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A estimativa do nível de cálcio pré-sináptico é uma tarefa fundamental no estudo da transmissão sináptica, uma vez que a entrada de cálcio na célula presináptica desencadeia uma cascata de eventos que levam à liberação de neurotransmissores. Além disso, mudanças nos níveis de cálcio pré-sináptico mediam a atividade de muitas proteínas intracelulares e desempenham um papel importante na plasticidade sináptica. Estudar a sinalização de cálcio também é importante para encontrar maneiras de tratar doenças neurodegenerativas. A junção neuromuscular é um modelo adequado para estudar a plasticidade sináptica, pois possui apenas um tipo de neurotransmissor. Este artigo descreve o método para carregar um corante sensível ao cálcio através do feixe de nervo cortado nas terminações nervosas motoras dos camundongos. Este método permite a estimativa de todos os parâmetros relacionados a alterações intracelulares de cálcio, como nível de cálcio basal e transitório de cálcio. Uma vez que o fluxo de cálcio do exterior celular para os terminais nervosos e sua ligação/desvinculação ao corante sensível ao cálcio ocorrem dentro da faixa de alguns milissegundos, um sistema de imagem rápido é necessário para registrar esses eventos. De fato, câmeras de alta velocidade são comumente usadas para o registro de mudanças rápidas de cálcio, mas têm parâmetros de baixa resolução de imagem. O protocolo aqui apresentado para o registro transitório de cálcio permite uma resolução espacial-temporal extremamente boa fornecida pela microscopia confocal.