Proteases são enzimas multi-funcional que especializa-se na hidrólise das ligações peptídicas e controlam grandes processos biológicos incluindo a homeostase e allostasis. Além disso, a atividade de protease de desregulação drives patogênese e é um biomarcador funcional de doenças como o câncer; Portanto, a capacidade de detectar protease atividade na vivo pode fornecer informações clinicamente relevantes para diagnósticos biomédicos. O objetivo do presente protocolo é criar nanosensors que sondam protease atividade na vivo , produzindo um sinal quantificável na urina. Estes nanosensors da protease consistem em dois componentes: uma de nanopartículas e substrato. As funções de nanopartículas para aumentar a circulação Half-Life e substrato entrega doença nos sites de destino. O substrato é uma sequência do peptídeo curto (6-8 AA), que é projetada para ser específico para uma protease alvo ou grupo de proteases. O substrato é conjugado com a superfície da nanopartículas e é terminado por um repórter, como um marcador fluorescente, para a deteção. Como desregulação proteases fendem o substrato de peptídeo, o repórter é filtrado na urina para quantificação como um biomarcador de atividade de protease. Neste documento descrevemos a construção de um nanosensor para matriz metaloproteinase 9 (MMP9), que está associado a progressão do tumor e metástases, para detecção do câncer colorretal em um modelo do rato.