As medidas da especificidade e afinidade das interações antígeno-anticorpos são criticamente importantes para aplicações médicas e de pesquisa. Neste protocolo, descrevemos a implementação de uma nova técnica de molécula única, fotometria em massa (MP), para este fim. MP é uma técnica livre de rótulos e imobilização que detecta e quantifica massas moleculares e populações de anticorpos e complexos de anticorpos de antígeno em um nível de molécula única. Mp analisa a amostra de anticorpos de antígeno em poucos minutos, permitindo a determinação precisa da afinidade vinculante e simultaneamente fornecendo informações sobre a estequiometria e o estado oligomérico das proteínas. Trata-se de uma técnica simples e simples que requer apenas quantidades de picomole de proteína e sem consumíveis caros. O mesmo procedimento pode ser usado para estudar a ligação proteína-proteína para proteínas com uma massa molecular maior que 50 kDa. Para interações proteicas multivalentes, as afinidades de múltiplos locais de ligação podem ser obtidas em uma única medição. No entanto, o modo de medição de molécula única e a falta de rotulagem impõem algumas limitações experimentais. Este método dá os melhores resultados quando aplicado às medições de afinidades de interação submicílar, antígenos com uma massa molecular de 20 kDa ou maiores, e amostras relativamente puras de proteína. Descrevemos também o procedimento para a realização das etapas necessárias de montagem e cálculo usando o software básico de análise de dados.