Métodos de imuno-histoquímica (IHC) para a análise in situ da expressão da proteína por microscopia de luz são uma ferramenta poderosa para fins de diagnóstico e pesquisa. No entanto, a visualização e a quantificação de vários antígenos em uma seção de tecido único usando IHC cromogênico convencional é um desafio. Imagem multiplexada é especialmente relevante na investigação de linfoma e diagnósticos, onde marcadores tem que ser interpretada no contexto de um microambiente do tumor complexo. Aqui descrevemos um protocolo para multiplexado IHC fluorescente coloração para permitir a avaliação quantitativa de alvos múltiplos em tipos de células específicas de interesse do linfoma. O método abrange os aspectos de validação de anticorpo, otimização de anticorpo, a otimização multiplex com marcadores de subtipos de linfoma, a coloração de lâminas de tecido microarray (TMA) e a digitalização de slides, seguido de análise de dados, com específicas referência para o linfoma. Usando esse método, partituras para ambos a intensidade média de um marcador de interesse e a percentagem de positividade são geradas para facilitar ainda mais a análise quantitativa. Multiplexação minimiza a utilização da amostra e fornece informação espacial para cada marcador de interesse.