O protocolo destina-se a servir como um modelo para universidades e outras organizações que consideram testes em larga escala para SARS-CoV-2 ou desenvolvem planos de preparação para futuros surtos virais.
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Artigo de método
O protocolo destina-se a servir como um modelo para universidades e outras organizações que consideram testes em larga escala para SARS-CoV-2 ou desenvolvem planos de preparação para futuros surtos virais.
A identificação e o isolamento de indivíduos contagiosos, juntamente com a quarentena de contatos próximos, são essenciais para retardar a propagação do COVID-19. Os testes em larga escala com capacidade de vigilância ou triagem para portadores assintomáticos de COVID-19 fornecem dados sobre a disseminação viral e a capacidade de acompanhamento para testar rapidamente os indivíduos durante suspeitas de surtos. O programa de detecção precoce de COVID-19 da Michigan State University tem utilizado testes em larga escala em uma capacidade de vigilância ou triagem desde o outono de 2020. Os métodos adaptados aqui aproveitam a confiabilidade, o grande volume de amostra e os benefícios de autocoleta da saliva, combinados com um esquema de agrupamento bidimensional de conservação de reagentes e econômico. O processo foi projetado para ser adaptável à escassez de suprimentos, com muitos componentes dos kits e do ensaio facilmente substituídos. Os processos descritos para coleta e processamento de amostras de SARS-CoV-2 podem ser adaptados para testar futuros patógenos virais expressos de forma confiável na saliva. Ao fornecer este plano para universidades ou outras organizações, planos de preparação para futuros surtos virais podem ser desenvolvidos.
A pandemia de COVID-19, causada pelo vírus SARS-CoV-2, causou a morte de mais de 6,2 milhões de pessoas até o momento, com números aumentando a cada dia1. O padrão-ouro de teste para SARS-CoV-2 é a PCR quantitativa em tempo real (RT-q), com primers projetados para atingir o genoma viral, como nucleocapsídeo, envelope, pico e genes de RNA polimerase dependentes de RNA2. No início da pandemia, faltava capacidade suficiente para testes de SARS-CoV-2. Surgiu da falta de ensaios validados, componentes de teste, pessoal clínico e uma infraestrutura despreparada para se expandir rapidamente par....
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Os estudos realizados para otimizar os métodos do Programa de Detecção Precoce foram aprovados pelo Conselho de Revisão Institucional da Michigan State University. Todas as figuras foram reproduzidas com amostras artificiais e são representativas dos resultados humanos observados. Nenhum dado, informação ou resultado mostrado no manuscrito é de qualquer participante do Programa de Detecção Precoce da Michigan State University.
1. Produção de kits
NOTA: Durante a montagem do kit, use máscaras, luvas, proteção para os olhos e jalecos o tempo todo para evitar a contam....
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A grande maioria das amostras recebidas pelo laboratório até o momento foi aceita e passou na etapa inicial de controle de qualidade visual. A necessidade de rejeitar uma amostra é limitada a razões que podem influenciar negativamente o processamento da amostra e/ou os resultados gerais da amostra. Especificamente, volume incorreto no tubo, consistência ou cor não natural para a saliva, ausência de grânulos de cerâmica usados para auxiliar na homogeneização da amostra e códigos de barras ausentes são motivos para rejeita.......
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Durante o processamento da amostra, há etapas que requerem atenção cuidadosa. A etapa inicial de controle de qualidade, que analisa o volume da amostra, consistência, cor e presença de grânulos adicionados, é fundamental para o sucesso geral do processo. Tubos com amostras que não contêm a quantidade correta de saliva podem produzir um falso negativo, pois pouca saliva resultaria em material genético insuficiente; por outro lado, muita saliva não estaria na proporção correta com o tampão.......
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Os autores não têm divulgações financeiras sobre os métodos, suprimentos, equipamentos ou reagentes.
Os autores gostariam de agradecer aos participantes dos estudos aprovados pelo Conselho de Revisão Institucional da Michigan State University usados para otimizar os métodos (STUDY00004265, STUDY00004383, STUDY00005109), bem como aqueles que saíram para coletar amostras usadas para testar os métodos (Dra. Katie Miller, Anna Stoll, Brian Daley, Dra. Claudia Finkelstein). Este esforço foi apoiado pela Michigan State University.
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| 1 Passo MM, sem ROX | Thermo Fisher | A28523 | |
| 1,2 mlPlacas de poço profundo | Fisher | AB0564 | |
| Reservatórios de reagentes de 100 mL | Corning | 4872 | |
| Contas de cerâmica de 2,8 mm | OMNI | 19-646 | |
| 25 ml cônico com tampa de rosca | VWR | 76338-496 | |
| 50mL V reservatórios de fundo | Costar | 4870 | |
| 5430-Centrífuga de alta velocidade | Eppendorf | 22620601 | |
| 5ml Eppendorf Tube | Fisher | 14282300 | |
| 8 tubos de tira para QuantStudio | tecnologias de vida | 4316567 | |
| Beta Mercaptoetanol | Fisher | AC125472500 | |
| Etanol 200 Prova, Grau de Biologia Molecular | Fisher | BP28184 | |
| Placa de reação rápida e clara de 96 poços Microamp Endura Optical com tecnologias de vida de código de barras | 4483485 | ||
| Placa Microamp Fast Optical de 96 poços | Fisher | 4346906 | |
| Mini Microcentrífuga | Corning Medical | 6770 | |
| para tubos de tira | Life Technologies | AB-1820 | |
| Optical Film | Thermo Fisher | ||
| Filme de vedação de placa PCR 4311971 Fisher | AB-0558 | ||
| Fisher | 14230244 | ||
| QuantStudio 3 Sistema de PCR em tempo real, 96 poços, 0,1 mL | Thermo Fisher | A28136 | |
| Confirmação rápida do kit viral de RNA | Zymo | R1035 | |
| , 100ml | DOT | 229298 | |
| Shield | Zymo | R1200-1L | |
| Fisher | 180000 | ||
| Taqpath RTPCR Kit de COVID19 | Thermo Fisher | A47814 | |
| Thermo Scientific Sorvall ST4R Plus Centrífuga | Thermo Fisher | 75009525 | |
| Pipeta de transferência | Fisher | 22170404 | |
| Viral 96 Kit | Zymo | R1041 | |
| Misturador de Vórtice | Fisher | 2215414 |
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