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A aprovação foi obtida da University of Maryland, College Park, Institutional Biosafety Committee (IBC) para o trabalho com C. albicans neste protocolo (PN 274). A cepa SC5314 de C. albicans (ver Tabela de Materiais) foi utilizada no presente estudo; no entanto, qualquer outra estirpe também pode ser utilizada.
1. Preparação do tampão, da água estéril e do meio de cultura
- Preparar tampão de fosfato de sódio estéril 0,1 M (NaPB)26 a pH 7,4 e diluir a 2 mM e 1 mM com água estéril. Preparar 100 mL cada de 2 mM de NaPB e 1 mM de NaPB será mais do que suficiente para a maioria das aplicações deste protocolo.
- Preparar levedura líquida estéril-peptona-dextrose (YPD, ver Tabela de Materiais) meio (10 g/L de extrato de levedura, 20 g/L de dextrose, 20 g/L de peptona). A preparação de 100 mL de YPD será mais do que suficiente para a maioria das aplicações deste protocolo.
- Prepare água ultrapura estéril. A preparação de 100 mL de água será mais do que suficiente para a maioria das aplicações deste protocolo.
NOTA: Os tampões, meios e água são esterilizados por autoclave a 121 °C em um ciclo líquido por um tempo apropriado com base no volume nos recipientes a serem autoclavados27. Por exemplo, para frascos contendo 500 mL, o tempo de exposição deve ser de 40 min.
2. Inoculação, cultivo e subcultura de C. albicans
CUIDADO: Siga todas as regulamentações institucionais e governamentais para trabalhar com C. albicans, que é frequentemente classificado por instituições de pesquisa acadêmica como um organismo de nível de biossegurança (BSL) 2, independentemente da resistência a medicamentos, e pela American Type Culture Collection (ATCC) como um organismo BSL1 ou BSL2, dependendo da resistência a medicamentos da cepa28.
NOTA: Execute as partes de inoculação e cultura desta etapa (etapas 2.1-2.2) no dia anterior ao início do teste de atividade antifúngica. Se possível, execute todas as etapas do protocolo com as células (e as soluções que serão incubadas com as células) em um gabinete de biossegurança.
- Inocular a cepa desejada de C. albicans em 10 mL de meio YPD em um tubo de cultura.
NOTA: A cultura pode ser inoculada a partir de um estoque congelador ou de uma placa de ágar, mas uma fonte consistente deve ser usada para todos os dados que serão comparados.
- Cultive a cultura durante a noite (~12-16 h) a 30 °C e 230 rpm em um agitador rotativo.
- Subcultura a cultura noturna de C. albicans, e crescer para um OD600 de ~ 1,0-1,2.
- Medir a OD600 da cultura noturna usando um espectrofotômetro UV (ver Tabela de Materiais).
- Com base na OD 600 da cultura noturna, use a cultura noturna para inocular uma subcultura a uma OD600 de 0,1 em10 mL de YPD.
- Aumente a subcultura a 30 °C em um agitador rotativo a 230 rpm até que o OD600 atinja ~1,0-1,2, o que provavelmente levará de 4 a 6 h. Completar a etapa 3 (preparação de soluções peptídicas) enquanto a subcultura está crescendo; a subcultura será diluída para utilização no ensaio no passo 4.
3. Preparação das soluções peptídicas em uma placa de 96 poços
NOTA: Esta etapa pode ser feita com antecedência, se as soluções de estoque de peptídeos forem estáveis durante o armazenamento. Normalmente, as soluções peptídicas são armazenadas a -20 °C até o uso. Eles podem ser descongelados em um banho de água à temperatura ambiente antes de prosseguir para a próxima etapa.
- Determinar a concentração mais elevada de cada péptido a ensaiar no ensaio. Isso irá variar com base nos peptídeos selecionados. Para os dados apresentados na seção de resultados representativos, a histatina 5 e os análogos de engenharia22 foram testados, e a maior concentração testada foi de 50 μM.
NOTA: A concentração mais elevada a ensaiar é determinada utilizando dados reportados na literatura ou através da realização de experiências preliminares numa vasta gama de concentrações de péptidos. Quando possível, a concentração mais alta deve ser selecionada para observar um platô para uma redução completa da viabilidade nas concentrações mais altas testadas e um platô para nenhuma redução na viabilidade nas concentrações mais baixas testadas, permitindo a quantificação de toda a faixa de atividade peptídica.
- Dissolva cada peptídeo em água estéril com o dobro da concentração mais alta desejada. Para os dados apresentados na seção de resultados representativos, 150 μL de soluções de 100 μM de histatina 5 e análogos de engenharia foram preparados em água estéril.
NOTA: Se um peptídeo não é solúvel em água, a solubilização em outro solvente pode ser necessária antes desta etapa. O sulfóxido de dimetilo (DMSO) é comumente usado para solubilizar peptídeos em uma alta concentração antes de diluir para a concentração de trabalho. Certifique-se de que a concentração final do DMSO seja de 1% (v/v) ou inferior29 e que solventes alternativos não afetem o crescimento das células. Além disso, certifique-se de que a concentração de solvente é mantida constante em todos os poços nas etapas 3.4-3.5.
- Adicionar 40 μL das soluções-estoque de peptídeos desejadas ao primeiro poço (Coluna 1) de cada linha em uma placa de cultura de fundo redondo de 96 poços (ver Tabela de Materiais). Esta placa é a Placa 1 (Figura 1).
NOTA: Cada placa tem oito linhas que são usadas para testar peptídeos. Essas linhas podem ser usadas para diferentes peptídeos ou para replicações dos mesmos peptídeos. Inclua apenas um único peptídeo em cada linha.
- Adicionar 20 μL de água ultrapura estéril à coluna 2 à coluna 12 das linhas que contêm péptido (Figura 1).
NOTA: Se as reservas de péptidos tiverem sido preparadas com um solvente diferente da água pura no passo 3.2, a água estéril nesta etapa deve ser substituída pelo solvente presente na reserva de péptidos adicionado à primeira coluna. Por exemplo, se o peptídeo foi solubilizado em DMSO e o estoque de peptídeo contém 1% (v/v) de DMSO em água, a água contendo 1% de DMSO deve ser adicionada à coluna 2 à coluna 12.
- Diluir serialmente as soluções-mãe peptídicas através da placa até à coluna 10 (Figura 1).
NOTA: Em vez de realizar as diluições em série na placa, conforme descrito abaixo, as diluições também podem ser realizadas em tubos de microcentrífuga e transferidas para a placa de 96 poços.- Remova 20 μL da coluna 1, transfira-o para a coluna 2 e misture pipetando para cima e para baixo. A coluna 2 contém agora 40 μL de solução peptídica a uma diluição 1:2 da concentração na coluna 1.
- Remova 20 μL da coluna 2, transfira-a para a coluna 3 e misture pipetando para cima e para baixo, de modo que a coluna 3 agora contém 40 μL de solução peptídica a uma diluição 1:4 da concentração na coluna 1.
- Repetir este processo até que a coluna 10 contenha 40 μL de solução peptídica a uma diluição 1:512 da concentração na coluna 1.
- Remova 20 μL de solução peptídica da coluna 10 e descarte-a. Cada coluna contém agora 20 μL de solução peptídica (Colunas 1-10) ou água (Coluna 11 e Coluna 12).
NOTA: Os poços na Coluna 11 servem como controles de esterilidade, e os poços na Coluna 12 servem como controles que não contêm peptídeo.
4. Diluição da subcultura de C. albicans
Observação : inicie esta etapa depois que a subcultura atingiu um OD600 de ~ 1.0-1.2 (etapa 2.3.3).
- Transfira a subcultura para um tubo de centrífuga de 15 mL e centrifugar a 3.900 x g por 3 min à temperatura ambiente para peletizar as células. Remova o sobrenadante por pipetagem ou decantação.
- Ressuscite o pellet com 1 mL de NaPB 2 mM (etapa 1.1) e transfira a suspensão para um tubo de centrífuga de 1,7 mL.
- Pellet as células (como na etapa 4.1), descarte o sobrenadante e ressuspenda novamente o pellet em 1 mL de 2 mM de NaPB.
- Repita o passo 4.3 duas vezes adicionais para deixar as células lavadas em 1 ml de NaPB 2 mM.
- Determine a densidade celular da suspensão lavada e calcule o fator de diluição necessário para obter uma densidade celular de 5 x 105 células/mL. Esta concentração acabará por levar à adição de 1 x 104 células a cada poço da placa de 96 poços.
NOTA: A densidade celular da suspensão pode ser determinada usando vários métodos, incluindo um hemocitômetro ou contador de células automatizado. Uma curva padrão de densidade celular versus DO600 para a cepa de interesse cultivada em condições relevantes foi utilizada para o presente estudo. Esta curva foi preparada usando um hemocitômetro (ver Tabela de Materiais) para determinar a densidade celular de suspensões com valores variáveis deDO 600 .
- Diluir a suspensão celular para 5 x 105 células/ml em 2 mM de NaPB. A preparação de 10 ml desta suspensão diluída será mais do que suficiente para completar este estudo.
5. Incubação de C. albicans com soluções peptídicas e preparação das células para a quantificação da viabilidade
- Adicionar 20 μL da suspensão diluída de C. albicans (passo 4.6 ) às colunas 1-10 e 12 de cada linha (Figura 1).
NOTA: A concentração final de peptídeo na primeira coluna é agora metade da concentração de estoque de peptídeo. Para o presente estudo, a concentração final do peptídeo foi de 50 μM neste momento. A suspensão celular final em cada poço contém 2,5 x 105 células/mL. As colunas 1-10 servem como poços experimentais para avaliar a atividade antifúngica em diferentes concentrações de peptídeos, e a coluna 12 serve como um controle para o crescimento sem peptídeo.
- Adicionar 20 μL de 2 mM de NaPB à coluna 11. Todos os poços agora têm uma concentração final de 1 mM de NaPB. A coluna 11 serve como um controle de esterilidade.
- Cobrir a placa 1 (contendo células e péptido) e incubá-la a 30 °C durante 30 min.
NOTA: Um tempo de incubação de 30 min é suficiente para muitos peptídeos 17,21,22,30, mas o tempo de incubação pode ser aumentado para 60 min se desejado para explicar peptídeos que podem exigir um tempo maior para exercer sua atividade antifúngica 25,31,32.
- Preparar uma nova placa de cultura de 96 poços (Placa 2) para uso na quantificação da viabilidade (Figura 2).
NOTA: A placa de cultura deve ser preparada durante a incubação da Placa 1.- Adicionar 100 μL de YPD (passo 1.2) a todos os poços da placa.
- Adicionar 100 μL de 2 mM de NaPB (Passo 1.1) a todos os poços da placa.
- Diluir as amostras na Placa 1 (contendo células e péptidos) e transferir para a Placa 2 (contendo meio e tampão).
- Recupere a Placa 1 da incubadora após os 30 minutos de incubação.
- Diluir cada poço da placa 1 adicionando 280 μL de 1 mM de NaPB (passo 1.1) para um volume total de 320 μL em cada poço (Figura 2).
- Misture todos os poços que contêm células e peptídeos pipetando para cima e para baixo para garantir que todas as células sejam ressuspensas e que nenhuma célula sedimentada seja visível no fundo dos poços.
- Transferir 8 μL de cada poço na Placa 1 para o poço correspondente da Placa 2. Esse volume transfere aproximadamente 250 células de cada poço da Placa 1 para a Placa 2 (Figura 2).
- Cobrir a placa 2 e incubar num agitador de placa de microtitulação (ver Tabela de Materiais) a 350 rpm durante 17 h a 30 °C.

Figura 1: Preparação da Placa 1 para a incubação de diluições seriadas peptídicas com células. Diluições seriadas do peptídeo são feitas em água, e células de C. albicans são adicionadas à Placa 1. Uma cor azul indica que o peptídeo está presente no poço, e cinza indica um poço com água e sem peptídeo. Poços contendo células são indicados com um padrão de pontos pretos. Após essas etapas, a placa é incubada para permitir que o peptídeo exerça sua atividade antifúngica. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Preparação da Placa 2 para quantificar a redução da viabilidade devido ao peptídeo. O meio YPD e o NaPB são adicionados à Placa 2. Após diluição do conteúdo da placa 1, uma alíquota de cada poço é transferida da placa 1 para a placa 2. A placa 2 é então incubada para permitir que quaisquer células viáveis cresçam para quantificação, medindo a OD600. Para a Placa 2, os poços contendo apenas YPD e NaPB são mostrados em laranja. Poços contendo alíquotas da Placa 1 misturadas com o YPD e NaPB são mostrados em verde. Consulte a legenda da Figura 1 para obter a descrição das cores na Placa 1. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
6. Determinação da atividade antifúngica
- Obtenha leituras OD600 para cada poço na Placa 2.
- Retirar a Placa 2 da incubadora após 17 h de incubação.
- Misture todos os poços na Placa 2 pipetando para cima e para baixo para garantir que todas as células sejam ressuspensas e que nenhuma célula assentada seja visível no fundo dos poços.
Observação : evite gerar bolhas durante esta etapa, pois elas podem interferir com as leituras OD600 . Se as bolhas se formarem, muitas vezes elas podem ser estouradas com uma ponta de pipeta seca ou removidas usando duas pontas de pipeta para levantá-las para fora do poço.
- Use um leitor de placas de absorbância (ver Tabela de Materiais) a um comprimento de onda de 600 nm para obter o OD600 para cada poço.
- Calcule a inibição do crescimento (como uma porcentagem) e plote-a para determinar o efeito dos peptídeos no crescimento de C. albicans.
- Para cada poço, calcule a redução da viabilidade em relação ao controle (em porcentagem) usando a seguinte equação 17,22,23:

onde OD com peptídeo é o OD600 de um poço contendo uma dada concentração de peptídeo, ofundo OD é o OD600 da coluna 11 na mesma linha (controle que não contém células), e
OD no peptídeo é o OD600 da Coluna 12 na mesma linha (controle contendo células e sem peptídeo).
- Por exemplo, use a seguinte expressão para calcular a redução na viabilidade no Poço B5 a partir dos valores OD600 para a Linha B:

- Plotar a redução da viabilidade em função da concentração de péptidos.