As proteínas desempenham um papel importante em todas as funções celulares, incluindo processamento de informações, metabolismo, transporte, tomada de decisão e organização estrutural. As proteínas medeiam suas funções interagindo fisicamente com outras moléculas. As interações proteína-proteína (PPIs) são importantes para mediar as funções celulares, como mediar a transdução de sinal, detectar o ambiente, converter energia em movimento físico, regular a atividade de enzimas metabólicas e de sinalização e manter a organização celular1. Assim, os IBPs podem ser usados para elucidar funções desconhecidas2. Os métodos de detecção de IBPs podem ser classificados em três tipos: in vitro, in vivo e in silico. Co-imunoprecipitação (co-IP), cromatografia de afinidade, purificação de afinidade em tandem, matrizes de proteínas, exibição de fagos, complementação de fragmentos de proteínas, cristalografia de raios-X e espectroscopia de ressonância magnética nuclear têm sido usadas para detecção in vitro de IBP3. Dentre esses métodos, o co-IP é amplamente utilizado devido à sua simplicidade.
A tag de fusão FLAG consiste em oito aminoácidos (AspTyrLysAspAspAspAspAspLys: DYKDDDDK), incluindo um local de clivagem da enteroquinase, e foi projetada especificamente para cromatografia de imunoafinidade4. As proteínas marcadas com DYKDDDDK são reconhecidas e capturadas usando um anticorpo anti-DYKDDDDK. Portanto, eles são eficientemente puxados para baixo usando grânulos de agarose de ligação DYKDDDDK5 para confirmar sua ligação a proteínas específicas de maneira simples. A imunoprecipitação pode ser realizada em uma variedade de células, e uma ampla gama de IBPs pode ser confirmada usando anticorpos contra a proteína de interesse. Imunoprecipitação e eluição de peptídeos com grânulos de agarose anti-DYKDDDDK foram relatados anteriormente5.
Aqui, fornecemos um método simples de imunoprecipitação no qual um plasmídeo que codifica uma proteína marcada com DYKDDDDK é introduzido transitoriamente em células HEK-293 para confirmar a associação de duas proteínas de interesse. Certos anticorpos DYKDDDDK podem se ligar ao terminal N e ao terminal C das proteínas de fusão, mas não a outros6. Portanto, para evitar confusão, o anticorpo que reconhece a etiqueta fundida aos terminais N e C deve ser escolhido. Ao inserir uma etiqueta de epítopo, pode ser possível evitar mudanças conformacionais na proteína inserindo de 3 a 12 pares de bases entre a etiqueta de epítopo e a proteína alvo. No entanto, a sequência inserida deve ser um par de bases em múltiplos de 3 para evitar o deslocamento de quadros.