Os lipídios são em grande parte compostos de carbono e hidrogênio e, portanto, fornecem uma energia específica maior do que outras macromoléculas orgânicas no mar. Por serem ricos em carbono e hidrogênio, eles também são hidrofóbicos e podem atuar como um portador de solvente e absorção de contaminantes orgânicos e, portanto, podem ser condutores de bioacumulação poluente em ecossistemas marinhos. Sua natureza hidrofóbica facilita seu isolamento da água do mar ou espécimes biológicos: a análise lipídica marinha começa com a amostragem e, em seguida, a extração em solventes orgânicos não polares, fornecendo um método conveniente para sua separação de outras substâncias em uma matriz aquática.
Se a água do mar foi amostrada, o primeiro passo geralmente envolve a separação em facções 'dissolvidas' e 'partículas' definidas operacionalmente por filtragem. Amostras são coletadas e lipídios isolados da matriz amostral tipicamente com clorofórmio para matéria verdadeiramente dissolvida e coloides, e com misturas de clorofórmio e metanol para sólidos e espécimes biológicos. Esses extratos podem conter várias classes de fontes biogênicas e antropogênicas. Neste momento, podem ser determinados lipídios totais e classes lipídicas. O lipídio total pode ser medido somando classes lipídicas individualmente determinadas que normalmente foram separadas cromatograficamente. A cromatografia de camada fina (TLC) com detecção de ionização de chamas (FID) é regularmente utilizada para a análise quantitativa de lipídios a partir de amostras marinhas. O TLC-FID fornece informações de classe lipídica sinóptica e, por meio de aulas de resumição, uma medição lipídica total.
As informações de classe lipídica são especialmente úteis quando combinadas com medidas de componentes individuais, por exemplo, ácidos graxos e/ou esteróis, após sua liberação de extratos lipídicos. A grande variedade de estruturas e funções lipídicas significa que elas são amplamente utilizadas em pesquisas ecológicas e biogeoquímicas que avaliam a saúde do ecossistema e o grau de influência por impactos antropogênicos. Eles têm sido empregados para medir substâncias de valor dietético à fauna marinha (por exemplo, aquafeeds e/ou presas), e como um indicador da qualidade da água (por exemplo, hidrocarbonetos).