Este é um protocolo para a visualização dupla de microglia e infiltração de macrófagos no tecido cerebral do rato. TMEM119 (que rotula microglia seletivamente), quando combinado com IBA1 (que fornece uma visualização excepcional de sua morfologia), permite a investigação de mudanças na densidade, distribuição e morfologia. Quantificar esses parâmetros é importante para fornecer insights sobre os papéis exercidos pela microglia, os macrófagos residentes do cérebro. Em condições fisiológicas normais, a microglia é regularmente distribuída em um padrão semelhante ao mosaico e apresenta uma pequena soma com processos ramificados. No entanto, como resposta a fatores ambientais (ou seja, trauma, infecção, doença ou lesão), densidade microglial, distribuição e morfologia são alterados de várias maneiras, dependendo do insulto. Além disso, o método de coloração dupla descrito permite a visualização de macrófagos infiltrados no cérebro com base em sua expressão de IBA1 e sem colocalização com TMEM119. Esta abordagem permite assim a discriminação entre microglia e macrófagos infiltrados, que é necessário para fornecer insights funcionais sobre o seu envolvimento distinto na homeostase cerebral em vários contextos de saúde e doença. Este protocolo integra os resultados os mais atrasados na neuroimunologia que pertence à identificação de marcadores seletivos. Ele também serve como uma ferramenta útil para neuroimunologistas experientes e pesquisadores que procuram integrar a neuroimunologia em projetos.