungen, Melsungen, Alemanha | 9151125 | |
| Bioanalyzer 2100 | Agilent Technologie, Santa Clara, EUA | não aplicável | |
| Centrífuga 5430 | Eppendorf, Hamburgo, Alemanha | não aplicável | |
| Centrífuga Mikro 220R | Hettich, Kirchlengern, Alemanha | não aplicável | |
| Ferramentas de dissecação | Aesculap, Tuttlingen, Alemanha | não aplicável | |
| Fast-Prep-24 5G Sample Preparation System | M.P. Biomedicals, Santa Ana, CA, EUA | não aplicável | |
| NanoDrop ND-1000 | NanoDrop Products, Wilmington, DE, USA | não aplicável | |
| TRI Reagent | Zymo Research, Irvine, CA, USA | R2050-1 |