Enquanto o tecido adiposo branco (WAT) é especializado para o armazenamento de energia, o tecido adiposo marrom (BAT) dissipa energia na forma de calor devido a sua habilidade para converter carboidratos e lipídios em energia térmica através de desacoplamento mitocondrial1. Por causa desta função especializada, é necessário para a manutenção da temperatura do corpo em condições fisiológicas e em resposta à exposição fria o depósito de morcego. Enquanto mudanças de expressão do gene durante a diferenciação de morcego e após estresse termogênico têm sido muito estudadas in vivo e in vitro, os mecanismos moleculares subjacentes a essas mudanças têm sido principalmente dissecado em linhas celulares imortalizado e primário pré-adipócitos, com excepção dos vários estudos in vivo2,3,4,5.
Regulamento dos programas de expressão do gene específico através de uma regulação transcricional é conseguido coordenadas mudanças na cromatina estrutura através de transcrição de vários fatores e fatores co ações. Imunoprecipitação da cromatina (ChIP) é uma abordagem valiosa de biologia molecular para investigar o recrutamento desses fatores ao DNA e perfilando as associado mudanças na paisagem da cromatina. Fatores-chave para o sucesso das experiências de ChIP incluem otimizações de reticulação condições e cromatina corte consistência ao longo de diferentes amostras, disponibilidade de matérias-primas adequadas e, principalmente, a qualidade dos anticorpos. Ao executar o ChIP de tecidos, também é importante considerar a heterogeneidade das amostras e otimizar o protocolo para melhorar a eficiência do isolamento de núcleos, com o último sendo um passo particularmente sensível ao trabalhar com tecido adiposo devido a o conteúdo lipídico elevado. Na verdade, técnicas de isolamento molecular de depósitos de todo tecido adiposos são complicadas pela presença de altos níveis de triglicérides, e protocolos devem ser otimizados para aumentar a quantidade de isolamento de cromatina. Finalmente, quando arranjar em sequência do elevado-throughput é realizado após o isolamento do DNA-ChIP, a profundidade de sequenciamento é fundamental para determinar o número de picos que são detectados com confiança.
Aqui, nos referimos às normas de trabalho e orientações gerais para experimentos de ChIP-seq recomendados pelo ENCODE e modENCODE consórcios6 para as melhores práticas, e focamos em uma descrição passo a passo de um protocolo otimizado para ChIP-seq de BAT. O protocolo descrito permite isolamento eficiente da cromatina do tecido adiposo para realizar o sequenciamento de genoma-largo para fatores de ligação a DNA com picos bem definidos, bem como marcas de histona com sinais mais difusos.